Домен типа А фактора фон Виллебранда
| Домен типа А фактора фон Виллебранда | |||
|---|---|---|---|
 Структура I-домена интегрина CD11a/CD18 (LFA-1, альфа L бета 2). [ 1 ] | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | ГОЛОС | ||
| Пфам | PF00092 | ||
| Пфам Клан | CL0128 | ||
| ИнтерПро | ИПР002035 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1lfa / SCOPe / СУПФАМ | ||
| CDD | cd00198 | ||
| |||
Домен фактора фон Виллебранда типа A (vWA) представляет собой белковый домен, названный в честь его присутствия в факторе фон Виллебранда (vWF), большом мультимерном гликопротеине, обнаруженном в плазме крови. Мутантные формы фактора Виллебранда участвуют в этиологии нарушений свертываемости крови. [ 2 ] Этот домен типа А является прототипом суперсемейства белков ( InterPro : IPR036465 ; см. также клан Pfam).
Домен vWA обнаружен в различных белках плазмы: факторах комплемента B, C2, CR3 и CR4; интегрины (I-домены ) ; коллаген типов VI, VII, XII и XIV; и другие внеклеточные белки. [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Хотя большинство белков, содержащих vWA, являются внеклеточными, наиболее древними из них, присутствующими у всех эукариот, являются внутриклеточные белки, участвующие в таких функциях, как транскрипция, репарация ДНК, рибосомальный и мембранный транспорт, а также протеасома . Общей чертой, по-видимому, является участие в мультибелковых комплексах. Белки, включающие домены vWA, участвуют во многих биологических событиях (например, клеточной адгезии, миграции, хоминге, формировании паттернов и передаче сигнала), включая взаимодействие с большим набором лигандов. [ 3 ] Ряд заболеваний человека возникает в результате мутаций в доменах vWA.
Прогнозирование вторичной структуры на основе 75 выровненных последовательностей vWA выявило в значительной степени чередующуюся последовательность альфа-спиралей и бета-цепей. [ 4 ] Алгоритмы распознавания складок использовались для оценки совместимости последовательностей с библиотекой известных структур: было предсказано, что складка домена vWA представляет собой двойной витой, открытый, скрученный бета-лист, окруженный альфа-спиралями . [ 6 ] Определены 3D-структуры I-доменов интегринов CD11b (со связанным магнием). [ 7 ] и CD11a (со связанным марганцем). [ 8 ] Домен имеет классическую альфа-/бета- складку Россмана и содержит на своей поверхности необычный центр координации ионов металлов. Было высказано предположение, что этот сайт представляет собой общий сайт ион-зависимой адгезии металлов (MIDAS) для связывания белковых лигандов. [ 7 ] Остатки, составляющие мотив MIDAS в I-доменах CD11b и CD11a, полностью консервативны, но способ координации иона металла несколько различается. [ 8 ]
Белки человека, содержащие этот домен
[ редактировать ]АНТР1 ; АНТР2 ; БФ ; С2 ; КЭХД1 ; КАКНА2D1 ; КАКНА2D2 ; КАКНА2D3 ; КАКНА2D4 ; ЦФБ ; CLCA1 ; CLCA2 ; CLCA4 ; КОЧ ; КОЛ12А1 ; КОЛ14А1 ; КОЛ20А1 ; КОЛ21А1 ; КОЛ22А1 ; КОЛ28 ; COL6A1 ; COL6A2 ; COL6A3 ; COL7A1 ; КОЛА1Л ; СаСС1 ; ИТГА1 ; ИТГА10 ; ИТГА11 ; ИТГА2 ; ИТГАД ; ИТГАЭ ; ИТГАЛ ; ИТГАМ ; ИТГАКС ; ИТИХ1 ; ИТИХ2 ; ИТИХ3 ; ИТИХ4 ; ИТИХ5 ; ИТИХ5Л ; ЛОК285929 ; ЛОК340267 ; ЛОК389462 ; ЛОХ11CR2A ; МАТН1 ; МАТН2 ; МАТН3 ; МАТН4 ; ПАРП4 ; СВЭП1 （ СЕЛ-ОБ ）; ВИТ ; ВВА1 ; ВВА2 ; ФВФ ; чCLCA1 ; чCLCA2 ; ЦМГ2 ;
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Цюй А, Лихи DJ (октябрь 1995 г.). «Кристаллическая структура I-домена интегрина CD11a/CD18 (LFA-1, альфа L бета 2)» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 92 (22): 10277–81. Бибкод : 1995PNAS...9210277Q . дои : 10.1073/pnas.92.22.10277 . ПМК 40779 . ПМИД 7479767 .
- ^ Руджери З.М., Уэр Дж. (1993). «фактор фон Виллебранда » ФАСЭБ Дж. 7 (2): 308–316. дои : 10.1096/phasebj.7.2.8440408 . ПМИД 8440408 . S2CID 10574567 .
- ^ Перейти обратно: а б Коломбатти А., Бональдо П., Долиана Р. (1993). «Модули типа А: взаимодействующие домены, обнаруженные в нескольких нефибриллярных коллагенах и в других белках внеклеточного матрикса». Матрица . 13 (4): 297–306. дои : 10.1016/S0934-8832(11)80025-9 . ПМИД 8412987 .
- ^ Перейти обратно: а б Смит К.Ф., Харис П.И., Чепмен Д., Перкинс С.Дж., Уильямс С.К., Сим Р.Б. (1994). «Вторичная структура домена типа A фактора фон Виллебранда в факторе B человеческого комплемента по данным инфракрасной спектроскопии с преобразованием Фурье. Ее появление в коллагенах типов VI, VII, XII и XIV, интегринах и других белках по усредненным предсказаниям структуры». Дж. Мол. Биол . 238 (1): 104–119. дои : 10.1006/jmbi.1994.1271 . ПМИД 8145250 .
- ^ Борк П. (1991). «Перетасованные домены во внеклеточных белках» . ФЭБС Летт . 286 (1): 47–54. дои : 10.1016/0014-5793(91)80937-X . ПМИД 1864378 . S2CID 22126481 .
- ^ Перкинс С.Дж., Эдвардс Ю.Дж. (1995). «Предполагается, что белковая складка домена типа А фактора фон Виллебранда будет похожа на открытый скрученный бета-лист, окруженный альфа-спиралями, обнаруженными в ras-p21 человека» . ФЭБС Летт . 358 (3): 283–286. дои : 10.1016/0014-5793(94)01447-9 . ПМИД 7843416 . S2CID 85317759 .
- ^ Перейти обратно: а б Ли ДЖО, Рье П., Арнаут М.А., Лиддингтон Р. (1995). «Кристаллическая структура домена А альфа-субъединицы интегрина CR3 (CD11b/CD18)» . Клетка . 80 (4): 631–638. дои : 10.1016/0092-8674(95)90517-0 . ПМИД 7867070 . S2CID 11275359 .
- ^ Перейти обратно: а б Лихи DJ, Цюй А (1995). «Кристаллическая структура I-домена интегрина CD11a/CD18 (LFA-1, альфа L бета 2)» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 92 (22): 10277–10281. Бибкод : 1995PNAS...9210277Q . дои : 10.1073/pnas.92.22.10277 . ПМК 40779 . ПМИД 7479767 .
- Борк, П; Роде, К. (1991). «Больше доменов фактора фон Виллебранда типа a? Сходство последовательностей с анонимным белком, связанным с малярийным тромбоспондином, дигидропиридин-чувствительным кальциевым каналом и ингибитором интер-альфа-трипсина» . Биохимический журнал . 279 (3): 908–10. дои : 10.1042/bj2790908 . ПМЦ 1151534 . ПМИД 1659389 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- ресурсов Eukaryotic Linear Motif Класс мотивов LIG_IBS_1