Циветта SARS-CoV
| Циветта SARS-CoV | |
|---|---|
Классификация вирусов 
| |
| (без рейтинга): | Вирус |
| Область : | Рибовирия |
| Королевство: | Орторнавиры |
| Тип: | Писувирикота |
| Сорт: | Пизонивирицеты |
| Заказ: | Ты этого не делал |
| Семья: | Коронавирусы |
| Род: | Бетакоронавирус |
| Подрод: | Сарбековирус |
| Разновидность: | |
| Напряжение: | Циветта SARS-CoV
|
Циветта SARS-CoV [ 1 ] Это коронавирус, связанный с коронавирусом тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV), который заражал людей и вызывал случаи атипичной пневмонии в период с 2002 по 2003 год. Он инфицировал маскированную пальмовую циветту . Коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV) очень похож: сходство последовательностей геномов составляет около 99,8%. Поскольку несколько пациентов, инфицированных на ранней стадии эпидемии, контактировали с японской енотовидной собакой (также называемой тануки), питающейся фруктами, на рынке, тануки может быть прямым источником человеческого коронавируса SARS. В конце 2003 года еще четыре человека в Гуанчжоу , Китай, заразились этой болезнью. Анализ последовательностей показал, что сходство с вирусом тануки достигло 99,9%, а коронавирус атипичной пневмонии также был вызван случаями передачи тануки.
Последующее исследование маскированной пальмовой циветты не было обнаружено в нескольких случаях, что указывает на то, что фруктовые тануки могут не быть естественным хозяином коронавируса SARS, а лишь промежуточным хозяином вируса от естественного резервуара ( летучие мыши ) до человека. [ 2 ] Хотя коронавирус SARS тануки очень похож на коронавирус SARS человека, в рецептор-связывающем домене (RBD) нагрузочного белка есть несколько точек, а ORF8, который кодирует вспомогательный белок, имеет более длинную последовательность длиной 29 нт, чем человеческий вирус. При заражении вирусом человека через видовой барьер эти области меняются, что может быть связано с адаптацией к новой среде.
Открытие
[ редактировать ]
После вспышки атипичной пневмонии исследователи протестировали диких животных, продаваемых в Шэньчжэне, провинция Гуандун , Китай. Они обнаружили, что у замаскированной пальмовой циветты , енотовидной собаки и китайского хорька-барсука был коронавирус, связанный с тяжелым острым респираторным синдромом, и получили две полные коронавируса, связанного с тяжелым острым респираторным синдромом последовательности генома , SZ3 и SZ16, из носовых образцов замаскированной пальмовой циветты. Сходство последовательностей Tor2 коронавируса SARS составляет 99,8%. [ 3 ] а анализ сыворотки сотрудников рынка, которые часто контактируют с фруктами тануки, показал, что у них более высокий уровень антител к атипичной пневмонии , чем у населения в целом, что указывает на то, что тануки может быть прямым источником коронавируса атипичной пневмонии. [ 4 ] В мае 2003 года маскированная пальмовая циветта в провинции Гуандун была забита для борьбы с эпидемией, и ее больше не продавали до тех пор, пока в конце августа запрет не был снят. [ 5 ]
В декабре 2003 года, через шесть месяцев после того, как Всемирная организация здравоохранения вспыхнула новая вспышка объявила, что эпидемия атипичной пневмонии взята под контроль, в Гуанчжоу , в которой заразились четыре человека. У маскированной пальмовой циветты, продаваемой на местном рынке и в ресторанах, также был обнаружен коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома (Civet007, Civet010, Cive). T014, Civet019, Civet020, последовательность на 99,9% аналогична последовательности коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома у двух пациентов (официантов и посетителей кафетерия), что указывает на то, что вирус, инфицированный этими четырьмя людьми, не является вирусом человека, вызванным эпидемией 2002-2003 годов. , но маскируется пальмовым циветтом. Маскированная пальмовая циветта - это случай повторного заражения человека маскированной пальмовой циветтой. [ 6 ] [ 7 ] В связи с возобновлением эпидемии маскированная пальмовая циветта на рынке Гуанчжоу снова была забита в целях профилактики эпидемии. [ 5 ]
В конце 2004 года исследователи исследовали маскированную пальмовую циветту на фермах в Гуандуне, Хунани и Хэнани , и только несколько особей с антителами к коронавирусу, связанными с тяжелым острым респираторным синдромом, были обнаружены на ферме в Шаньвее , Гуандун. [ 8 ] В следующем году более 1000 маскированных пальмовых цивет были обследованы в 12 провинциях Китая. [ 5 ] и дикая маскированная пальмовая циветта в Гонконге также были исследованы. [ 9 ] Ни один человек не был заражен коронавирусом, связанным с тяжелым острым респираторным синдромом. [ 11 ] Предыдущий опрос был проведен среди фермера, выращивающего циветту, в провинции Хэнань для рынка Гуанчжоу. Тест на маскированную пальмовую цивету на рынке дает положительный результат, но все особи на фермах провинции Хэнань дают отрицательный результат, что указывает на то, что маскированная пальмовая циветта должна быть заражена на рынке. [ 5 ] Кроме того, типичные клинические симптомы фруктовых тануки можно увидеть в лаборатории после заражения коронавирусом человека, связанным с тяжелым острым респираторным синдромом. Эти исследования показывают, что маскированная пальмовая циветта может быть источником коронавируса у человека, связанного с тяжелым острым респираторным синдромом, но она не должна быть его естественным резервуаром , а лишь промежуточным хозяином, который ускоряет распространение вируса из естественного резервуара к человеку, и оно само также заражено другим животным, чтобы иметь вирус. [ 2 ]
Филогенетический
[ редактировать ]Филогенетическое дерево, основанное на полногеномных последовательностях SARS-CoV-1 и родственных коронавирусов:
| Коронавирус, связанный с SARS‑CoV‑1 |
|
|
SARS-CoV-2 , 79% до SARS-CoV-1 [ 20 ] | |
Отличие от человеческого коронавируса SARS
[ редактировать ]Последовательность генома Civet SARS-CoV очень похожа на последовательность генома человеческого коронавируса SARS. Различия включают в себя последовательность вставки 29 азотистых оснований в ORF8, которая кодирует вспомогательные белки, и разницу между несколькими точками связывающего домена (RBD) рецептора, связывающего белок-шип, и клетки- хозяина рецептора ACE2 . [ 21 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Цивет SARS CoV 007/2004» . Унипрот .
- ^ Jump up to: а б Син-И Гэ; Бен Ху; Чжэн-Ли Ши (2015). «ЛЕТУЧИЕ КОРОНАВИРУСЫ». В Лин-Фа Ванге и Кристофере Коуледе (ред.). Летучие мыши и вирусы: новый рубеж новых инфекционных заболеваний, первое издание . Джон Уайли и сыновья. стр. 127–155. дои : 10.1002/9781118818824.ch5 . ISBN 9781118818824 .
- ^ Гуань, Ю. (2003). «Выделение и характеристика вирусов, связанных с коронавирусом атипичной пневмонии, от животных в Южном Китае» . Наука . 302 (5643): 276–278. Бибкод : 2003Sci...302..276G . дои : 10.1126/science.1087139 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 12958366 .
- ^ Сюй, Жуй-Хэн; Он, Цзянь-Фэн; Эванс, Мейрион Р.; Пэн, Го-Вэнь; Филд, Хьюм Э; Ю, Дэ-Вэнь; Ли, Чин-Кей; Ло, Хуэй-Мин; Линь, Вэй-Шэн; Линь, Пэн; Ли, Лин-Хуэй; Лян, Вэнь-Цзя; Линь, Цзинь-Янь; Шнур, Алан (2004). «Эпидемиологические ключи к происхождению атипичной пневмонии в Китае» . Экстренное заражение Dis . 10 (6): 1030–1037. дои : 10.3201/eid1006.030852 . ISSN 1080-6040 . ПМК 3323155 . ПМИД 15207054 .
- ^ Jump up to: а б с д Кан, Бяо; Ван, Мин; Цзин, Хуайци; Сюй, Хуэйфан; Цзян, Сюгао; Ян, Мэйин; Лян, Вейли; Чжэн, Хан; и др. (2005). «Анализ молекулярной эволюции и географическое исследование тяжелого острого респираторного синдрома, похожего на коронавирус, у пальмовых циветт на животном рынке и на фермах» . Дж Вирол . 79 (18): 11892–11900. doi : 10.1128/JVI.79.18.11892-11900.2005 . ISSN 0022-538X . ПМК 1212604 . ПМИД 16140765 .
- ^ Jump up to: а б Ван, Мин; Сюй, Хуэйфан; Кан, Бяо; Чжэн, Хан и др. (2005) . « . Новые инфекционные болезни . 11 (12): 1860–1865. doi : / eid1112.041293 ISSN 1080-6040 PMC 3367621 . 10.3201
- ^ Сонг, Х.-Д.; Ту, К.-К.; Чжан, Г.-В.; Ван, С.-Ю.; Чжэн, К.; Лей, Л.-К.; Чен, Q.-X.; Гао, Ю.-В.; и др. (2005). «Перекрестная эволюция коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома у пальмовой циветты и человека» . Труды Национальной академии наук . 102 (7): 2430–2435. Бибкод : 2005PNAS..102.2430S . дои : 10.1073/pnas.0409608102 . ISSN 0027-8424 . ПМЦ 548959 . ПМИД 15695582 .
- ^ Ту, Чанчунь, Гэри; Чен, Цзиньдин; Ю, Сян, Хуа; Лю, Шэнван; Ю, Итон, Брайан Т.; Сюань, Хуа; Ван, Линь-Фа (2004). Антитела к коронавирусу SARS у циветт . » « 10 (12): 2244–2248. doi : 10.3201/ . ISSN 1080-6040 . PMC 3323399. . PMID 15663874 eid1012.040520
- ^ Пун, магистр права; Чу, DKW; Чан, К.Х.; Вонг, ок; Эллис, ТМ; Люнг, Ю.К.; Рединг, СКП; Ух ты, PCY; Суен, Кентукки; Юэнь, Кентукки; Гуань, Ю.; Пейрис, JSM (2005). «Идентификация нового коронавируса у летучих мышей» . Журнал вирусологии . 79 (4): 2001–2009. doi : 10.1128/JVI.79.4.2001-2009.2005 . ISSN 0022-538X . ПМЦ 546586 . ПМИД 15681402 .
- ^ Ху, В.; Бай, Б.; Ху, З.; Чен, З.; Ан, Х.; Тан, Л.; Ян, Дж.; Ван, Х.; Ван, Х. (2005). «Разработка и оценка многоцелевого анализа обратной транскрипции-ПЦР Такмана в реальном времени для обнаружения коронавируса, связанного с тяжелым острым респираторным синдромом, и наблюдения за очевидно родственным коронавирусом, обнаруженным у маскированных пальмовых циветт» . Журнал клинической микробиологии . 43 (5): 2041–2046. doi : 10.1128/JCM.43.5.2041-2046.2005 . ISSN 0095-1137 . ПМЦ 1153763 . ПМИД 15872219 .
- ^ Исследователи из Уханьского института вирусологии обнаружили коронавирус атипичной пневмонии у маскированной пальмовой циветты, выращиваемой в провинции Хубэй , что является очень немногим случаем обнаружения коронавируса атипичной пневмонии в фруктах тануки за пределами рынка. [ 10 ] [ 6 ]
- ^ Ким, Юнгван; Сон, Кидонг; Ким, Ён-Сик; Ли, Сук-Янг; Чжон, Веонхва; Оем, Джэ-Ку (2019). «Полный анализ генома SARS-подобного коронавируса летучих мышей, выявленного в Республике Корея» . Гены вирусов . 55 (4): 545–549. дои : 10.1007/s11262-019-01668-w . ПМК 7089380 . ПМИД 31076983 .
- ^ Сюй, Л; Чжан, Ф; Ян, В; Цзян, Т; Лу, Г; Он, Б; Ли, Х; Хижина; Чен, Г; Фэн, Ю; Чжан, Ю; Фан, Вопрос; Фэн, Дж; Чжан, Х; Вт, C (февраль 2016 г.). «Обнаружение и характеристика разнообразных альфа- и бетакоронавирусов у летучих мышей в Китае» . Вирусология Синика . 31 (1): 69–77. дои : 10.1007/s12250-016-3727-3 . ПМК 7090707 . ПМИД 26847648 .
- ^ Jump up to: а б Ли, В. (2005). «Летучие мыши являются естественными резервуарами SARS-подобных коронавирусов» . Наука . 310 (5748): 676–679. Бибкод : 2005Sci...310..676L . дои : 10.1126/science.1118391 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 16195424 . S2CID 2971923 .
- ^ Jump up to: а б Син-И Гэ; Бен Ху; Чжэн-Ли Ши (2015). «ЛЕТУЧИЕ КОРОНАВИРУСЫ». В Линь-Фа Ване; Кристофер Коулд (ред.). Летучие мыши и вирусы: новый рубеж новых инфекционных заболеваний (первое издание). Джон Уайли и сыновья. стр. 127–155. дои : 10.1002/9781118818824.ch5 .
- ^ Он, Бяо; Чжан, Южен; Сюй, Линь; Ян, Вэйхун; Ян, Фанли; Фэн, Юн; и др. (2014). «Идентификация разнообразных альфакоронавирусов и геномная характеристика нового коронавируса, подобного тяжелому острому респираторному синдрому, у летучих мышей в Китае» . Дж Вирол . 88 (12): 7070–82. дои : 10.1128/JVI.00631-14 . ПМК 4054348 . ПМИД 24719429 .
- ^ Jump up to: а б Лау, Сюзанна КП; Фэн, Юн; Чен, Хунлинь; Люк, Хейс К.Х.; Ян, Вэй-Хонг; Ли, Кеннет С.М.; Чжан, Ю-Чжэнь; Хуан, И; и др. (2015). «Белок ORF8 коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома (ТОРС) получен из связанного с атипичной пневмонией коронавируса у больших подковообразных летучих мышей путем рекомбинации» . Журнал вирусологии . 89 (20): 10532–10547. дои : 10.1128/JVI.01048-15 . ISSN 0022-538X . ПМК 4580176 . ПМИД 26269185 .
- ^ Jump up to: а б Син-И Гэ; Цзя-Лу Ли; Син-Лу Ян; и др. (2013). «Выделение и характеристика SARS-подобного коронавируса летучих мышей, использующего рецептор ACE2» . Природа . 503 (7477): 535–8. Бибкод : 2013Natur.503..535G . дои : 10.1038/nature12711 . ПМЦ 5389864 . ПМИД 24172901 .
- ^ Ян, Син-Лу; Ху, Бен; Ван, Бо; Ван, Мэй-Ньянг; Чжан, Цянь; Чжан, Вэй; и др. (2016). «Выделение и характеристика нового коронавируса летучих мышей, тесно связанного с прямым предшественником коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома» . Журнал вирусологии . 90 (6): 3253–6. дои : 10.1128/JVI.02582-15 . ПМЦ 4810638 . ПМИД 26719272 .
- ^ Бен, Ху; Хуа, Го; Пэн, Чжоу; Чжэн-Ли, Ши (2020). «Характеристика SARS-CoV-2 и COVID-19» . Обзоры природы Микробиология . 19 (3): 141–154. дои : 10.1038/s41579-020-00459-7 . ПМЦ 7537588 . ПМИД 33024307 .
- ^ Ли, Вэньхуэй; Вонг, Суи-Ки; Ли, Фанг; Кун, Йенс Х.; Хуан, И-Чуэ; Чхве, Хёрён; Фарзан, Майкл (2006). «Происхождение тяжелого острого респираторного синдрома у животных: понимание взаимодействия ACE2-S-белка» . Журнал вирусологии . 80 (9): 4211–4219. doi : 10.1128/JVI.80.9.4211-4219.2006 . ISSN 0022-538X . ПМК 1472041 . ПМИД 16611880 .
