экстракция РНК

Экстракция РНК — это очистка РНК из биологических образцов. Эта процедура осложняется повсеместным присутствием ферментов рибонуклеаз в клетках и тканях, которые могут быстро разрушать РНК. ^{[ 1 ]} для выделения РНК из образцов используется несколько методов В молекулярной биологии , наиболее распространенным из них является экстракция тиоцианатом гуанидиния, фенолом и хлороформом . ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Метод лизиса и элюирования на основе фильтровальной бумаги отличается высокой пропускной способностью. ^{[ 4 ]}

Экстракция РНК в жидком азоте, обычно с использованием ступки и пестика (или специальных стальных устройств, известных как тканевые измельчители), также полезна для предотвращения активности рибонуклеазы.

Загрязнение РНКазой

Извлечение РНК в экспериментах по молекулярной биологии значительно осложняется присутствием вездесущих и устойчивых РНКаз, которые разрушают образцы РНК. Некоторые РНКазы могут быть чрезвычайно выносливыми, и их инактивация трудна по сравнению с нейтрализацией ДНКаз . Помимо высвобождаемых клеточных РНКаз, в окружающей среде присутствует несколько РНКаз. В ходе эволюции РНКазы приобрели множество внеклеточных функций в различных организмах. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} Например, РНКаза 7, член суперсемейства РНКазы А , секретируется кожей человека и служит мощной антипатогенной защитой. ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]} функции РНКазы Для этих секретируемых РНКаз ферментативная активность может даже не быть необходимой для выполнения . Например, иммунные РНКазы действуют путем дестабилизации клеточных мембран бактерий. ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}

Чтобы противостоять этому, оборудование, используемое для выделения РНК, обычно тщательно очищают, хранят отдельно от обычного лабораторного оборудования и обрабатывают различными агрессивными химикатами, разрушающими РНКазы. По той же причине экспериментаторы стараются не прикасаться голой кожей к оборудованию.

См. также

Ссылки

^ Пирсон С.Н., Батлер Дж.Н. (2007). «Экстракция РНК из тканей млекопитающих» . Циркадные ритмы . Методы молекулярной биологии . Том. 362. С. 315–27 . дои : 10.1007/978-1-59745-257-1_22 . ISBN 978-1-58829-417-3 . ПМИД 17417019 .
^ Хомчинский П., Сакки Н. (2006). «Одностадийный метод выделения РНК путем кислой экстракции тиоцианатом гуанидиния, фенола и хлороформа: двадцать с чем-то лет спустя». Нат Проток . 1 (2): 581–5. дои : 10.1038/нпрот.2006.83 . ПМИД 17406285 . S2CID 28653075 .
^ Птица ИМ (2005). «Экстракция РНК из клеток и тканей». Методы Мол. Мед . 108 : 139–48. дои : 10.1385/1-59259-850-1:139 . ISBN 1-59259-850-1 . ПМИД 16028681 .
^ Бумажная карточка с фильтром для высокопроизводительной экстракции РНК FortiusBio
^ Россье, О.; Дао, Дж.; Чианчиотто, НП (2009). «Секретируемая РНКаза типа II Legionella pneumophila способствует оптимальному внутриклеточному заражению Hartmannella vermiformis» . Микробиология . 155 (3): 882–890. дои : 10.1099/mic.0.023218-0 . ПМЦ 2662391 . ПМИД 19246759 . {{cite journal}}: CS1 maint: неотмеченный бесплатный DOI ( ссылка )
^ Лухтала, Н.; Паркер, Р. (2010). «Рибонуклеазы семейства Т2: древние ферменты с разнообразными ролями» . Тенденции биохимических наук . 35 (5): 253–259. дои : 10.1016/j.tibs.2010.02.002 . ПМЦ 2888479 . ПМИД 20189811 .
^ Дайер, К.Д.; Розенберг, Х.Ф. (2006). «РНКаза - суперсемейство: создание разнообразия и врожденная защита хозяина» . Молекулярное разнообразие . 10 (4): 585–597. дои : 10.1007/s11030-006-9028-2 . ПМИД 16969722 . S2CID 20922592 .
^ Хардер, Дж. (2002). «РНКаза 7, новый антимикробный белок врожденной иммунной защиты здоровой кожи человека» . Журнал биологической химии . 277 (48): 46779–46784. дои : 10.1074/jbc.M207587200 . ПМИД 12244054 .
^ Кётен, Б.; Симански, М.; Глейзер, Р.; Подщун Р.; Шредер, Дж. М.; Хардер, младший (2009). «РНКаза 7 способствует защите кожи от Enterococcus faecium» . ПЛОС ОДИН . 4 (7): е6424. Бибкод : 2009PLoSO...4.6424K . дои : 10.1371/journal.pone.0006424 . ПМЦ 2712763 . ПМИД 19641608 .
^ Хуан, Ю.-К.; Лин, Ю.-М.; Чанг, Т.-В.; Ву, С.-Ж.; Ли, Ю.-С.; Чанг, доктор медицины -Т.; Чен, К.; У, С.-Х.; Ляо, Ю.-Д. (2006). «Гибкие и кластеризованные остатки лизина человеческой рибонуклеазы 7 имеют решающее значение для проницаемости мембран и антимикробной активности» . Журнал биологической химии . 282 (7): 4626–4633. дои : 10.1074/jbc.M607321200 . ПМИД 17150966 .
^ Розенберг, Х.Ф. (2008). «РНКаза-а-рибонуклеазы и защита хозяина: развивающаяся история» . Журнал биологии лейкоцитов . 83 (5): 1079–87. дои : 10.1189/jlb.1107725 . ПМЦ 2692241 . ПМИД 18211964 .

Внешние ссылки

Двухфазная промывка для решения повсеместной проблемы переноса примесей в коммерческих наборах для экстракции нуклеиновых кислот ; Эрик Джу, Даан Уиттерс и Рустем Ф. Исмагилов; Природа, Научные отчеты, 2020.

[1] Пирсон С.Н., Батлер Дж.Н. (2007). «Экстракция РНК из тканей млекопитающих» . Циркадные ритмы . Методы молекулярной биологии . Том. 362. С. 315–27 . дои : 10.1007/978-1-59745-257-1_22 . ISBN 978-1-58829-417-3 . ПМИД 17417019 .

[2] Хомчинский П., Сакки Н. (2006). «Одностадийный метод выделения РНК путем кислой экстракции тиоцианатом гуанидиния, фенола и хлороформа: двадцать с чем-то лет спустя». Нат Проток . 1 (2): 581–5. дои : 10.1038/нпрот.2006.83 . ПМИД 17406285 . S2CID 28653075 .

[3] Птица ИМ (2005). «Экстракция РНК из клеток и тканей». Методы Мол. Мед . 108 : 139–48. дои : 10.1385/1-59259-850-1:139 . ISBN 1-59259-850-1 . ПМИД 16028681 .

[4] Бумажная карточка с фильтром для высокопроизводительной экстракции РНК FortiusBio

[5] Россье, О.; Дао, Дж.; Чианчиотто, НП (2009). «Секретируемая РНКаза типа II Legionella pneumophila способствует оптимальному внутриклеточному заражению Hartmannella vermiformis» . Микробиология . 155 (3): 882–890. дои : 10.1099/mic.0.023218-0 . ПМЦ 2662391 . ПМИД 19246759 . {{cite journal}}: CS1 maint: неотмеченный бесплатный DOI ( ссылка )

[6] Лухтала, Н.; Паркер, Р. (2010). «Рибонуклеазы семейства Т2: древние ферменты с разнообразными ролями» . Тенденции биохимических наук . 35 (5): 253–259. дои : 10.1016/j.tibs.2010.02.002 . ПМЦ 2888479 . ПМИД 20189811 .

[7] Дайер, К.Д.; Розенберг, Х.Ф. (2006). «РНКаза - суперсемейство: создание разнообразия и врожденная защита хозяина» . Молекулярное разнообразие . 10 (4): 585–597. дои : 10.1007/s11030-006-9028-2 . ПМИД 16969722 . S2CID 20922592 .

[8] Хардер, Дж. (2002). «РНКаза 7, новый антимикробный белок врожденной иммунной защиты здоровой кожи человека» . Журнал биологической химии . 277 (48): 46779–46784. дои : 10.1074/jbc.M207587200 . ПМИД 12244054 .

[9] Кётен, Б.; Симански, М.; Глейзер, Р.; Подщун Р.; Шредер, Дж. М.; Хардер, младший (2009). «РНКаза 7 способствует защите кожи от Enterococcus faecium» . ПЛОС ОДИН . 4 (7): е6424. Бибкод : 2009PLoSO...4.6424K . дои : 10.1371/journal.pone.0006424 . ПМЦ 2712763 . ПМИД 19641608 .

[10] Хуан, Ю.-К.; Лин, Ю.-М.; Чанг, Т.-В.; Ву, С.-Ж.; Ли, Ю.-С.; Чанг, доктор медицины -Т.; Чен, К.; У, С.-Х.; Ляо, Ю.-Д. (2006). «Гибкие и кластеризованные остатки лизина человеческой рибонуклеазы 7 имеют решающее значение для проницаемости мембран и антимикробной активности» . Журнал биологической химии . 282 (7): 4626–4633. дои : 10.1074/jbc.M607321200 . ПМИД 17150966 .

[11] Розенберг, Х.Ф. (2008). «РНКаза-а-рибонуклеазы и защита хозяина: развивающаяся история» . Журнал биологии лейкоцитов . 83 (5): 1079–87. дои : 10.1189/jlb.1107725 . ПМЦ 2692241 . ПМИД 18211964 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]