TMEM63A
| TMEM63A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | TMEM63A , KIAA0792, трансмембранный белок 63A, HLD19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI : 2384789 ; Гомологен : 101673 ; GeneCards : TMEM63A ; OMA : TMEM63A - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викидид | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Трансмембранный белок 63A - это белок , который у людей кодируется TMEM63A геном . [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] Зрелый белок человека составляет приблизительно 92,1 килодальтона (KDA), с относительно высоким сохранением массы в ортологах. [ 8 ] Белок содержит одиннадцать трансмембранных доменов и вставляется в мембрану лизосомы . [ 9 ] [ 10 ] Анализ BIOGPS для TMEM63A у людей показывает, что ген повсеместно экспрессируется, причем самые высокие уровни экспрессии обнаружены в Т-клетках и дендритных клетках . [ 11 ]
Ген
[ редактировать ]Обзор
[ редактировать ]TMEM63A расположен на отрицательной ДНК -нити хромосомы 1 в месте 1Q42.12, охватывающей пары оснований 226 033 237 до 226 070 069. [ 7 ] Псевдоним включают KIAA0489 и KIAA0792. Продукт гена человека представляет собой пары базы мРНК 4469 с 25 предсказанными экзонами . [ 12 ] Существует 9 предсказанных изоформ сплайсинга гена, три из которых являются кодирующими белком. Промоторный анализ был проведен с использованием El Dorado [ 13 ] Через страницу программного обеспечения Genomatix. Прогнозируемая промоторная область охватывает 971 пар оснований , от 226 070 920 до 226 069 950 на отрицательной нити хромосомы 1 .
Джин район
[ редактировать ]TMEM63A расположен рядом с геном EPHX1 на цепи положительного смысла ДНК на хромосоме 1 , а также ген левша 1 на нити негативного смысла. [ 7 ] Другие гены в той же области на хромосоме 1 включают SRP9 и Lefty 3 на положительном направлении, а MIR 6741 и PYCR2 на отрицательной цепи.
Выражение
[ редактировать ]TMEM63 повсеместно экспрессируется по всему человеческому организму на различных уровнях, возникающих с самой высокой относительной распространенностью в CD 8+ T -клетках и CD 4+ T -клетках . [ 11 ] [ 14 ] Умеренные относительные уровни экспрессии также наблюдаются по всему мозгу, особенно в затылочной доле , теменной доле и поджелудочной железе . [ 14 ] Анализ экспрессии TMEM63A у мыши с использованием BIOGPS выявил более вариабельные паттерны экспрессии, причем самая высокая экспрессия наблюдается в желудке и большой кишке . [ 11 ] Используя программу El Dorado от Genomatix, была предсказана регуляция транскрипционного фактора , которая обнаружила, что «TMEM63A» высоко регулируется E2F регуляторами клеточного цикла и EGR1 , фактором, который, как считается, является геном подавления опухоли с экспрессией в мозге . [ 13 ] Прогнозируется, что 3 'UTR будет связан регуляторным элементом miR-9/9Ab . [ 15 ]
Белок
[ редактировать ]Свойства и характеристики
[ редактировать ]Зрелая форма белка TMEM63A человека имеет 807 аминокислотных остатков с изоэлектрической точкой 6,925. [ 8 ] Это довольно консервативно для ортологов. Выравнивание взрыва показало, что белок содержит три домена: rsn1_tm и два домена неизвестной функции (DUF4463 и DUF221). [ 16 ] Предполагается, что RSN1_TM будет участвовать в Гольджи транспорте везикул и экзоцитозе . DUF4463 является цитозольным и отдаленно гомологичным РНК-связывающим белкам . Этот домен можно использовать для определения ориентации белка в мембране , при этом N-конце белка находится в лизосоме и C-конце, расположенном в цитозоле .
Посттрансляционная модификация была определена как экспериментально, так и с использованием биоинформатического анализа. Есть два вероятных участка гликозилирования на белке: N38 и N450. [ 17 ] Они были предсказаны с использованием программы NetNGLYC от Expasy и аминокислотной последовательности TMEM63A, а также предполагаемой ориентации белка в мембране. [ 18 ] есть три вероятных участка фосфорилирования : S85, S98 и S735, которые были предсказаны с использованием программы Netphos. На белке [ 19 ]
Белок имеет три изоформы . Зрелый белок обозначен изоформой CRA. Две другие изоформы - X1 и X2, которые представляют собой 630 аминокислотных остатков и 468 аминокислотных остатков, соответственно. В изоформе X1 отсутствует N-конце зрелого белка, в то время как изоформа 2 отсутствует C-конце . [ 8 ]
Взаимодействия
[ редактировать ]Считается, что используя текстовую информацию, TMEM63A потенциально взаимодействует с шестью другими белками: EEF1D , [ 20 ] FAM163B , CPNE9 , TMEM90A , STAC2 , HEAR3 и WDR67 . [ 21 ]
Функция
[ редактировать ]Функция TMEM63A неизвестна, хотя одно исследование показало, что оно было в регионе, вероятно, регулируемой MIR-200A , связанным с эпителиальным гомеостазом. [ 22 ] Другой обнаружил, что он находится в количественном локусе признаков, связанном с галоперидолом вызванной каталепсией, . [ 23 ]
Эволюционная история
[ редактировать ]Паралоги
[ редактировать ]TMEM63A имеет два паралога: TMEM63B, который расположен в 6P21.1, и TMEM63C, который расположен в C14ORF171. [ 24 ] Выравнивание между ними показывает, что TMEM63C более тесно связан с TMEM63B, чем TMEM63A. [ 8 ] Выравнивание взрыва показала гомологию TMEM63A и TMEM63B с белками, такими как отдаленно связанные с растениями, в то время как TMEM63C был гомологичным только отдаленным, как у Drosophila . [ 16 ] Это указывает на то, что TMEM63C, вероятно, расходился от двух ранних беспозвоночных .
Ортолологическое пространство
[ редактировать ]TMEM63A имеет большое ортологическое пространство, с гомологами, присутствующими в организмах, такими же отдаленно связанными, как растения.
| Род и виды | Общее название | Сорт | Вступление | Процент личности |
|---|---|---|---|---|
| Отолубриле Гарнетти | Буш, детка | Млекопитающие | XP_003791028.1 | 91% |
| Викугна Пакос | Альпака | Млекопитающие | XP_006198896.1 | 92% |
| Homo Sapiens | Мышь | Млекопитающие | NP_659043.1 | 90% |
| Trichechus manatus latirostris | Западно -индийский ламантин | Млекопитающие | XP_004375949.1 | 89% |
| Дом собаки | Собака | Млекопитающие | NP_001274088.1 | 89% |
| Миотис Davidii | Мышь ушала летучая мышь | Млекопитающие | XP_006761379.1 | 80% |
| Pelodiscus sinensis | Китайская черепаха | Saurop Page | XP_006118107.1 | 71% |
| Аллигатор китайский | Китайский аллигатор | Рептилия | XP_006016630.1 | 70% |
| Фикадула Альбиколлис | Ворота мухоловки | Птица | XP_005043078.1 | 69% |
| Галлус Галлус | Красные джунглифуры | Птица | XP_419384.3 | 68% |
| Xenopus tropicalis | Западная когтяная лягушка | Амфибия | NP_001072343.1 | 65% |
| Икталур Пункнот | Канал Сома | Actinopterygii | AH42519.1 | 54% |
| Culex Quinquefasciatus | Южный дом комаров | Инсекта | XP_001861445.1 | 34% |
| Clonorchis sinensis | Китайская печени | Трематода | GAA53916.1 | 23% |
| Ориза Сатива | Азиатский рис | Лилиопсида | NP_001065504.1 | 20% |
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000196187 - ENSEMBL , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а беременный в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000026519 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ Нагасе Т., Ишикава К., Суяма М., Кикуно Р., Мияджима Н., Танака А., Котани Х, Номура Н., Охара О (апрель 1999). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XI. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые код для крупных белков in vitro» . ДНК Res . 5 (5): 277–86. doi : 10.1093/dnares/5.5.277 . PMID 9872452 .
- ^ Seki N, Ohira M, Nagase T, Ishikawa K, Miyajima N, Nakajima D, Nomura N, Ohara O (февраль 1998 г.). «Характеристика клонов кДНК в библиотеках кДНК, фракционированных размером из человеческого мозга» . ДНК Res . 4 (5): 345–9. doi : 10.1093/dnares/4.5.345 . PMID 9455484 .
- ^ Jump up to: а беременный в «Ген Entrez: TMEM63A трансмембранной белок 63A» .
- ^ Jump up to: а беременный в дюймовый «Анализ TMEM63A» . Биология Workbench . Сан-Диего Суперкомпьютерный Центр- Университет Калифорнии Сан-Диего . Получено 8 мая 2014 года . [ Постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Schroder BA, Grocklage C, Hasilik A, Saftig P (19 октября 2010 г.). «Протеом лизосомов». Протеомика . 10 (22): 4053–4076. doi : 10.1002/pmic.201000196 . PMID 20957757 . S2CID 25869334 .
- ^ Schroder BA, Grocklage C, Pan C, Jager R, Kosters B, Schafer H, Elsasser HP, Mann M, Hasilik A (28 августа 2007 г.). «Интегральные и связанные с ними белки лизосомальной мембраны» . Трафик . 8 (12): 1676–1686. doi : 10.1111/j.1600-0854.2007.00643.x . PMID 17897319 .
- ^ Jump up to: а беременный в "BioGPS: TMEM63A" . Получено 12 мая 2014 года .
- ^ "Ensembl: tmem63a" . Получено 8 мая 2014 года .
- ^ Jump up to: а беременный "Эль Дорадо" . Genomatix . Получено 17 апреля 2014 года . [ Постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Jump up to: а беременный "GDS596/214833_AT/TMEM63A" . NCBI.
- ^ «TargetScanhuman 6.2» . Уайтхед Институт биомедицинских исследований . Получено 23 апреля 2014 года .
- ^ Jump up to: а беременный Marchler-Bauer A, et al. (2011). «CDD: консервативная база данных доменов для функциональной аннотации белков» . Нуклеиновые кислоты Res . 39 (D): 225–229. doi : 10.1093/nar/gkq1189 . PMC 3013737 . PMID 21109532 .
- ^ «O94886 (TM63A_HUMAN)» . Uniprotkb . Получено 5 мая 2014 года .
- ^ Гупта Р., Юнг Е., Брунак С. (2004). «Прогнозирование сайтов N-гликозилирования в белках человека» .
{{cite journal}}: CITE Journal требует|journal=( помощь ) - ^ Блорн Н., Гамлтфт С., Брунак С. (1999). «Прогнозирование последовательности и структурных сайтов фосфорилирования эукариотического белка». Журнал молекулярной биологии . 294 (5): 1351–1362. doi : 10.1006/jmbi.1999.3310 . PMID 10600390 .
- ^ "GeneCards" . Институт науки Вайзмана . Получено 16 мая 2014 года .
- ^ "Строка база данных" . Получено 16 мая 2014 года .
- ^ Bonnet E, Tatari M, Joshi A, et al. (2010). «Вывод модульной сети из набора данных экспрессии генов рака идентифицирует регулируемые микроРНА модули» . Plos один . 5 (4): E10162. Bibcode : 2010ploso ... 510162b . doi : 10.1371/journal.pone.0010162 . PMC 2854686 . PMID 20418949 .
- ^ Hofstetter JR, Hitzemann RJ, Belknap JK, Walter NA, McWeyey SK, Mayeda AR (2008). «Характеристика локуса количественного признака для каталепсии, вызванной галоперидолом на дистальной мышиной хромосоме 1» . Гены, мозг и поведение . 7 (2): 214–223. doi : 10.1111/j.1601-183X.2007.00340.x . PMID 17696997 .
- ^ Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (октябрь 1990). «Основной локальный инструмент поиска выравнивания». J. Mol. Биол . 215 (3): 403–10. doi : 10.1016/s0022-2836 (05) 80360-2 . PMID 2231712 . S2CID 14441902 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Gregory SG, Barlow KF, McLay KE, et al. (2006). «Последовательность ДНК и биологическая аннотация хромосомы человека 1» . Природа . 441 (7091): 315–21. Bibcode : 2006natur.441..315G . doi : 10.1038/nature04727 . PMID 16710414 .
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). «Статус, качество и расширение полноразмерного проекта кДНК NIH: коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Res . 14 (10b): 2121–7. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных человеческих кДНК» . НАТ Генет . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 .
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Генерация и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002pnas ... 9916899m . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). «Строительство и характеристика обогащенной полной длиной и библиотекой кДНК с 5'-эндом». Ген . 200 (1–2): 149–56. doi : 10.1016/s0378-1119 (97) 00411-3 . PMID 9373149 .
- Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-капитализация: простой метод замены структуры крышки эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген . 138 (1–2): 171–4. doi : 10.1016/0378-1119 (94) 90802-8 . PMID 8125298 .