БПИФБ6
| БПИФБ6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | BPIFB6 , BPIL3, LPLUNC6, складка BPI, содержащая члена 6 семейства B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Опустить : 614110 ; МГИ : 2684965 ; Гомологен : 18375 ; GeneCards : BPIFB6 ; OMA : BPIFB6 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Семейство B, содержащее BPI, член 6 (BPIFB6), также известный как бактерицидный/повышающий проницаемость белок-подобный 3 (BPIL3), представляет собой белок , который у людей кодируется BPIFB6 геном , также известным как BPIL3 и LPLUNC6 . Он экспрессируется на высоком уровне в гипертрофированных миндалинах . [ 5 ] на относительно умеренных уровнях в эпителии ротовой полости, включая слизистую оболочку носа , языка и слюнных желез , а также в слизистой оболочке пищевода на меньших уровнях. [ 6 ] Ортологи присутствуют у многих видов позвоночных, включая млекопитающих, птиц, рептилий и амфибий. [ 7 ]
Суперсемья
[ редактировать ]BPIFB6 является членом суперсемейства белков складки BPI , определяемого наличием складки белка, оказывающей бактерицидное действие/повышающей проницаемость (складки BPI), которая образована двумя сходными доменами в форме «бумеранга». [ 8 ] Это суперсемейство также известно как семейство BPI/LBP/PLUNC или семейство BPI / LPB / CETP . [ 9 ] Складка BPI создает аполярные связывающие карманы, которые могут взаимодействовать с гидрофобными и амфипатическими молекулами, такими как ацильные углеродные цепи липополисахарида, обнаруженные на грамотрицательных бактериях , но члены этого семейства могут выполнять множество других функций.
Гены суперсемейства BPI/LBP/PLUNC обнаружены у всех видов позвоночных, включая отдаленные гомологи у видов беспозвоночных, таких как насекомые, моллюски и круглые черви. [ 10 ] [ 11 ] В эту широкую группу входит семейство генов BPIF, члены которого кодируют структурный мотив складки BPI и обнаруживаются сгруппированными на одной хромосоме, например, хромосома 20 у человека, хромосома 2 у мыши, хромосома 3 у крысы, хромосома 17 у свиньи, хромосома 13. у коровы. Семейство генов BPIF разделено на две группы: BPIFA и BPIFB. У человека BIPFA состоит из 3 белков, кодирующих гены BPIFA1 , BPIFA2 , BPIFA3 , и 1 псевдогена BPIFA4P ; тогда как BPIFB состоит из 5 белков, кодирующих гены BPIFB1 , BPIFB2 , BPIFB3 , BPIFB4 , BPIFB6 и 2 псевдогенов BPIFB5P , BPIFB9P . То, что у людей выглядит как псевдогены, у других видов может выглядеть как полностью функциональные гены.
Ген BPIFB6 был впервые идентифицирован у людей как BPIL3 на основании гомологии последовательностей. [ 5 ] и сразу же был признан членом суперсемейства генов складки BPI.
Функция
[ редактировать ]BPIFB6 может функционировать как регулятор секреторного пути перемещения внутри клеток, что, в свою очередь, может помочь регулировать вирусные инфекции. Предполагалось, что BPIFB6 является секретируемым белком на основании сходства последовательности его гена с последовательностями других секретируемых членов семейства. [ 12 ] Но в одном исследовании было показано, что он расположен в эндоплазматическом ретикулуме (ЭР). [ 13 ] ER существует в виде сети листов и канальцев, и было обнаружено, что BPIFB6 локализуется преимущественно в листах ER, где он взаимодействует с двумя другими членами семейства складок PBI, BPIFB2 и BPIFB3 . Кроме того, подавление гена BPIFB6 вызвало драматические изменения в морфологии комплекса Гольджи , фрагментацию Гольджи и разрушение нормальных цитоплазматических везикул. Все это указывает на роль BPIFB6 в транспортировке секреторного пути, что дополнительно иллюстрируется его влиянием на репликацию вируса. Вирусы, такие как вирус Коксаки B (CVB) и полиовирус (PV), кооптируют секреторный путь клетки-хозяина, который контролирует транспорт белков из эндоплазматического ретикулума в комплекс Гольджи, чтобы облегчить их репликацию . Когда ген BPIFB6 был подавлен, репликация CVB и PV блокировалась.
Ассоциация BPIFB6 с тканями, содержащими слизистую оболочку, вновь выявилась при исследовании биомаркеров рака прямой кишки. При полноэпигеномном анализе метилирования ДНК BPIB6/BPIL3 оказался одним из двух генов, которые были значительно гипометилированы. [ 14 ] Кроме того, миндалины, которые представляют собой лимфатическую ткань слизистой оболочки, могут увеличиваться (гипертрофироваться) в результате воспаления, вызванного инфекцией, и рецидивирующего фарингита (ангины). Было показано, что гипертрофированные миндалины имеют сильно повышенную экспрессию BPIFB6/BPIL3. [ 5 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000167104 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000068009 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Jump up to: а б с Мулеро Дж.Дж., Бойл Б.Дж., Брэдли С., Брайт Дж.М., Нелкен С.Т., Хо Т.Т. и др. (август 2002 г.). «Три новых человеческих члена семейства белков-переносчиков липидов/липополисахарид-связывающих белков (LT/LBP)». Иммуногенетика . 54 (5): 293–300. дои : 10.1007/s00251-002-0467-3 . ПМИД 12185532 . S2CID 11886572 .
- ^ "BPIFB6 - ENSG00000167104" . bgee.org . Пакет Bgee: интегрированный кураторский атлас экспрессии и сравнительная транскриптомика у животных.
- ^ «bpifb6 — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
См.: Результаты по таксонам.
- ^ Бимер Л.Дж., Кэрролл С.Ф., Айзенберг Д. (апрель 1998 г.). «Семейство белков BPI/LBP: структурный анализ консервативных областей» . Белковая наука . 7 (4): 906–914. дои : 10.1002/pro.5560070408 . ПМК 2143972 . ПМИД 9568897 .
- ^ «Семейство консервативных белковых доменов CDD: BPI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
- ^ Бимер Л.Дж., Фишер Д., Айзенберг Д. (июль 1998 г.). «Обнаружение дальних родственников ЛПС-связывающих и липидтранспортных белков млекопитающих» . Белковая наука . 7 (7): 1643–1646. дои : 10.1002/pro.5560070721 . ПМК 2144061 . ПМИД 9684900 .
- ^ Компакт-диск Bingle, Сил Р.Л., Крэйвен СиДжей (август 2011 г.). «Систематическая номенклатура белков PLUNC/PSP/BSP30/SMGB как подсемейства суперсемейства, содержащего складки BPI» . Труды Биохимического общества . 39 (4): 977–983. дои : 10.1042/BST0390977 . ПМК 3196848 . ПМИД 21787333 .
- ^ "Q8NFQ5 - BPIB6_HUMAN" . www.uniprot.org .
См.: Субклеточная локализация.
- ^ Мороски С., Леннеманн, Нью-Джерси, Койн CB (май 2016 г.). «BPIFB6 регулирует перемещение секреторных путей и репликацию энтеровирусов» . Журнал вирусологии . 90 (10): 5098–5107. дои : 10.1128/JVI.00170-16 . ПМЦ 4859712 . ПМИД 26962226 .
- ^ Выметалкова В, Водичка П, Пардини Б, Роза Ф, Леви М, Шнайдерова М и др. (сентябрь 2016 г.). «Общеэпигеномный анализ метилирования ДНК выявляет эпигеномную подпись, специфичную для рака прямой кишки». Эпигеномика . 8 (9): 1193–1207. дои : 10.2217/epi-2016-0044 . ПМИД 27529132 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- человека BPIFB6 Расположение генома BPIFB6 и страница сведений о гене в браузере генома UCSC .