C17orf75
| C17orf75 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | C17ORF75 , NJMU-R1, SRI2, Хромосома 17 Рамка открытого считывания 75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI : 1917841 ; Гомологен : 11177 ; GeneCards : C17orf75 ; OMA : C17orf75 - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викидид | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Хромосома 17 открытая кадр считывания 75 - это белок , который у людей кодируется C17ORF75 геном . [ 5 ] C17ORF75 также известен как SRI2 (сенсибилизация к комплексной субъединице 2) и является геном, кодирующим белок человека, расположенный в 17Q11.2 на комплементарной цепи. [ 6 ] Белок этот ген кодирует также известен как NJMU-R1. [ 7 ] Ген C17ORF75 повсеместно экспрессируется на уровнях среднего уровня по всему телу и на немного более высоких уровнях в мозге и яичках. [ 8 ] Считается, что этот белок является частью комплекса, связанного с гольгин-опосредованным захватом пузырьков . [ 9 ]
Ген
[ редактировать ]Ген C17ORF75 охватывает позицию 32,328,441 до позиции 32 342 173 с длиной 13 733 нуклеотидов . Длина после удаления интрона составляет 4547 нуклеотидов, а кодирующая последовательность составляет 1191 нуклеотида в длину. C17orf75 имеет 10 экзонов. [ 10 ]
РНК
[ редактировать ]C17ORF75 имеет 4 изоформы транскрипта : C17ORF75 и 3 прогнозируемые изоформы, которые являются вариантом транскрипта C17ORF75 (4568 нуклеотидов в длине), вариант транскрипта C17ORF75 (4,449 нуклеотидов по длине) и вариант транскрипта C17orf75 (4,449 по длине) и C17orf75 Variant x3 (4,46 4 -in -длина).
Белок
[ редактировать ]Структура
[ редактировать ]
Первичная изоформа белка NJMU-R1 составляет 396 аминокислот длиной. Теоретическая изоэлектрическая точка для белка NJMU-R1 составляет около 5, а его прогнозируемая молекулярная масса составляет около 44 кДа. [ 13 ] Этот белок имеет лейциновую молнию , которая, как предсказывается, способствует спиральной катушке в сложенной структуре белка. [ 14 ] Предполагается, что вторичная структура белка преобладает спирали с некоторыми бета -листами . [ 15 ] 3 Потенциальные сайты дисульфидного моста через остатки цистеина предсказываются в белке. [ 16 ]
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]Белок NJMU-R1 имеет два экспериментально определенных сайта серинового фосфорилирования вблизи N-конца. [ 17 ] Прогнозируемые посттрансляционные модификации включают сульфатирование тирозина , [ 18 ] O-связанный гликозилирование , [ 19 ] и прикрепление якоря GPI . [ 20 ]
Локализация тканей
[ редактировать ]Изображения иммуногистохимии показывают умеренные уровни белка в тканях мозга мыши, но слой Purkinje в мозжечке демонстрирует отчетливо высокий уровень концентрации белка, особенно по сравнению с соседним гранулированным слоем. Существуют также высокие концентрации белка в окружном органах мозга мыши. [ 12 ]
Клеточная локализация
[ редактировать ]Внутри клетки изображения показали, что белок кластеризуется в цитозоле и рядом с аппаратом Гольджи . [ 21 ] Инструмент Psortii также предсказывает, что этот белок локализуется в цитозоле. [ 14 ]
Данные выражения
[ редактировать ]секвенирования РНК Данные показывают, что C17ORF75 высоко экспрессируется в яичках , мозге и на умеренно повышенных уровнях в почках и щитовидной железе . [ 8 ] Данные микрочипов показывают, что этот ген экспрессируется повсеместно в большинстве тканей, с умеренной до высокой экспрессией в мозге и яичках и экспрессией от умеренного до минимума во всех других тканях. [ 22 ]
Уровни экспрессии C17ORF75 считаются выше в колоректальном [ 23 ] и другие виды рака, [ 24 ] [ 25 ] предполагая, что C17ORF75 может быть протонкогеном или что есть еще один элемент регуляции гена, который вызывает эти повышенные уровни.
Гомология
[ редактировать ]Ген C17ORF75 имеет ортологи, так же отдаленно связанные, как амеба и слизи , которым около 1 092 000 000 лет. Это видно у большинства животных, которые расходились с тех пор, такие как насекомые , хотя, в частности, не у дрозофилы , морских позвоночных , морских беспозвоночных , 14 амфибий (только лягушки/жабы и caecilians), рептилии , птицы и млекопитающие .
Белковые взаимодействия
[ редактировать ]Результаты исследований показывают, что NJMU-R1, как предсказывается, станет частью тримера (с FAM91A1 [Семейство с сходством последовательностей 91 члена A1] и SRI1 ), как это вызвано с помощью иммунопреципитации , фракционирования и масс-спектрометрии . Эта тример была предложена для продвижения захвата везикул Гольджи, особенно везикул, связанных с аб -токсином, рицином, поскольку нокауты C17ORF75 приводят к более высокой восприимчивости клеток к рицину. [ 26 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000108666 - ENSEMBL , май 2017 г.
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000057181 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ "Entrez Gene: Chromosome 17 открытая кадр считывания 75" . Получено 2022-07-28 .
- ^ «C17orf75 Хромосома 17 открытая кадр считывания 75 [Homo sapiens (Human)] - ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2022-07-30 .
- ^ "C17ORF75 Ген - GeneCards | NJMU белок | NJMU Антитело" . www.genecards.org . Получено 2022-07-30 .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный «C17orf75 Хромосома 17 открытая кадр считывания 75 [Homo sapiens (Human)] - экспрессия гена - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2022-07-30 .
- ^ Наварро Негредо, Палома; Эдгар, Джеймс Р.; Манна, Пол Т.; Антробус, Робин; Робинсон, Маргарет С. (2018-02-09). «Комплекс WDR11 облегчает привязку везикул, полученных из AP-1» . Природная связь . 9 (1): 596. Bibcode : 2018natco ... 9..596n . doi : 10.1038/s41467-018-02919-4 . ISSN 2041-1723 . PMC 5807400 . PMID 29426865 .
- ^ «C17orf75 Хромосома 17 открытая кадр считывания 75 [Homo sapiens (человек)] - геномные области - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2022-07-30 .
- ^ ; Рен –273 .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный «Экспрессия тканей мозга C17ORF75 - резюме - атлас белка человека» . www.proteinatlas.org . Получено 2022-07-30 .
- ^ «Белок njmu -r1 [homo sapiens] - белок - ncbi» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2022-07-30 .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный "ПСРИТИИ ТОНАЛЬНЫЙ" . Получено 24 июля 2022 года . [ Постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «Сервер I-Tasser для прогнозирования структуры и функций белка» . zhanggroup.org . Получено 2022-07-30 .
- ^ Ferre, F.; Clote, P. (2006-07-01). «Dianna 1.1: расширение веб -сервера Dianna для тройной классификации цистеина» . Исследование нуклеиновых кислот . 34 (веб -сервер): W182 - W185. doi : 10.1093/nar/gkl189 . ISSN 0305-1048 . PMC 1538812 . PMID 16844987 .
- ^ "C17orf75 (человек)" . www.phosphosite.org . Получено 2022-07-30 .
- ^ «Экспейс - сульфинатор» . web.expasy.org . Получено 2022-07-30 .
- ^ "NetoGlyc - 4.0 Tool" . DTU Health Tech . Получено 2022-07-30 .
- ^ «Сервер прогнозирования GPI» . mendel.imp.ac.at . Получено 2022-07-30 .
- ^ «Субклеточный - C17ORF75 - атлас белка человека» . www.proteinatlas.org . Получено 2022-07-30 .
- ^ «GDS596 крупномасштабный анализ человеческого транскриптома» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2022-07-30 .
- ^ «GDS4382 Опухоли колоректального рака» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2022-07-30 .
- ^ Чакраборти, Сандзюкта; Харе, Сонал; Дорайрадж, Сирил Кумар; Прабхакаран, Венкатеш С.; Пракаш, Д. Рави; Кумар, Арун (сентябрь 2007 г.). «Идентификация генов, связанных с онкогенезом ретинобластомы с помощью анализа микрочипов» . Геномика . 90 (3): 344–353. doi : 10.1016/j.ygeno.2007.05.002 . ISSN 0888-7543 . PMID 17604597 .
- ^ Чакраборти, Сандзюкта; Нагашри, Миннесота; Мохиюддин, С.М. Азем; Гопинатх, KS; Кумар, Арун (18 февраля 2011 г.). «Профилирование экспрессии генов плоскоклеточного карциномы полости рта путем дифференциального отображения ОТ-ПЦР и идентификации биомаркеров опухоли» . Индийский журнал хирургической онкологии . 1 (4): 284–293. doi : 10.1007/s13193-011-0054-x . ISSN 0975-7651 . PMC 3244262 . PMID 22693380 .
- ^ Наварро Негредо, Палома; Эдгар, Джеймс Р.; Манна, Пол Т.; Антробус, Робин; Робинсон, Маргарет С. (2018-02-09). «Комплекс WDR11 облегчает привязку везикул, полученных из AP-1» . Природная связь . 9 (1): 596. Bibcode : 2018natco ... 9..596n . doi : 10.1038/s41467-018-02919-4 . ISSN 2041-1723 . PMC 5807400 . PMID 29426865 .