Ферментный номер комиссии

Номер комиссии ферментов ( номер ЕС ) является численной схемой классификации для ферментов , основанной на химических реакциях, которые они катализируют . ^{[ 1 ]} В качестве системы номенклатуры фермента каждый номер ЕС связан с рекомендуемым именем для соответствующей реакции, катализируемой ферментом.

Числа ЕС не указывают ферменты, а реакции, катализируемые ферментами. Если разные ферменты (например, из разных организмов) катализируют одну и ту же реакцию, то они получают одинаковый номер ЕС. ^{[ 2 ]} Кроме того, благодаря конвергентной эволюции совершенно разные белковые складки могут катализировать идентичную реакцию (их иногда называют нехологичными изофункциональными ферментами ) ^{[ 3 ]} и поэтому будет назначен тот же номер ЕС. Напротив, идентификаторы Uniprot уникально указывают белок по его аминокислотной последовательности. ^{[ 4 ]}

Формат числа

Каждый код фермента состоит из букв «EC», за которыми следуют четыре числа, разделенные периодами. Эти цифры представляют собой постепенно более тонкую классификацию фермента. Предварительные номера EC существуют и имеют 'n' как часть четвертой (серийной) цифры (например, EC 3.5.1.n3). ^{[ 2 ]}

Например, трипептидные аминопептидазы имеют код «EC 3.4.11.4», компоненты которых указывают следующие группы ферментов:

Ферменты EC 3 представляют собой гидролазы (ферменты, которые используют воду , чтобы разбить некоторую другую молекулу)
EC 3.4 - это гидролазы, которые действуют на пептидные связи
EC 3.4.11 -это гидролазы, которые расщепляют аминоледующую аминокислоту из полипептида
EC 3.4.11.4 -это те, которые расщепляют амино-концевой конец от трипептида

Коды высшего уровня

NB: номер классификации ферментов отличается от «номера формата»

Числа ЕС на верхнем уровне ^{[ 5 ]}
Сорт	Реакция катализирована	Типичная реакция	Фермент пример (ы) с тривиальным именем
ЕС 1 Оксидоредуктазы	Реакции окисления /восстановления; Передача атомов H и O или электронов от одного вещества в другое	Ah + b → a + bh ( уменьшен ) A + O → AO ( окислен )	Дегидрогеназа , оксидаза
ЕС 2 Трансферы	Передача функциональной группы от одного вещества в другое. Группа может быть метил-, ацил-, амино- или фосфатной группой	AB + C → A + BC	Трансаминаза , киназа
ЕС 3 Гидролазы	Образование двух продуктов из субстрата с помощью гидролиза	Ab + h ₂ o → ãh + aoh + b	Липаза , амилаза , пептидаза , фосфатаза
ЕС 4 Лиазы	Неидролитическое добавление или удаление групп из субстратов. Связи CC, CN, CO или CS могут быть расщеплены	Rcocooh → rcoh + co ₂ или [x-a + by] → [a = b + xy]	Декарбоксилаза
ЕС 5 Изомеразы	Внутренняя перестройка, т.е. Изменения изомеризации в одной молекуле	ABC → BCA	Изомераза , он переехал
ЕС 6 Лигазы	Объединить две молекулы путем синтеза новых связей CO, CS, CN или CC с одновременным расщеплением АТФ	X + y + atp → xy + adp + p _i	Синтетаза
ЕС 7 Трансаксы	Катализировать движение ионов или молекул через мембраны или их разделение в мембранах		Транспортер

Сходство реакции

Сходство между ферментативными реакциями может быть рассчитано с использованием изменений связей, центров реакции или метриков субстрактуры (ранее EC-Blast], теперь является ферментным порталом EMBL-EBI). ^{[ 6 ]}

История

Перед разработкой системы числа ЕС ферменты были названы произвольным образом, а такие названия, как старый желтый фермент и злобный фермент , которые не дают мало или не знают, какая реакция была катализирована, были общими. Большинство из этих имен впадают в неохоту, хотя некоторые, особенно протеолические ферменты с очень низкой специфичностью, такие как пепсин и папаин , все еще используются, поскольку рациональная классификация на основе специфичности была очень сложной.

К 1950-м годам хаос становился невыносимым, и после Хоффмана-Остенхоф ^{[ 7 ]} и Диксон и Уэбб ^{[ 8 ]} предложил несколько аналогичные схемы для классификации, катализируемых ферментами реакции, Международный конгресс биохимии в Брюсселе создал Комиссию по ферментам под председательством Малкольма Диксона в 1955 году. Время, хотя его имя живет в терминах номера ЕС . Текущее шестое издание, опубликованное Международным союзом биохимии и молекулярной биологии в 1992 году в качестве последней версии, опубликованной в виде печатной книги, содержит 3196 различных ферментов. Дополнения 1-4 были опубликованы 1993–1999. Последующие добавки были опубликованы в электронном виде на веб -сайте комитета по номенклатуре Международного союза биохимии и молекулярной биологии. ^{[ 5 ]} В августе 2018 года IUBMB изменил систему, добавив категорию EC 7 верхнего уровня, содержащую транслоказы. ^{[ 9 ]}

Смотрите также

Список номеров ЕС
Список ферментов
Номер TC (классификация белков переноса мембран)

Ссылки

^ Уэбб, ЕС (1992). Фермент Номенклатура 1992: рекомендации комитета по номенклатуре Международного союза биохимии и молекулярной биологии по номенклатуре и классификации ферментов . Академическая пресса. ISBN 978-0-12-227164-9 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «Фермент (база данных номенклатуры фермента)» . Расширение. Архивировано из оригинала 21 марта 2019 года . Получено 24 апреля 2019 года .
^ Omelchenko MV, Galperin MY, Wolf Yi, Koonin EV (2010). «Не-гомологичные изофункциональные ферменты: систематический анализ альтернативных решений в эволюции ферментов» . Биология прямой . 5 (1): 31. doi : 10.1186/1745-6150-5-31 . PMC 2876114 . PMID 20433725 .
^ Apweiler R, Bairoch A, Wu CH, Barker WC, Boeckmann B, Ferro S, Gasteiger E, Huang H, Lopez R, Magrane M, Martin MJ, Natale DA, O'Donovan C, Redaschi N, Yeh LS (январь 2004 г.) Полем «Uniprot: универсальная база знаний белка» . Исследование нуклеиновых кислот . 32 (проблема базы данных): D115–9. doi : 10.1093/nar/gkh131 . PMC 308865 . PMID 14681372 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Мосс GP. «Рекомендации комитета по номенклатуре» . Международный союз биохимии и молекулярной биологии по номенклатуре и классификации ферментов по реакциям, которые они катализируют. Архивировано с оригинала 2018-09-10 . Получено 2006-03-14 .
^ Rahman SA, Cuesta SM, Furnham N, Holliday GL, Thornton JM (февраль 2014 г.). «EC-Blast: инструмент для автоматического поиска и сравнения реакций ферментов» . Природные методы . 11 (2): 171–174. doi : 10.1038/nmeth.2803 . PMC 4122987 . PMID 24412978 .
^ Хоффман-Остенхоф, О (1953). «Предложения по более рациональной классификации и номенклатуре ферментов». Достижения в области фермеров и связанных с ними предметов биохимии . 14 : 219–260. doi : 10.1002/9780470122594.CH7 . ISBN 9780470122594 Полем PMID 13057718 .
^ Диксон, м; Уэбб, ЕС (1958). Ферменты . Лондон: Longmans Green. С. 183–227.
^ Типтон, Кит (август 2018 г.). «Новости номенклатуры фермента: транслоказы (EC 7): новый класс EC» . Explorenz: основной источник списка ферментов iubmb. Архивировано с оригинала 10 сентября 2018 года . Получено 3 ноября 2018 года .

Внешние ссылки

Фермент номенклатура , авторитетный веб -сайт Комитета по номенклатуре Международного союза биохимии и молекулярной биологии, поддерживаемый GP Moss
База данных о номенклатуре фермента - по расширению
Список всех номеров ЕС - Бренда
Просмотреть структуры PDB по номеру EC
Просмотреть домены SCOP по номеру EC - DCGO
Сравните номера EC, используя AC-Blast Archived 2019-05-30 на The Wayback Machine

[isbn0-12-227164-5-1] Уэбб, ЕС (1992). Фермент Номенклатура 1992: рекомендации комитета по номенклатуре Международного союза биохимии и молекулярной биологии по номенклатуре и классификации ферментов . Академическая пресса. ISBN 978-0-12-227164-9 .

[expasy-2] Jump up to: ^а ^{беременный} «Фермент (база данных номенклатуры фермента)» . Расширение. Архивировано из оригинала 21 марта 2019 года . Получено 24 апреля 2019 года .

[pmid20433725-3] Omelchenko MV, Galperin MY, Wolf Yi, Koonin EV (2010). «Не-гомологичные изофункциональные ферменты: систематический анализ альтернативных решений в эволюции ферментов» . Биология прямой . 5 (1): 31. doi : 10.1186/1745-6150-5-31 . PMC 2876114 . PMID 20433725 .

[pmid14681372-4] Apweiler R, Bairoch A, Wu CH, Barker WC, Boeckmann B, Ferro S, Gasteiger E, Huang H, Lopez R, Magrane M, Martin MJ, Natale DA, O'Donovan C, Redaschi N, Yeh LS (январь 2004 г.) Полем «Uniprot: универсальная база знаний белка» . Исследование нуклеиновых кислот . 32 (проблема базы данных): D115–9. doi : 10.1093/nar/gkh131 . PMC 308865 . PMID 14681372 .

[moss-5] Jump up to: ^а ^{беременный} Мосс GP. «Рекомендации комитета по номенклатуре» . Международный союз биохимии и молекулярной биологии по номенклатуре и классификации ферментов по реакциям, которые они катализируют. Архивировано с оригинала 2018-09-10 . Получено 2006-03-14 .

[asad-6] Rahman SA, Cuesta SM, Furnham N, Holliday GL, Thornton JM (февраль 2014 г.). «EC-Blast: инструмент для автоматического поиска и сравнения реакций ферментов» . Природные методы . 11 (2): 171–174. doi : 10.1038/nmeth.2803 . PMC 4122987 . PMID 24412978 .

[7] Хоффман-Остенхоф, О (1953). «Предложения по более рациональной классификации и номенклатуре ферментов». Достижения в области фермеров и связанных с ними предметов биохимии . 14 : 219–260. doi : 10.1002/9780470122594.CH7 . ISBN 9780470122594 Полем PMID 13057718 .

[8] Диксон, м; Уэбб, ЕС (1958). Ферменты . Лондон: Longmans Green. С. 183–227.

[9] Типтон, Кит (август 2018 г.). «Новости номенклатуры фермента: транслоказы (EC 7): новый класс EC» . Explorenz: основной источник списка ферментов iubmb. Архивировано с оригинала 10 сентября 2018 года . Получено 3 ноября 2018 года .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

v Т и Ферменты
Активность	Активный сайт Связующий сайт Каталитическая триада Оксинион Хоул Распущенность фермента Ограниченный диффузию фермент Кофактор Ферментный катализ
Регулирование	Аллостерическая регуляция Кооперативность Ингибитор фермента Фермент активатор
Классификация	ЕС номер Фермент суперсемейство Семья ферментов Список ферментов
Кинетика	Кинетика фермента Eadie -court чайная диаграмма Хейнс -Вулф Участок Lineweaver - Burk Stury Михаэлис -Мюминен Кинетика
Типы	EC1 оксидоредуктазы ( список ) EC2 Трансферы ( список ) EC3 Гидролазы ( список ) EC4 Lyases ( список ) EC5 изомеразы ( список ) Ec6 лигазы ( список ) EC7 Translocases ( список )