ARHGEF6

ARHGEF6
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	1UJY, 1WYR
Идентификаторы
Псевдонимы	ARHGEF6 , COOL2, Cool-2, MRX46, PIXA, альфа-PIX, альфаPIX, фактор обмена гуаниновых нуклеотидов Rac/Cdc42 6
Внешние идентификаторы	Опустить : 300267 ; МГИ : 1920591 ; Гомологен : 3561 ; GeneCards : ARHGEF6 ; OMA : ARHGEF6 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	X chromosome (human)
End	136,780,932 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	X chromosome (mouse)
End	57,338,729 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	biceps brachii; ; Skeletal muscle tissue of biceps brachii; ; internal globus pallidus; ; vastus lateralis muscle; ; Skeletal muscle tissue of rectus abdominis; ; right ventricle; ; tibia; ; Achilles tendon; ; mononuclear cell; ; monocyte;
	Top expressed in
	gastrula; ; interventricular septum; ; mesenteric lymph nodes; ; granulocyte; ; calvaria; ; triceps brachii muscle; ; muscle of thigh; ; thymus; ; vastus lateralis muscle; ; medial head of gastrocnemius muscle;
	More reference expression data
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	protein binding; GTPase activator activity; guanyl-nucleotide exchange factor activity;
Cellular component	cytosol; cell projection; lamellipodium;
Biological process	positive regulation of apoptotic process; JNK cascade; regulation of Rho protein signal transduction; regulation of small GTPase mediated signal transduction; lamellipodium assembly; apoptotic process; positive regulation of GTPase activity; G protein-coupled receptor signaling pathway;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	9459
	73341
	ENSG00000129675
	ENSMUSG00000031133
	Q15052
	Q8K4I3
	НМ_001306177 ; НМ_004840
	НМ_152801 ; НМ_001358573
	НП_001293106 ; НП_004831
showНП_690014 ; НП_001345502 ; НП_001392097 ; НП_001392098 ; НП_001392099 ;
	NP_001392100; NP_001392101; NP_001392102; NP_001392103; NP_001392104; NP_001392105
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Фактор обмена ро-гуаниновых нуклеотидов 6 представляет собой белок , который у человека кодируется ARHGEF6 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

ARHGEF6 широко известен как p21 - активируемой протеинкиназы фактор обмена альфа (альфа-PIX или αPIX), поскольку он был идентифицирован путем связывания с p21-активируемой киназой (PAK) , а также содержит фактора обмена гуаниновых нуклеотидов домен . ^{[ 6 ]}

Домены и функции

αPIX представляет собой мультидоменный белок, который функционирует как сигнальный каркасный белок и как фермент . ^{[ 8 ]} αPIX разделяет эту доменную структуру и сигнальную функцию с очень похожим белком ARHGEF7/βPIX . αPIX содержит центральный домен DH/PH RhoGEF , который функционирует как фактор обмена гуаниновых нуклеотидов (GEF) для малых GTPases семейства Rho , и в частности Rac и Cdc42 . ^{[ 6 ]} Как и другие GEF, αPIX может способствовать как высвобождению GDP из неактивного малого GTP-связывающего белка, так и связыванию GTP для содействия его активации. Сигнальные каркасы связываются со специфическими партнерами, способствуя эффективной передаче сигнала, располагая последовательные элементы пути рядом друг с другом, чтобы облегчить взаимодействие/передачу информации, а также удерживая эти партнерские белковые комплексы в определенных местах внутри клетки, чтобы стимулировать локальную или региональную передачу сигналов. В случае αPIX его домен SH3 связывается с белками-партнерами с соответствующими полипролиновыми мотивами и, в частности, с киназами, активируемыми p21 группы I (PAK) ( PAK1 , PAK2 и PAK3 ). ^{[ 6 ]} PAK связан с доменом αPIX SH3 в неактивном состоянии, а активированное связывание Rac1 или Cdc42 с этим PAK стимулирует его протеинкиназную активность, что приводит к нижестоящему фосфорилированию целевого белка ; поскольку αPIX может активировать малые GTPases Rac1 или Cdc42 «p21» посредством своей GEF-активности, этот комплекс αPIX/PAK/Rac иллюстрирует функцию каркаса. Структурно αPIX собирается в виде тримера через свой спиральный домен на карбоксильном конце и далее взаимодействует с димерами GIT1 или GIT2 через близлежащий GIT-связывающий домен с образованием олигомерных комплексов GIT-PIX. ^{[ 8 ]} Благодаря этому комплексу GIT-PIX функция αPIX усиливается за счет возможности удерживать партнеров GIT рядом с партнерами αPIX. αPIX содержит аминоконцевой домен гомологичности кальпонина (CH), функции которого остаются относительно плохо определенными, но взаимодействует с семейства парвина/аффиксина . белками ^{[ 9 ]}^{[ 8 ]}

Поскольку ген ARHGEF6 расположен на Х-хромосоме, поэтому у мужчин имеется только одна копия, мутации этого гена у людей могут вызывать неспецифическую умственную отсталость, связанную с Х-хромосомой . ^{[ 10 ]} как и мутации, влияющие на его партнера по связыванию PAK3, ген которого также расположен на Х-хромосоме. ^{[ 11 ]} На животных моделях потеря функции гена ARHGEF6 связана с нейронов дефектами синапсов . ^{[ 12 ]} иммунных Т-клеток , дефекты миграции и созревания ^{[ 13 ]} и потеря слуха . ^{[ 14 ]}

Взаимодействия

Сообщается, что αPIX взаимодействует более чем с 40 белками. ^{[ 8 ]}^{[ 15 ]}

К основным взаимодействующим белкам относятся:

Сам по себе или близкородственный ARHGEF7/βPIX через тримерное спирально-спиральное взаимодействие.
Димеры GIT1 или GIT2 через GIT-связывающий домен.
p21-активируемые киназы (PAK) 1, 2 и 3 через домен SH3.
c-Cbl через домен SH3.
семейства Rho GTP-связывающих белков Члены Rac1 и Cdc42 , активированные через домен DHPH RhoGEF .

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000129675 – Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031133 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Номура Н., Нагасе Т., Миядзима Н., Сазука Т., Танака А., Сато С., Секи Н., Каварабаяси Ю., Исикава К., Табата С. (декабрь 1995 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. II. Кодирующие последовательности 40 новых генов (KIAA0041-KIAA0080), полученные путем анализа клонов кДНК из линии клеток человека KG-1 (дополнение)» . ДНК Рез . 1 (5): 251–62. дои : 10.1093/dnares/1.5.251 . ПМИД 7584048 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Мансер Э., Лу Т.Х., Ко К.Г., Чжао З.С., Чен XQ, Тан Л., Тан И., Люнг Т., Лим Л. (июль 1998 г.). «PAK-киназы напрямую связаны с семейством факторов нуклеотидного обмена PIX» . Мол Клетка . 1 (2): 183–92. дои : 10.1016/S1097-2765(00)80019-2 . ПМИД 9659915 .
^ «Ген Энтрез: ARHGEF6 Rac/Cdc42 фактор обмена гуаниновых нуклеотидов (GEF) 6» .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Чжоу В., Ли X, Premont RT (май 2016 г.). «Расширение функций белков, активирующих GIT Arf GTPase, факторов обмена гуаниновых нуклеотидов PIX Rho и комплексов GIT-PIX» . Журнал клеточной науки . 129 (10): 1963–1974. дои : 10.1242/jcs.179465 . ПМК 6518221 . ПМИД 27182061 .
^ Розенбергер Г., Янтке И., Гал А., Кутче К. (2003). «Взаимодействие альфаPIX (ARHGEF6) с бета-парвином (PARVB) предполагает участие альфаPIX в передаче сигналов, опосредованной интегрином» . Молекулярная генетика человека . 12 (2): 155–167. дои : 10.1093/hmg/ddg019 . ПМИД 12499396 .
^ Кутче К., Интема Х., Брандт А., Янтке И., Нотванг Х.Г., Орт У., Боавида М.Г., Дэвид Д., Челли Дж., Фринс Дж.П., Морейн С., Роперс Х.Х., Хамель Б.С., ван Боховен Х., Гал А (2000). «Мутации в ARHGEF6, кодирующем фактор обмена гуаниновых нуклеотидов для Rho GTPases, у пациентов с Х-сцепленной умственной отсталостью». Природная генетика . 26 (2): 247–250. дои : 10.1038/80002 . ПМИД 11017088 . S2CID 12325765 .
^ Аллен К.М., Глисон Дж.Г., Бародиа С., Партингтон М.В., Макмиллан Дж.К., Серионе Р.А., Малли Дж.К., Уолш Калифорния (сентябрь 1998 г.). «Мутация PAK3 при несиндромальной Х-сцепленной умственной отсталости». Природная генетика . 20 (1): 25–30. дои : 10.1038/1675 . ПМИД 9731525 . S2CID 16041444 .
^ Рамакерс Г.Дж., Вольфер Д., Розенбергер Г., Кухенбекер К., Крайенкамп Х.Дж., Пранге-Киль Дж., Руне Дж., Рихтер К., Лангнесе К., Маснеф С., Бёсль М.Р., Фишер К.Д., Крюгерс Х.Дж., Липп Х.П., ван Гален Е., Кутше К. (январь 2012 г.). «Нарушение регуляции Rho GTPases в мышиной модели X-сцепленной умственной отсталости αPix/Arhgef6 сопровождается нарушением структурной и синаптической пластичности и когнитивными дефицитами» (PDF) . Молекулярная генетика человека . 21 (2): 268–286. дои : 10.1093/hmg/ddr457 . hdl : 20.500.11850/41564 . ПМИД 21989057 .
^ Корталс М., Шиллинг К., Райхардт П., Мамула Д., Шлютер Т., Штайнер М., Лангнес К., Томас У., Гундельфингер Э., Премонт Р.Т., Тедфорд К., Фишер К.Д. (апрель 2014 г.). «αPIX RhoGEF поддерживает положительный отбор, ограничивая миграцию и способствуя аресту тимоцитов» . Журнал иммунологии . 192 (7): 3228–3238. doi : 10.4049/jimmunol.1302585 . ПМИД 24591366 .
^ Чжу С, Ченг С, Ван Й, Мухаммад В, Лю С, Чжу В, Шао Б, Чжан Цз, Янь Х, Хэ Q, Сюй З, Ю С, Цянь Х, Лу Л, Чжан С, Чжан Й, Сюн В , Гао X, Сюй Z, Чай Р (октябрь 2018 г.). «Потеря ARHGEF6 вызывает дефицит стереоцилий волосковых клеток и потерю слуха у мышей» . Границы молекулярной нейронауки . 11 : 362. дои : 10.3389/fnmol.2018.00362 . ПМК 6176010 . ПМИД 30333726 .
^ «Сводка результатов ARHGEF6» .

Внешние ссылки

человека ARHGEF6 Расположение генома ARHGEF6 и страница сведений о гене в браузере генома UCSC .
Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : Q15052 (фактор обмена гуаниновых нуклеотидов человека Rho 6) на PDBe-KB .
Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : Q8K4I3 (фактор обмена гуаниновых нуклеотидов Rho мыши 6) на PDBe-KB .

Дальнейшее чтение

Yntema HG, Hamel BC, Smits AP и др. (1999). «Локализация гена неспецифической Х-сцепленной умственной отсталости (MRX46) на Xq25-q26» . Дж. Мед. Жене . 35 (10): 801–5. дои : 10.1136/jmg.35.10.801 . ПМЦ 1051453 . ПМИД 9783701 .
Ёши С., Танака М., Оцуки Ю. и др. (1999). «Фактор обмена нуклеотидов альфаPIX активируется путем взаимодействия с фосфатидилинозитол-3-киназой» . Онкоген . 18 (41): 5680–90. дои : 10.1038/sj.onc.1202936 . ПМИД 10523848 .
Браун А., Ван Х, Савай Э., Ченг-Майер С (1999). «Активация PAK-родственной киназы вирусом иммунодефицита человека типа 1 Nef в первичных лимфоцитах и макрофагах периферической крови человека приводит к фосфорилированию комплекса PIX-p95» . Дж. Вирол . 73 (12): 9899–907. doi : 10.1128/JVI.73.12.9899-9907.1999 . ПМЦ 113039 . ПМИД 10559302 .
Премонт Р.Т., Клэйнг А., Витале Н. и др. (2000). «Семейство GIT белков, активирующих фактор АДФ-рибозилирования ГТФазы. Функциональное разнообразие GIT2 посредством альтернативного сплайсинга» . Ж. Биол. Хим . 275 (29): 22373–80. дои : 10.1074/jbc.275.29.22373 . ПМИД 10896954 .
Нижний К.М., Геч Дж. (2001). «Характеристика ARHGEF6, фактора обмена гуаниновых нуклеотидов для Rho GTPases и гена-кандидата Х-сцепленной умственной отсталости: скрининг мутаций при синдроме Бёрджесона-Форссмана-Лемана и MRX27». Являюсь. Дж. Мед. Жене . 100 (1): 43–8. дои : 10.1002/ajmg.1189 . ПМИД 11337747 .
Ёши С., Танака М., Оцуки Ю. и др. (2001). «Участие фактора обмена, взаимодействующего с альфа-PAK, в активации PAK1-c-Jun NH(2)-концевой киназы 1 и апоптозе, индуцированном бензо[a]пиреном» . Мол. Клетка. Биол . 21 (20): 6796–807. дои : 10.1128/MCB.21.20.6796-6807.2001 . ПМК 99857 . ПМИД 11564864 .
Викис Х.Г., Ли В., Гуань К.Л. (2002). «Взаимодействие плексин-B1/Rac ингибирует активацию PAK и усиливает связывание лиганда Sema4D» . Генс Дев . 16 (7): 836–45. дои : 10.1101/gad.966402 . ЧВК 186329 . ПМИД 11937491 .
Фландерс Дж.А., Фэн К., Бародиа С. и др. (2003). «Белки Cbl являются партнерами по связыванию для семейства Cool/Pix белков, связывающих p21-активируемую киназу». ФЭБС Летт . 550 (1–3): 119–23. дои : 10.1016/S0014-5793(03)00853-6 . ПМИД 12935897 . S2CID 46540220 .
Брилл Л.М., Саломон А.Р., Фикарро С.Б. и др. (2004). «Надежное фосфопротеомное профилирование сайтов фосфорилирования тирозина из Т-клеток человека с использованием аффинной хроматографии с иммобилизованными металлами и тандемной масс-спектрометрии». Анальный. Хим . 76 (10): 2763–72. дои : 10.1021/ac035352d . ПМИД 15144186 .
Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Крупномасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 101 (33): 12130–5. Бибкод : 2004PNAS..10112130B . дои : 10.1073/pnas.0404720101 . ПМК 514446 . ПМИД 15302935 .
Джин Дж., Смит Ф.Д., Старк С. и др. (2004). «Протеомный, функциональный и доменный анализ in vivo 14-3-3-связывающих белков, участвующих в регуляции цитоскелета и клеточной организации» . Курс. Биол . 14 (16): 1436–50. дои : 10.1016/j.cub.2004.07.051 . ПМИД 15324660 . S2CID 2371325 .

Эта статья о гене человека Х-хромосомы и/или связанном с белке незавершена . ним Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000129675 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031133 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid7584048-5] Номура Н., Нагасе Т., Миядзима Н., Сазука Т., Танака А., Сато С., Секи Н., Каварабаяси Ю., Исикава К., Табата С. (декабрь 1995 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. II. Кодирующие последовательности 40 новых генов (KIAA0041-KIAA0080), полученные путем анализа клонов кДНК из линии клеток человека KG-1 (дополнение)» . ДНК Рез . 1 (5): 251–62. дои : 10.1093/dnares/1.5.251 . ПМИД 7584048 .

[pmid9659915-6] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Мансер Э., Лу Т.Х., Ко К.Г., Чжао З.С., Чен XQ, Тан Л., Тан И., Люнг Т., Лим Л. (июль 1998 г.). «PAK-киназы напрямую связаны с семейством факторов нуклеотидного обмена PIX» . Мол Клетка . 1 (2): 183–92. дои : 10.1016/S1097-2765(00)80019-2 . ПМИД 9659915 .

[entrez-7] «Ген Энтрез: ARHGEF6 Rac/Cdc42 фактор обмена гуаниновых нуклеотидов (GEF) 6» .

[pmid27182061-8] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Чжоу В., Ли X, Premont RT (май 2016 г.). «Расширение функций белков, активирующих GIT Arf GTPase, факторов обмена гуаниновых нуклеотидов PIX Rho и комплексов GIT-PIX» . Журнал клеточной науки . 129 (10): 1963–1974. дои : 10.1242/jcs.179465 . ПМК 6518221 . ПМИД 27182061 .

[pmid12499396-9] Розенбергер Г., Янтке И., Гал А., Кутче К. (2003). «Взаимодействие альфаPIX (ARHGEF6) с бета-парвином (PARVB) предполагает участие альфаPIX в передаче сигналов, опосредованной интегрином» . Молекулярная генетика человека . 12 (2): 155–167. дои : 10.1093/hmg/ddg019 . ПМИД 12499396 .

[pmid11017088-10] Кутче К., Интема Х., Брандт А., Янтке И., Нотванг Х.Г., Орт У., Боавида М.Г., Дэвид Д., Челли Дж., Фринс Дж.П., Морейн С., Роперс Х.Х., Хамель Б.С., ван Боховен Х., Гал А (2000). «Мутации в ARHGEF6, кодирующем фактор обмена гуаниновых нуклеотидов для Rho GTPases, у пациентов с Х-сцепленной умственной отсталостью». Природная генетика . 26 (2): 247–250. дои : 10.1038/80002 . ПМИД 11017088 . S2CID 12325765 .

[pmid9731525-11] Аллен К.М., Глисон Дж.Г., Бародиа С., Партингтон М.В., Макмиллан Дж.К., Серионе Р.А., Малли Дж.К., Уолш Калифорния (сентябрь 1998 г.). «Мутация PAK3 при несиндромальной Х-сцепленной умственной отсталости». Природная генетика . 20 (1): 25–30. дои : 10.1038/1675 . ПМИД 9731525 . S2CID 16041444 .

[pmid21989057-12] Рамакерс Г.Дж., Вольфер Д., Розенбергер Г., Кухенбекер К., Крайенкамп Х.Дж., Пранге-Киль Дж., Руне Дж., Рихтер К., Лангнесе К., Маснеф С., Бёсль М.Р., Фишер К.Д., Крюгерс Х.Дж., Липп Х.П., ван Гален Е., Кутше К. (январь 2012 г.). «Нарушение регуляции Rho GTPases в мышиной модели X-сцепленной умственной отсталости αPix/Arhgef6 сопровождается нарушением структурной и синаптической пластичности и когнитивными дефицитами» (PDF) . Молекулярная генетика человека . 21 (2): 268–286. дои : 10.1093/hmg/ddr457 . hdl : 20.500.11850/41564 . ПМИД 21989057 .

[pmid24591366-13] Корталс М., Шиллинг К., Райхардт П., Мамула Д., Шлютер Т., Штайнер М., Лангнес К., Томас У., Гундельфингер Э., Премонт Р.Т., Тедфорд К., Фишер К.Д. (апрель 2014 г.). «αPIX RhoGEF поддерживает положительный отбор, ограничивая миграцию и способствуя аресту тимоцитов» . Журнал иммунологии . 192 (7): 3228–3238. doi : 10.4049/jimmunol.1302585 . ПМИД 24591366 .

[pmid30333726-14] Чжу С, Ченг С, Ван Й, Мухаммад В, Лю С, Чжу В, Шао Б, Чжан Цз, Янь Х, Хэ Q, Сюй З, Ю С, Цянь Х, Лу Л, Чжан С, Чжан Й, Сюн В , Гао X, Сюй Z, Чай Р (октябрь 2018 г.). «Потеря ARHGEF6 вызывает дефицит стереоцилий волосковых клеток и потерю слуха у мышей» . Границы молекулярной нейронауки . 11 : 362. дои : 10.3389/fnmol.2018.00362 . ПМК 6176010 . ПМИД 30333726 .

[BioGRID-15] «Сводка результатов ARHGEF6» .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]