Показал домен
| Домен ингибитора сериновой протеазы казального типа | |||
|---|---|---|---|
 Структура фоллистатина: активиновый комплекс | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | Index_1 | ||
| Pfam | PF00050 | ||
| InterPro | IPR002350 | ||
| PROSITE | PDOC00254 | ||
| Краткое содержание | 3sgb / scope / supfam | ||
| |||
| Домен ингибитора сериновой протеазы казального типа | |||
|---|---|---|---|
 Структура FS1, гепарин-связывающий домен фоллистатина | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | Index_2 | ||
| Pfam | PF07648 | ||
| InterPro | IPR011497 | ||
| PROSITE | PDOC00254 | ||
| Краткое содержание | 3sgb / scope / supfam | ||
| |||
Казальный домен представляет собой эволюционный консервативный домен белка, обычно указывающий на сериновой протеазы ингибиторы . Тем не менее, казальские домены также наблюдаются во внеклеточной части агринов , которые, как известно, не являются ингибиторами протеазы.
У животных ингибиторы сериновой протеазы, которые действуют через их казальный домен, сгруппированы в рамках семейства ингибиторов Меропса I1, клана IA. [ 1 ] [ 2 ]
Индексирован 1
[ редактировать ]Казальные домены часто встречаются в тандемных матрицах. Маленькая альфа+бета -складка, содержащая три дисульфидные связи . Выравнивание также включает в себя один домен от транспортеров в семействе OATP/PGT P46721 .
Ингибиторы пептидной протеиназы могут быть обнаружены в виде отдельных доменных белков или в виде отдельных или множественных доменов в белках; Они называются простыми или составными ингибиторами, соответственно. Во многих случаях они синтезируются как часть более крупного белка- предшественника , либо в качестве препропептида, либо в виде N-концевого домена, связанного с неактивной пептидазой или зимогеном . Этот домен предотвращает доступ к субстрату к активному сайту . Удаление домена N-концевого ингибитора либо путем взаимодействия со второй пептидазой, либо с помощью автокаталитического расщепления активирует зимоген. Другие ингибиторы взаимодействуют прямо с протеиназами, используя простой нековалентный блокировщик и ключевой механизм; В то время как другие используют ловушки на основе конформационных изменений механизм , который зависит от их структурных и термодинамических свойств.
Это семейство казальных ингибиторов принадлежит к семейству ингибиторов Merops I1, клан IA. Они ингибируют сериновые пептидазы семейства S1 ( InterPro ). [ 3 ] Участниками в основном являются метазоан, но включают в себя исключения в альвеолатах (apicomplexa), стрименопилах, более высоких растениях и бактериях .
Казальные ингибиторы, которые ингибируют ряд сериновых протеаз (таких как трипсин и эластаза), принадлежат к семейству белков секреторного трипсина , которые включают в себя ингибитор поджелудочной железы; птичий овомукоид; ингибитор акрозина; и ингибитор эластазы. Эти белки ингибитора казального типа содержат от 1 до 7 повторений . [ 4 ] [ 5 ]
Структура альфа казального повторения включает в себя большое количество расширенной цепи, 2 коротких -списков и трехцепочечный антипараллельный бета-лист . [ 4 ] Ингибитор делает 11 контактов с его ферментным субстратом: необычно 8 из этих важных остатков являются гипервариатными. [ 5 ] Изменение остатков фермента-контакта, и особенно в связи с активным сайтом, влияет на силу ингибирования и специфичности ингибитора для конкретных сериновых протеаз . [ 5 ] [ 6 ] Присутствие этого домена PFAM обычно указывает на ингибиторы сериновой протеазы , однако, казальские домены также наблюдаются во внеклеточной части агринов, которые, как известно, не являются ингибиторами протеиназы.
Человеческие белки с доменом Kazal 1:
- Агрин , CPAMD8
- FST , FSTL3 , FSTL4 , FSTL5
- IGFBPL1
- Smoc1 , Sparc , sparcl1 , spink1 , spink2 , spink4 , spink5 , spink5l2 , spink5l3 , spink6 , spink7 , spink9
- TMEFF1 , TMEFF2
Индексирован 2
[ редактировать ]Этот домен обычно указывает на ингибиторы сериновой протеазы , которые принадлежат семействам ингибиторов Merops : I1, I2, I17 и I31. Тем не менее, казальские домены также наблюдаются во внеклеточной части агринов, которые, как известно, не являются ингибиторами протеазы . Казальные домены часто встречаются в тандемных матрицах и имеют центральную альфа-спираль, короткий двухцепочечный антипараллельный бета-лист и несколько дисульфидных связей . [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] Амино -терминальный сегмент этого домена связывается с активным сайтом его целевых протеаз, что ингибирует их функцию.
Человеческие белки с доменами Kazal 2:
- C6 , CFI
- FSTL1 , FSTL3
- HTRA1 , HTRA3 , HTRA4
- IGFBP7 , Kazald1 , LST3 , Reck
- SLC21A8 , SLCO1A2 , SLCO1B1 , SLCO1B3 , SLCO1C1 , SLCO2A1 , SLCO3A1 , SLCO4A1 , SLCO4C1 , SLCO5A1 , SLCO6A1 , SMOC2 , SPINK5 , Spock1 , Spock2 , Spock3
- WFIKKN1 , WFIKKN2
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Merops Family I1
- ^ InterPro : IPR001239
- ^ Rawlings ND, Tolle DP, Barrett AJ (март 2004 г.). «Эволюционные семейства ингибиторов пептидазы» . Биохимия. Дж . 378 (Pt 3): 705–16. doi : 10.1042/bj20031825 . PMC 1224039 . PMID 14705960 .
- ^ Jump up to: а беременный Уильямсон депутат; Марион Д; Вютри К (март 1984 г.). «Вторичная структура в конформации раствора ингибитора протеиназы IIA из бычьей семенной плазмы с помощью ядерного магнитного резонанса». J. Mol. Биол . 173 (3): 341–59. doi : 10.1016/0022-2836 (84) 90125-6 . PMID 6699915 .
- ^ Jump up to: а беременный в Laskowski M, Kato I, Ardelt W, Cook J, Denton A, Empie MW, Kohr WJ, Park SJ, Parks K, Schatzley BL (январь 1987). «Овомукоидные третьи домены от 100 видов птиц: выделение, последовательности и гипервариатность контактных остатков ингибитора фермента». Биохимия . 26 (1): 202–21. doi : 10.1021/bi00375a028 . PMID 3828298 .
- ^ Empie MW, Laskowski M (май 1982). «Термодинамика и кинетика замены отдельных остатков в третьих доменах птичьего овомукоида: влияние на взаимодействие ингибиторов с сериновыми протеиназами». Биохимия . 21 (10): 2274–84. doi : 10.1021/bi00539a002 . PMID 7046785 .
- ^ Teen B, H, ICS ', Hartmanman H, Görmand M, Görmings G, Ohssend F, G, OH 2002). «Взаимодействие доменов ингибиторов казальского типа с серристами протеиназ: биохиические и структурные исследования». J. Times. Терроризировать . 318 (2): 533-46. Doi : 10.1016 / s0022-2836 (02) 00014-1 . PMID 12051857 .
- ^ Stubbs MT, Morenweiser R, Stürzebecher J, Bauer M, Bode W, Huber R, Piechottka GP, Matschiner G, Sommerhoff CP, Fritz H, Auerswald EA (август 1997 г.). «Трехмерная структура рекомбинантной ингибитора триптазы, полученной из пиячки, в комплексе с трипсином. Последствия для структуры тучной триптазы человека и ее ингибирования» . Дж. Биол. Химический 272 (32): 19931–7. doi : 10.1074/jbc.272.32.19931 . PMID 9242660 .
- ^ Ван де Лохт А., Ламба Д., Бауэр М., Хубер Р., Фридрих Т., Крёгер Б., Хёффкен В., Боде В. (ноябрь 1995). «Две головы лучше, чем одна: кристаллическая структура ингибитора казаля, полученного насекомым, родниином в комплексе с тромбином» . Embo j . 14 (21): 5149–57. doi : 10.1002/j.1460-2075.1995.tb00199.x . PMC 394622 . PMID 7489704 .