✖


Jump to content

Методы исследования белок-белковых взаимодействий

Существует множество методов исследования белок-белковых взаимодействий , которые представляют собой физические контакты высокой специфичности, устанавливаемые между двумя или более белковыми молекулами с участием электростатических сил и гидрофобных эффектов . Каждый из подходов имеет свои сильные и слабые стороны, особенно с точки зрения чувствительности и специфичности метода. [1] Высокая чувствительность означает, что многие происходящие взаимодействия распознаются экраном. Высокая специфичность указывает на то, что большинство взаимодействий, обнаруживаемых экраном, происходят в реальности.

Биохимические методы

[ редактировать ]

Коиммунопреципитация считается [ нужна ссылка ] быть золотым стандартом анализа белок-белковых взаимодействий, особенно когда он выполняется с эндогенными (не сверхэкспрессированными и не меченными ) белками. Интересующий белок выделяют с помощью специфического антитела . Партнеры по взаимодействию, которые прилипают к этому белку, впоследствии идентифицируются с помощью вестерн-блоттинга . [2] Взаимодействия, обнаруженные таким подходом, считаются реальными. Однако этот метод может проверять только взаимодействие между предполагаемыми партнерами по взаимодействию. Таким образом, это не метод скрининга. Следует также отметить, что эксперименты по иммунопреципитации выявляют прямые и косвенные взаимодействия. Таким образом, положительные результаты могут указывать на то, что два белка взаимодействуют напрямую или могут взаимодействовать через одну или несколько мостиковых молекул. Это могут быть мостиковые белки, нуклеиновые кислоты (ДНК или РНК) или другие молекулы.

Бимолекулярная флуоресцентная комплементация (BiFC) — это новый метод наблюдения за взаимодействием белков. В сочетании с другими новыми методами этот метод можно использовать для скрининга белок-белковых взаимодействий и их модуляторов. [3] ДЕРБ . [4]

Аффинный электрофорез , используемый для оценки констант связывания , как, например, при аффинном электрофорезе лектинов или характеристике молекул с особыми характеристиками, такими как содержание гликанов или связывание лигандов .

Анализы с понижением уровня представляют собой распространенную разновидность иммунопреципитации и иммуноэлектрофореза и используются идентично, хотя этот подход больше подходит для первоначального скрининга взаимодействующих белков.

Перенос метки может использоваться для скрининга или подтверждения взаимодействий белков и может предоставить информацию о интерфейсе, на котором происходит взаимодействие. Перенос метки также позволяет обнаружить слабые или временные взаимодействия, которые трудно уловить с помощью других стратегий обнаружения in vitro . В реакции переноса метки известный белок помечается обнаруживаемой меткой. Затем метка передается взаимодействующему белку, который затем можно идентифицировать по наличию метки.

Фаговый дисплей используется для высокопроизводительного скрининга белковых взаимодействий.

in vivo Сшивание белковых комплексов с использованием фотореактивных аналогов аминокислот было предложено в 2005 году исследователями из Института Макса Планка. [5] В этом методе клетки выращиваются с фотореактивными диазирина аналогами лейцина и метионина , которые включены в белки. Под воздействием ультрафиолетового света диазирины активируются и связываются с взаимодействующими белками, которые находятся в пределах нескольких ангстрем от фотореактивного аналога аминокислоты. [6]

Метод тандемной аффинной очистки (TAP) позволяет высокопроизводительно идентифицировать белковые взаимодействия. В отличие от дрожжевого двухгибридного подхода точность метода можно сравнить с точностью мелкомасштабных экспериментов. [7] и взаимодействия обнаруживаются в правильной клеточной среде, например, путем коиммунопреципитации . Однако метод TAP-метки требует двух последовательных этапов очистки белка и, следовательно, не может легко обнаружить временные белок-белковые взаимодействия. Недавние полногеномные эксперименты TAP были проведены Krogan et al. и Гэвин и др. предоставление обновленных данных о взаимодействии белков с дрожжевым организмом. [8] [9]

Химическое сшивание часто используется для «фиксации» взаимодействий белков перед попыткой изолировать/идентифицировать взаимодействующие белки. Обычные сшивающие агенты для этого применения включают нерасщепляемый NHS -эфирный сшивающий агент, биссульфосукцинимидилсуберат (BS3); расщепляемая версия BS3, дитиобис(сульфосукцинимидилпропионат) (DTSSP); и имидоэфирный сшивающий агент диметилдитиобиспропионимидат (DTBP), который популярен для фиксации взаимодействий в ChIP анализах .

Химическое сшивание с последующей MALDI масс-спектрометрией с высокой массой можно использовать для анализа взаимодействий интактных белков на месте, прежде чем пытаться изолировать / идентифицировать взаимодействующие белки. Этот метод обнаруживает взаимодействия между немечеными белками и доступен у CovalX .

SPINE (эксперимент по взаимодействию стреппротеинов) [10] использует комбинацию обратимого сшивания формальдегидом и включение аффинной метки для обнаружения партнеров по взаимодействию in vivo .

Количественная иммунопреципитация в сочетании с нокдауном (QUICK) основана на совместной иммунопреципитации, количественной масс-спектрометрии ( SILAC ) и РНК-интерференции (RNAi). Этот метод обнаруживает взаимодействия между эндогенными немечеными белками. [11] Таким образом, он имеет такую ​​же высокую достоверность, как и коиммунопреципитация. Однако этот метод также зависит от наличия подходящих антител.

Анализ бесконтактного лигирования (PLA) in situ представляет собой иммуногистохимический метод, в котором используются так называемые зонды PLA для обнаружения белков, белковых взаимодействий и модификаций. Каждый зонд PLA имеет прикрепленную к нему уникальную короткую цепь ДНК и связывается либо с видоспецифичными первичными антителами, либо состоит из первичных антител, непосредственно меченных ДНК. [12] [13] Когда зонды PLA находятся в непосредственной близости, нити ДНК могут взаимодействовать посредством последующего добавления двух других олигонуклеотидов ДНК, образующих кольцо. После соединения двух добавленных олигонуклеотидов путем ферментативного лигирования их амплифицируют посредством амплификации по катящемуся кругу с использованием полимеразы. После реакции амплификации произошла несколько сотен кратная репликация кольца ДНК, и флурофор или меченные ферментом комплементарные олигонуклеотидные зонды выделяют продукт. Получающаяся в результате высокая концентрация флуоресцентного или хромогенного сигнала в каждом продукте амплификации одиночной молекулы легко видна как отчетливое яркое пятно при просмотре с помощью флуоресцентного микроскопа или стандартного светлопольного микроскопа.

Биофизические и теоретические методы

[ редактировать ]

Поверхностный плазмонный резонанс (ППР) является наиболее распространенным безметочным методом измерения биомолекулярных взаимодействий. [ нужна ссылка ] Приборы ППР измеряют изменение показателя преломления света, отраженного от металлической поверхности («биосенсор»). Связывание биомолекул с другой стороной этой поверхности приводит к изменению показателя преломления, пропорциональному массе, добавленной к поверхности сенсора. В типичном применении один партнер по связыванию («лиганд», часто белок) иммобилизуется на биосенсоре, и раствор с потенциальными партнерами по связыванию («аналит») направляется по этой поверхности. Накопление аналита с течением времени позволяет количественно оценить скорости (kon), скорости отклонения (koff), константы диссоциации (Kd) и, в некоторых приложениях, активные концентрации аналита. [14] Несколько разных поставщиков предлагают устройства на базе SPR. Наиболее известны инструменты Biacore , которые были первыми коммерчески доступными.

Интерферометрия двойной поляризации (DPI) может использоваться для измерения белок-белковых взаимодействий. DPI обеспечивает измерение размера, плотности и массы молекул в реальном времени с высоким разрешением. Хотя мечение не является обязательным, один из видов белка должен быть иммобилизован на поверхности волновода. Помимо кинетики и сродства, конформационные изменения можно также количественно оценить во время взаимодействия.

Статическое рассеяние света (SLS) измеряет изменения в рэлеевском рассеянии белковых комплексов в растворе и может характеризовать как слабые, так и сильные взаимодействия без маркировки или иммобилизации белков или других биомакромолекул. Измерение статического светорассеяния с градиентом состава (CG-MALS) смешивает серию аликвот различных концентраций или составов, измеряет эффект изменений светорассеяния в результате взаимодействия и соответствует коррелированному светорассеянию. меняется по мере концентрации на серию ассоциативных моделей, чтобы найти наиболее подходящий дескриптор. Слабые, неспецифические взаимодействия обычно характеризуются вторым вириальным коэффициентом . Для специфического связывания этот тип анализа может определить стехиометрию и константу(ы) равновесной ассоциации одного или нескольких связанных комплексов. [15] включая сложные системы, такие как те, которые демонстрируют одновременную гомо- и гетероассоциацию, многовалентные взаимодействия и кооперативность.

Динамическое рассеяние света (DLS), также известное как квазиупругое рассеяние света (QELS), или корреляционная спектроскопия фотонов, обрабатывает зависящие от времени флуктуации интенсивности рассеянного света, чтобы получить гидродинамический радиус частиц в растворе. Гидродинамический радиус — это радиус твердой сферы с тем же коэффициентом поступательной диффузии, что и измеренный для частицы образца. По мере ассоциации белков средний гидродинамический радиус раствора увеличивается. Применение метода непрерывной вариации, также известного как график Джоба , с гидродинамическим радиусом раствора в качестве наблюдаемой, позволяет in vitro определять K d , комплексную стехиометрию, комплексный гидродинамический радиус, а также Δ H ° и Δ S ° белка. –белковые взаимодействия. [16] Этот метод не влечет за собой иммобилизацию или маркировку. Можно охарактеризовать переходные и слабые взаимодействия. По сравнению со статическим светорассеянием, которое основано на абсолютной интенсивности рассеянного света, DLS нечувствителен к фоновому свету от стен содержащих конструкций. Эта нечувствительность позволяет проводить измерения DLS в объемах 1 мкл в планшетах с 1536 лунками и снижает требования к образцам до фемтомольного диапазона. Этот метод также подходит для скрининга компонентов буфера и/или низкомолекулярных ингибиторов/эффекторов.

Поточно-индуцированный дисперсионный анализ (FIDA) — это новая капиллярная технология, не требующая иммобилизации, используемая для характеристики и количественной оценки биомолекулярного взаимодействия и концентрации белка в нативных условиях. [17] Метод основан на измерении изменения кажущегося размера (гидродинамического радиуса) селективного лиганда при взаимодействии с интересующим аналитом. Анализ FIDA работает в сложных растворах (например, плазма [18] ) и предоставляет информацию о концентрации аналита, константах сродства, размере молекул и кинетике связывания. Один анализ обычно выполняется за считанные минуты и требует расхода образца всего в несколько мкл. [17]

Поляризацию/анизотропию флуоресценции можно использовать для измерения взаимодействий белок-белок или белок-лиганд. Обычно один партнер по связыванию метится флуоресцентным зондом (хотя иногда можно использовать внутреннюю флуоресценцию белка от триптофана) и образец возбуждается поляризованным светом. Увеличение поляризации флуоресценции при связывании меченого белка с его партнером по связыванию можно использовать для расчета аффинности связывания.

При флуоресцентной корреляционной спектроскопии один белок метят флуоресцентным красителем, а другой остается немеченным. Затем два белка смешиваются, и данные выводят долю меченого белка, которая несвязана и связана с другим белком, что позволяет получить измерение K D и аффинности связывания. Вы также можете провести измерения во времени, чтобы охарактеризовать кинетику связывания. FCS также сообщает вам размер образовавшихся комплексов, чтобы вы могли измерить стехиометрию связывания. Более мощным методом является флуоресцентная кросс-корреляционная спектроскопия (FCCS), в которой используются методы двойной метки и кросс-корреляция, что приводит к значительному улучшению отношения сигнал/шум по сравнению с FCS. Кроме того, двухфотонное и трехфотонное возбуждение практически исключает эффекты фотообесцвечивания и обеспечивает сверхбыструю запись данных FCCS или FCS.

Резонансный перенос энергии флуоресценции (FRET) является распространенным методом наблюдения за взаимодействием различных белков. [19] [20] [21] [22] При применении in vivo FRET использовался для определения местоположения и взаимодействия генов и клеточных структур, включая интегрины и мембранные белки. [23] FRET можно использовать для получения информации о метаболических или сигнальных путях. [24] [25] [26]

Биослойная интерферометрия (BLI) — это безметочная технология измерения биомолекулярных взаимодействий. [27] [28] (белок:белок или белок:малая молекула). Это оптический аналитический метод, который анализирует интерференционную картину белого света, отраженного от двух поверхностей: слоя иммобилизованного белка на кончике биосенсора и внутреннего эталонного слоя. Любое изменение количества молекул, связанных с наконечником биосенсора, вызывает сдвиг интерференционной картины, которую можно измерить в режиме реального времени, предоставляя подробную информацию о кинетике ассоциации и диссоциации двух молекул, а также о константе сродства для белковое взаимодействие (ka , kd и Kd ) . Благодаря конфигурации сенсора этот метод хорошо подходит как для очищенных, так и для неочищенных образцов, а также для высокопроизводительных экспериментов по скринингу. Метод обнаружения также можно использовать для определения молярной концентрации аналитов.

Определение активности белка с помощью ЯМР измерений многоядерной релаксации или ЯМР-спектроскопии 2D-FT в растворах в сочетании с нелинейным регрессионным анализом релаксации ЯМР или наборами данных спектроскопии 2D-FT. В то время как концепция активности воды широко известна и используется в прикладных биологических науках, ее дополнение - активность белка , которая количественно определяет межбелковые взаимодействия - гораздо менее знакома биологам, поскольку ее труднее определить в разбавленных растворах белков; Активность белка также гораздо сложнее определить для концентрированных белковых растворов, когда доминирующим процессом часто является агрегация белков, а не просто временная ассоциация белков. [29]

Изотермическая титровальная калориметрия (ИТК) считается наиболее количественным доступным методом измерения термодинамических свойств белок-белковых взаимодействий и становится необходимым инструментом для структурных исследований белково-белковых комплексов. Этот метод основан на точном измерении тепловых изменений, которые следуют за взаимодействием белковых молекул в растворе, без необходимости маркировки или иммобилизации партнеров по связыванию, поскольку поглощение или производство тепла является внутренним свойством практически всех биохимических реакций. ITC предоставляет информацию о стехиометрии, энтальпии, энтропии и кинетике связывания между двумя взаимодействующими белками. [30]

Микромасштабный термофорез (МСТ) — это новый метод, который позволяет количественно анализировать молекулярные взаимодействия в растворе в микролитровом масштабе. Метод основан на термофорезе молекул, который дает информацию о размере молекул, заряде и гидратной оболочке. Поскольку связывание обычно влияет по крайней мере на один из этих параметров, этот метод можно использовать для анализа каждого вида биомолекулярного взаимодействия или модификации. Метод одинаково хорошо работает как в стандартных буферах, так и в биологических жидкостях, таких как кровь или клеточный лизат. Это бесплатный метод решения, который не требует иммобилизации партнеров по связыванию. MST предоставляет информацию об аффинности связывания, стехиометрии, конкуренции и энтальпии двух или более взаимодействующих белков. [31] [32]

Анализ связывания лигандов на основе вращающихся клеток с использованием радиоактивности или флуоресценции — это новейший метод, позволяющий измерять молекулярные взаимодействия в живых клетках в режиме реального времени. Этот метод позволяет охарактеризовать механизм связывания, а также K d , k on и k off . Этот принцип применяется в нескольких исследованиях, в основном с белковыми лигандами и живыми клетками млекопитающих. [33] [34] [35] [36] Альтернативной технологией измерения взаимодействия белков непосредственно на клетках является цитометрия взаимодействия в реальном времени (RT-IC). [37] В этой технологии живые или фиксированные клетки физически удерживаются на поверхности биосенсорных чипов с помощью биосовместимых и проницаемых полимерных ловушек. [38] Связывание и освобождение автоматически вводимых меченых аналитов измеряют с помощью флуоресцентного обнаружения с временным разрешением.

Одноцветная рефлектометрия (SCORE) — это не требующая меток технология измерения всех видов биомолекулярных взаимодействий в режиме реального времени. Подобно BLI, он использует эффекты интерференции на тонких слоях. Однако для этого не требуется спектральное разрешение, а используется монохроматический свет. Таким образом, можно анализировать не только одиночное взаимодействие, но и массивы высокой плотности — до 10 000 взаимодействий на см. 2 . [39]

SwitchSENSE — это технология, основанная на использовании нанорычагов ДНК на поверхности чипа. , флуоресцентный краситель К этому нанорычагу прикреплены а также немеченый лиганд. При связывании аналита с лигандом кинетические скорости в реальном времени (k on , k off ) можно измерить как изменения интенсивности флуоресценции и K d определить . Этот метод может быть использован для исследования белок-белковых взаимодействий, а также для исследования модуляторов белок-белковых взаимодействий путем оценки образования тройных комплексов. Примером таких модуляторов являются PROTAC , терапевтический потенциал которых исследуется при лечении рака. Другим примером таких тройных взаимодействий являются биспецифические антитела, связывающиеся с двумя разными антигенами. [40] Кроме того, переключательSENSE можно использовать для обнаружения конформационных изменений, вызванных связыванием лигандов с белком-мишенью. [41]

Генетические методы

[ редактировать ]

Дрожжевой двугибридный и бактериальный двугибридный скрининг [42] исследовать взаимодействие между искусственными слитыми белками. Они не требуют выделения белков, а скорее используют трансформацию для экспрессии белков в бактериях или дрожжах . Клетки устроены таким образом, что взаимодействие активирует транскрипцию репортерного гена или репортерного фермента . [43]

Вычислительные методы

[ редактировать ]

Большинство методов PPI требуют некоторого вычислительного анализа данных. Методы, описанные в этом разделе, в основном являются вычислительными, хотя обычно для них требуются данные, полученные в ходе экспериментов в мокрых лабораториях.

Белково-белковый докинг , предсказание белок-белковых взаимодействий, основанное только на трехмерных белковых структурах, полученных с помощью дифракции рентгеновских лучей белковых кристаллов, может быть неудовлетворительным. [44] [45]

Сетевой анализ включает в себя анализ сетей взаимодействия с использованием методов теории графов или статистических методов. Цель этих исследований — понять природу взаимодействий в контексте клетки или пути , а не только отдельных взаимодействий. [46]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Титека, Кевин; Лемменс, Ирма; Тавернье, Ян; Эйкерман, Свен (29 июня 2018 г.). «Обнаружение клеточных белок-белковых взаимодействий: технологические стратегии и возможности» . Обзоры масс-спектрометрии . 38 (1): 79–111. дои : 10.1002/mas.21574 . ISSN   0277-7037 . ПМИД   29957823 .
  2. ^ Големис Э (2002). Белко-белковые взаимодействия: Руководство по молекулярному клонированию . Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк: Лабораторное издательство Колд-Спринг-Харбор. ISBN  0-87969-604-4 . OCLC   1424867941 . [ нужна страница ]
  3. ^ Ху С.Д., Чиненов Ю., Керппола Т.К. (апрель 2002 г.). «Визуализация взаимодействий между белками семейства bZIP и Rel в живых клетках с использованием бимолекулярной флуоресцентной комплементации» . Молекулярная клетка . 9 (4): 789–98. дои : 10.1016/S1097-2765(02)00496-3 . ПМИД   11983170 .
  4. ^ Лу Дж. П., Битти Л. К., Пинтус Дж. Х. (2008). «Одновекторная система на основе рекомбиназы двойной экспрессии (DERB) для высокопроизводительного скрининга и проверки белковых взаимодействий в живых клетках» . Предшественники природы . дои : 10.1038/npre.2008.1550.2 . hdl : 10101/npre.2008.1550.2 .
  5. ^ Суханек М., Радзиковска А., Тиле С. (апрель 2005 г.). «Фотолейцин и фотометионин позволяют идентифицировать белок-белковые взаимодействия в живых клетках» . Природные методы . 2 (4): 261–7. дои : 10.1038/nmeth752 . ПМИД   15782218 .
  6. ^ Мурале Д.П., Хонг СК, Хак ММ, Ли Дж.С. (24 июня 2017 г.). «Фотоаффинная маркировка (PAL) в химической протеомике: удобный инструмент для исследования белок-белковых взаимодействий (PPI)» . Протеомная наука . 15:14 . дои : 10.1186/s12953-017-0123-3 . ПМЦ   5483283 . ПМИД   28652856 .
  7. ^ Коллинз С.Р., Кеммерен П., Чжао XC, Гринблатт Дж.Ф., Спенсер Ф., Хольстедж ФК, Вайсман Дж.С., Кроган, Нью-Джерси (март 2007 г.). «К комплексному атласу физического интерактома Saccharomyces cerevisiae» (PDF) . Молекулярная и клеточная протеомика . 6 (3): 439–50. дои : 10.1074/mcp.M600381-MCP200 . ПМИД   17200106 . S2CID   11177122 .
  8. ^ Кроган Н.Дж., Кэгни Дж., Ю Х., Чжун Г., Го Х, Игнатченко А., Ли Дж., Пу С., Датта Н., Тикуисис А.П., Пунна Т., Перегрин-Альварес Дж.М., Шейлз М., Чжан Х., Дэйви М., Робинсон М.Д., Пакканаро А, Брэй Дж.Э., Шеунг А, Битти Б., Ричардс Д.П., Канадиен В., Лалев А., Мена Ф, Вонг П., Старостине А., Канете М.М., Власблом Дж., Ву С., Орси С., Коллинз С.Р., Чандран С., Хоу Р. , Рилстоун Дж.Дж., Ганди К., Томпсон Н.Дж., Муссо Дж., Ст Ондж П., Ганни С., Лам М.Х., Батленд Дж., Альтаф-Ул А.М., Канайя С., Шилатифард А., О'Ши Э., Вайсман Дж.С., Инглиш СиДжей, Хьюз Т.Р. , Паркинсон Дж., Герштейн М., Водак С.Дж., Эмили А., Гринблатт Дж.Ф. (март 2006 г.). «Глобальный ландшафт белковых комплексов дрожжей Saccharomyces cerevisiae». Природа 440 (7084): 637–43. Бибкод : 2006Природа.440..637К . дои : 10.1038/nature04670 . ПМИД   16554755 . S2CID   72422 .
  9. ^ Гэвин А.С., Элой П., Гранди П., Краузе Р., Боше М., Марзиок М., Рау С., Йенсен Л.Дж., Бастук С., Дюмпельфельд Б., Эдельманн А., Хертье М.А., Хоффман В., Хоферт С., Кляйн К., Худак М., Мишон А.М. , Шелдер М., Ширле М., Ремор М., Руди Т., Хупер С., Бауэр А., Баумистер Т., Казари Г., Древес Г., Нойбауэр Г., Рик Дж. М., Кастер Б., Борк П., Рассел Р.Б., Суперти-Фурга Г. (март 2006 г.) ). «Обследование протеома показывает модульность механизма дрожжевых клеток». Природа . 440 (7084): 631–6. Бибкод : 2006Natur.440..631G . дои : 10.1038/nature04532 . ПМИД   16429126 . S2CID   4335436 .
  10. ^ Херцберг С., Вайдингер Л.А., Доррбекер Б., Хюбнер С., Штюльке Дж., Коммихау FM (ноябрь 2007 г.). «SPINE: метод быстрого обнаружения и анализа белок-белковых взаимодействий in vivo». Протеомика . 7 (22): 4032–5. дои : 10.1002/pmic.200700491 . ПМИД   17994626 . S2CID   35517635 .
  11. ^ Зельбах М., Манн М. (декабрь 2006 г.). «Скрининг взаимодействия белков методом количественной иммунопреципитации в сочетании с нокдауном (БЫСТРЫЙ)». Природные методы . 3 (12): 981–3. дои : 10.1038/nmeth972 . ПМИД   17072306 . S2CID   21675041 .
  12. ^ Сёдерберг О., Галлберг М., Ярвиус М., Риддерстроле К., Лейховиус К.Дж., Ярвиус Дж., Вестер К., Гидбринг П., Бахрам Ф., Ларссон Л.Г., Ландегрен У. (декабрь 2006 г.). «Прямое наблюдение отдельных эндогенных белковых комплексов in situ путем бесконтактного лигирования». Природные методы . 3 (12): 995–1000. дои : 10.1038/nmeth947 . ПМИД   17072308 . S2CID   21819907 .
  13. ^ Ярвиус М., Паулссон Дж., Вайбрехт И., Лейховиус К.Дж., Андерссон А.С., Уолби С., Гуллберг М., Ботлинг Дж., Сьёблом Т., Маркова Б., Остман А., Ландегрен У., Сёдерберг О. (сентябрь 2007 г.). «Обнаружение in situ фосфорилированного рецептора бета-фактора роста тромбоцитов с использованием обобщенного метода бесконтактного лигирования» . Молекулярная и клеточная протеомика . 6 (9): 1500–9. дои : 10.1074/mcp.M700166-MCP200 . ПМИД   17565975 .
  14. ^ Фи CJ, Фредерикс-Шорт Ф, Билликанти Дж. М., Дамодаран В. Б. (22–26 июня 2008 г.). Измерение электростатических взаимодействий ПЭГилированных белков с использованием нового метода многоканального поверхностного плазмонного резонанса . Восстановление биологических продуктов XIII. Квебек-Сити, Квебек. Архивировано из оригинала 4 ноября 2010 г.
  15. ^ Атри АК, Минтон АП (ноябрь 2005 г.). «Статическое светорассеяние в градиенте состава: новый метод быстрого обнаружения и количественной характеристики обратимых макромолекулярных гетероассоциаций в растворе» . Аналитическая биохимия . 346 (1): 132–8. дои : 10.1016/j.ab.2005.08.013 . ПМИД   16188220 .
  16. ^ Хэнлон А.Д., Ларкин М.И., Реддик Р.М. (январь 2010 г.). «Белко-белковые взаимодействия в свободном растворе и без меток, характеризующиеся динамическим рассеянием света» . Биофизический журнал . 98 (2): 297–304. Бибкод : 2010BpJ....98..297H . дои : 10.1016/j.bpj.2009.09.061 . ПМК   2808485 . ПМИД   20338851 .
  17. ^ Перейти обратно: а б Поульсен Н.Н., Андерсен Н.З., Остергаард Дж., Чжуан Г., Петерсен Н.Дж., Йенсен Х. (июль 2015 г.). «Проточный дисперсионный анализ позволяет быстро определить количество белков в образцах плазмы человека» . Аналитик . 140 (13): 4365–9. Бибкод : 2015Ана...140.4365P . дои : 10.1039/c5an00697j . ПМИД   26031223 .
  18. ^ Поульсен Н.Н., Педерсен М.Е., Остергаард Дж., Петерсен Н.Дж., Нильсен К.Т., Хегаард Н.Х., Йенсен Х. (сентябрь 2016 г.). «Дисперсионный анализ, индуцированный потоком, для исследования гетерогенности связывания антител против дцДНК у пациентов с системной красной волчанкой: к новому подходу к диагностике и стратификации пациентов». Аналитическая химия . 88 (18): 9056–61. дои : 10.1021/acs.analchem.6b01741 . ПМИД   27571264 .
  19. ^ Поллок, Б; Хайм, Р. (1999). «Использование GFP в приложениях на основе FRET». Тенденции в клеточной биологии . 9 (2): 57–60. дои : 10.1016/S0962-8924(98)01434-2 . ПМИД   10087619 .
  20. ^ Мартин С.Ф., Тэтэм М.Х., Хэй РТ, Сэмюэл И.Д. (апрель 2008 г.). «Количественный анализ мультибелковых взаимодействий с использованием FRET: применение к пути SUMO» . Белковая наука . 17 (4): 777–84. дои : 10.1110/ps.073369608 . ПМК   2271167 . ПМИД   18359863 .
  21. ^ Ши Ю, Стаутен П.Ф., Пиллаламарри Н., Бариле Л., Розал Р.В., Тейхберг С., Бу З., Каллауэй DJ (9 ноября 2005 г.). «Количественное определение топологических склонностей амилоидогенных пептидов». Биофиз. Хим . 120 (1): 55–61. дои : 10.1016/j.bpc.2005.09.015 . ПМИД   16288953 .
  22. ^ Мацумото С., Хаммес Г.Г. (28 января 1975 г.). «Перенос энергии флуоресценции между сайтами связывания лиганда аспартат-транскарбамилазы». Биохимия . 14 (2): 214–224. дои : 10.1021/bi00673a004 . ПМИД   1091284 .
  23. ^ Секар, РБ; Периасами, А (2003). «Микроскопия флуоресцентного резонансного переноса энергии (FRET) локализации белков живых клеток» . Журнал клеточной биологии . 160 (5): 629–33. дои : 10.1083/jcb.200210140 . ПМК   2173363 . ПМИД   12615908 .
  24. ^ Ни, Цян; Чжан, Цзинь (2010). «Динамическая визуализация сотовой сигнализации» . В Эндо, Исао; Нагамуне, Теруюки (ред.). Нано/Микробиотехнология . Достижения в области биохимической инженерии/биотехнологии. Том. 119. Спрингер. стр. 79–97. Бибкод : 2010nmb..book...79N . дои : 10.1007/10_2008_48 . ISBN  978-3-642-14946-7 . ПМИД   19499207 .
  25. ^ Гаделла Т.В. (2008). Техники FRET и FLIM . Эльзевир. ISBN  978-0-08-054958-3 . [ нужна страница ]
  26. ^ Лакович, Джозеф Р. (1999). Принципы флуоресцентной спектроскопии (2-е изд.). Клювер. стр. 374–443. ISBN  978-0-306-46093-7 .
  27. ^ Фан Ю (2007). «Оптические биосенсоры без меток в открытии лекарств» (PDF) . Тенденции в био/фармацевтической промышленности . 3 : 34–8.
  28. ^ Рич Р.Л., Мышка Д.Г. (февраль 2007 г.). «Высокопроизводительный анализ молекулярного взаимодействия в реальном времени без меток». Аналитическая биохимия . 361 (1): 1–6. дои : 10.1016/j.ab.2006.10.040 . ПМИД   17145039 .
  29. ^ Баяну И.С., Прессен Х, Кумосински Т.Ф. (1993). «Принципы ЯМР и их применение к структуре, активности и гидратации белка». Передовые методы, структуры и приложения . Физическая химия пищевых процессов, Том II. Нью-Йорк: Ван Ностранд-Рейнхольд. стр. 338–420. ISBN  978-0-442-00582-5 .
  30. ^ Беллуччи М (2010). Белко-белковые взаимодействия: набор инструментов для выяснения функциональных сетей . ВДМ Верлаг Доктор Мюллер. ISBN  978-3-639-31160-0 . [ нужна страница ]
  31. ^ Винкен С.Дж., Бааске П., Ротбауэр У., Браун Д., Дур С. (октябрь 2010 г.). «Анализ связывания белков в биологических жидкостях с использованием микромасштабного термофореза» . Природные коммуникации . 1 (7): 100. Бибкод : 2010NatCo...1..100W . дои : 10.1038/ncomms1093 . ПМК   3186516 . ПМИД   20981028 .
  32. ^ Бааске П., Винкен С.Дж., Райнек П., Дур С., Браун Д. (март 2010 г.). «Оптический термофорез для количественной оценки буферной зависимости связывания аптамеров». Прикладная химия . 49 (12): 2238–41. дои : 10.1002/anie.200903998 . ПМИД   20186894 . S2CID   42489892 .
  33. ^ Рено Дж.П., Чанг К.В., Дэниэлсон У.Х., Эгнер У., Хенниг М., Хаббард Р.Э., Нар Х. (октябрь 2016 г.). «Биофизика в открытии лекарств: влияние, проблемы и возможности» (PDF) . Обзоры природы. Открытие наркотиков . 15 (10): 679–98. дои : 10.1038/nrd.2016.123 . ПМИД   27516170 . S2CID   34486618 .
  34. ^ Андерссон, Карл; Бьёркелунд, Ханна; Мальмквист, Магнус (10 ноября 2010 г.). «Взаимодействие антитело-антиген: сколько времени требуется для достижения равновесия?» . Предшественники природы . Карл Андерссон. дои : 10.1038/npre.2010.5218.1 .
  35. ^ Бьёрке Х., Андерссон К. (август 2006 г.). «Автоматизированные исследования клеточного удержания и поглощения с высоким разрешением in vitro». Прикладное излучение и изотопы . 64 (8): 901–5. дои : 10.1016/j.apradiso.2006.03.002 . ПМИД   16618544 .
  36. ^ Бьёрке Х., Андерссон К. (январь 2006 г.). «Измерение сродства радиолиганда к его рецептору с использованием вращающейся клеточной чашки с контрольной областью in situ». Прикладное излучение и изотопы . 64 (1): 32–7. дои : 10.1016/j.apradiso.2005.06.007 . ПМИД   16055339 .
  37. ^ «Объявлены победители премии за новые продукты SLAS 2023» .
  38. ^ Рид, Сина; Веллекуп, Майкл; Мюллер-Ландау, Ханна; Мащеко, Нена; Рэнт, Ульрих; Лаклум, Фридер (2020). «Иммобилизация одиночных клеток при высоких скоростях потока с использованием 2PP-ловушек в микрофлюидном канале» . SMSI 2020 — Датчики и приборы . стр. 81–82. дои : 10.5162/SMSI2020/A5.3 .
  39. ^ Мюллер А., Фехнер П., Марич Х.М., Шафер-Нильсен С., Прёлль Ф., Пролл Г. «Одновременный анализ 1485 взаимодействий антитело-антиген без меток» (PDF) . Биаметрия. Архивировано из оригинала (PDF) 20 октября 2017 г. Проверено 4 декабря 2017 г.
  40. ^ Мак С., Маршал А., Мащеко Н., Рант У. (2023). «Кинетический анализ тройного и бинарного способов связывания биспецифического антитела эмицизумаба» . МАбс . 15 (1): 2149053. doi : 10.1080/19420862.2022.2149053 . ПМЦ   9724730 . ПМИД   36453702 .
  41. ^ Сунь Л, Вэй Н, Куле Б, Блокель Д, Новик С, Матушек З, Чжоу Х, Хэ В, Чжан Дж, Вебер Т, Хорват Р, Латур П, Пан Т, Шиммель П, Гриффин PR, Ян XL (март 2021 г.) ). «Мутанты домена аминоацилирования, вызывающие CMT2N, обеспечивают взаимодействие Nrp1 с AlaRS» . Proc Natl Acad Sci США . 118 (13). дои : 10.1073/pnas.2012898118 . ПМК   8020758 . ПМИД   33753480 .
  42. ^ Баттешти А, Бувере Э (декабрь 2012 г.). «Бактериальная двугибридная система, основанная на восстановлении аденилатциклазы в Escherichia coli» . Методы . 58 (4): 325–34. дои : 10.1016/j.ymeth.2012.07.018 . ПМИД   22841567 .
  43. ^ Мехла Дж., Кофилд Дж. Х., Уец П. (май 2015 г.). «Двугибридная система дрожжей: инструмент для картирования белок-белковых взаимодействий». Протоколы Колд-Спринг-Харбора . 2015 (5): 425–30. дои : 10.1101/pdb.top083345 . ПМИД   25934943 .
  44. ^ Бонвин А.М. (апрель 2006 г.). «Гибкая белок-белковая стыковка». Современное мнение в области структурной биологии . 16 (2): 194–200. дои : 10.1016/j.sbi.2006.02.002 . HDL : 1874/20093 . ПМИД   16488145 .
  45. ^ Грей Джей-Джей (апрель 2006 г.). «Стыковка белков с белками высокого разрешения». Современное мнение в области структурной биологии . 16 (2): 183–93. дои : 10.1016/j.sbi.2006.03.003 . ПМИД   16546374 .
  46. ^ Барабаси А.Л., Олваи З.Н. (февраль 2004 г.). «Сетевая биология: понимание функциональной организации клетки». Обзоры природы. Генетика . 5 (2): 101–13. дои : 10.1038/nrg1272 . ПМИД   14735121 . S2CID   10950726 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Methods_to_investigate_protein–protein_interactions&oldid=1238897702"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: ad8b07bbd46c0e73376bd6963ce9cb8b__1722920220
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/ad/8b/ad8b07bbd46c0e73376bd6963ce9cb8b.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Methods to investigate protein–protein interactions - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)