Ацил-коа тиоэстераза 9
| Acot9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | ACOT9 , ACATE2, MT-ACT48, MTACT48, CGI-16, ацил-коа-тиоэстераза 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Омим : 300862 ; MGI : 1928939 ; Гомологен : 8206 ; GeneCards : Acot9 ; OMA : ACOT9 - Ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викидид | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ацил-КоА тиоэстераза 9 является белком , который кодируется ACOT9 геном человека . Он является членом суперсемейства ацил-коа тиоэстеразы , которая представляет собой группу ферментов , которые гидролизируют коэнзим эфиры . Не существует известной функции, однако было показано, что она действует как длинноцепочечная тиоэстераза при низких концентрациях и тиоэстераза с короткой цепью при высоких концентрациях. [ 5 ]
Ген
[ редактировать ]
Локус
[ редактировать ]Ген ACOT9 расположен в P22.11 на хромосоме X. Расположенный на минусной нити хромосомы, старт составляет 23 721 777 п.н. , а конец - 23 761,407 п.н., что составляет 39 631 пар оснований . [ 6 ]
Псевдонимы
[ редактировать ]Ген ACOT9 известен главным образом для кодирования белка ацил-КоА тиоэстеразы 9. Другими, менее часто используемыми именами для гена являются ACATE2, [ 7 ] и MT-ACT48. [ 8 ]
Функция
[ редактировать ]Белок, кодируемый геном ACOT9, является частью семейства ацил-КоА -тиоэстераз , которые катализируют гидролиз различных коэнзимов A сложных эфиров различных молекул в свободную кислоту плюс COA. Эти ферменты также упоминались в литературе как гидролазы ацил-КоА, гидролазы ацил-КоА и гидролазы пальмитоил-КоА. Реакция, осуществляемая этими ферментами, заключается в следующем:
COA Ester + H 2 O → Free Acid + Coenzyme A
Эти ферменты используют те же субстраты в качестве длинноцепочечных ацил-КоА-синтетаз, но имеют уникальную цель в том, что они генерируют свободную кислоту и COA, в отличие от длинноцепочечных синтетаз ацил-КоА, которые лигируют жирные кислоты в COA, для получения продуцирования Коа -сложный эфир. [ 9 ] Роль семейства ферментов Acot- не совсем понятна; Тем не менее, было высказано предположение, что они играют решающую роль в регуляции внутриклеточных уровней эфиров COA, коэнзима A и свободных жирных кислот. Недавние исследования показали, что эфиры ацил-КоА имеют гораздо больше функций, чем просто источник энергии. Эти функции включают аллостерическую регуляцию ферментов, таких как ацетил-КоА-карбоксилаза , [ 10 ] гексокиназа IV, [ 11 ] и цитрат конденсирующий фермент. Ацил-COA с длинной цепью также регулируют открытие АТФ-чувствительных калиевых каналов и активацию кальциевых АТФаз , тем самым регулируя секрецию инсулина . [ 12 ] Ряд других клеточных событий также опосредованы через ацил -COA, например, передачу сигнала через протеинкиназу C , ингибирование апоптоза, вызванного ретиноевой кислотой , и участие в почгенстве и слиянии эндомембранной системы . [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] Ацил-коас также опосредует нацеливание белка на различные мембраны и регуляцию α-субъединиц G-белка , поскольку они являются субстратами для ацилирования белка. [ 16 ] В митохондриях эфиры ацил-КоА участвуют в ацилировании митохондриальных NAD+-зависимых дегидрогеназ ; Поскольку эти ферменты ответственны за катаболизм аминокислот , это ацилирование делает весь процесс неактивным. Этот механизм может обеспечить метаболическую перекрестную передачу и действовать для регулирования соотношения NADH /NAD+, чтобы поддерживать оптимальное митохондриальное бета -окисление жирных кислот. [ 17 ] Роль эфиров COA в липидном метаболизме и многочисленных других внутриклеточных процессах хорошо определена, и, таким образом, предполагается, что активименты играют роль в модуляции процессов, в которых участвуют эти метаболиты. [ 18 ]
Гомология/эволюция
[ редактировать ]
Ортологи
[ редактировать ]Есть много ортологов ACOT9, а домашняя мышь ( Mus Musculus ) является одним из самых похожих, где ген ACOT9 обнаруживается при 72,38 см на хромосоме X. [ 19 ] Диапазон ортологов распространяется на млекопитающих, птиц, амфибий, анаморфных грибов и других. [ Цитация необходима ]
| Номер последовательности | Род и виды | Общее название | Дата дивергенции (MYA) | Номер доступа | Длина последовательности | Идентичность последовательности | Сходство последовательности | Примечания |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Homo Sapiens | Человек | 0 | NP_001028755.2 | 439 | 100% | 100% | Человек |
| 2 | Homo Sapiens | Домашняя мышь | 91 | NP_062710.2 | 439 | 83% | 90% | Грызун |
| 3 | Pteropus alecto | Черная летающая лиса | 97.4 | XP_006911668.1 | 480 | 81% | 91% | Один |
| 4 | Галлус Галлус | Курица | 324.5 | NP_001012841.1 | 425 | 69% | 87% | Птица |
| 5 | Псевдоподоц низкий | Наземная сиська | 324.5 | XP_005516751.1 | 417 | 68% | 85% | Птица |
| 6 | Колумба Ливия | Рок -голубь | 324.5 | XP_005503782.1 | 402 | 67% | 86% | Птица |
| 7 | Геоспиза сильна | Средний земля | 324.5 | XP_005424946.1 | 417 | 67% | 85% | Птица |
| 8 | Pelodiscus sinensis | Китайская мягкая черепаха | 324.5 | XP_006112565.1 | 439 | 67% | 85% | Рептилия |
| 9 | Xenopus tropicalis | Западная когтяная лягушка | 361.2 | AAI61600.1 | 418 | 65% | 82% | Амфибия |
| 10 | Дания Ворс | Рыбок данио | 454.6 | AII59216.1 | 434 | 60% | 80% | Рыба |
| 11 | Ceatitis произошел | Средиземноморская фруктовая муха | 910 | JAB97119.1 | 433 | 32% | 58% | Насекомое |
| 12 | Гравий Lozoyensis 74030 | Анаморфный гриб | 1368 | EHL00310.1 | 350 | 24% | 47% | Гриб |
Паралоги
[ редактировать ]У мышей, которые являются одним из самых близких ортологов, ACOT10 является известным паралогом гена ACOT9. [ 20 ]
Выражение
[ редактировать ]
Экспрессия ACOT9 вездесущена в тканях у людей. Ткани со значением более 500 в крупномасштабном анализе транскриптома человека были глобусной паллиду и колоректальной аденокарциномы. [ 21 ] Профиль изобилия экспрессированной последовательности (или EST) также показывает вездесущую /почти вездесущую экспрессию в тканях человека. [ 22 ]
Факторы транскрипции
[ редактировать ]существует множество факторов транскрипции В последовательности промотора ACOT9 . Некоторые из заметных факторов - это факторы теплового шока и элементы распознавания транскрипции II B (TFIIB). [ Цитация необходима ]
| Транскрипционный фактор | Начинать | Конец | Нить | Последовательность |
|---|---|---|---|---|
| X Gene Core Promoter Element 1 | 683 | 693 | - | GGGCGGACACCG |
| DoubleSex и Mab-3, связанный с транскрипционным фактором 1 | 81 | 101 | + | tttttttgagacattgtctcc |
| Кэмп-чувствительный элемент, связывающий белок 1 | 491 | 511 | - | Agggcgtgacgtcgagaagag |
| Фактор транскрипции SP4 | 660 | 676 | - | ocggggcgtggc |
| Стимулирующий белок 1, повсеместный фактор транскрипции цинковых пальцев | 682 | 698 | - | tccgggggggggaccgc |
| Коэффициент теплового шока 1 | 24 | 48 | + | Cectinctaatactoccactccc |
| E2F Транскрипционный фактор 2 | 808 | 824 | + | CCATCGCGCGCACGGCA |
| Ядерный фактор активированных Т-клеток 5 | 380 | 398 | + | Tttggaagggcccccccccccccccccccccccccca |
| ZF5 POZ Domain цинковой пальцы, белок цинкового пальца 161 (предпочтение связывания вторичного ДНК) | 811 | 825 | + | TCGCGCGCACGGCAG |
| B-клеточный специфичный активирующий белок | 678 | 706 | - | cagcggtgtccggggggcgggacgcgggcg |
| Сайт привязки PAX-6 пары доменного домена | 54 | 72 | + | gtctcaagcatcagttttt |
| ZF5 POZ Domain цинковой пальцы, белок цинкового пальца 161 (предпочтение связывания вторичного ДНК) | 651 | 665 | - | GGCCGCGCTGTGCCG |
| Сайт привязки PAX-6 пары доменного домена | 758 | 776 | + | ttttatcgcctcagtttcc |
| Млекопитающее C-тип LTR Tata Box | 751 | 767 | - | GGCGATAAAACCCCCC |
| Ядерный фактор Y (коэффициент связывания Y-Box) | 624 | 638 | + | CCCGCCAATGAACGG |
| Элемент распознавания транскрипции II B (TFIIB) | 356 | 362 | + | CCGCGCC |
| Элемент распознавания транскрипции II B (TFIIB) | 440 | 446 | - | CCGCGCC |
| Элемент распознавания транскрипции II B (TFIIB) | 734 | 740 | - | CCGCGCC |
| Ядерный фактор Y (коэффициент связывания Y-Box) | 581 | 595 | - | CCACTCAATCAGTTG |
| CCAAT/Энхансер связывающий белок альфа | 529 | 543 | - | tcggttgagtaaacg |
Вторичная структура
[ редактировать ]В последовательности гена ACOT9 есть две области, которые помечены как области BFIT (индуцируемая индуцируемой жиром) и областями BACH (ацил -гидролаза ацила COA мозга). сгиба Эти регионы являются частью суперсемейства , который, как было установлено, используется в различных клеточных ролях. [ 23 ] существуют различные альфа-спирали , Прогнозы показывают, что на протяжении всей структуры [ 24 ] предполагая, что это трансмембранная белок .
Взаимодействия
[ редактировать ]Место митохондриального расщепления можно найти в аминокислоте 30 в последовательности ACOT9, а вероятность экспорта в митохондрии составляет 0,9374. [ 25 ] По оценкам, белок ацил-КоА тиоэстеразы 9 составляет 60,9% митохондриальных, 21,7% цитоплазматических , 8,7% ядерных, 4,3% в плазматической мембране и 4,3% в эндоплазматической ретикулуме . [ 26 ]
Было обнаружено, что белок ACOT9 взаимодействует со следующими белками либо экспериментально, либо через коэкспрессию: [ 27 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000123130 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а беременный в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000025287 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ Tillander V. Это сын митабоизма. А 71 (5): 933–48. doi : 10.1007/ s00018-013-1422-1 HDL : 10616/4 PMID 238664032 . S2CID 1876730 .
- ^ Кент В.Дж., Сугнет С.В., Фури Т.С., Рослин К.М., Прингл Т. Т., Захлер А.М., Хаусслер Д. (12 июня 2002 г.). «Человек, февраль 2009 г. (GRCH37/HG19) Сборка» . Браузер генома человека в UCSC . UCSC Genome Bioinformatics . Получено 12 марта 2014 года .
- ^ Gu J, Machugh DE, McGivney BA, Park SD, Katz LM, Hill EW (ноябрь 2010). «Ассоциация вариантов последовательности в CKM (креатинкиназа, мышцах) и генах COX4I2 (цитохрома С оксидаза, субъединица 4, изоформа 2) с гоночными характеристиками у коричневых лошадей» . Ветеринарный журнал лошадей. Добавка . 42 (38): 569–75. doi : 10.1111/j.2042-3306.2010.00181.x . PMID 21059062 .
- ^ Poupon V, Bègue B, Gagnon J, Dautry-Varsat A, Cerf-Bensussan N, Benmerah A (июль 1999). «Молекулярное клонирование и характеристика MT-ACT48, новой митохондриальной ацил-коа-тиоэстеразы» . Журнал биологической химии . 274 (27): 19188–94. doi : 10.1074/jbc.274.27.19188 . PMID 10383425 .
- ^ Mashek DG, Bornfeldt KE, Coleman RA, Berger J, Bernlohr DA, Black P, DiRusso CC, Farber SA, Guo W, Hashimoto N, Hashiyar V, Kuypers FA, Maltais LJ, Nebert DW, Renior A, Schaffer A , Watkins PA , Vasiou V, TT Mother (октябрь 2004 г.). "Пересмотренная номенлатура для млекопитающего язвенного синтеза семейства AYL-COA . Свобода липидов 45 (10): 1958–61. doi : jlr.e400002 10.1194 / PMID 15292367 .
- ^ Ogiwara H, Tanabe T, Nikawa J, Numa S (август 1978 г.). «Ингибирование ацетило-кофермента у крысы ацетил-коферментар-карбоксилазы пальмитоил-кофермотом A. Образование эквимолярного комплекса ингибитора фермента» ». Европейский журнал биохимии . 89 (1): 33–41. doi : 10.1111/j.1432-1033.1978.tb20893.x . PMID 29756 .
- ^ SRERE PA (декабрь 1965 г.). «Палмитил-коэнзимент А ингибирование цитратного кондиционирующего фермента». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - липиды и липидный метаболизм . 106 (3): 445–55. doi : 10.1016/0005-2760 (65) 90061-5 . PMID 5881327 .
- ^ Gribble FM, Proks P, Corkey BE, Ashcroft FM (октябрь 1998). «Механизм клонированной АТФ-чувствительной активации калиевого канала с помощью Oleoyl-CoA» . Журнал биологической химии . 273 (41): 26383–7. doi : 10.1074/jbc.273.41.26383 . PMID 9756869 .
- ^ Nishizuka Y (апрель 1995 г.). «Протеинкиназа C и липидная передача сигналов для устойчивых клеточных реакций» . FASEB Journal . 9 (7): 484–96. doi : 10.1096/fasebj.9.7.7737456 . PMID 7737456 . S2CID 31065063 .
- ^ Глик Б.С., Ротман Дж. (1987). «Возможная роль жирного ацил-кофермента А в внутриклеточном белковом транспорте». Природа . 326 (6110): 309–12. Bibcode : 1987natur.326..309G . doi : 10.1038/326309A0 . PMID 3821906 . S2CID 4306469 .
- ^ Ван Ю.Дж., Кай Й, Коуэн С., Маги Т.Р. (июнь 2000). «Жирный ацил-COA ингибирует индуцированный ретиноевой кислотой апоптоз в клетках HEP3B». Раковые письма . 154 (1): 19–27. doi : 10.1016/s0304-3835 (00) 00341-4 . PMID 10799735 .
- ^ Дункан Дж.А., Гилман А.Г. (июнь 1998 г.). «Цитоплазматическая ацилпротеинтиоэстераза, которая удаляет пальмитат из Al-Alpha-субъединиц G и P21 (RAS)» . Журнал биологической химии . 273 (25): 15830–7. doi : 10.1074/jbc.273.25.15830 . PMID 9624183 .
- ^ Berthiaume L, Deichaite I, Peseckis S, Resh MD (Mar 1994). «Регуляция ферментативной активности с помощью активного сайта жировой ацилирование. Новая роль для ацилирования жировых кислот длинных цепей белков» . Журнал биологической химии . 269 (9): 6498–505. doi : 10.1016/s0021-9258 (17) 37399-4 . PMID 8120000 .
- ^ Hunt MC, Алекссон SE (март 2002 г.). «Роль ацил-КоА тиоэстеразы играет в опосредовании внутриклеточного липидного метаболизма». Прогресс в исследованиях липидов . 41 (2): 99–130. doi : 10.1016/s0163-7827 (01) 00017-0 . PMID 11755680 .
- ^ "ACOT9 гена детали" . База данных мыши генома . Получено 2014-06-19 .
- ^ "Джин: Acot9" . Ансамбл релиз 75.
- ^ «Крупномасштабный анализ транскриптома человека (HG-U133A)» . Национальный центр информации о биотехнологии . Получено 10 мая 2014 года .
- ^ "EST Profile Hs.298885 - ACOT9: Acyl-CoA thioesterase 9" . Получено 10 мая 2014 года .
- ^ Dillon SC, Bateman A (август 2004 г.). «Hotdog Fold: завершение суперсемейства тиоэстераз и дегидратаз» . BMC Bioinformatics . 5 : 109. DOI : 10.1186/1471-2105-5-109 . PMC 516016 . PMID 15307895 .
- ^ «SDSC Biology Workbench 3.2 Пеле программа» . [ мертвая ссылка ]
- ^ Claros MG, Vincens P (ноябрь 1996 г.). «Вычислительный метод прогнозирования импортируемых митохондриальных белков и их целевых последовательностей» . Европейский журнал биохимии . 241 (3): 779–86. doi : 10.1111/j.1432-1033.1996.00779.x . PMID 8944766 .
- ^ «Инструмент прогнозирования Psortii» . [ Проверка необходима ]
- ^ Дженсен Л.Дж., Кун М., Старк М., Чаффрон С., Криви С., Мюллер Дж., Доеркс Т., Жюльен П., Рот А., Симонович М., Борк П., фон Меринг С (январь 2009). «Строка 8-глобальный взгляд на белки и их функциональные взаимодействия в 630 организмах» . Исследование нуклеиновых кислот . 37 (проблема базы данных): D412–6. doi : 10.1093/nar/gkn760 . PMC 2686466 . PMID 18940858 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- человека Местоположение генома ACOT9 и ACOT9 страница гена в браузере UCSC Genome .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Mulkearns EE, Cooper JA (апрель 2012 г.). «Домен FCH только-2 организует структуры, покрытые клатрином, и взаимодействует с инвалидом-2 для эндоцитоза липопротеина низкой плотности» . Молекулярная биология клетки . 23 (7): 1330–42. doi : 10.1091/mbc.e11-09-0812 . PMC 3315808 . PMID 22323290 .
- Hunt MC, Yamada J, Maltais LJ, Wright MW, Политар. Полем Журнал липидных исследований . 46 (9): 2029–3 10.1194 / jlrr PMID 16103133 .
- Alkhaja, Jans DC, Nikolov M, Vucotic M, Lytovchenko O, Ludewig F, Schliebs W, Edel D, Urlaub H, Jakobs S, Deckers M (январь 2012). «Monos1 - это консервативный компонент комплексов митофилина и необходимый для митахондриальной функции и организации Cristae» (PDF ) Молекулярная биология клетки 23 (2): 247–5 Doi : 10.1091/ mbc.e11-09-0 PMC 3258170 PMID 22114354
- Poupon V, Bègue B, Gagnon J, Dautry-Varsat A, Cerf-Bensussan N, Benmerah A (июль 1999). «Молекулярное клонирование и характеристика MT-ACT48, новой митохондриальной ацил-коа-тиоэстеразы» . Журнал биологической химии . 274 (27): 19188–94. doi : 10.1074/jbc.274.27.19188 . PMID 10383425 .
Эта статья включает в себя текст из Национальной медицины Соединенных Штатов , которая находится в общественном достоянии .