BPIFB9P

BPIFB9P
Идентификаторы
Псевдонимы	BPIFB9P , C20ORF115, DJ1187J4.2, DJ1187J4.3, складка BPI, содержащий член семьи B 9, псевдоген
Внешние идентификаторы	GeneCards : BPIFB9P ; Собственные : BPIFB9P - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 20 (human)
End	33,354,444 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	right hemisphere of cerebellum; ; right frontal lobe; ; Brodmann area 9; ; anterior cingulate cortex; ; muscle of thigh; ; gastrocnemius muscle; ; nucleus accumbens; ; putamen; ; hypothalamus; ; apex of heart;
	n/a
	More reference expression data
	n/a
hideОртологи
	402016
	n/a
	ENSG00000125997
	n/a
	не ; а
	n/a
	n/a
	n/a
	n/a
	n/a
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека

Вомеромодулин является нечеловеческим белком, также известным как складки BPI, содержащий семейство B, член 9 (BPIFB9) у крысы, кодируемой BPIFB9/RYF3 геном , ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} и в качестве сгиба BPI, содержащей семейство B, член 9A (BPIFB9A), кодируемый геном BPIFB9A в мыши. ^{[ 5 ]} Этот белок был охарактеризован у млекопитающих, таких как грызуны , плотоядные животные , копытные носки , насекомые , летучие мыши , лагоморфы и строги ^{[ 6 ]} но, по -видимому, отсутствует у приматов и других позвоночных, таких как птицы, рептилии и амфибии. Его функция связана с обнаружением химических молекул феромонов химических одоранов .

У людей белок не экспрессируется и присутствует только в виде псевдогенного BPIFB9P . ^{[ 7 ]} Псевдоген был назван на основе его функционального ортолога, обнаруженного у других видов. ^{[ 8 ]}

Суперсемейство

Вомеромодулин/BPIFB9/BPIFB9A является элементом суперсемейства белка сгиба BPI , определяемой присутствием бактерицидной/проницаемости белковой складки (BPI Fold), которая образуется двумя аналогичными доменами в форме «бумеранг». ^{[ 9 ]} Эта суперсемейство также известна как семейство BPI / LBP / DACLUNC или семейство BPI / LPB / CETP . ^{[ 10 ]} Склад BPI создает аполярные карманы связывания, которые могут взаимодействовать с гидрофобными и амфипатическими молекулами, такими как ацильные углеродные цепи липополисахарида, обнаруженные на грамотрицательных бактериях , но члены этого семейства могут иметь много других функций.

BPIFB9P-это псевдогеновый член человека. Семейство генов BPI-рамки, а транскрибированный белок у других видов является членом суперсемейства белка BPI/LBP/DAC

Гены для суперсемейства BPI/LBP/DACLER обнаружены во всех видах позвоночных, включая отдаленные гомологи у невзвешенных видов, таких как насекомые, моллюски и круглые черви. ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]} широкой группировки находится семейство генов BPIF, члены которых кодируют BPI структурный мотив В рамках этой сгиба в корову. Семейство генов BPIF разделено на две группировки, BPIFA (SPRUNC) и BPIFB (LPLUNC). У людей BIPFA состоит из 3 белка, кодирующих гены BPIFA1 , BPIFA2 , BPIFA3 и 1 псевдогена BPIFA4P ; В то время как BPIFB состоит из 5 белков, кодирующих гены BPIFB1 , BPIFB2 , BPIFB3 , BPIFB4 , BPIFB6 и 2 Pseudogenes BPIFB5P , BPIFB9P . То, что кажется псевдогенами у людей, может показаться как полностью функциональные гены у других видов.

PIFB9P , PSEDUOGEN у людей впервые был зарегистрирован в 2011 году в качестве члена семейства BPI/LBP/DACLUNC ^{[ 13 ]}^{[ 12 ]} Но клоны, содержащие PIFB9P, были обнаружены в 1999 году геномным скринингом Доброжелательного института Траста Сэнгера . ^{[ 14 ]}

Функция

У людей экспрессия псевдогена BPIFB9P в функциональный белок BPIFB9 неясна. Несмотря на то, что независимые ученые идентифицированы несколько раз как псевдоген, не способный кодировать белок, его последовательность генов может предсказать два транскрипта ( варианты сплайсинга ) ^{[ 15 ]} и транскрипты РНК, обнаруженные с помощью экранов РНК-seq, наблюдались в тканях головного мозга, полосатых мышцах , лейкоцитах ( гранулоциты , моноцитах ) и пищевода слизистой . ^{[ 16 ]} Тем не менее, окончательные доказательства белка BPIFB9 человека никогда не были получены и вряд ли произойдут.

Однако нечеловеческая версия этого белка хорошо известна. Вомеромодулин высоко экспрессируется в слизистой оболочке носа, особенно в структуре, известной как вомероназальный орган . ^{[ 17 ]} Во многих млекопитающих присутствует и хорошо развит во многих млекопитающих обрабатывать запахи феромонов в нервные сигналы в мозг, но химические и нервные компоненты вомероназальной системы были полностью инактивированы у большинства приматов, включая людей. ^{[ 18 ]}^{[ 19 ]} В этом контексте белки типа BPIFB9, как полагают, похожи на белки, связывающие одорант , которые представляют молекулы одоранта для химических молекул рецепторов одоранта. ^{[ 20 ]} Эти рецепторы одоранта, в свою очередь, связаны с эпителиальными клетками носа, интегрированными с обонятельными нейронами, которые проецируют обратно в области настольных областей мозга и гипоталамуса . Было установлено, что гены и белки для этих компонентов присутствуют и активны у многих видов млекопитающих, но у более высоких приматов гены обнаруживаются мутированы и кажутся нефункциональными псевдогенами, такими как BPIFB9P .

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000125997 - ENSEMBL , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ Уважаемый TN, Boehm T, Keverne EB, Rabbitts TH (октябрь 1991 г.). «Новые гены для потенциальных лиганд-связывающих белков в субрегионах обонятельной слизистой оболочки» . Embo Journal . 10 (10): 2813–9. doi : 10.1002/j.1460-2075.1991.tb07830.x . PMC 452990 . PMID 1915264 .
^ «МРНК R.Rattus RYF3 для потенциального лиганд-связывающего белка» . www.ncbi.nlm.nih.gov . 7 октября 1991 года . Получено 18 февраля 2023 года . Приложение X60659.1
^ «BPIFB9A BPI FOLT, содержащий семейство B, член 9A [Mus Musculus (House Mouse)] - ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 18 февраля 2023 года .
^ «Вомеромодулин - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . См.: «Результаты таксона»
^ «BPIFB9P BPI FOLT, содержащий член Family B 9, псевдоген [Homo Sapiens (Human)] - Gene - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
^ «Символ отчет для BPIFB9P» . www.genenames.org . Комитет по номенклатуру Хьюго.
^ Бимер Л.Дж., Кэрролл С.Ф., Эйзенберг Д. (апрель 1998 г.). «Семейство белков BPI/LBP: структурный анализ консервативных областей» . Белковая наука . 7 (4): 906–914. doi : 10.1002/pro.5560070408 . PMC 2143972 . PMID 9568897 .
^ «CDD Consected Protein Domain Family: BPI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
^ Бимер Л.Дж., Фишер Д., Эйзенберг Д. (июль 1998 г.). «Обнаружение отдаленных родственников LPS-связывающих и липидных белков LPS-связывания млекопитающих» . Белковая наука . 7 (7): 1643–1646. doi : 10.1002/pro.5560070721 . PMC 2144061 . PMID 9684900 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Bingle CD, Seal RL, Craven CJ (август 2011 г.). «Систематическая номенклатура для белков DACL/PSP/BSP30/SMGB в качестве подсемейства суперсемейства, содержащего сгибание BPI» . Биохимическое общество транзакций . 39 (4): 977–983. doi : 10.1042/bst0390977 . PMC 3196848 . PMID 21787333 .
^ Bingle CD, Bingle L, Craven CJ (август 2011 г.). «Отдаленные двоюродные братья: разнообразие геномного и последовательности в семействе белков, содержащих сгибание BPI (BPIF)/dack». Биохимическое общество транзакций . 39 (4): 961–965. doi : 10.1042/bst0390961 . PMID 21787330 .
^ «Homo Sapiens Chromosome 20 Clone RP5-1068H6, рабочая черновая последовательность, 41 неупорядоченные части» . 2 февраля 2000 года.
^ «Ген: BPIFB9P (ENSG00000125997) - варианты сплайсинга - Homo_sapiens - Ensembl Genome Browser 109» . useast.ensembl.org . Получено 14 февраля 2023 года .
^ «Ген: BPIFB9P - ENSG00000125997» . bgee.org . Набор BGEE: интегрированная атлас экспрессии и сравнительная транскриптомика у животных . Получено 14 февраля 2023 года .
^ Кришна Н.С., Гетчелл М.Л., Гетчелл ТВ (октябрь 1994 г.). «Экспрессия предполагаемого феромона и переносчика -транспортера одоранта мРНК и белка в слизистой оболочке носа в слизистой оболочке носа». Журнал исследований нейробиологии . 39 (3): 243–259. doi : 10.1002/jnr.490390303 . PMID 7869418 . S2CID 23113843 .
^ Swaney WT, Keverne EB (июнь 2009 г.). «Эволюция феромональной связи» (PDF) . Поведенческое исследование мозга . 200 (2): 239–247. doi : 10.1016/j.bbr.2008.09.039 . PMID 18977248 . S2CID 16529145 .
^ Trotier D (сентябрь 2011 г.). «Воомероназальный орган и человеческие феромоны» . Европейские летописи оториноларингологии, заболевания головы и шеи . 128 (4): 184–190. doi : 10.1016/j.anorl.2010.11.008 . PMID 21377439 . Elsevier Open Access
^ Рихани К., Фервер Дж. Ф., Бриан Л. (март 2021 г.). «40-летняя загадка белков-связывающих насекомых» . Биомолекулы . 11 (4): 509. doi : 10.3390/biom11040509 . PMC 8067015 . PMID 33808208 .

Внешние ссылки

Местоположение генома BPIFB9P и BPIFB9P страница генов в браузере генома UCSC .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000125997 - ENSEMBL , май 2017 г.

[2] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[Dear-1991-3] Уважаемый TN, Boehm T, Keverne EB, Rabbitts TH (октябрь 1991 г.). «Новые гены для потенциальных лиганд-связывающих белков в субрегионах обонятельной слизистой оболочки» . Embo Journal . 10 (10): 2813–9. doi : 10.1002/j.1460-2075.1991.tb07830.x . PMC 452990 . PMID 1915264 .

[4] «МРНК R.Rattus RYF3 для потенциального лиганд-связывающего белка» . www.ncbi.nlm.nih.gov . 7 октября 1991 года . Получено 18 февраля 2023 года . Приложение X60659.1

[5] «BPIFB9A BPI FOLT, содержащий семейство B, член 9A [Mus Musculus (House Mouse)] - ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 18 февраля 2023 года .

[6] «Вомеромодулин - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . См.: «Результаты таксона»

[7] «BPIFB9P BPI FOLT, содержащий член Family B 9, псевдоген [Homo Sapiens (Human)] - Gene - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .

[8] «Символ отчет для BPIFB9P» . www.genenames.org . Комитет по номенклатуру Хьюго.

[Beamer-1998-A-9] Бимер Л.Дж., Кэрролл С.Ф., Эйзенберг Д. (апрель 1998 г.). «Семейство белков BPI/LBP: структурный анализ консервативных областей» . Белковая наука . 7 (4): 906–914. doi : 10.1002/pro.5560070408 . PMC 2143972 . PMID 9568897 .

[10] «CDD Consected Protein Domain Family: BPI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .

[Beamer-1998-B-11] Бимер Л.Дж., Фишер Д., Эйзенберг Д. (июль 1998 г.). «Обнаружение отдаленных родственников LPS-связывающих и липидных белков LPS-связывания млекопитающих» . Белковая наука . 7 (7): 1643–1646. doi : 10.1002/pro.5560070721 . PMC 2144061 . PMID 9684900 .

[Bingle-2011-12] Jump up to: ^а ^{беременный} Bingle CD, Seal RL, Craven CJ (август 2011 г.). «Систематическая номенклатура для белков DACL/PSP/BSP30/SMGB в качестве подсемейства суперсемейства, содержащего сгибание BPI» . Биохимическое общество транзакций . 39 (4): 977–983. doi : 10.1042/bst0390977 . PMC 3196848 . PMID 21787333 .

[Bingle-2011-39:961-13] Bingle CD, Bingle L, Craven CJ (август 2011 г.). «Отдаленные двоюродные братья: разнообразие геномного и последовательности в семействе белков, содержащих сгибание BPI (BPIF)/dack». Биохимическое общество транзакций . 39 (4): 961–965. doi : 10.1042/bst0390961 . PMID 21787330 .

[14] «Homo Sapiens Chromosome 20 Clone RP5-1068H6, рабочая черновая последовательность, 41 неупорядоченные части» . 2 февраля 2000 года.

[15] «Ген: BPIFB9P (ENSG00000125997) - варианты сплайсинга - Homo_sapiens - Ensembl Genome Browser 109» . useast.ensembl.org . Получено 14 февраля 2023 года .

[16] «Ген: BPIFB9P - ENSG00000125997» . bgee.org . Набор BGEE: интегрированная атлас экспрессии и сравнительная транскриптомика у животных . Получено 14 февраля 2023 года .

[Krishna-1994-17] Кришна Н.С., Гетчелл М.Л., Гетчелл ТВ (октябрь 1994 г.). «Экспрессия предполагаемого феромона и переносчика -транспортера одоранта мРНК и белка в слизистой оболочке носа в слизистой оболочке носа». Журнал исследований нейробиологии . 39 (3): 243–259. doi : 10.1002/jnr.490390303 . PMID 7869418 . S2CID 23113843 .

[Swaney-2009-18] Swaney WT, Keverne EB (июнь 2009 г.). «Эволюция феромональной связи» (PDF) . Поведенческое исследование мозга . 200 (2): 239–247. doi : 10.1016/j.bbr.2008.09.039 . PMID 18977248 . S2CID 16529145 .

[Trotier-2011-19] Trotier D (сентябрь 2011 г.). «Воомероназальный орган и человеческие феромоны» . Европейские летописи оториноларингологии, заболевания головы и шеи . 128 (4): 184–190. doi : 10.1016/j.anorl.2010.11.008 . PMID 21377439 . Elsevier Open Access

[Rihani-2021-20] Рихани К., Фервер Дж. Ф., Бриан Л. (март 2021 г.). «40-летняя загадка белков-связывающих насекомых» . Биомолекулы . 11 (4): 509. doi : 10.3390/biom11040509 . PMC 8067015 . PMID 33808208 .

[1]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]