Субгеномная мРНК

Субгеномные мРНК представляют собой по существу меньшие участки исходной транскрибируемой цепи матрицы .

3'-5' ДНК или РНК

Во время транскрипции исходная цепь матрицы обычно читается от 3'- конца к 5'- концу от начала до конца. Субгеномные мРНК создаются, когда транскрипция начинается на 3'-конце цепи матрицы (или 5'-конце вновь синтезируемой матрицы) и начинает копировать по направлению к 5'-концу цепи матрицы, прежде чем «перепрыгнуть» к концу. матрицы и копирование последних нуклеотидов 5'-конца матрицы (завершение 3'-хвоста вновь созданной цепи).

В результате транслируемая цепь будет иметь в разной степени сходный с исходной матрицей 5'-конец (в зависимости от того, через какую часть матрицы перепрыгнула транскрипция) и аналогичный матрице 3'-конец. ^{[ 1 ]}

5'-3' (положительный смысл) вирусной РНК

Вирусная РНК с положительным смыслом (5'-3'), которую можно напрямую транслировать в нужные вирусные белки, подвергается процессу, аналогичному описанному в 3'-5'. Части вирусной РНК могут быть пропущены во время трансляции.

Результат

В результате из одной и той же цепи мРНК может быть создано множество разных белков со схожими 5'-концами (в разной степени) и одинаковыми 3'-концами. Или можно создать различные белки с помощью вирусной РНК с положительным смыслом.

5'-секция вновь созданной цепи соответствует секции шаблонной цепи, и эта часть шаблонной цепи называется «вложенным набором». ^{[ 2 ]}

3'                                                          5'
 GCCGCCCCGTATCGATCGTAGCGCACGTTATATATACGTTATTTCTGCGCGGAAAAAAAAA - Original template Strand
 
5'                                                          3'
 GCCGCCCCGTATCGATCGTAGCGCACGTTATATATAC---------------AAAAAAAAA      |
 GCCGCCCCGTATCGATCGTAGCGCAC--------------------------AAAAAAAAA      | = Subgenomic mRNA. 
 GCCGCCCCGTAT----------------------------------------AAAAAAAAA      |
 
 GCCGCCCCGTAT = Nested Set  - indicates jumps.

Примеры

Этот сложный метод транскрипции обычно ограничивается вирусами , особенно вирусами с одноцепочечной положительной РНК или вирусами класса IV, использующими Балтиморскую классификационную систему , например, вирусами порядка Nidovirales .

В основном он используется для уплотнения большего количества генетической информации в более короткое количество генетического материала. ^{[ 3 ]}

Литература

^ Ву Б, Уайт КА (декабрь 2007 г.). «Отключение репликации РНК-вируса от транскрипции с помощью полимеразы: функциональные и эволюционные идеи» . Журнал ЭМБО . 26 (24): 5120–30. дои : 10.1038/sj.emboj.7601931 . ПМК 2140117 . ПМИД 18034156 .
^ Ле, ТМ; Вонг, Х.Х.; Тай, ФП; Фанг, С; Кенг, Коннектикут; Тан, Ю.Дж.; Лю, DX (август 2007 г.). «Экспрессия, посттрансляционная модификация и биохимическая характеристика белков, кодируемых субгеномной мРНК8 коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома» . ФЕБС Дж . 274 (16): 4211–22. дои : 10.1111/j.1742-4658.2007.05947.x . ПМК 7164070 . ПМИД 17645546 .
^ Сюй В, Уайт КА (февраль 2008 г.). «Субгеномная транскрипция мРНК в ауреусвирусе: подавление транскрипции и эволюция регуляторных элементов РНК» . Вирусология . 371 (2): 430–8. дои : 10.1016/j.virol.2007.09.035 . ПМИД 17988704 .

[pmid18034156-1] Ву Б, Уайт КА (декабрь 2007 г.). «Отключение репликации РНК-вируса от транскрипции с помощью полимеразы: функциональные и эволюционные идеи» . Журнал ЭМБО . 26 (24): 5120–30. дои : 10.1038/sj.emboj.7601931 . ПМК 2140117 . ПМИД 18034156 .

[2] Ле, ТМ; Вонг, Х.Х.; Тай, ФП; Фанг, С; Кенг, Коннектикут; Тан, Ю.Дж.; Лю, DX (август 2007 г.). «Экспрессия, посттрансляционная модификация и биохимическая характеристика белков, кодируемых субгеномной мРНК8 коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома» . ФЕБС Дж . 274 (16): 4211–22. дои : 10.1111/j.1742-4658.2007.05947.x . ПМК 7164070 . ПМИД 17645546 .

[pmid17988704-3] Сюй В, Уайт КА (февраль 2008 г.). «Субгеномная транскрипция мРНК в ауреусвирусе: подавление транскрипции и эволюция регуляторных элементов РНК» . Вирусология . 371 (2): 430–8. дои : 10.1016/j.virol.2007.09.035 . ПМИД 17988704 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]