БПИФА4П
| БПИФА4П | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | BPIFA4P , BASE, складка BPI, содержащая член 4 семейства A, псевдоген | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Опустить : 607627 ; GeneCards : BPIFA4P ; OMA : BPIFA4P — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BPI-фолд, содержащий семейство A, член 4 (BPIFA4), представляет собой нечеловеческий белок, кодируемый геном Bpifa4 у млекопитающих, таких как обезьяны, кошки и коровы, но не встречается у грызунов и людей. [ 3 ] [ 4 ] Он также известен как латерин у лошадей, кодируется геном Lath/Bpifa4 , но несколько отличается от других видов. [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] Латерин/BPIFA4 — это секретируемый белок, обнаруженный в слюне и поте.
У людей функциональный белок не экспрессируется, поэтому BPIFB4P называют псевдогеном . [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] Однако нефункциональный белок все же появляется; он известен как белок BASE , секретируемый клеточными линиями рака молочной железы и тканью слюнных желез (см. раздел ниже). [ 10 ] [ 11 ]
Суперсемья
[ редактировать ]BPIFA3 является членом суперсемейства белков складки BPI , определяемого наличием складки белка, оказывающей бактерицидное/повышающее проницаемость (складки BPI), которая образована двумя схожими доменами в форме «бумеранга». [ 12 ] Это суперсемейство также известно как семейство BPI/LBP/PLUNC или семейство BPI / LPB / CETP . [ 13 ] Складка BPI создает аполярные связывающие карманы, которые могут взаимодействовать с гидрофобными и амфипатическими молекулами, такими как ацильные углеродные цепи липополисахарида, обнаруженные на грамотрицательных бактериях , но члены этого семейства могут выполнять множество других функций.
Гены суперсемейства BPI/LBP/PLUNC обнаружены у всех видов позвоночных, включая отдаленные гомологи у видов беспозвоночных, таких как насекомые, моллюски и круглые черви. [ 7 ] [ 14 ] В эту широкую группу входит семейство генов BPIF, члены которого кодируют структурный мотив складки BPI и обнаруживаются сгруппированными на одной хромосоме, например, хромосома 20 у человека, хромосома 2 у мыши, хромосома 3 у крысы, хромосома 17 у свиньи, хромосома 13. у коровы. Семейство генов BPIF разделено на две группы: BPIFA и BPIFB. У человека BIPFA состоит из 3 белков, кодирующих гены BPIFA1 , BPIFA2 , BPIFA3 , и 1 псевдогена BPIFA4P ; тогда как BPIFB состоит из 5 белков, кодирующих гены BPIFB1 , BPIFB2 , BPIFB3 , BPIFB4 , BPIFB6 и 2 псевдогенов BPIFB5P , BPIFB9P . То, что у людей выглядит как псевдогены, у других видов может выглядеть как полностью функциональные гены.
Функция
[ редактировать ]Хотя BPIFA4P идентифицирован как псевдоген у человека, [ 7 ] [ 9 ] последовательность РНК предполагаемого белка была обнаружена на умеренных уровнях в нескольких железах (включая слюнные и молочные железы), коже и раке молочной железы. [ 15 ] [ 11 ] Эта закономерность согласуется с экспрессией нормального BPIFA4/латерина, обнаруженного в слюне и поте других видов, таких как корова, [ 4 ] лошадь, [ 5 ] [ 6 ] и овцы. [ 16 ] Функция BPIFA4 у этих видов связана со свойствами членов семейства генов BPIFA выступать в качестве поверхностно-активного вещества и связываться с бактериальными липополисахаридами . Пот помогает животным остыть, а у животных со шкурами/мехом BPIFA4/Latherin значительно снижает поверхностное натяжение пота, действуя как смачивающий агент, облегчая испарительное охлаждение. Кроме того, предполагается, что присутствие поверхностно-активного белка в слюне жвачных животных (например, коровы, лошади, овцы) может способствовать пережевыванию больших количеств растительных веществ в их рационе. [ 6 ] BPIFA4 в слюне также может функционировать как первая линия защиты от бактерий, выполняя бактерицидные функции, аналогичные другим членам семейства BIPFA и BIPFB.
БАЗОВЫЙ белок
[ редактировать ]Экспрессия продукта псевдогена у людей вызвала нерешенные проблемы, связанные с BPIFA4 у людей. Эту необычную ситуацию резюмировали Бингл и его коллеги из Университета Шеффилда , которые проделали обширную работу над семейством BPI/LBP/PLUNC:
«Человеческий BPIFA4, по-видимому, является примером псевдогена (и его следует правильно идентифицировать как BPIFA4P ), который, возможно, лучше описать как «умирающий» ген, поскольку он, по-видимому, одновременно транскрибируется и транслируется, но больше не кодирует функциональный белковый продукт. ." [ 17 ]
Этот нефункциональный белок стал известен как белок BASE ( железы молочной и слюнных желез рак экспрессия ). [ 11 ] Используя метод скрининга для идентификации человеческих генов, кодирующих мембранные белки , исследователи из Национального института рака в 2003 году обнаружили ранее не охарактеризованный ген в клеточных линиях рака молочной железы. С помощью методов RT-PCR и Нозерн-блоттинга они обнаружили экспрессию BASE РНК в нескольких линиях клеток рака молочной железы, но не в нормальной ткани молочной железы. Отдельно экспрессия BASE-РНК была обнаружена в опухолях слюнных желез и нормальной ткани слюнных желез. [ 11 ] [ 18 ] Таким образом, аббревиатура была разработана, чтобы отразить эту закономерность. Впоследствии исследователи из EMBL подтвердили экспрессию BASE/BPIFA4P примерно в 50% реальных образцов опухолей молочной железы, которые они протестировали. [ 19 ] В частности, экспрессия BASE/BPIFA4P присутствовала в опухолях с высоким уровнем рецептора эстрогена ERα , но не в опухолях с низким уровнем ERα. Однако экспериментально было показано, что эстроген подавляет экспрессию гена BASE/BPIFA4P, тогда как транскрипционный фактор FOXA1 активирует экспрессию BASE/BPIFA4P. Неопределенное взаимодействие между ERα и FOXA1, вероятно, будет важным при заболеваниях, позитивных по рецепторам гормонов, и приобретенной антигормональной резистентности. [ 20 ] Хотя потенциальная функция белка BASE никогда не исследовалась, присутствие гена BASE/BPIFA4P, тем не менее, считалось потенциально полезным маркером для скрининга рака молочной железы.
Ген BASE , депонированный в базах данных США и Европы, в конечном итоге был признан членом семейства BPI/LBP/PLUNC и впоследствии переименован в BPIFA4P . [ 7 ] Далее было признано, что в отличие от других генов приматов для BPIFA4, в человеческом гене BASE/BPIFA4P отсутствует один нуклеотид в экзоне 6. Эта делеция вызывает мутацию сдвига рамки считывания , которая приводит к образованию «преждевременного» стоп-кодона . [ 17 ] Полученный человеческий белок BASE намного короче функциональных белков BPIFA4 и Latherin других видов. белка BASE составит 19,5 кДа . Первоначальный анализ предсказал, что размер [ 9 ] но вестерн-блоттинг показывает, что белок мигрирует при размере более 22 кДа. [ 21 ] В этом усеченном белке BASE человека отсутствуют ключевые структурные элементы функционального белка BPIFA4, а именно длинный α-спиральный сегмент, который создает складку BPI. Без этого BASE не может функционировать как любой другой член семейства BPI/LBP/PLUNC и поэтому считается бесполезным.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000183566 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «BPIFA4 BPI складка, содержащая семейство A, член 4 [Macaca mulatta (макака-резус)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 18 февраля 2023 г.
- ^ Перейти обратно: а б «BPIFA4 BPI складка, содержащая семейство A, член 4 [Bos taurus (крупный рогатый скот)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 18 февраля 2023 г.
- ^ Перейти обратно: а б «LATH latherin [Equus caballus (лошадь)] – Ген – NCBI » www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 18 февраля.
- ^ Перейти обратно: а б с Макдональд Р.Э., Флеминг Р.И., Били Дж.Г., Бовелл Д.Л., Лу Дж.Р., Чжао X и др. (май 2009 г.). «Латерин: поверхностно-активный белок лошадиного пота и слюны» . ПЛОС ОДИН 4 (5): e5 Бибкод : 2009PLoSO...4.5726M . дои : 10.1371/journal.pone.0005726 . ПМЦ 2684629 . ПМИД 19478940 .
- ^ Перейти обратно: а б с д и Компакт-диск Bingle, Сил Р.Л., Крэйвен СиДжей (август 2011 г.). «Систематическая номенклатура белков PLUNC/PSP/BSP30/SMGB как подсемейства суперсемейства, содержащего складки BPI» . Труды Биохимического общества . 39 (4): 977–983. дои : 10.1042/BST0390977 . ПМК 3196848 . ПМИД 21787333 .
- ^ «BPIFA4P BPI-фолд, содержащий член семейства A 4, псевдоген [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 18 февраля 2023 г.
- ^ Перейти обратно: а б с «Складка BPI Homo sapiens, содержащая член семейства A 4, псевдоген (BPIFA4P), некодирующая РНК» . 29 марта 2021 г. Проверено 18 февраля 2023 г.
Номер доступа_026760
- ^ "Q86YQ2 - LATH_HUMAN" . www.uniprot.org . Проверено 18 февраля 2023 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д Эгланд К.А., Винсент Дж.Дж., Штраусберг Р., Ли Б., Пастан I (февраль 2003 г.). «Открытие гена BASE рака молочной железы с использованием молекулярного подхода для обогащения генов, кодирующих мембранные и секретируемые белки» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (3): 1099–1104. Бибкод : 2003PNAS..100.1099E . дои : 10.1073/pnas.0337425100 . ПМК 298733 . ПМИД 12538848 .
- ^ Бимер Л.Дж., Кэрролл С.Ф., Айзенберг Д. (апрель 1998 г.). «Семейство белков BPI/LBP: структурный анализ консервативных областей» . Белковая наука . 7 (4): 906–914. дои : 10.1002/pro.5560070408 . ПМК 2143972 . ПМИД 9568897 .
- ^ «Семейство консервативных белковых доменов CDD: BPI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
- ^ Бимер Л.Дж., Фишер Д., Айзенберг Д. (июль 1998 г.). «Обнаружение дальних родственников ЛПС-связывающих и липидтранспортных белков млекопитающих» . Белковая наука . 7 (7): 1643–1646. дои : 10.1002/pro.5560070721 . ПМК 2144061 . ПМИД 9684900 .
- ^ «Ген: BPIFA4P — ENSG00000183566» . bgee.org . Пакет Bgee: интегрированный кураторский атлас экспрессии и сравнительная транскриптомика у животных . Проверено 17 февраля 2023 г.
- ^ «Ген: LOC101116500 — ENSOARG00000006525 — Ovis aries (Овца)» . bgee.org . Пакет Bgee: интегрированный кураторский атлас экспрессии и сравнительная транскриптомика у животных . Проверено 17 февраля 2023 г.
- ^ Перейти обратно: а б Bingle CD, Bingle L, Craven CJ (август 2011 г.). «Дальние родственники: разнообразие генома и последовательностей в семействе белков, содержащих складку BPI (BPIF) / PLUNC». Труды Биохимического общества . 39 (4): 961–965. дои : 10.1042/BST0390961 . ПМИД 21787330 .
- ^ Варгас П.А., Спейт П.М., Бингл CD, Барретт А.В., Бингл Л. (октябрь 2008 г.). «Экспрессия членов семейства PLUNC в доброкачественных и злокачественных опухолях слюнных желез» . Заболевания полости рта . 14 (7): 613–619. дои : 10.1111/j.1601-0825.2007.01429.x . ПМЦ 2853704 . ПМИД 18221458 .
- ^ Бретшнайдер Н., Брэнд Х., Миллер Н., Лоури А.Дж., Керин М.Дж., Ганнон Ф., Денгер С. (январь 2008 г.). «Эстроген вызывает подавление экспрессии генов рака молочной железы и слюнных желез альфа-зависимым образом» рецептора эстрогена . Исследования рака . 68 (1): 106–114. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-07-5647 . ПМИД 18172302 .
- ^ Бернардо ГМ, Кери Р.А. (апрель 2012 г.). «FOXA1: фактор транскрипции с параллельными функциями в развитии и раке» . Отчеты по биологическим наукам . 32 (2): 113–130. дои : 10.1042/BSR20110046 . ПМК 7025859 . ПМИД 22115363 .
- ^ «БАЗА (Q-15): sc-85291» (PDF) . www.scbt.com . Santa Cruz Biotechnology, Inc. Архивировано из оригинала (PDF) 20 марта 2023 года . Проверено 20 марта 2023 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- человека Местоположение генома BPIFA4P и BPIFA4P страница сведений о гене в браузере генома UCSC .