DPAGT1

DPAGT1
Идентификаторы
Псевдонимы	DPAGT1 , ALG7, CDG-IJ, CDG1J, CMSTA2, D11S366, DGPT, DPAGT, DPAGT2, G1PT, GPT, UAGT, UGAT, CMS13, долихил-фосфат N-ацетиллукосаминефосфотрансфераза 1, долихил-фосфат N-ацетиллукосаминефосфотрансфераза 1, долихил-фосфат N-ацетиллукосаминефосфаза.
Внешние идентификаторы	Омим : 191350 ; MGI : 1196396 ; Гомологен : 1058 ; GeneCards : DPAGT1 ; OMA : DPAGT1 - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 11 (human)
End	119,108,331 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 9 (mouse)
End	44,245,197 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	mucosa of transverse colon; ; body of pancreas; ; right adrenal gland; ; right adrenal cortex; ; stromal cell of endometrium; ; left adrenal gland; ; left adrenal cortex; ; right lobe of liver; ; right uterine tube; ; rectum;
	Top expressed in
	yolk sac; ; seminal vesicula; ; tail of embryo; ; genital tubercle; ; muscle of thigh; ; lacrimal gland; ; decidua; ; parotid gland; ; ankle joint; ; facial motor nucleus;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
showДжин Онтология
Molecular function	transferase activity; UDP-N-acetylglucosamine-lysosomal-enzyme N-acetylglucosaminephosphotransferase activity; phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase activity; glycosyltransferase activity; UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase activity; metal ion binding;
Cellular component	integral component of endoplasmic reticulum membrane; endoplasmic reticulum membrane; membrane; intracellular membrane-bounded organelle; endoplasmic reticulum; integral component of membrane;
Biological process	protein glycosylation; dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process; dolichol metabolic process; protein complex oligomerization; UDP-N-acetylglucosamine metabolic process; protein N-linked glycosylation; dolichyl diphosphate biosynthetic process;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	1798
	13478
	ENSG00000172269
	Ensmusg00000032123
	Q9H3H5
	P42867
	NM_001382 ; NM_203316
	NM_007875 ; NM_001364464
	NP_001373
	NP_031901 ; NP_001351393
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

UDP-N-ацетилглюкозамин-долихилфосфат N-ацетилглюкозаминефосфотрансфераза является ферментом , который у людей кодируется DPAGT1 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Мутации в DPAGT1 вызывают миастения . ^{[ 7 ]}

Белок , кодируемый этим геном, представляет собой фермент, который катализирует первый этап долихолом связанного с олигосахаридного пути, (также см. Генетический путь ) для гликопротеина биосинтеза . Этот фермент относится к семейству гликозилтрансферазы 4. Этот белок является интегральным мембранным белком эндоплазматического ретикулума . Врожденное заболевание гликозилирования типа IJ вызвано мутацией в ген, кодирующем этот фермент. Альтернативно сплайсированные варианты транскрипта , кодирующие различные изоформы. ^{[ 6 ]}

Химия

DPAGT1 катализирует трансформацию долихилфосфатного N-ацетилглюкозамина из уридина дифхосфат N-ацетилглюкозамин (UDP-GLCNAC) и долихилфосфата , который является первым этапом в биосинтезе N-гликана в клетках-мамочках.

Уридинофосфат N-ацетилглюкозамин + долихилфосфата ↔ долихилфосфат N-ацетилглюкозамин + Ump

Сгенерированный долихилфосфатный N-ацетилглюкозамин модифицируется посредственными гликозилтрансферазами, образуя GLC 3 Man 9 GLCNAC 2 -PP-долихил, который используется для гликозилирования остатков аспарагина (ASN или N) полипептидов.

Structure

сопутствующие структуры DPAGT1 с туникамицином или UDP-GLCNAC. Несмотря на проблему получения структуры белка эукариотической мембраны, в 2018 году были зарегистрированы ^{[ 8 ]} ^{[ 9 ]} DPAGT1 состоит из 10 трансмембранных сегментов (TM1 до 10). Три петли на стороне эндоплазматического ретикулума (ER) и пять петель на цитоплазматической стороне (петли AE) соединяют трансмембранные сегменты, где TM4, TM5, TM7, TM8, TM9, петля A, петля E образует домен связывающего UDP-GLCNAC. Прогнозируется, что долихилфосфат (DOL-P) связывает «гидрофобный туннель», созданный TM4, TM5 и TM9 в липидном бислое. Уридиновый фрагмент туникамицина занимает идентичные сайты связывания UDP-GLCNAC. Липидный хвостовой фрагмент туникамицина занимает гидрофобный туннель. Значительные конформационные изменения наблюдаются в С-концевом конце TM-9, петли A и Loop E в структурах связанных с лигандом DPAGT1.

Биохимия

Изменения и диверсификация профиля экспрессии гликанов клеточной поверхности на основе базовой гликобиологии привлекли значительное внимание научного сообщества. N-связанные и O-связанные гликаны являются наиболее распространенными формами белкового гликозилирования и встречаются на белках, предназначенных для секреторного пути. Недавние исследования иммунотерапии раком основаны на иммуногенности усеченных цепей O-гликана (например, TN, STN, T и Slea/X). Несмотря на распространенность N-связанных гликановых изменений в развитии опухолевых клеток, терапевтические антитела против N-связанных гликанов не были разработаны. Это, вероятно, связано с отсутствием специфичности N-связанных гликанов между нормальными и злокачественными клетками. Аномальное ветвление N-связанных гликанов наблюдалось в определенных раковых клетках. Измененное гликозилирование N-связанных гликанов при раке обычно связано с активацией β1,6-N-ацетилглюкозаминилтрансфераза-3/5 (GNT3/5), усиливая β1,6-развещание.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000172269 - Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000032123 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ Смит М.В., Кларк С.П., Хатчинсон Дж.С., Вей Й.Х., Чурукиан А.С., Дэниелс Л.Б. и др. (Сентябрь 1993). «Карта сайта, меченная последовательно, человеческой хромосомы 11». Геномика . 17 (3): 699–725. doi : 10.1006/geno.1993.1392 . PMID 8244387 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: DPAGT1 долихилфосфат (UDP-N-ацетилглюкозамин) N-ацетилглюкозаминефосфотрансфераза 1 (GLCNAC-1-P-трансфераза)» .
^ Selcen D, Shen XM, Brengman J, Li Y, Stans AA, Wieben E, Engel AG (май 2014). «Myastenia и миопатия DPAGT1: генетические, фенотипические и экспрессирующие исследования» . Неврология . 82 (20): 1822–1830. doi : 10.1212/wnl.0000000000000435 . PMC 4035711 . PMID 24759841 .
^ Yoo J, Mashalidis EH, Kuk AC, Yamamoto K, Kaeser B, Ichikawa S, Lee Sy (март 2018 г.). «Структура комплекса GLCNAC-1-P-трансфераза-туникамицина выявляет основу для ингибирования N-гликозилирования» . Природа структурная и молекулярная биология . 25 (3): 217–224. doi : 10.1038/s41594-018-0031-y . PMC 5840018 . PMID 29459785 .
^ Dong Yy, Wang H, Pike AC, Cochrane SA, Hamedzadeh S, Wyszyński FJ, et al. (Ноябрь 2018). «Структуры DPAGT1 объясняют механизмы гликозилирования и продвижение антибиотиков ТБ» . Клетка . 175 (4): 1045–1058.e16. doi : 10.1016/j.cell.2018.10.037 . PMC 6218659 . PMID 30388443 .

Дальнейшее чтение

Замораживание HH (декабрь 2001 г.). «Обновление и перспективы врожденных расстройств гликозилирования». Гликобиология . 11 (12): 129R - 143R. doi : 10.1093/glycob/11.12.129r . PMID 11805072 .
Замораживание HH (декабрь 2002 г.). «Расстройства человека в n-гликозилировании и моделях животных». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Общие субъекты . 1573 (3): 388–393. doi : 10.1016/s0304-4165 (02) 00408-7 . PMID 12417423 .
Miller BS, Freeze HH (март 2003 г.). «Новые расстройства в метаболизме углеводов: врожденные расстройства гликозилирования и их влияние на эндокринную систему». Отзывы о эндокринных и метаболических расстройствах . 4 (1): 103–113. doi : 10.1023/a: 1021883605280 . PMID 12618564 . S2CID 26028477 .
Volpe JJ, Sakakihara Y, Ishii S (июнь 1987 г.). «Синтез гликопротеина, связанный с долихолом в развивающемся мозге млекопитающих: созревающие изменения N-ацетилглюкозаминилфосфотрансферазы». Исследование мозга . 430 (2): 277–284. doi : 10.1016/0165-3806 (87) 90160-x . PMID 3038274 .
Maruyama K, Sugano S (январь 1994 г.). «Олиго-капитализация: простой метод замены структуры крышки эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген . 138 (1–2): 171–174. doi : 10.1016/0378-1119 (94) 90802-8 . PMID 8125298 .
Бональдо М.Ф., Леннон Г., Соарс М.Б. (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов» . Исследование генома . 6 (9): 791–806. doi : 10.1101/gr.6.9.791 . PMID 8889548 .
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (октябрь 1997 г.). «Строительство и характеристика обогащенной полной длиной и библиотекой кДНК с 5'-эндом». Ген . 200 (1–2): 149–156. doi : 10.1016/s0378-1119 (97) 00411-3 . PMID 9373149 .
Eckert V, Blank M, Mazhari-Tabrizi R, Mumberg D, Funk M, Schwarz RT (январь 1998 г.). «Клонирование и функциональная экспрессия человеческой трансферазы GLCNAC-1-P, фермент для совершенной стадии цикла Долихола, путем гетерологичной комплементации у Saccharomyces cerevisiae» . Гликобиология . 8 (1): 77–85. doi : 10.1093/glycob/8.1.77 . PMID 9451016 .
Meissner JD, Naumann A, Mueller WH, Scheibe RJ (март 1999 г.). «Регуляция UDP-N-ацетилглюкозамин: долихилфосфат N-ацетилглюкозамин-1-фосфаттрансфераза с помощью ретиноевой кислоты в клетках p19» . Биохимический журнал . 338 (Pt 2) (2): 561–568. doi : 10.1042/0264-6021: 3380561 . PMC 1220086 . PMID 10024536 .
Regis S, Dagnino F, Caroli F, Filocamo M (октябрь 2002 г.). «Геномная структура человеческого гена UDP-GLCNAC: Dolichol-P GLCNAC-1-P трансфераза». Последовательность ДНК . 13 (5): 245–250. doi : 10.1080/1042517021000017126 . PMID 12592703 . S2CID 25176842 .
Newell JW, Seo NS, Enns GM, McCraken M, Mantovani JF, Freeze HH (июль 2003 г.). «Врожденное расстройство гликозилирования IC у пациентов индийского происхождения». Молекулярная генетика и метаболизм . 79 (3): 221–228. doi : 10.1016/s1096-7192 (03) 00089-1 . PMID 12855228 .
Wu X, Rush JS, Karaoglu D, Krasnewich D, Lubinsky MS, Waechter CJ, et al. (Август 2003 г.). «Дефицит UDP-GLCNAC: долихол фосфат N-ацетилглюкозамин-1 фосфат-трансфераза (DPAGT1) вызывает новое врожденное заболевание гликозилирования типа IJ». Человеческая мутация . 22 (2): 144–150. doi : 10.1002/Humu.10239 . PMID 12872255 . S2CID 35331823 .

Внешние ссылки

GenereViews/NCBI/NIH/UW Завершение на врожденные расстройства обзора гликозилирования

Эта статья о гене о хромосоме человека 11 является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000172269 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000032123 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[pmid8244387-5] Смит М.В., Кларк С.П., Хатчинсон Дж.С., Вей Й.Х., Чурукиан А.С., Дэниелс Л.Б. и др. (Сентябрь 1993). «Карта сайта, меченная последовательно, человеческой хромосомы 11». Геномика . 17 (3): 699–725. doi : 10.1006/geno.1993.1392 . PMID 8244387 .

[entrez-6] Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: DPAGT1 долихилфосфат (UDP-N-ацетилглюкозамин) N-ацетилглюкозаминефосфотрансфераза 1 (GLCNAC-1-P-трансфераза)» .

[7] Selcen D, Shen XM, Brengman J, Li Y, Stans AA, Wieben E, Engel AG (май 2014). «Myastenia и миопатия DPAGT1: генетические, фенотипические и экспрессирующие исследования» . Неврология . 82 (20): 1822–1830. doi : 10.1212/wnl.0000000000000435 . PMC 4035711 . PMID 24759841 .

[pmid29459785-8] Yoo J, Mashalidis EH, Kuk AC, Yamamoto K, Kaeser B, Ichikawa S, Lee Sy (март 2018 г.). «Структура комплекса GLCNAC-1-P-трансфераза-туникамицина выявляет основу для ингибирования N-гликозилирования» . Природа структурная и молекулярная биология . 25 (3): 217–224. doi : 10.1038/s41594-018-0031-y . PMC 5840018 . PMID 29459785 .

[pmid30388443-9] Dong Yy, Wang H, Pike AC, Cochrane SA, Hamedzadeh S, Wyszyński FJ, et al. (Ноябрь 2018). «Структуры DPAGT1 объясняют механизмы гликозилирования и продвижение антибиотиков ТБ» . Клетка . 175 (4): 1045–1058.e16. doi : 10.1016/j.cell.2018.10.037 . PMC 6218659 . PMID 30388443 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]