Проект генома 100 тысяч патогенов

Проект генома 100 тысяч патогенов
Проект генома 100 тысяч патогенов
Тип проекта	академическое, государственное и частное партнерство
Продолжительность	июль 2012 г. –
Веб-сайт	100 тысяч геномов .org

Проект « 100 тысяч геномов патогенов» был запущен в июле 2012 года Бартом Веймером (Калифорнийский университет в Дэвисе) в рамках академического, государственного и частного партнерства. ^{[ 1 ]} Целью проекта является секвенирование геномов 100 000 инфекционных микроорганизмов для создания базы данных последовательностей бактериальных геномов для использования в общественном здравоохранении, обнаружении вспышек заболеваний и выявлении бактериальных патогенов. Это ускорит диагностику болезней пищевого происхождения и сократит вспышки инфекционных заболеваний. ^{[ 2 ]}

Проект «100 тысяч геномов патогенов» — это совместный государственно-частный проект по секвенированию геномов 100 000 инфекционных микроорганизмов. Проект «100 тысяч геномов» предоставит дорожную карту для разработки тестов для более быстрого выявления патогенов и отслеживания их происхождения. ^{[ 3 ]}

Партнерами, объявленными при запуске проекта, были Калифорнийский университет в Дэвисе , Agilent Technologies и Управление по контролю за продуктами и лекарствами США , при этом в качестве соавторов были отмечены Центры США по контролю и профилактике заболеваний и Министерство сельского хозяйства США . По мере реализации проекта партнерство развивалось, включая или заменяя этих партнеров-основателей. ^{[ 3 ]} Проект «100 тысяч геномов патогенов» был выбран Консорциумом по безопасности пищевых продуктов IBM/Mars для получения метагеномных последовательностей. ^{[ 4 ]}

Проект 100K Pathogen Genome Project проводит высокопроизводительное секвенирование нового поколения (NGS) для исследования геномов целевых микроорганизмов , при этом полногеномное секвенирование будет проводиться на небольшом количестве микроорганизмов для использования в качестве эталонного генома . Большинство бактериальных штаммов будут секвенированы и собраны в виде черновых геномов; однако в рамках биопроекта 100K в рамках биопроекта 100K в рамках проекта также были получены закрытые геномы для различных кишечных патогенов. ^{[ 5 ]}

Эта стратегия позволяет осуществлять сотрудничество во всем мире для выявления наборов генетических биомаркеров, связанных с важными характеристиками патогенов. Результатом этого пятилетнего проекта по изучению микробных патогенов станет бесплатная общедоступная база данных, содержащая информацию о последовательностях генома каждого патогена. Завершенные последовательности генов будут храниться в Национального института здравоохранения ( NIH ) . общедоступной базе данных Национального центра биотехнологической информации ( NCBI ) ^{[ 6 ]} Используя базу данных, ученые смогут разработать новые методы борьбы с болезнетворными бактериями в пищевой цепочке.

Ссылки

^ Бертон, Томас (12 июля 2012 г.). «FDA стремится отслеживать генетические коды пищевых бактерий» . Уолл Стрит Джорнал . Проверено 16 июля 2018 г.
^ Кертис Аллен (12 июля 2012 г.). «FDA, Калифорнийский университет в Дэвисе, Agilent Technologies и CDC создают общедоступную базу данных геномов пищевых патогенов» . Министерство здравоохранения и социальных служб США. Архивировано из оригинала 2 декабря 2016 года . Проверено 2 декабря 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б Бейли, Пэт (12 июля 2012 г.). «Проект «100 тысяч геномов» направлен на борьбу с болезнями пищевого происхождения» . Калифорнийский университет в Дэвисе . Архивировано из оригинала 10 сентября 2023 г. Проверено 25 июня 2024 г.
^ Малой, Лорел (6 февраля 2015 г.). «Mars и IBM борются с патогенами пищевого происхождения с помощью анализа ДНК» . Еда онлайн . Проверено 25 июня 2024 г.
^ «Проект 100 тысяч пищевых патогенов» . Национальная медицинская библиотека США. Архивировано из оригинала 2 декабря 2016 года . Проверено 1 декабря 2016 г.
^ «Запущен проект 100K Genome по секвенированию геномов патогенов пищевого и водного происхождения» . ООО "Геномеб". 12 июля 2012 года. Архивировано из оригинала 2 декабря 2016 года . Проверено 2 декабря 2016 г.

Внешние ссылки

[1] Бертон, Томас (12 июля 2012 г.). «FDA стремится отслеживать генетические коды пищевых бактерий» . Уолл Стрит Джорнал . Проверено 16 июля 2018 г.

[fda-2] Кертис Аллен (12 июля 2012 г.). «FDA, Калифорнийский университет в Дэвисе, Agilent Technologies и CDC создают общедоступную базу данных геномов пищевых патогенов» . Министерство здравоохранения и социальных служб США. Архивировано из оригинала 2 декабря 2016 года . Проверено 2 декабря 2016 г.

[UC_Davis-3] Jump up to: ^а ^б Бейли, Пэт (12 июля 2012 г.). «Проект «100 тысяч геномов» направлен на борьбу с болезнями пищевого происхождения» . Калифорнийский университет в Дэвисе . Архивировано из оригинала 10 сентября 2023 г. Проверено 25 июня 2024 г.

[l483-4] Малой, Лорел (6 февраля 2015 г.). «Mars и IBM борются с патогенами пищевого происхождения с помощью анализа ДНК» . Еда онлайн . Проверено 25 июня 2024 г.

[5] «Проект 100 тысяч пищевых патогенов» . Национальная медицинская библиотека США. Архивировано из оригинала 2 декабря 2016 года . Проверено 1 декабря 2016 г.

[genomeweb-6] «Запущен проект 100K Genome по секвенированию геномов патогенов пищевого и водного происхождения» . ООО "Геномеб". 12 июля 2012 года. Архивировано из оригинала 2 декабря 2016 года . Проверено 2 декабря 2016 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

v т и Геномика
Поля	Когнитивная геномика Вычислительная геномика Сравнительная геномика Функциональная геномика Геномный проект Проект «Геном человека» Метагеномика Проект микробиома человека Пангеномика Персональная геномика Популяционная геномика Социальная геномика Структурная геномика
Биоинформатика	Биочип Хеминформатика Хемогеномика Коннектомика Проект человеческого коннектома Эпигеномика Проект эпигенома человека гликомика Иммуномика Липидомика Метаболомика Микробиомика Нутригеномика Палеополиплоидия Фармакогенетика Фармакогеномика Системная биология Токсикогеномика Транскриптомика
Структурная биология	Протеомика Проект протеома человека Протеомика карты вызовов Структурно-ориентированный дизайн лекарств Экспрессионная протеомика
Инструменты исследования	2-D электрофорез Масс-спектрометр Ионизация электрораспылением Лазерная десорбция ионизация с помощью матрицы Матрично-активированная лазерная десорбция ионизационно-времяпролетный масс-спектрометр Микрофлюидные инструменты Метки изотопного сродства Захват конформации хромосомы
Организации	Банк данных ДНК Японии (JP) Европейская лаборатория молекулярной биологии (ЕС) Национальные институты здравоохранения (США) Wellcome Sanger Institute (Великобритания)
Список Категория