Дермцидин

DCD
Доступные структуры
ПДБ	Поиск Human UniProt: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	2YMK, 2KSG
Идентификаторы
Псевдонимы	DCD , AIDD, DCD-1, DSEP, HCAP, PIF, дермцидин
Внешние идентификаторы	Опустить : 606634 ; Гомологен : 89039 ; GeneCards : DCD ; ОМА : DCD – ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 12 (human)
End	54,648,493 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	skin of thigh; ; skin of hip; ; skin of abdomen; ; gonad; ; gastrocnemius muscle; ; right adrenal cortex; ; nipple; ; sural nerve; ; subcutaneous adipose tissue; ; popliteal artery;
	n/a
	More reference expression data
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	peptidase activity; protein binding; hydrolase activity; RNA binding;
Cellular component	extracellular exosome; extracellular matrix; extracellular region; extracellular space;
Biological process	defense response to bacterium; proteolysis; antimicrobial humoral response; antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide; killing of cells of other organism; defense response to fungus;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	117159
	н/д
	ENSG00000161634
	н/д
	P81605
	н/д
	НМ_053283 ; НМ_001300854
	н/д
	НП_001287783 ; НП_444513
	н/д
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека

Дермцидин представляет собой белок , содержащий 110 аминокислот, который у человека кодируется DCD геном . ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} Полноразмерный белок производит производные пептиды, такие как фактор, индуцирующий протеолиз ( PIF ), и другие антимикробные пептиды . ^{[ 4 ]} секретируется эккринными потовыми железами человека на кожу как часть врожденной защиты иммунной системы хозяина. PIF участвует в мышечном протеолизе. ^{[ 4 ]}

Функция

Дермцидин представляет собой секретируемый белок, который впоследствии преобразуется в зрелые пептиды с различной биологической активностью. С-концевой пептид конститутивно экспрессируется в поте и обладает антибактериальной и противогрибковой активностью. N-концевой пептид, также известный как диффузный пептид уклонения от выживания, способствует выживанию нервных клеток в условиях тяжелого окислительного стресса . Гликозилированная форма N-концевого пептида может быть связана с кахексией (истощением мышц) у онкологических больных. ^{[ 4 ]}

      Survival evasion peptide                            Antimicrobial peptide

YDPEAASAPGSGNPCHEASAAQKENAGEDPGLARQAPKPRKQRSSLLEKGLDGAKKAVGGLGKLGKDAVEDLESVGKGAVHDVKDVLDSVL

С-концевой предшественник DCD-1L представляет собой пептид из 48 остатков, который демонстрирует частичную спиральность в растворе, о чем свидетельствует определение структуры его раствора методами ЯМР и КД-спектроскопии. Полноразмерный предшественник подвергается процессингу неопределенными протеазами, присутствующими в поте человека, с образованием нескольких более коротких пептидов, обладающих различной антимикробной активностью, названных в соответствии с их С-концевым триплетом аминокислот и длиной остатков. Одним из таких активных пептидов является SSL25, который демонстрирует двукратное увеличение активности против E. coli по сравнению с DCD-1L. ^{[ 5 ]}

DCD-1L SSLLEKGLDGAKKAVGGLGKLGKDAVEDLESVGKGAVHDVKDVLDSVL
DCD-1  SSLLEKGLDGAKKAVGGLGKLGKDAVEDLESVGKGAVHDVKDVLDSV
SSL25  SSLLEKGLDGAKKAVGGLGKLGKDA

Механизм

Кристаллическая структура дермцидина была расшифрована в растворе и выявила гексамерный спиральный пучок, опосредованный связыванием ионов Zn . ^{[ 6 ]} Наблюдается образование наклонного канала в мембранах при компьютерном исследовании с помощью моделирования молекулярной динамики , и одним из предполагаемых механизмов противомикробного действия, выведенных из этого наблюдения, является развязка ионного градиента через биологические мембраны . Это подтверждается параллельными наблюдениями в экспериментальных исследованиях потенциал-зависимой деполяризации липидных бислоев . ^{[ нужна ссылка ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000161634 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Шиттек Б., Хипфель Р., Зауэр Б., Бауэр Дж., Кальбахер Х., Стеванович С., Ширле М., Шредер К., Блин Н., Мейер Ф., Расснер Г., Гарбе С. (ноябрь 2001 г.). «Дермицидин: новый человеческий пептид-антибиотик, секретируемый потовыми железами». Нат Иммунол . 2 (12): 1133–7. дои : 10.1038/ni732 . ПМИД 11694882 . S2CID 26126901 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Энтрез Ген: DCD дермицидин» .
^ Бэхл Д., Флад Т., Кансье А. и др. (2006). «Катепсин D присутствует в эккринном поте человека и участвует в постсекреторном процессинге антимикробного пептида DCD-1L» . Ж. Биол. Хим . 281 (9): 5406–15. дои : 10.1074/jbc.M504670200 . ПМИД 16354654 .
^ ВВП : 2ЮМК Сонг, Чен, Вайхбродт, Конрад, Сальников, Евгений С, Дыновски, Марек, Форсберг, Бьорн О, Бехингер, Буркхард, Стайнем, Клаудия, де Гроот, Берт Л, Захария, Ульрих, Зет, Корнелиус (февраль 2013 г.). «Кристаллическая структура и функциональный механизм антимикробного мембранного канала человека» . ПНАС . 110 (12): 4586–91. Бибкод : 2013PNAS..110.4586S . дои : 10.1073/pnas.1214739110 . ПМК 3607029 . ПМИД 23426625 .

Дальнейшее чтение

Тодоров П., Карюк П., Макдевитт Т. и др. (1996). «Характеристика ракового кахексического фактора». Природа . 379 (6567): 739–42. Бибкод : 1996Natur.379..739T . дои : 10.1038/379739a0 . ПМИД 8602222 . S2CID 4331928 .
Тодоров П.Т., Дикон М., Тисдейл М.Дж. (1997). «Структурный анализ продуцируемого опухолью сульфатированного гликопротеина, способного инициировать деградацию мышечного белка» . Ж. Биол. Хим . 272 (19): 12279–88. дои : 10.1074/jbc.272.19.12279 . ПМИД 9139670 .
Каннингем Т.Дж., Ходж Л., Спейчер Д. и др. (1998). «Идентификация пептида, способствующего выживанию, в среде, кондиционированной линиями клеток нервной системы, подвергшимися окислительному стрессу» . Дж. Нейроски . 18 (18): 7047–60. doi : 10.1523/JNEUROSCI.18-18-07047.1998 . ПМК 6793258 . ПМИД 9736629 .
Каннингем Т.Дж., Цзин Х., Ван Ю., Ходж Л. (2000). «Связывание кальретикулина и другие биологические активности пептида выживания Y-P30, включая эффекты системного лечения крыс». Эксп. Нейрол . 163 (2): 457–68. doi : 10.1006/exnr.2000.7390 . ПМИД 10833321 . S2CID 22279800 .
Каннингем Т.Дж., Цзин Х., Акерблом И. и др. (2002). «Идентификация человеческой кДНК для нового пептида выживания/ускользания (DSEP): исследования сверхэкспрессии нервных клеток in vitro и in vivo». Эксп. Нейрол . 177 (1): 32–9. doi : 10.1006/exnr.2002.7979 . ПМИД 12429208 . S2CID 11829104 .
Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
Портер Д., Веремович С., Чин К. и др. (2003). «Нейральный фактор выживания является кандидатом в онкогены при раке молочной железы» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 100 (19): 10931–6. Бибкод : 2003PNAS..10010931P . дои : 10.1073/pnas.1932980100 . ЧВК 196905 . ПМИД 12953101 .
Чжан З, Хензель В.Дж. (2005). «Прогнозирование сигнальных пептидов на основе анализа экспериментально подтвержденных сайтов расщепления» . Белковая наука . 13 (10): 2819–24. дои : 10.1110/ps.04682504 . ПМК 2286551 . ПМИД 15340161 .
Сузуки Ю., Ямашита Р., Широта М. и др. (2004). «Сравнение последовательностей генов человека и мыши обнаруживает гомологичную блочную структуру в областях промотора» . Геном Рез . 14 (9): 1711–8. дои : 10.1101/гр.2435604 . ПМК 515316 . ПМИД 15342556 .
Монитто КЛ, Донг С.М., Джен Дж., Сидрански Д. (2005). «Характеристика человеческого гомолога фактора, индуцирующего протеолиз, и его роль в раковой кахексии» . Клин. Рак Рез . 10 (17): 5862–9. дои : 10.1158/1078-0432.CCR-04-0435 . ПМИД 15355918 .
Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта полноразмерной кДНК Национального института здравоохранения: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Рез . 14 (10Б): 2121–7. дои : 10.1101/гр.2596504 . ПМК 528928 . ПМИД 15489334 .
Лай Ю.П., Пэн Ю.Ф., Цзо Ю. и др. (2005). «Функциональная и структурная характеристика рекомбинантного дермицидина-1L, человеческого противомикробного пептида». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 328 (1): 243–50. дои : 10.1016/j.bbrc.2004.12.143 . ПМИД 15670776 .
Риг С., Штеффен Х., Зеебер С. и др. (2005). «Дефицит антимикробных пептидов, производных дермицидина, в поте пациентов с атопическим дерматитом коррелирует с нарушением врожденной защиты кожи человека in vivo» . Дж. Иммунол . 174 (12): 8003–10. doi : 10.4049/jimmunol.174.12.8003 . ПМИД 15944307 .
Watchorn TM, Dowidar N, Dejong CH и др. (2006). «Фактор, индуцирующий протеолиз кахектического медиатора, активирует NF-kappaB и STAT3 в купферовских клетках и моноцитах человека». Межд. Дж. Онкол . 27 (4): 1105–11. дои : 10.3892/ijo.27.4.1105 . ПМИД 16142329 .
Лоури А.Г., Вигмор С.Дж., Райт Дж.Д. и др. (2006). «Экспрессия дермицидина в печеночных клетках улучшает выживаемость без N-гликозилирования, но требует наличия остатков аспарагина» . Бр. Дж. Рак . 94 (11): 1663–71. дои : 10.1038/sj.bjc.6603148 . ПМК 2361319 . ПМИД 16685272 .
Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белково-белковых взаимодействий человека методом масс-спектрометрии» . Мол. Сист. Биол . 3 (1): 89. дои : 10.1038/msb4100134 . ПМЦ 1847948 . ПМИД 17353931 .
Фрум Р., Басби С.А., Рамамурти М. и др. (2007). «Партнеры по связыванию HDM2: взаимодействие с фактором элонгации трансляции EF1alpha» . J. Протеом Рез . 6 (4): 1410–7. дои : 10.1021/pr060584p . ПМК 4626875 . ПМИД 17373842 .
Ли Мотояма Дж. П., Ким-Мотояма Х., Ким П. и др. (2007). «Идентификация дермицидина в гестационной ткани человека и характеристика его протеолитической активности». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 357 (4): 828–33. дои : 10.1016/j.bbrc.2007.03.112 . ПМИД 17448443 .

Внешние ссылки

дермицидины в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000161634 – Ensembl , май 2017 г.

[2] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid11694882-3] Шиттек Б., Хипфель Р., Зауэр Б., Бауэр Дж., Кальбахер Х., Стеванович С., Ширле М., Шредер К., Блин Н., Мейер Ф., Расснер Г., Гарбе С. (ноябрь 2001 г.). «Дермицидин: новый человеческий пептид-антибиотик, секретируемый потовыми железами». Нат Иммунол . 2 (12): 1133–7. дои : 10.1038/ni732 . ПМИД 11694882 . S2CID 26126901 .

[entrez-4] Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Энтрез Ген: DCD дермицидин» .

[pmid-5] Бэхл Д., Флад Т., Кансье А. и др. (2006). «Катепсин D присутствует в эккринном поте человека и участвует в постсекреторном процессинге антимикробного пептида DCD-1L» . Ж. Биол. Хим . 281 (9): 5406–15. дои : 10.1074/jbc.M504670200 . ПМИД 16354654 .

[pmid23426625-6] ВВП : 2ЮМК Сонг, Чен, Вайхбродт, Конрад, Сальников, Евгений С, Дыновски, Марек, Форсберг, Бьорн О, Бехингер, Буркхард, Стайнем, Клаудия, де Гроот, Берт Л, Захария, Ульрих, Зет, Корнелиус (февраль 2013 г.). «Кристаллическая структура и функциональный механизм антимикробного мембранного канала человека» . ПНАС . 110 (12): 4586–91. Бибкод : 2013PNAS..110.4586S . дои : 10.1073/pnas.1214739110 . ПМК 3607029 . ПМИД 23426625 .

[1]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

v т и Порообразующие токсины ( ТС 1С )
Antimicrobial cationic peptides	Cathelicidin Defensin Dermcidin Histatin (HTN1, HTN3)
Other, human	Perforin
Other, nonhuman	Cecropin Diphtheria toxin Dermaseptin Latarcin Magainin Melittin Nisin Pneumolysin