Arl6ip4

Arl6ip4
Идентификаторы
Псевдонимы	ARL6IP4 , SFRS20, SR-25, SRP25, SRRP37, Коэффициент рибозилирования ADP, такой как GTPASE, взаимодействующий белок 4
Внешние идентификаторы	Омим : 607668 ; MGI : 1929500 ; Гомологен : 9606 ; GeneCards : ARL6ip4 ; OMA : arl6ip4 - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 12 (human)
End	122,982,913 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 5 (mouse)
End	124,256,259 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	pituitary gland; ; anterior pituitary; ; amygdala; ; popliteal artery; ; muscle layer of sigmoid colon; ; tibial arteries; ; fundus; ; right frontal lobe; ; prostate; ; anterior cingulate cortex;
	Top expressed in
	Ileal epithelium; ; internal carotid artery; ; external carotid artery; ; facial motor nucleus; ; primitive streak; ; hair follicle; ; motor neuron; ; superior surface of tongue; ; Paneth cell; ; fossa;
	More reference expression data
	n/a
showДжин Онтология
Molecular function	protein binding; RNA binding;
Cellular component	nuclear speck; nucleolus; nucleus;
Biological process	mRNA processing; RNA splicing;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	51329
	65105
	ENSG00000182196
	EMSMUSM00000029404
	Q66PJ3
	Q9JM93
showNM_001002251 ; NM_001002252 ; NM_001278378 ; NM_001278379 ; NM_001278380 ;
	NM_016638; NM_018694
	NM_144509
showNP_001002251 ; NP_001002252 ; NP_001265307 ; NP_001265308 ; NP_001265309 ;
	NP_057722; NP_061164
	NP_653092
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

АДФ-рибозилирование, подобное фактору 6, взаимодействующий белок 4 (ARL6IP4), также называемый SRP25 , является продуктом гена ARL6IP4, расположенного на хромосоме 12Q 24. 31. Его функция неизвестна.

Структура

Это 360 аминокислот в длину. Это экспрессируется повсеместно, но только в фазе G1/S клеточного цикла . ^{[ 5 ]} человека и мыши МРНК этого белка имеют 77% гомологии . ^{[ 6 ]}

два типа аминокислотных Наблюдались кластеров, сериновый кластер и основной кластер. ^{[ 6 ]}

Функция

Его функции (ы) неизвестны. Однако из -за последовательности гомологии его белка с факторами сплайсинга SR, широко распространено мнение, что белок является ядерным и может играть роль в регуляции сплайсинга. ^{[ 6 ]} Считается, что белок является посредником в сигнальном пути Rac1 . ^{[ 7 ]}

Редактирование РНК

Пре-мРНК продукта гена ARL6IP4 подвержена редактированию РНК . ^{[ 8 ]}

Тип

Редактирование РНК от I катализируется семейством аденозин-деаминаз, действующих на РНК (ADAR), которые специфически распознают аденозины в двухцепочечных областях пре- мРНК и деаминизируют их с инозином . Инозины распознаются как гуанозин с помощью клеточного трансляционного механизма. Adar 1 и Adar 2 являются единственными ферментативными активными членами. Считается, что ADAR3 играет регуляторную роль в мозге. Adar1 и Adar 2 широко экспрессируются в тканях, в то время как Adar 3 ограничен мозгом. Двойные межполосные области РНК образуются путем пастики между остатками в регионе, близком к месту редактирования с остатками, обычно в соседнем интроне , но могут быть экзонической последовательности. Область, которая сочетается с основанием с регионом редактирования, известна как дополнительная последовательность редактирования (ECS).

Расположение

Редактирование происходит в месте редактирования K/R в аминокислотной позиции 225 конечного белка. Используя RT-PCR и секвенирование 100 отдельных клонов, 7% изоформы 3 белка показали G вместо A в этом положении во время секвенирования. Могут быть потенциально присутствовать другие незначительные участки редактирования, в том числе некоторые в том же экзоне, что и основной сайт редактирования. Как и в случае IGFBP7 , до-мРНК, редактирование является необычным, поскольку структура складки РНК составляется только от экзонической последовательности. ^{[ 8 ]}

Влияние на структуру белка

Редактирование на этом сайте приводит к тому, что кодон изменился от лизина на аргинин . Это происходит в очень основной области белка. ^{[ 8 ]}

Влияние на функцию белка

Функция неотредактированного белка в значительной степени нехарактеризована. Следовательно, влияние редактирования на пре-мРНК на функцию белков также неизвестно. Аминокислотное изменение является консервативным и вряд ли может изменить функцию белка. Тем не менее, сайт редактирования может быть важен, поскольку изменяемая аминокислота представляет собой лизин , который может быть вовлечен в регуляцию экспрессии белка. Лизины могут быть участками посттрансляционной модификации , и превращение лизина в аргинин может повлиять на посттрансляционную модификацию. ^{[ 8 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000182196 - Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000029404 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Ген arl6ip4 - Genecards | Ar6p4 белок | ar6p4 антитело» . Архивировано из оригинала 2011-07-26 . Получено 2011-02-14 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Извините, Моритан М., Учитель М., Яваха Х, Йехосмут К., Мимакад Дж., Куррада Y, Школа М (март 2000 г.). «Чилекральное распределение и экспрессия и экспрессия ядра Propey, SR-25» Биохимия. Биофиз. Резерв Сообщество 269 (2): 444–50. Неделя : 10.1006/bbrc.2000.2301 . PMID 10708573
^ Li Q, Zhao H, Jiang L, Che Y, Dong C, Wang L, Wang J, Liu L (март 2002 г.). «SR-белок, индуцированный связыванием HSVI с клетками, функционирующими как ингибитор сплайсинга вирусной пре-мРНК». J. Mol. Биол . 316 (4): 887–94. doi : 10.1006/jmbi.2001.5318 . PMID 11884129 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Gommans WM, Tatalias NE, Sie CP, Dupuis D, Vendetti N, Smith L, Kaushal R, Maas S (октябрь 2008 г.). «Скрининг базы данных SNP человека идентифицирует сайты перекодирования редактирования A-to-I» . РНК . 14 (10): 2074–85. doi : 10.1261/rna.816908 . PMC 2553741 . PMID 18772245 .

Внешние ссылки

Киран А., Баранов П.В. "Черт возьми" . База данных редактирования РНК . Архивировано из оригинала 21 июля 2011 года . Получено 2011-07-22 .
Местоположение генома человека ARL6IP4 и ARL6IP4 страница гена в браузере генома UCSC .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000182196 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000029404 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[5] «Ген arl6ip4 - Genecards | Ar6p4 белок | ar6p4 антитело» . Архивировано из оригинала 2011-07-26 . Получено 2011-02-14 .

[pmid107085732-6] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Извините, Моритан М., Учитель М., Яваха Х, Йехосмут К., Мимакад Дж., Куррада Y, Школа М (март 2000 г.). «Чилекральное распределение и экспрессия и экспрессия ядра Propey, SR-25» Биохимия. Биофиз. Резерв Сообщество 269 (2): 444–50. Неделя : 10.1006/bbrc.2000.2301 . PMID 10708573

[pmid118841292-7] Li Q, Zhao H, Jiang L, Che Y, Dong C, Wang L, Wang J, Liu L (март 2002 г.). «SR-белок, индуцированный связыванием HSVI с клетками, функционирующими как ингибитор сплайсинга вирусной пре-мРНК». J. Mol. Биол . 316 (4): 887–94. doi : 10.1006/jmbi.2001.5318 . PMID 11884129 .

[pmid187722452-8] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Gommans WM, Tatalias NE, Sie CP, Dupuis D, Vendetti N, Smith L, Kaushal R, Maas S (октябрь 2008 г.). «Скрининг базы данных SNP человека идентифицирует сайты перекодирования редактирования A-to-I» . РНК . 14 (10): 2074–85. doi : 10.1261/rna.816908 . PMC 2553741 . PMID 18772245 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]