✖


Jump to content

Виртуальный кариотип

Виртуальный кариотип — это цифровая информация, отражающая кариотип , полученная в результате анализа коротких последовательностей ДНК из определенных локусов по всему геному, которые выделяются и подсчитываются. [1] Он обнаруживает изменения числа копий генома с более высоким разрешением, чем обычное кариотипирование или сравнительная геномная гибридизация на основе хромосом (CGH). [2] Основными методами создания виртуальных кариотипов являются сравнительная геномная гибридизация и массивы SNP .

Фон

[ редактировать ]

Кариотип (рис . 1) — это характерный хромосомный набор эукариот видов . [3] [4] Кариотип обычно представляет собой изображение хромосом одной клетки, расположенных от самой большой (хромосома 1) к самой маленькой (хромосома 22), причем половые хромосомы (X и Y) показаны последними. Исторически кариотипы получали путем окрашивания клеток после того, как они были химически задержаны во время клеточного деления. Кариотипы использовались в течение нескольких десятилетий для выявления хромосомных аномалий как в зародышевых, так и в раковых клетках. Обычные кариотипы могут оценить весь геном на предмет изменений в структуре и количестве хромосом, но разрешение относительно грубое, с пределом обнаружения 5–10 МБ. [ нужна ссылка ]

Рис. 1. Кариотип человека мужского пола с использованием по Гимзе. окраски

Метод

[ редактировать ]

платформы для создания кариотипов высокого разрешения in silico Недавно появились из разрушенной ДНК, такие как сравнительная геномная гибридизация массивов (arrayCGH) и массивы SNP . Концептуально массивы состоят из сотен и миллионов зондов, которые дополняют интересующую область генома. Разрушенная ДНК из тестируемого образца фрагментируется, метится и гибридизуется с массивом. Интенсивности сигналов гибридизации для каждого зонда используются специализированным программным обеспечением для генерации отношения log2 тестового/нормального для каждого зонда в массиве. [ нужна ссылка ]

Зная адрес каждого зонда в массиве и адрес каждого зонда в геноме, программное обеспечение выстраивает зонды в хромосомном порядке и реконструирует геном in silico (рис. 2 и 3).

Виртуальные кариотипы имеют значительно более высокое разрешение, чем традиционные цитогенетические методы. Фактическое разрешение будет зависеть от плотности датчиков на матрице. В настоящее время Affymetrix SNP6.0 представляет собой коммерчески доступный массив самой высокой плотности для приложений виртуального кариотипирования. Он содержит 1,8 миллиона полиморфных и неполиморфных маркеров с практическим разрешением 10–20 КБ — примерно размером гена. Это примерно в 1000 раз большее разрешение, чем у кариотипов, полученных с помощью традиционной цитогенетики. [ нужна ссылка ]

Виртуальные кариотипы могут быть выполнены на образцах зародышевой линии при конституциональных нарушениях. [5] [6] а клинические испытания доступны в десятках лабораторий, сертифицированных CLIA ( genetests.org ). Виртуальное кариотипирование также можно проводить на свежих или фиксированных формалином опухолях, залитых парафином. [7] [8] [9] Лаборатории, сертифицированные CLIA, предлагающие тестирование опухолей, включают Creighton Medical Laboratories (свежие образцы опухолей и образцы, залитые в парафин) и CombiMatrix Molecular Diagnostics (свежие образцы опухолей).

Рис. 2. Виртуальный кариотип образца хронического лимфоцитарного лейкоза с использованием массива SNP.
Рис. 3. График лог2-отношения виртуального кариотипа образца хронического лимфоцитарного лейкоза с использованием массива SNP. Желтый = количество копий 2 (нормальный/диплоидный), голубой = 1 (делеция), розовый = 3 (трисомия).

Различные платформы для виртуального кариотипирования

[ редактировать ]

Кариотипирование на основе массивов можно проводить с помощью нескольких различных платформ, как лабораторных, так и коммерческих. Сами массивы могут быть общегеномными (зонды распределены по всему геному) или таргетными (зонды для геномных областей, о которых известно, что они участвуют в конкретном заболевании) или комбинацией того и другого. Кроме того, в матрицах, используемых для кариотипирования, могут использоваться неполиморфные зонды, полиморфные зонды (т.е. содержащие SNP) или их комбинация. Неполиморфные зонды могут предоставить только информацию о количестве копий, тогда как массивы SNP могут предоставить как количество копий, так и статус потери гетерозиготности (LOH) в одном анализе. Типы зондов, используемые для неполиморфных массивов, включают кДНК, клоны BAC (например, BlueGnome ) и олигонуклеотиды (например, Agilent , Санта-Клара, Калифорния, США или Нимблеген , Мэдисон, Висконсин, США). Коммерчески доступные массивы SNP олигонуклеотидов могут быть твердофазными ( Affymetrix , Санта-Клара, Калифорния, США) или на основе шариков ( Illumina , Сан-Диего, Калифорния, США). Несмотря на разнообразие платформ, в конечном итоге все они используют геномную ДНК из разрушенных клеток для воссоздания кариотипа с высоким разрешением. в силиконе . Конечный продукт еще не имеет четкого названия и называется виртуальным кариотипированием. [8] [10] цифровое кариотипирование, [11] молекулярное аллелокариотипирование, [12] и молекулярное кариотипирование. [13] Другие термины, используемые для описания массивов, используемых для кариотипирования, включают SOMA (микрочипы SNP-олигонуклеотидов). [14] и CMA (хромосомный микрочип). [15] [16] Некоторые считают, что все платформы являются разновидностью сравнительной геномной гибридизации массивов (arrayCGH), в то время как другие резервируют этот термин для методов с двумя красителями, а третьи разделяют массивы SNP, поскольку они генерируют больше и другую информацию, чем методы arrayCGH с двумя красителями. [ нужна ссылка ]

Приложения

[ редактировать ]

Обнаружение изменений количества копий

[ редактировать ]

Изменения количества копий можно увидеть как в образцах зародышевой линии, так и в образцах опухолей. Изменения количества копий могут быть обнаружены с помощью массивов с неполиморфными зондами, таких как arrayCGH, и массивов на основе SNP. Люди диплоидны, поэтому нормальное число копий неполовых хромосом всегда равно двум. [ нужна ссылка ]

Делеции: Делеция — это потеря генетического материала. Делеция может быть гетерозиготной (число копий 1) или гомозиготной (число копий 0, нуллисомия). Синдромы микроделеций являются примерами конституциональных нарушений, возникающих из-за небольших делеций в зародышевой ДНК. Делеции в опухолевых клетках могут представлять собой инактивацию гена-супрессора опухоли и иметь диагностическое, прогностическое или терапевтическое значение.
Прибыль: Увеличение количества копий представляет собой прирост генетического материала. Если получается всего лишь одна дополнительная копия сегмента ДНК, это можно назвать дупликацией (рис. 4). Если есть одна дополнительная копия всей хромосомы, это можно назвать трисомией . Увеличение числа копий в образцах зародышевой линии может быть связано с заболеванием или может быть доброкачественным вариантом числа копий . Когда они наблюдаются в опухолевых клетках, они могут иметь диагностическое, прогностическое или терапевтическое значение.
Рис. 4. Схема участка хромосомы до и после события дупликации.
Амплификации. Технически амплификация — это тип увеличения количества копий, при котором число копий>10. В контексте биологии рака амплификации часто наблюдаются в онкогенах . Это может указывать на худший прогноз, помогать классифицировать опухоль или указывать на необходимость применения препарата. Примером пригодности препарата является амплификация Her2Neu и Герцептин , а также представлено изображение амплификации Her2Neu, обнаруженное с помощью виртуального кариотипирования массива SNP (рис. 5).
Рис. 5. Амплификация Her2 с помощью виртуального кариотипа массива SNP.

Потеря гетерозиготности (LOH), автозиготных сегментов и однородительской дисомии.

[ редактировать ]

Аутозиготные сегменты и однородительская дисомия (UPD) представляют собой диплоидные / «копически нейтральные» генетические данные и, следовательно, могут быть обнаружены только с помощью массивов на основе SNP. Как автозиготные сегменты, так и UPD будут демонстрировать потерю гетерозиготности (LOH) с числом копий, равным двум, согласно кариотипированию с использованием массива SNP. Термин «Профили гомозиготности» (ROH) является общим термином, который можно использовать как для автозиготных сегментов, так и для UPD. [ нужна ссылка ]

Аутозиготный сегмент: Аутозиготный сегмент является двуродительским и наблюдается только в зародышевой линии. Они представляют собой расширенные серии гомозиготных маркеров в геноме и возникают, когда идентичный блок гаплотипа унаследован от обоих родителей. Их также называют сегментами « идентичными по происхождению » (IBD), и их можно использовать для картирования гомозиготности. [17] [18]
Однородительская дисомия: UPD возникает, когда обе копии гена или геномной области унаследованы от одного и того же родителя. Это однородительский сегмент, в отличие от автозиготных сегментов, которые являются двуродительскими. Когда они присутствуют в зародышевой линии, они могут быть безвредными или ассоциироваться с заболеваниями, такими как Прадера-Вилли или синдромы Ангельмана . Также в отличие от аутозиготности UPD может развиваться в опухолевых клетках, и в литературе это называется приобретенным UPD или копийно-нейтральным LOH (рис. 6).
Рис. 6. Копирование нейтральной LOH/однородительской дисомии.
Приобретенная UPD довольно часто встречается как в гематологических, так и в солидных опухолях и, как сообщается, составляет от 20 до 80% LOH, наблюдаемых в опухолях человека. [19] [20] [21] [22] Приобретенный UPD может служить вторым хитом в гипотезе опухолевого генеза Кнудсона с двумя ударами и, таким образом, может быть биологическим эквивалентом делеции. [23] Поскольку этот тип поражения не может быть обнаружен с помощью arrayCGH, FISH или традиционной цитогенетики, для виртуального кариотипирования опухолей предпочтительны массивы на основе SNP.
Рис. 7. Виртуальный кариотип колоректальной карциномы (просмотр всего генома), демонстрирующий делеции, приросты, амплификации и приобретенные UPD (копийно-нейтральные LOH).

На рисунке 7 представлен виртуальный кариотип массива SNP колоректальной карциномы, демонстрирующий делеции, приросты, амплификации и приобретенный UPD (копировально-нейтральный LOH).

Примеры клинического применения рака

[ редактировать ]

Виртуальный кариотип может быть создан практически из любой опухоли, но клиническое значение выявленных геномных аберраций различно для каждого типа опухоли. Клиническая полезность варьируется, и целесообразность лучше всего определяет онколог или патологоанатом после консультации с заведующим лабораторией, выполняющей виртуальный кариотип. Ниже приведены примеры типов рака, для которых клинические последствия конкретных геномных аберраций хорошо известны. Этот список является репрезентативным, а не исчерпывающим. На веб-сайте лаборатории цитогенетики Лаборатории гигиены штата Висконсин приведены дополнительные примеры клинически значимых генетических изменений, которые легко обнаружить с помощью виртуального кариотипирования. [1]

Нейробластома

[ редактировать ]

На основе серии из 493 образцов нейробластомы было сообщено, что общий геномный паттерн, проверенный с помощью кариотипирования на основе массивов, является предиктором исхода нейробластомы: [24]

  • Опухоли, демонстрирующие исключительно изменения числа копий всей хромосомы, были связаны с отличной выживаемостью.
  • Опухоли с любыми изменениями числа копий сегментарных хромосом были связаны с высоким риском рецидива.
  • В опухолях, демонстрирующих сегментарные изменения, дополнительными независимыми предикторами снижения общей выживаемости были амплификация MYCN, делеции 1p и 11q и прирост 1q.

В более ранних публикациях нейробластомы были разделены на три основных подтипа на основе цитогенетического профиля: [25]

  • Подтип 1: благоприятная нейробластома с почти триплоидией и преобладанием численных приростов и потерь, в основном представляющая неметастатические стадии 1, 2 и 4S НБ.
  • Подтипы 2A и 2B: встречаются при неблагоприятной распространенной нейробластоме, стадии 3 и 4, с потерей 11q и усилением 17q без амплификации MYCN (подтип 2A) или с амплификацией MYCN, часто вместе с делецией 1p и усилением 17q (подтип 2B).

Опухоль Вильмса

[ редактировать ]

Опухоспецифическая потеря гетерозиготности (LOH) для хромосом 1p и 16q идентифицирует подгруппу пациентов с опухолью Вильмса , у которых значительно повышен риск рецидива и смерти. LOH для этих хромосомных областей теперь можно использовать в качестве независимого прогностического фактора вместе со стадией заболевания, чтобы нацелить интенсивность лечения на риск неудачи лечения. [26] [27]

Почечно-клеточный рак

[ редактировать ]

Эпителиальные новообразования почек имеют характерные цитогенетические отклонения, которые могут помочь в классификации. [28] См. также Атлас генетики и цитогенетики в онкологии и гематологии .

  • Светлоклеточная карцинома: потеря 3p
  • Папиллярная карцинома: трисомия 7 и 17.
  • Хромофобная карцинома: гиподиплоидная с потерей хромосом 1, 2, 6, 10, 13, 17, 21.

Кариотипирование на основе массивов можно использовать для выявления характерных хромосомных аберраций в опухолях почек со сложной морфологией. [8] [10] Кариотипирование на основе массивов хорошо работает при опухолях, залитых парафином. [29] и пригоден для рутинного клинического использования.

Кроме того, недавняя литература указывает на то, что определенные хромосомные аберрации связаны с исходом определенных подтипов эпителиальных опухолей почки. [30]
Светлоклеточный рак почки: del 9p и del 14q являются плохими прогностическими показателями. [31] [32]
Папиллярный почечно-клеточный рак: дупликация 1q указывает на фатальное прогрессирование. [33]

Хронический лимфоцитарный лейкоз

[ редактировать ]
Схематическая кариограмма человека с аннотированными полосами и подполосами , используемыми в Международной системе цитогеномной номенклатуры человека для определения мест генетических аномалий. На нем показаны 22 гомологичные пары аутосомных хромосом, как женская (XX), так и мужская (XY) версии двух половых хромосом , а также митохондриальный геном (внизу слева).
Дополнительная информация: Кариотип.

Кариотипирование на основе массивов является экономически эффективной альтернативой FISH для выявления хромосомных аномалий при хроническом лимфоцитарном лейкозе (ХЛЛ). Несколько клинических проверочных исследований показали соответствие >95% стандартной панели FISH для ХЛЛ. [12] [34] [35] [36] [37] Кроме того, многие исследования с использованием кариотипирования на основе массивов выявили «атипичные делеции», пропущенные стандартными зондами FISH, и приобретенную однородительскую дисомию в ключевых локусах для прогностического риска при ХЛЛ. [38] [39]

В клетках ХЛЛ выявлены четыре основных генетических отклонения, которые оказывают существенное влияние на поведение при заболевании. [40]

  1. Делеции части короткого плеча хромосомы 17 (del 17p), нацеленной на р53, особенно вредны. Пациенты с этой аномалией имеют значительно более короткий интервал, прежде чем им потребуется терапия, и более короткую выживаемость. Эта аномалия обнаруживается у 5–10% пациентов с ХЛЛ.
  2. Делеции длинного плеча хромосомы 11 (del 11q) также неблагоприятны, хотя и не в такой степени, как при del 17p. Аномалия нацелена на ген ATM и встречается нечасто при ХЛЛ (5–10%).
  3. Трисомия 12, дополнительная хромосома 12, является относительно частой находкой, встречающейся у 20–25% пациентов и определяющей промежуточный прогноз.
  4. Делеция 13q14 (del 13q14) является наиболее распространенной аномалией при ХЛЛ: примерно у 50% пациентов клетки содержат этот дефект. Когда del 13q14 наблюдается изолированно, пациенты имеют лучший прогноз, и большинство из них проживут многие годы, даже десятилетия, без необходимости лечения.

Множественная миелома

[ редактировать ]

Авет-Луазо и др. в журнале Journal of Clinical Oncology использовали кариотипирование с использованием массива SNP 192 образцов множественной миеломы (ММ) для выявления генетических поражений, связанных с прогнозом, которые затем были подтверждены в отдельной когорте (n = 273). [41] При ММ отсутствие пролиферативного клона делает традиционную цитогенетику информативной лишь в ~30% случаев. Панели FISH полезны при ММ, но стандартные панели не позволяют обнаружить несколько ключевых генетических аномалий, о которых сообщалось в этом исследовании. [ нужна ссылка ]

  1. Виртуальное кариотипирование выявило хромосомные аномалии в 98% случаев ММ.
  2. del(12p13.31) является независимым неблагоприятным маркером.
  3. amp(5q31.1) является благоприятным маркером
  4. Прогностическое влияние amp(5q31.1) превосходит влияние гипердиплоидии, а также выявляет пациентов, которым терапия высокими дозами приносит большую пользу.

Кариотипирование на основе массивов не может обнаружить сбалансированные транслокации, такие как t(4;14), наблюдаемые примерно в 15% случаев ММ. Следовательно, FISH для этой транслокации также следует выполнять при использовании массивов SNP для обнаружения изменений количества копий по всему геному, имеющих прогностическое значение при ММ. [ нужна ссылка ]

Медуллобластома

[ редактировать ]

на основе массивов, Кариотипирование 260 медуллобластом проведенное Pfister S и соавт. в результате были выделены следующие клинические подгруппы на основе цитогенетических профилей: [42]

  • Прогноз плохой: увеличение 6q или усиление MYC или MYCN.
  • Промежуточный уровень: усиление 17q или i(17q) без усиления 6q или усиление MYC или MYCN.
  • Отличный прогноз: баланс 6q и 17q или делеция 6q.

Олигодендроглиома

[ редактировать ]

Совместная делеция 1p/19q считается «генетической подписью» олигодендроглиомы . Утрата аллелей 1p и 19q, по отдельности или в сочетании, чаще встречается в классических олигодендроглиомах, чем в астроцитомах или олигоастроцитомах. [43] В одном исследовании классические олигодендроглиомы показали потерю 1p в 35 из 42 (83%) случаев, потерю 19q в 28 из 39 (72%), и они сочетались в 27 из 39 (69%) случаев; не было значительной разницы в потере статуса гетерозиготности 1p/19q между олигодендроглиомами низкой степени злокачественности и анапластическими олигодендроглиомами. [43] Совместная делеция 1p/19q коррелирует как с химиочувствительностью, так и с улучшением прогноза при олигодендроглиомах. [44] [45] Большинство крупных онкологических центров регулярно проверяют наличие делеции 1p/19q в отчете о патологии олигодендроглиомы. Статус локусов 1p/19q можно определить с помощью FISH или виртуального кариотипирования. Преимущество виртуального кариотипирования заключается в том, что за один анализ можно оценить весь геном, а также локусы 1p/19q. Это позволяет оценить другие ключевые локусы в глиальных опухолях, такие как статус количества копий EGFR и TP53. [ нужна ссылка ]

В то время как прогностическая значимость делеций 1p и 19q хорошо известна для анапластических олигодендроглиом и смешанных олигоастроцитом, прогностическая значимость делеций для глиом низкой степени злокачественности более противоречива. Что касается глиом низкой степени злокачественности, недавнее исследование также предполагает, что совместная делеция 1p/19q может быть связана с транслокацией (1;19)(q10;p10), которая, как и комбинированная делеция 1p/19q, связана с превосходным общая выживаемость и выживаемость без прогрессирования у пациентов с глиомой низкой степени злокачественности. [46] В олигодендроглиомах лишь в редких случаях обнаруживаются мутации гена р53, в отличие от других глиом. [47] Амплификация рецептора эпидермального фактора роста и полная коделяция 1p/19q являются взаимоисключающими и предсказывают совершенно разные исходы, при этом амплификация EGFR предсказывает плохой прогноз. [48]

Глиобластома

[ редактировать ]

Инь и др. [49] изучили 55 глиобластомы клеточных линий и 6 линий GBM с использованием кариотипирования с использованием массива SNP. Приобретенный УПД был идентифицирован на уровне 17р в 13 из 61 случаев. Значительно сокращенное время выживания было обнаружено у пациентов с делецией 13q14 (RB) или делецией 17p13.1 (p53)/приобретенным UPD. В совокупности эти результаты позволяют предположить, что этот метод является быстрым, надежным и недорогим методом выявления общегеномных аномалий при ГБМ. Поскольку кариотипирование с использованием массива SNP можно выполнять на опухолях, залитых парафином, это является привлекательным вариантом, когда опухолевые клетки не растут в культуре для метафазной цитогенетики или когда желание кариотипирования возникает после фиксации образца формалином. [ нужна ссылка ]

Важность обнаружения приобретенного UPD (копически нейтрального LOH) при глиобластоме: [ нужна ссылка ]

  • Среди пациентов с аномалией 17p ~50% были делециями и ~50% были аУПД.
  • И 17p del, и 17p UPD были связаны с худшим исходом.
  • У 9 из 13 были гомозиготные мутации TP53, лежащие в основе UPD 17p.

Кроме того, в случаях неопределенной степени морфологии геномное профилирование может помочь в диагностике.

  • Сопутствующий прирост 7 баллов и потеря 10 баллов по существу патогномоничны для ГБМ. [50]
  • Амплификация EGFR, потеря PTEN (на 10q) и потеря p16 (на 9p) встречаются почти исключительно при глиобластоме и могут помочь отличить анапластическую астроцитому от глиобластомы. [51]

Острый лимфобластный лейкоз

[ редактировать ]

Цитогенетика , изучение характерных больших изменений в хромосомах раковых клеток , все чаще признается важным предиктором исхода острого лимфобластного лейкоза (ОЛЛ). [52]
NB: Сбалансированные транслокации не могут быть обнаружены с помощью кариотипирования на основе массива (см. Ограничения ниже).

Некоторые цитогенетические подтипы имеют худший прогноз, чем другие. К ним относятся:

  • Транслокация между хромосомами 9 и 22, известная как Филадельфийская хромосома , встречается примерно у 20% взрослых и у 5% детей с ОЛЛ.
  • Транслокация между хромосомами 4 и 11 встречается примерно в 4% случаев и чаще всего встречается у детей младше 12 месяцев.
  • Не все транслокации хромосом имеют худший прогноз. Некоторые транслокации относительно благоприятны. Например, гипердиплоидия (>50 хромосом) является хорошим прогностическим фактором.
  • Полногеномную оценку изменений количества копий можно выполнить с помощью традиционной цитогенетики или виртуального кариотипирования. Виртуальное кариотипирование массива SNP может обнаруживать изменения количества копий и статус LOH, тогда как arrayCGH может обнаруживать только изменения количества копий. Копировально-нейтральная LOH (приобретенная однородительская дисомия) была обнаружена в ключевых локусах при ОЛЛ, таких как ген CDKN2A в положении 9p, которые имеют прогностическое значение. [53] [54] [55] Виртуальное кариотипирование с использованием массива SNP позволяет легко обнаружить нейтральный к копированию LOH. Массив CGH, FISH и традиционные цитогенетические методы не могут обнаружить копировально-нейтральный LOH.
Цитогенетические изменения Категория риска
Филадельфийская хромосома Плохой прогноз
т(4;11)(д21;д23) Плохой прогноз
t(8;14)(q24.1;q32) Плохой прогноз
Сложный кариотип (более четырех аномалий) Плохой прогноз
Низкая гиподиплоидия или близкая к триплоидии Плохой прогноз
Высокая гипердиплоидия Хороший прогноз
дель(9р) Хороший прогноз

Корреляция прогноза с цитогенетическими данными костного мозга при остром лимфобластном лейкозе

Прогноз Цитогенетические данные
Благоприятный Гипердиплоидия > 50; т (12;21)
Средний Гипердиолоидия 47-50; Нормальный (диплоидия); дель (6q); Перестановки 8q24
Неблагоприятный Гиподиплоидия-близкая к гаплоидии; Близкая к тетраплоидии; дель (17р); т (9;22); т (11q23)

Считается, что неклассифицированный ОЛЛ имеет промежуточный прогноз. [56]

Миелодиспластический синдром

[ редактировать ]

Миелодиспластический синдром (МДС) обладает значительной клинической, морфологической и генетической гетерогенностью. Цитогенетика играет решающую роль в основанной на классификации Международной прогностической системе оценки (IPSS) МДС Всемирной организации здравоохранения. [57] [58]

  • Хороший прогноз: нормальный кариотип, изолированный del(5q), изолированный del(20q), -Y.
  • Плохой прогноз: сложные аномалии (т.е. >=3 аномалий), −7 или del(7q).
  • Промежуточный прогноз: все другие аномалии, включая трисомию 8 и del(11q).

При сравнении метафазной цитогенетики, панели FISH и кариотипирования с использованием массива SNP при МДС было обнаружено, что каждый метод обеспечивает одинаковую диагностическую эффективность. Ни один метод не выявил всех дефектов, а уровень обнаружения увеличился примерно на 5% при использовании всех трех методов. [59]

Приобретенный UPD, который не выявляется с помощью FISH или цитогенетики, был зарегистрирован в нескольких ключевых локусах при МДС с использованием кариотипирования с использованием массива SNP, включая делецию 7/7q. [60] [61]

Миелопролиферативные новообразования/миелопролиферативные заболевания

[ редактировать ]

Негативные по филадельфийской хромосоме миелопролиферативные новообразования (МПН), включая истинную полицитемию, эссенциальную тромбоцитемию и первичный миелофиброз, демонстрируют присущую им тенденцию к трансформации в лейкемию (МПН-бластная фаза), которая сопровождается приобретением дополнительных геномных поражений.При исследовании 159 случаев [62] Анализ SNP-массива позволил выявить практически все цитогенетические аномалии и выявить дополнительные поражения с потенциально важными клиническими последствиями. [ нужна ссылка ]

  • Число геномных изменений в бластной фазе было более чем в 2–3 раза больше, чем в хронической фазе заболевания.
  • Делеция 17p (TP53) была в значительной степени связана с предшествующим воздействием гидроксимочевины, а также со сложным кариотипом в образцах с MPN-бластным кризисом. И делеция, и копия-нейтральный LOH 17p были связаны со сложным кариотипом, плохим прогностическим маркером при миелоидных злокачественных новообразованиях. Копировально-нейтральный LOH (приобретенный UPD) легко выявляется с помощью кариотипа массива SNP, но не с помощью цитогенетики, FISH или массива CGH.
  • Пациенты в бластной фазе с потерей хромосомного материала на 7q показали плохую выживаемость. Известно, что потеря 7q является прогностическим фактором быстрого прогрессирования и плохого ответа на терапию ОМЛ. Пациенты с фазой MPN-бласта с цитогенетически неопределяемой копией 7q нейтрального LOH имели сопоставимые показатели выживаемости с пациентами с 7/7q в лейкозных клетках.
  • Нейтральная копия 9p с гомозиготной мутацией JAK2 также была связана с худшим исходом при MPN-бластном кризе по сравнению с пациентами с гетерозиготным JAK2V617F или JAK2 дикого типа. В отличие от LOH на 17p, прогностическое влияние 9pCNN-LOH не зависело от установленных факторов риска, таких как 7/7q, 5q или сложный кариотип.

Колоректальный рак

[ редактировать ]

Идентификация биомаркеров колоректального рака особенно важна для пациентов со II стадией заболевания, у которых менее 20% случаев имеют рецидив опухоли. 18q LOH является признанным биомаркером, связанным с высоким риском рецидива опухоли при раке толстой кишки II стадии. [63] На рисунке 7 показан кариотип колоректальной карциномы с массивом SNP (полный геном).

Колоректальный рак классифицируют на специфические фенотипы опухолей на основе молекулярных профилей. [63] которые могут быть интегрированы с результатами других вспомогательных тестов, таких как тестирование нестабильности микросателлитов, IHC и статус мутации KRAS:

  • Хромосомная нестабильность (CIN), которая имеет аллельный дисбаланс в ряде хромосомных локусов, включая 5q, 8p, 17p и 18q (рис. 7).
  • Микросателлитная нестабильность (MSI), которая имеет тенденцию иметь диплоидный кариотип.

Злокачественные рабдоидные опухоли

[ редактировать ]

Злокачественные рабдоидные опухоли — редкие, высокоагрессивные новообразования, чаще всего встречающиеся у младенцев и детей раннего возраста. Из-за их гетерогенных гистологических особенностей диагностика часто может быть затруднена и может произойти неправильная классификация. В этих опухолях ген INI1 (SMARCB1) на хромосоме 22q действует как классический ген-супрессор опухоли. Инактивация INI1 может происходить посредством делеции, мутации или приобретенного UPD. [64]

В недавнем исследовании [64] Кариотипирование с помощью массива SNP выявило делеции или LOH 22q в 49/51 рабдоидных опухолях. Из них 14 были копийно-нейтральными LOH (или приобретенными UPD), что можно обнаружить с помощью кариотипирования с использованием массива SNP, но не с помощью FISH, цитогенетики или arrayCGH. MLPA обнаружила гомозиготную делецию одного экзона в одном образце, разрешение которой было ниже разрешения массива SNP. [ нужна ссылка ]

Кариотипирование с использованием массива SNP можно использовать, чтобы отличить, например, медуллобластому с изохромосомой 17q от первичной рабдоидной опухоли с утратой 22q11.2. При наличии показаний можно затем использовать молекулярный анализ INI1 с использованием MLPA и прямое секвенирование. После обнаружения связанных с опухолью изменений можно провести анализ зародышевой ДНК пациента и родителей, чтобы исключить наследственную или de novo мутацию зародышевой линии или делецию INI1, чтобы можно было провести соответствующую оценку риска рецидива. [64]

Увеальная меланома

[ редактировать ]

Наиболее важным генетическим изменением, связанным с плохим прогнозом при увеальной меланоме, является потеря полной копии хромосомы 3 ( моносомия 3), которая тесно коррелирует с распространением метастазов. [65] Прирост хромосом 6 и 8 часто используется для уточнения прогностической ценности скрининга моносомии 3: прирост 6p указывает на лучший прогноз, а прирост 8q указывает на худший прогноз при опухолях с дисомией 3. [66] В редких случаях опухоли с моносомией 3 могут дублировать оставшуюся копию хромосомы, возвращаясь в дисомное состояние, называемое изодисомией . [67] Изодосомия 3 прогностически эквивалентна моносомии 3, и обе могут быть обнаружены с помощью тестов на потерю гетерозиготности хромосомы 3 . [68]

Ограничения

[ редактировать ]

В отличие от кариотипов, полученных с помощью традиционной цитогенетики, виртуальные кариотипы реконструируются с помощью компьютерных программ с использованием сигналов, полученных из разрушенной ДНК. По сути, компьютерная программа будет корректировать транслокации, выстраивая сигналы в хромосомном порядке. Следовательно, виртуальные кариотипы не могут обнаружить сбалансированные транслокации и инверсии . Они также могут обнаруживать генетические аберрации только в тех участках генома, которые представлены зондами на массиве. Кроме того, виртуальные кариотипы генерируют относительное число копий, нормализованное по отношению к диплоидному геному, поэтому тетраплоидные геномы будут конденсироваться в диплоидное пространство, если не будет выполнена перенормировка. Для перенормировки требуется вспомогательный клеточный анализ, например FISH, если используется arrayCGH. Для кариотипов, полученных из массивов на основе SNP, о тетраплоидии часто можно судить по сохранению гетерозиготности в области очевидной потери числа копий. [22] Мозаицизм низкого уровня или небольшие субклоны могут быть не обнаружены виртуальными кариотипами, поскольку присутствие нормальных клеток в образце ослабляет сигнал от аномального клона. Точная точка отказа с точки зрения минимального процента неопластических клеток будет зависеть от конкретной платформы и используемых алгоритмов. Многие программы для анализа числа копий, используемые для создания кариотипов на основе массивов, не работают, если в образце содержится менее 25–30% опухолевых/аномальных клеток. Однако в онкологических приложениях это ограничение можно свести к минимуму с помощью стратегий обогащения опухолей и программного обеспечения, оптимизированного для использования с онкологическими образцами. Алгоритмы анализа быстро развиваются, и некоторые из них даже предназначены для работы при «обычном заражении клонами». [69] поэтому ожидается, что это ограничение будет продолжать исчезать.

См. также

[ редактировать ]
  • DECIPHER , база данных хромосомного дисбаланса и фенотипа у людей с использованием ресурсов Ensembl

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Цифровое кариотипирование - Ван и др., 10.1073/pnas.202610899 - Труды Национальной академии наук.
  2. ^ Шинави М., Чунг С.В. (2008). «Массив CGH и его клиническое применение». Обнаружение наркотиков сегодня . 13 (17–18): 760–70. дои : 10.1016/j.drudis.2008.06.007 . ПМИД   18617013 .
  3. ^ Белый MJD 1973. Хромосомы . 6-е изд., Chapman & Hall, Лондон. стр. 28
  4. ^ Стеббинс Г.Л. 1950. Изменчивость и эволюция растений . Глава XII: Кариотип. Издательство Колумбийского университета, Нью-Йорк
  5. ^ Шаффер Л.Г., Беджани Б. (2006). «Медицинское применение массива CGH и трансформация клинической цитогенетики». Цитогенет. Геном Рез . 115 (3–4): 303–9. дои : 10.1159/000095928 . ПМИД   17124414 . S2CID   31045279 .
  6. ^ Эдельманн Л., Хиршхорн К. (январь 2009 г.). «Клиническая полезность массива CGH для выявления хромосомного дисбаланса, связанного с умственной отсталостью и множественными врожденными аномалиями». Анналы Нью-Йоркской академии наук . 1151 (1): 157–66. Бибкод : 2009NYASA1151..157E . дои : 10.1111/j.1749-6632.2008.03610.x . ПМИД   19154522 . S2CID   27612065 .
  7. ^ Датт А., Берухим Р. (январь 2007 г.). «Анализ массива однонуклеотидного полиморфизма рака». Современное мнение в онкологии . 19 (1): 43–9. дои : 10.1097/CCO.0b013e328011a8c1 . ПМИД   17133111 . S2CID   25677498 .
  8. ^ Jump up to: а б с Хагенкорд Дж.М.; Парвани А.В.; Лайонс-Вейлер, Массачусетс; Альварес К; Амато Р; Гаталика З; Гонсалес-Берхон Х.М.; Петерсон Л; Дхир Р; Монсон Ф.А. (ноябрь 2008 г.). «Виртуальное кариотипирование с помощью микрочипов SNP снижает неопределенность в диагностике эпителиальных опухолей почки» . Диагностика Патол . 3 (1): 44. дои : 10.1186/1746-1596-3-44 . ПМЦ   2588560 . ПМИД   18990225 .
  9. ^ Боде А.Л., Бельмонт Дж. (2008). «Диагностика ДНК на основе массивов: да начнется революция». Анну Рев Мед . 59 (1): 113–29. дои : 10.1146/annurev.med.59.012907.101800 . ПМИД   17961075 .
  10. ^ Jump up to: а б Монсон ФА; Хагенкорд Дж.М.; Лайонс-Вейлер, Массачусетс; Балани Дж. П.; Парвани А.В.; Скиулли CM; Ли Дж; Чандран УР; Бастацкий С.И.; Дхир Р. (май 2008 г.). «Полногеномные массивы SNP как потенциальный диагностический инструмент для обнаружения характерных хромосомных аберраций в эпителиальных опухолях почки» . Мод Патол . 21 (5): 599–608. дои : 10.1038/modpathol.2008.20 . ПМИД   18246049 .
  11. ^ Лири Р.Дж.; Лин Дж.К.; Камминс Дж; Бока С; Вуд Л.Д.; Парсонс Д.В.; Джонс С; Сьёблом Т; Парк Б.Х.; Парсонс Р.; Уиллис Дж; Доусон Д; Уилсон Дж.К.; Никольская Т; Никольский Ю; Копелович Л; Пападопулос Н; Пеннаккио, Лос-Анджелес; Ван Т.Л.; Марковиц С.Д.; Пармиджани Дж; Кинцлер К.В.; Фогельштейн Б; Велкулеску В.Е. (2008). «Комплексный анализ гомозиготных делеций, фокальных амплификаций и изменений последовательностей при раке молочной железы и колоректальном раке» . Proc Natl Acad Sci США . 105 (42): 16224–9. Бибкод : 2008PNAS..10516224L . дои : 10.1073/pnas.0808041105 . ПМК   2571022 . ПМИД   18852474 .
  12. ^ Jump up to: а б Леманн С; Огава С; Рейно С.Д.; Документ М; Няня Ю; Тиккьони М; Ублюдок С; Кавамата Н; Кеффлер HP (март 2008 г.). «Молекулярное аллелокариотипирование ранней стадии нелеченного хронического лимфоцитарного лейкоза» . Рак 112 (6): 1296–305. дои : 10.1002/cncr.23270 . ПМИД   18246537 .
  13. ^ Избегайте JR; Фиглер Х; Лев Н; Шухай К; Шуманс Дж; Чикконе Р; Спелеман Ф; Раух А; Клейтон-Смит Дж; Ван Равенсваай С; Санлавиль Д; Патсалис ПК; Ферт Х; Бойфренд К; Зуффарди О (ноябрь 2007 г.). «Руководство по молекулярному кариотипированию в конституциональной генетической диагностике» . Eur J Hum Genet . 15 (11): 1105–14. дои : 10.1038/sj.ejhg.5201896 . ПМИД   17637806 .
  14. ^ Кулхарья А.С., Фланнери Д.Б., Норрис К., Ловелл С., Леви Б., Велагалети Дж. (сентябрь 2008 г.). «Точное картирование точек останова у двух неродственных пациентов с редкими перекрывающимися интерстициальными делециями 9q с легкими дисморфическими особенностями». Американский журнал медицинской генетики . 146А (17): 2234–41. дои : 10.1002/ajmg.a.32397 . ПМИД   18666229 . S2CID   25455126 .
  15. ^ Новаковска Б; Станкевич П; Оберштын Э; Оу З; Ли Дж; Шино переменного тока; Смык М; Борг К; Мазурчак Т; Ченг СВ; Боциан Э (сентябрь 2008 г.). «Применение метафазного HR-CGH и целевого хромосомного микроматричного анализа для характеристики генома 116 пациентов с умственной отсталостью и дисморфическими особенностями». Американский журнал медицинской генетики . 146А (18): 2361–9. дои : 10.1002/ajmg.a.32475 . ПМИД   18698622 . S2CID   30882747 .
  16. ^ Пробст Ф.Дж.; Редер Э.Р.; Энсизо В.Б.; Оу З; Купер МЛ; Энг П; Ли Дж; Парень; Страттон РФ; Чино переменного тока; Шоу, Калифорния; Саттон VR; Ченг СВ; Нельсон Д.Л. (июнь 2007 г.). «Хромосомный микроматричный анализ (CMA) обнаруживает крупную делецию Х-хромосомы, включая FMR1, FMR2 и IDS, у пациентки с умственной отсталостью». Американский журнал медицинской генетики . 143А (12): 1358–65. дои : 10.1002/ajmg.a.31781 . ПМИД   17506108 . S2CID   22090841 .
  17. ^ Хильдебрандт, Ф; и др. (январь 2009 г.). «Систематический подход к картированию генов рецессивных заболеваний у людей из беспородных популяций» . ПЛОС Генет . 5 (1): e1000353. дои : 10.1371/journal.pgen.1000353 . ПМЦ   2621355 . ПМИД   19165332 .
  18. ^ Маккуиллан Р; Лейтенеггер А.Л.; Абдель-Рахман Р; Франклин CS; Перичич М; Барак-Лаук Л; Смолей-Наранчич Н; Яничиевич Б; Поласек О; Теннесси А; Маклауд АК; Фаррингтон С.М.; Рудан П; Хейворд С; Витарт В; Рудан I; Дикий Ш; Данлоп МГ; Райт А.Ф.; Кэмпбелл Х; Уилсон Дж. Ф. (2008). «Серии гомозиготности в европейских популяциях» . Ам Джей Хум Генет 83 (3): 359–72. дои : 10.1016/j.ajhg.2008.08.007 . ПМК   2556426 . ПМИД   18760389 .
  19. ^ Гондек Л.П., Тиу Р., О'Киф К.Л., Секерес М.А., Тейл К.С., Мациевски Дж. (февраль 2008 г.). «Хромосомные поражения и однородительская дисомия, обнаруженные с помощью массивов SNP при МДС, МДС/МПЛ и ОМЛ, вызванном МДС» . Кровь . 111 (3): 1534–42. дои : 10.1182/blood-2007-05-092304 . ПМК   2214746 . ПМИД   17954704 .
  20. ^ Бероухим Р; Лин М; Парк Ю; Хао К; Чжао X; Гарравэй, Лос-Анджелес; Фокс Э.А.; Хохберг Е.П.; Меллинггоф И.К.; Хофер, доктор медицинских наук; Десказо А; Рубин М.А.; Мейерсон М; Вонг WH; Продавцы WR; Ли С (май 2006 г.). «Вывод об утрате гетерозиготности непарных опухолей с использованием массивов SNP олигонуклеотидов высокой плотности» . ПЛОС Компьютер. Биол . 2 (5): е41. Бибкод : 2006PLSCB...2...41B . дои : 10.1371/journal.pcbi.0020041 . ПМЦ   1458964 . ПМИД   16699594 .
  21. ^ Исикава С; Комура Д; Цудзи С; Нисимура К; Ямамото С; Панда Б; Хуан Дж; Фукаяма М; Джонс К.В.; Абуратани Х (август 2005 г.). «Аллельный дозировочный анализ с использованием микрочипов генотипирования». Биохимия Биофиз Рес Коммьюнити . 333 (4): 1309–14. дои : 10.1016/j.bbrc.2005.06.040 . ПМИД   15982637 .
  22. ^ Jump up to: а б Ло К.С., Бейли Д., Буркхардт Т., Гардина П., Турпас Ю., Коуэлл Дж. (март 2008 г.). «Комплексный анализ событий потери гетерозиготности при глиобластоме с использованием массивов картирования SNP 100 тыс. и сравнение с аномалиями числа копий, определенными с помощью сравнительной геномной гибридизации массива BAC». Гены Хромосомы Рак . 47 (3): 221–37. дои : 10.1002/gcc.20524 . ПМИД   18050302 . S2CID   19480318 .
  23. ^ Мао X, Янг Б.Д., Лу Ю (июнь 2007 г.). «Применение микрочипов однонуклеотидного полиморфизма в исследованиях рака» . Карр Геномика . 8 (4): 219–28. дои : 10.2174/138920207781386924 . ПМЦ   2430687 . ПМИД   18645599 .
  24. ^ Жануэ-Лерози I, Шлейермахер Г, Михельс Э и др. (март 2009 г.). «Общая геномная структура является предиктором исхода нейробластомы» . Дж. Клин. Онкол . 27 (7): 1026–33. дои : 10.1200/JCO.2008.16.0630 . ПМИД   19171713 .
  25. ^ Михельс Э., Вандесомпель Дж., Хобек Дж., Ментен Б., Де Претер К., Лорейс Г., Ван Рой Н., Спелеман Ф. (2006). «Полногеномное измерение изменений количества копий ДНК при нейробластоме: рассечение ампликонов и картирование потерь, приростов и точек останова». Цитогенет. Геном Рез . 115 (3–4): 273–282. дои : 10.1159/000095924 . ПМИД   17124410 . S2CID   14012430 .
  26. ^ Мессахель Б; Уильямс Р.; Ридольфи А; А'херн Р; Уоррен В; Тинворт Л; Хобсон Р; Аль-Саади Р; Уайман Дж; Брандлер М.А.; Келси А; Себире Н; Джонс С; Вуянич Г; Причард-Джонс К.; Группа детского рака и лейкемии (CCLG) (март 2009 г.). «Группа детского рака и лейкемии (CCLG). Потеря аллеля в 16q определяет худший прогноз опухоли Вильмса независимо от подхода к лечению в клинических исследованиях UKW1-3: исследование группы детского рака и лейкемии (CCLG)». Eur J Рак . 45 (5): 819–26. дои : 10.1016/j.ejca.2009.01.005 . ПМИД   19231157 .
  27. ^ Гранди ПЭ; Бреслоу, Северная Каролина ; Ли С; Перлман Э; Беквит Дж.Б.; Ричи МЛ; ЖК Шамбергер; Хаазе ГМ; Д'Анжио Дж.Дж.; Дональдсон М; Коппс М.Дж.; Малоголовкин М; Ширер П; Томас PR; Маклис Р; Томлинсон Дж; Хафф В.; Зеленый ДМ; Национальная группа по изучению опухоли Вильмса (октябрь 2005 г.). «Национальная группа по изучению опухоли Вильмса. Потеря гетерозиготности по хромосомам 1p и 16q является неблагоприятным прогностическим фактором при опухоли Вильмса с благоприятной гистологией: отчет Национальной группы по изучению опухоли Вильмса» . Дж. Клин Онкол . 23 (29): 7312–21. дои : 10.1200/JCO.2005.01.2799 . ПМИД   16129848 .
  28. ^ ван ден Берг, Э; Стеркель, С (2003). «Почка: Светлоклеточный почечноклеточный рак» . Атлас Генет Цитогенет Онкол Гематол . 7 (3): 424–431 . Проверено 14 декабря 2010 г.
  29. ^ Лайонс-Вейлер М.А., Хагенкорд Дж.М., Скиулли К.М., Дхир Р., Монзон Ф. (2008). «Оптимизация анализа Affymetrix GeneChip Mapping 10K 2.0 для рутинного клинического использования на тканях, фиксированных формалином и залитых парафином». Путь Диаг Мол . 17 (1): 3–13. дои : 10.1097/PDM.0b013e31815aca30 . ПМИД   18303412 . S2CID   24420204 .
  30. ^ Клатте Т; Пантук Эй Джей; Сказал JW; Селигсон Д.Б.; Рао Н.П.; ЛаРошель Дж.К.; Шуч Б; Зисман А; Каббинавар ФФ; Бельдегрюн А.С. (2009). «Цитогенетическое и молекулярное профилирование опухолей папиллярного почечно-клеточного рака 1 и 2 типа» . Клинические исследования рака . 15 (4): 1162–9. дои : 10.1158/1078-0432.CCR-08-1229 . ПМИД   19228721 .
  31. ^ Брунелли М; Эчер А; Гоббо С; Фикарра V; Новара Г; Коссу-Рокка П; Бонетти Ф; Менестрина Ф; Ченг Л; Эбл Дж.Н.; Мартиньони Дж (2008). «Потеря хромосомы 9p является независимым прогностическим фактором у пациентов со светлоклеточным почечно-клеточным раком» . Современная патология . 21 (1): 1–6. doi : 10.1038/modpathol.3800967 . ПМИД   17906617 .
  32. ^ Клатте Т; Рао ПН; де Мартино М; ЛаРошель Дж; Шуч Б; Зомородянин Н; Сказал Дж.; Каббинавар ФФ; Бельдегрюн АС; Пантук Эй Джей (2009). «Цитогенетический профиль предсказывает прогноз пациентов со светлоклеточным почечно-клеточным раком» . Журнал клинической онкологии . 27 (5): 746–53. дои : 10.1200/JCO.2007.15.8345 . ПМИД   19124809 .
  33. ^ Шпонар А, Зубаков Д, Павляк Дж, Яух А, Ковач Г (2009). «Три генетические стадии развития папиллярных почечно-клеточных опухолей: дупликация хромосомы 1q знаменует фатальное прогрессирование» . Международный журнал рака . 124 (9): 2071–6. дои : 10.1002/ijc.24180 . ПМИД   19123481 .
  34. ^ Швенен С; Несслинг М; Вессендорф С; Салви Т; Врубель Г; Радльвиммер Б; Кестлер ХА; Хаслингер С; Стилгенбауэр С; Дёнер Х; Бенц М; Лихтер П. (2004). «Автоматическое геномное профилирование на основе массивов при хроническом лимфоцитарном лейкозе: разработка клинического инструмента и обнаружение повторяющихся геномных изменений» . Proc Natl Acad Sci США . 101 (4): 1039–44. Бибкод : 2004PNAS..101.1039S . дои : 10.1073/pnas.0304717101 . ПМК   327147 . ПМИД   14730057 .
  35. ^ Пфайфер Д; Пантич М; Скатулла I; Роулук Дж; Крейц С; Мартенс У.М.; Фиш П; Тиммер Дж; Вилкен Х (февраль 2007 г.). «Полногеномный анализ изменений количества копий ДНК и LOH при ХЛЛ с использованием массивов SNP высокой плотности» . Кровь . 109 (3): 1202–10. дои : 10.1182/blood-2006-07-034256 . ПМИД   17053054 .
  36. ^ Ганн СР; Мохаммед М.С.; Горре МЕ; Коттер ПД; Ким Дж; Бахлер Д.В.; Преображенский С.Н.; Хиггинс Р.А.; Болла АР; Исмаил Ш.; де Йонг Д; Элдеринг Э; ван Орс М.Х.; Меллинк CH; Китинг М.Дж.; Шлетте Э.Дж.; Абруццо LV; Робеторые РС (сентябрь 2008 г.). «Сканирование всего генома методом сравнительной геномной гибридизации как клинический инструмент оценки риска хронического лимфоцитарного лейкоза» . Журнал молекулярной диагностики . 10 (5): 442–451. дои : 10.2353/jmoldx.2008.080033 . ПМЦ   2518739 . ПМИД   18687794 .
  37. ^ Сарджент Р.; Джонс Д; Абруццо LV; Яо Х; Бондеровер Дж; Сиснерос М; РГ Вирда; Китинг М.Дж.; Лутра Р. (январь 2009 г.). «Сравнительная геномная гибридизация на основе индивидуального массива олигонуклеотидов как клинический анализ геномного профилирования хронического лимфоцитарного лейкоза» . Дж Мол Диагн . 11 (1): 25–34. дои : 10.2353/jmoldx.2009.080037 . ПМК   2607562 . ПМИД   19074592 .
  38. ^ Май 2009 г.; 23 (5): 829-33.
  39. ^ Хагенкорд Дж.М., Монзон Ф.А., Каш С.Ф., Лиллеберг С., Се К., Кант Дж.А. (2010). «Кариотипирование на основе массивов для прогностической оценки при хроническом лимфоцитарном лейкозе: сравнение эффективности массивов affymetrix 10K2.0, 250K Nsp и SNP6.0» . Дж Мол Диагн . 12 (2): 184–96. дои : 10.2353/jmoldx.2010.090118 . ПМЦ   2871725 . ПМИД   20075210 .
  40. ^ Донер Х., Стилгенбауэр С., Беннер А. и др. (2000). «Геномные аберрации и выживаемость при хроническом лимфоцитарном лейкозе» . НЭМ . 343 (26): 1910–6. дои : 10.1056/NEJM200012283432602 . ПМИД   11136261 .
  41. ^ Эрве Аве-Луазо; Ченг Ли; Флоренс Магранжеас; Вильфрид Гуро; Кэтрин Шарбоннель; Жан-Люк Аруссо; Мишель Атталь; Джеральд Марит; Клэр Матио; Тьерри Факон; Филипп Моро; Кеннет К. Андерсон; Лоик Кэмпион; Никхил К. Мунши; Стефан Минвель (сентябрь 2009 г.). «Прогностическое значение изменений количества копий при множественной миеломе» . Журнал клинической онкологии . 27 (27): 4585–90. дои : 10.1200/JCO.2008.20.6136 . ПМК   2754906 . ПМИД   19687334 .
  42. ^ Пфистер С; Ремке М; Беннер А; Менджик Ф; Тоедт Дж; Фельсберг Дж; Виттманн А; Девенс Ф; Гербер НУ; Йоос С; Кулозик А; Райфенбергер Г; Рутковский С; Вистлер О.Д.; Радльвиммер Б; Шёрлен В; Лихтер П; Коршунов А (апрель 2009 г.). «Прогнозирование исхода детской медуллобластомы на основе аберраций числа копий ДНК хромосом 6q и 17q, а также локусов MYC и MYCN» . Дж. Клин Онкол . 27 (10): 1627–1636. дои : 10.1200/JCO.2008.17.9432 . ПМИД   19255330 .
  43. ^ Jump up to: а б Барбашина В., Салазар П., Холланд ЕС, Розенблюм М.К., Ладани М. (1 февраля 2005 г.). «Аллельные потери 1p36 и 19q13 в глиомах: корреляция с гистологической классификацией, определение минимальной удаленной области размером 150 КБ на 1p36 и оценка CAMTA1 как кандидатного гена-супрессора опухоли» . Клин. Рак Рез . 11 (3): 1119–28. дои : 10.1158/1078-0432.1119.11.3 . ПМИД   15709179 .
  44. ^ Лэйгль-Донадей Ф., Бенуаиш-Амиэль А., Хоанг-Сюань К., Сансон М. (2005). «[Молекулярная биология олигодендроглиальных опухолей]». Нейро-хирургия (на французском языке). 51 (3–4, часть 2): 260–8. дои : 10.1016/s0028-3770(05)83487-3 . ПМИД   16292170 .
  45. ^ Уокер С., Хейлок Б., Муж Д. и др. (2006). «Клиническое использование генотипа для прогнозирования химиочувствительности олигодендроглиальных опухолей». Неврология . 66 (11): 1661–7. дои : 10.1212/01.wnl.0000218270.12495.9a . ПМИД   16769937 . S2CID   39812093 .
  46. ^ Дженкинс Р.Б., Блэр Х., Боллман К.В. и др. (октябрь 2006 г.). «A t(1;19)(q10;p10) опосредует комбинированные делеции 1p и 19q и предсказывает лучший прогноз для пациентов с олигодендроглиомой» . Рак Рез . 66 (20): 9852–61. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-06-1796 . ПМИД   17047046 .
  47. ^ Огаки Х., Эйбл Р.Х., Вистлер О.Д., Ясаргил М.Г., Ньюкомб Э.В., Клейхуэс П. (15 ноября 1991 г.). «Мутации р53 в неастроцитарных опухолях головного мозга человека» . Рак Рез . 51 (22): 6202–5. ПМИД   1933879 .
  48. ^ Дюкре Ф., Идбай А., де Рейньес А. и др. (2008). «Анапластические олигодендроглиомы с коделецией 1p19q имеют профиль экспрессии пронейральных генов» . Мол. Рак . 7 (1): 41. дои : 10.1186/1476-4598-7-41 . ПМК   2415112 . ПМИД   18492260 .
  49. ^ Донг Инь; Сейси Огава; Норихико Кавамата; Патриция Туничи; Гаэтано Финоккьяро; Марика Эоли; Кристиан Рукерт; Тьен Хюнь; Гентао Лю; Мотохиро Като; Масаси Санада; Анна Яух; Мартин Дугас; Кейт Л. Блэк; Х. Филип Кеффлер (май 2009 г.). «Профилирование числа геномных копий высокого разрешения мультиформной глиобластомы с помощью микроматрицы ДНК с однонуклеотидным полиморфизмом» . Мол Рак Рес . 7 (5): 665–77. дои : 10.1158/1541-7786.MCR-08-0270 . ПМИД   19435819 .
  50. ^ Цитогенетика рака, 3-е изд., Глава 19, Опухоли нервной системы, Уайли Блэквелл, 2009.
  51. ^ Опухоли центральной нервной системы. Том 7. Вашингтон, округ Колумбия: Американский регистр патологий; 2007 год
  52. ^ Мурман А, Харрисон С, Бак Дж, Ричардс С, Секер-Уокер Л, Мартино М, Вэнс Дж, Черри А, Хиггинс Р, Филдинг А, Форони Л, Пайетта Е, Таллман М, Литцов М, Верник П, Роу Дж, Голдстоун А., Девальд Г. (2007). «Кариотип является независимым прогностическим фактором при остром лимфобластном лейкозе (ОЛЛ) у взрослых: анализ цитогенетических данных пациентов, проходивших лечение в рамках исследования Совета медицинских исследований (MRC) UKALLXII/Восточной кооперативной онкологической группы (ECOG) 2993» . Кровь . 109 (8): 3189–97. дои : 10.1182/blood-2006-10-051912 . ПМИД   17170120 . S2CID   1038016 .
  53. ^ Кавамата Н; Огава С; Циммерманн М; Като М; Санада М; Хемминки К; Яматомо Дж; Няня Ю; Келер Р; Флор Т; Миллер CW; Харботт Дж; Людвиг В.Д.; Станулла М; Шраппе М; Бартрам ЧР; Кеффлер Х.П. (январь 2008 г.). «Молекулярное аллелокариотипирование острых лимфобластных лейкозов у ​​детей с помощью геномного микрочипа однонуклеотидного полиморфизма олигонуклеотидов высокого разрешения» . Кровь . 111 (2): 776–84. doi : 10.1182/blood-2007-05-088310 . ПМК   2200831 . ПМИД   17890455 .
  54. ^ Бунгаро С; Делл'Орто МС; Занграндо А; Бассо Д; Горлетта Т; Ло Нигро Л; Лезл А; Молодой Б.Д.; Бассо Дж; Биччато С; Бионди А; те Кронни Дж; Каззанига Дж. (январь 2009 г.). «Интеграция данных генома и экспрессии генов детского ОЛЛ без известных аберраций позволяет выявить подгруппы с конкретными генетическими признаками» . Гены Хромосомы Рак . 48 (1): 22–38. дои : 10.1002/gcc.20616 . ПМИД   18803328 .
  55. ^ Сулонг С; Мурман А.В.; Ирвинг Дж.А.; Стреффорд Дж. К.; Конн З.Дж.; Корпус МС; Минто Л; Парикмахерская К.Е.; Паркер Х; Райт С.Л.; Стюарт А.Р.; Бэйли С; Баун НП; Холл АГ; Харрисон Си Джей (январь 2009 г.). «Комплексный анализ гена CDKN2A при остром лимфобластном лейкозе у детей выявляет геномную делецию, потерю гетерозиготности с нейтральным числом копий и ассоциацию с определенными цитогенетическими подгруппами» . Кровь . 113 (1): 100–7. дои : 10.1182/кровь-2008-07-166801 . ПМИД   18838613 . S2CID   206872587 .
  56. ^ Ден Бур М.Л., ван Слегтенхорст М., Де Менезес Р.С. и др. (январь 2009 г.). «Подтип детского острого лимфобластного лейкоза с плохими результатами лечения: полногеномное классификационное исследование» . Ланцет Онкол . 10 (2): 125–34. дои : 10.1016/S1470-2045(08)70339-5 . ПМК   2707020 . ПМИД   19138562 .
  57. ^ Хассе Д. (2008). «Цитогенетические особенности при миелодиспластических синдромах» . Энн Гематол . 87 (7): 515–526. дои : 10.1007/s00277-008-0483-y . ПМК   2413090 . ПМИД   18414863 .
  58. ^ Классификация ВОЗ опухолей кроветворной и лимфоидной тканей под редакцией Свердлова С.Х. и др. IARC Press, 2008, Лион.
  59. ^ Макишима Х; Ратаул М; Гондек Л.П.; Ха, Джей; Кук-младший; Тейл КС; Секерес М.А.; Кучковский Э; О'Киф С; Мацеевский Дж. П. (2010). «Кариотипирование FISH и SNP-A при миелодиспластических синдромах: улучшение цитогенетического обнаружения del (5q), моносомии 7, del (7q), трисомии 8 и del (20q)» . Леук Рес . 34 (4): 447–453. doi : 10.1016/j.leukres.2009.08.023 . ПМЦ   2826525 . ПМИД   19758696 .
  60. ^ Санада и др. «Усиление функции мутированного супрессора опухоли C-CBL при миелоидных новообразованиях». Природа 13 августа 2009 г.; 460, 904–909.
  61. ^ Гондек Л.П., Тиу Р., О'Киф С.Л., Секерес М.А., Тейл К.С., Макиевски Дж.П. (2008). «Хромосомные поражения и однородительская дисомия, обнаруженные с помощью массивов SNP при МДС, МДС/МПЛ и ОМЛ, вызванном МДС» . Кровь . 111 (3): 1534–42. дои : 10.1182/blood-2007-05-092304 . ПМК   2214746 . ПМИД   17954704 .
  62. ^ Тённиссен, Нью-Хэмпшир; Круг УО; Ли Д.Х.; Кавамата Н; Иванский ГБ; Лашо Т; Вайс Т; Новак Д; Корен-Миховиц М; Като М; Санада М; Ши ЛИ; Наглер А; Рейно С.Д.; Мюллер-Тидов С; Меса Р; Хаферлах Т; Гиллиланд Д.Г.; Теффери А; Огава С; Кеффлер HP (апрель 2010 г.). «Распространенность и прогностическое влияние аллельного дисбаланса, связанного с лейкемической трансформацией миелопролиферативных новообразований, отрицательных по филадельфийской хромосоме» . Кровь . 115 (14): 2882–2890. дои : 10.1182/blood-2009-07-235119 . ПМЦ   2854432 . ПМИД   20068225 .
  63. ^ Jump up to: а б Ленц Х.Дж., «Установленные биомаркеры колоректальной карциномы», Учебная книга Американского общества клинической онкологии, 2009, стр. 215-219.
  64. ^ Jump up to: а б с Джексон EM; Зиверт А.Дж.; Гай Икс; Хаконарсон Х; Джадкинс А.Р.; Тук Л; Перин Дж.К.; Се Х; Шейх Т.Х.; Бигель Дж. А. (2009). «Геномный анализ с использованием массивов олигонуклеотидов на основе однонуклеотидного полиморфизма высокой плотности и мультиплексной амплификации зондов, зависящей от лигирования, обеспечивает комплексный анализ INI1 / SMARCB1 в злокачественных рабдоидных опухолях» . Клин Рак Рес . 15 (6): 1923–1930. doi : 10.1158/1078-0432.CCR-08-2091 . ПМЦ   2668138 . ПМИД   19276269 .
  65. ^ Прешер Г., Борнфельд Н., Хирче Х., Хорстемке Б., Йокель К.Х., Бехер Р. (1996). «Прогностические последствия моносомии 3 при увеальной меланоме». Ланцет . 347 (9010): 1222–1225. дои : 10.1016/S0140-6736(96)90736-9 . ПМИД   8622452 . S2CID   44328116 .
  66. ^ Дамато Б.Е., Допиерала Дж., Клаасен А., ван Дейк М., Сиббринг Дж., Коупленд С. (2009). «Мультиплексная амплификация увеальной меланомы, зависимая от лигирования зонда: корреляция с метастатической смертью» (PDF) . Invest Ophthalmol Vis Sci . 50 (7): 3048–55. дои : 10.1167/iovs.08-3165 . hdl : 11370/b69b62d5-b7c2-4afb-9fb2-60c6f71d4906 . ПМИД   19182252 .
  67. ^ Уайт В.А., МакНил Б.К., Хорсман Д.Э. (1998). «Приобретенная гомозиготность (изодисомия) хромосомы 3 при увеальной меланоме». Рак Генета Цитогенет . 102 (1): 40–45. дои : 10.1016/S0165-4608(97)00290-2 . ПМИД   9530338 .
  68. ^ Онкен, доктор медицинских наук, Уорли Л.А., Персона Е, Чар Д.Х., Боукок А.М., Харбор Дж.В. (2007). «Потеря гетерозиготности хромосомы 3, обнаруженная при однонуклеотидном полиморфизме, превосходит моносомию 3 для прогнозирования метастазирования увеальной меланомы» . Клин Рак Рес . 13 (10): 2923–2937. дои : 10.1158/1078-0432.CCR-06-2383 . ПМИД   17504992 .
  69. ^ Ямамото Дж; Няня Ю; Като М; Санада М; Левин Р.Л.; Кавамата Н; Хангайши А; Курокава М; Чиба С; Гиллиланд Д.Г.; Кеффлер Х.П.; Огава С. (июль 2007 г.). «Высокочувствительный метод полногеномного определения аллельного состава в непарных образцах первичных опухолей с использованием микрочипов для генотипирования однонуклеотидного полиморфизма affymetrix» . Ам Джей Хум Жене . 81 (1): 114–26. дои : 10.1086/518809 . ПМК   1950910 . ПМИД   17564968 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Virtual_karyotype&oldid=1237291948"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 80977ad503defc955e045534f163a66a__1722208620
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/80/6a/80977ad503defc955e045534f163a66a.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Virtual karyotype - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)