ФАМ214А
| ФАМ214А | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | FAM214A , KIAA1370, семейство со сходством последовательностей 214, член A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | МГИ : 2387648 ; Гомологен : 35065 ; Генные карты : FAM214A ; ОМА : FAM214A – ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Белок FAM214A , также известный как семейство белков со сходством последовательностей 214, A (FAM214A), представляет собой белок , который у человека кодируется геном FAM214A . FAM214A представляет собой ген с неизвестной функцией, обнаруженный в локусе q21.2-q21.3 на хромосоме 15 (человека) . [ 5 ] Белковый продукт этого гена имеет два консервативных домена: один с неизвестной функцией (DUF4210) , а другой называется Chromosome_Seg. [ 6 ] Хотя функция белка FAM214A не охарактеризована, предполагается, что и DUF4210, и Chromosome_Seg играют роль в сегрегации хромосом во время мейоза. [ 7 ]
Ген
[ редактировать ]Обзор
[ редактировать ]Ген FAM214A ; расположен на отрицательной цепи ДНК (см. Смысл (молекулярная биология) ) хромосомы 15 между позициями 52 873 514 и 53 002 014 таким образом длина гена составляет 97 303 пары оснований (п.н.). [ 5 ] [ 8 ] [ 9 ] FAM214A ранее маркировался двумя другими псевдонимами, известными как KIAA1370 и FLJ10980. [ 5 ] как произошла Предполагается, что ген FAM214A будет содержать 12 экзонов, которые составляют окончательный транскрипт мРНК размером 4231 п.о. после того, . транскрипция [ 10 ] Именно этот продукт мРНК затем транслируется в конечный белок FAM214A с помощью последовательности промотора и факторов транскрипции . Промотор последовательности мРНК FAM214A был предсказан и проанализирован программой Эльдорадо на Genomatix. [ 11 ] Этот промотор имеет длину 601 пару оснований и охватывает часть 5'-UTR. [ 11 ]
Экспрессия генов
[ редактировать ]
Согласно ряду источников, таких как BioGPS и Атлас экспрессии, FAM214A экспрессируется повсеместно (или почти так) на низких уровнях. [ 12 ] [ 13 ] [ 14 ] Как можно видеть на изображении BioGPS ниже, уровень экспрессии в клетках и тканях, связанных с иммунитетом, значительно выше, что указывает на иммунную роль; однако не было никаких конкретных доказательств на месте, подтверждающих это утверждение. Данные об экспрессии были собраны в результате ряда исследований, проведенных на большом спектре генов, поэтому некоторые данные носят противоречивый характер.
Белок
[ редактировать ]Обзор
[ редактировать ]Функция белка FAM214A у человека до сих пор неизвестна; однако существует три функциональные ассоциации терминов, включая «биологический процесс», «клеточный компонент» и молекулярная функция», которые описывают функцию этого белка в «Онтологии генов», которая предсказывает последствия его основной функции in vivo . [ 15 ] [ 16 ] Белковый продукт FAM214A состоит из 1076 аминокислот , по прогнозам, составляет (аа), его молекулярная масса 121 700 дальтон , а изоэлектрическая точка около имеет pH 7,7. [ 6 ] [ 17 ] [ 18 ] Предполагается, что этот белок останется в ядре после транскрипции на основании отсутствия у него последовательности сигнального пептида и предсказаний программы PSORTII. [ 19 ] Благодаря альтернативному сплайсингу наблюдались две другие изоформы (Q32MH5-2 и Q32MH5-3). Они незначительно отличаются от основного продукта. [ 20 ] Изоформа 2 содержит четыре разные аминокислоты из оснований 960–960 и отсутствует конец последовательности оснований 964–1076. [ 20 ] Изоформа 3 имеет семь дополнительных аминокислот, добавленных в начало последовательности после метионина. [ 20 ]
Согласно прогнозам, после трансляции белок FAM214A останется в ядре с помощью более чем одного типа подпрограммы PSORT II. [ 19 ] Этот белок имеет сигнал pat4, один из двух «классических» сигналов ядерной локализации (NLS), начиная с остатка 709. [ 21 ] Хотя у него нет ни второго «классического» NLS, pat7, ни «неклассического» двудольного NLS, по оценкам NCNN, он все же будет нацелен на ядро. [ 21 ] [ 22 ] Этот показатель предсказывает, нацелен ли белок на ядро или цитоплазму, на основе аминокислотной последовательности. [ 21 ] [ 22 ] Для белка FAM214A оценка NCNN предсказывала ядерную локализацию с достоверностью 94,1%. [ 21 ] [ 22 ] На основе этой информации PSORT генерирует общий прогноз субклеточной локализации белка. Для FAM214A прогнозируемые значения составили 69,6% для ядра по сравнению с 13,0% для митохондрий, 8,7% для цитоплазмы и 4,3% для секреторных везикул и эндоплазматического ретикулума. [ 19 ]
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]
Этот белок, скорее всего, не претерпевает значительного количества посттрансляционных модификаций из-за отсутствия последовательности сигнального пептида, предсказанной NetNGlyc и NetOGlyc на веб-сервере ExPASy. [ 24 ] [ 25 ] Это связано с тем, что большая часть внутриклеточного механизма, осуществляющего посттрансляционные модификации, требует, чтобы белок перемещался через органеллы, такие как эндоплазматический ретикулум и аппарат Гольджи . Без последовательности сигнального пептида белок обычно не покидает ядро, что было предсказано с помощью PSORT II, как описано выше. [ 19 ]
SAPS-анализ этого белка был проведен по базе данных swp23s.q, который показал наличие в этом белке аномально большого количества аминокислот серина и аномально малого количества аминокислот аланина. [ 17 ] Согласно обзорной статье Fayard et al., фосфоинозитид-зависимая киназа 2 (PDK2) представляет собой серин/треониновую киназу , которая важна для регуляции клеточного цикла. Поскольку белок FAM214A имеет большее количество сериновых групп, чем считается нормальным, существует вероятность того, что PDK2 оказывает важное влияние на этот белок. [ 26 ] Чтобы определить, было ли на самом деле предсказано фосфорилирование избыточного количества серинов, последовательность белка была пропущена через программу NetPhos с веб-сервера ExPASy. [ 23 ] Эта программа предсказала фосфорилирование 69 серинов, 14 треонинов и 9 тирозинов. [ 23 ] Согласно приведенному выше анализу SAPS, всего имеется 134 серина, что указывает на то, что примерно половина, по прогнозам, будет фосфорилирована in vivo . Диаграмма прогнозов фосфорилирования показана справа.
Еще один тип посттрансляционной модификации белка FAM214A был предсказан программой NetCorona на ExPASy. [ 27 ] Программа предсказала единственный сайт расщепления между положениями 214 и 215 в последовательности белка FAM214A после трансляции. [ 27 ]
Белковые взаимодействия
[ редактировать ]несколько транскрипционных факторов . сайтов связывания Для последовательности промотора FAM214A предсказано [ 11 ] Некоторые из них с наибольшей прогнозируемой достоверностью представлены в таблице ниже. [ 11 ]
Возможные факторы транскрипции, которые, по прогнозам, будут связываться с последовательностью промотора FAM214A
| Прогнозируемый фактор транскрипции | Начинать | Конец | Стрэнд | Уверенность |
| Элемент распознавания фактора транскрипции II B (TFIIB) | 97 | 103 | Отрицательный | 1.0 |
| Миелоидный белок цинковых пальцев MZF1 | 151 | 161 | Отрицательный | 1.0 |
| Фактор транскрипции 1, подобный миелиновому фактору, нейрональный фактор цинковых пальцев C2HC 1 | 388 | 400 | Отрицательный | 0.945 |
| Сайт связывания андрогенного рецептора, сайты IR3 | 495 | 513 | Отрицательный | 0.923 |
| Супрессор опухоли Вильмса | 1 | 17 | Позитивный | 0.968 |
| Непалиндромные сайты связывания ядерного фактора I | 27 | 47 | Позитивный | 0.988 |
| Альтернативный сплайсинговый вариант FOXP1, активированный в ЭСК | 383 | 383 | Позитивный | 1.0 |
| Ген 1 плеоморфной аденомы | 488 | 510 | Позитивный | 1.0 |
| ETS-подобный ген 1 (ELK-1) | 569 | 589 | Позитивный | 0.961 |
Единственный белок, который, согласно STRING, будет взаимодействовать с белком FAM214A, называется MFSD6L . Этот белок принадлежит к суперсемейству основных фасилитаторов и, по прогнозам, является трансмембранным белком. Как и FAM214A, функция этого белка еще не была охарактеризована посредством экспериментов или исследований. [ 28 ] [ 29 ] Поскольку этот белок MFSD6L является единственным белком FAM214A, предсказанным с какой-либо уверенностью, его последовательность была проанализирована с помощью программы PSORT II. Данные подпрограммы NLS предсказывали наличие одной NLS-последовательности pat4 и двух pat7, что указывает на возможную ядерную локализацию. [ 19 ] [ 21 ] С другой стороны, показатель NCNN предсказал цитоплазматическую локализацию с достоверностью 94,1%, таким образом, общий балл PSORT II составил 39,1% плазматическая мембрана, 39,1% эндоплазматическая сеть, 4,3% вакуоль, 4,3% пузырьки секреторной системы, 4,3% везикулы Гольджи, 4,3% митохондриальных и 4,3% ядерных. [ 21 ] [ 22 ] Это противоречиво, поскольку всего существует три сигнала ядерной локализации, но это может быть связано с тем, что значительная трансмембранная природа белка MFSD6L может вызывать проблемы с этими предсказаниями. [ 21 ]
Вторичная и третичная структура
[ редактировать ]Вторичная структура белка FAM214A состоит из ряда альфа-спиралей и листов , как было предсказано с помощью Biology Workbench и Homology / Protein analog Y Recognition бета - Engine (PHYRE). [ 30 ] [ 31 ] Программа PHYRE предсказывает, что 66 процентов вторичной структуры FAM214A неупорядочены и поэтому не могут быть проанализированы и преобразованы в предсказанную третичную структуру. [ 30 ] Это было; однако он способен предсказать примерно 10 процентов структуры белка с 95-процентной значимостью. [ 30 ] Схема для этого показана слева. [ 30 ]
Сохранение
[ редактировать ]Паралог
[ редактировать ]Единственный паралогичный ген был обнаружен на хромосоме 9 у человека разумного и назван FAM214B (семейство со сходством последовательностей, B). [ 32 ] FAM214B, хотя и считается паралогом , имеет последовательность белка, значительно отличающуюся от последовательности FAM214A. Когда их сравнивали друг с другом с помощью BLAST NCBI, единственное наблюдаемое существенное сходство наблюдалось в пределах последних 200 аминокислот (где расположены домены DUF4210 и Chromosome_Seg). [ 33 ] Хотя сходство между FAM214A и B невелико, эти два белка принадлежат к одному семейству белков и содержат одни и те же два консервативных домена . [ 7 ] [ 34 ]
Ортологи
[ редактировать ]Белок FAM214A имеет значительное количество ортологов в большом количестве таксономических групп, включая Mammalia , Aves , Reptilia , Amphibia , Actinopterygii , Echinoidea , Insecta , Trematoda , Crustacea , Tricoplacia, Anthozoa и Eurotiomycetes . [ 35 ] Это указывает на то, что белок FAM214A хорошо консервативен у эукариот, но, по-видимому, не консервативен у бактерий или архей . У всех ортологов наиболее консервативная область находилась ближе к концу белка, где находятся консервативные домены (см. Ниже). Ортологи человеческого белка FAM214A были обнаружены еще у Tuber melanosporum , Talaromyces stipitatus и Aspergillus nidulans , которые разошлись примерно 1215 миллионов лет назад.
Ортологи белка FAM214A
| Вид Род | Общее имя | Отклонение от человеческого происхождения (MYA) [ 36 ] | Инвентарный номер белка NCBI | Длина последовательности | Процент идентичности человеческой последовательности [ 33 ] | Общее название гена |
| Мудрый человек | Человек | - | НП_062546.2 | 1076 | 100 | ФАМ214А |
| Пан-троглодиты | Обыкновенный шимпанзе | 6.3 | XP_003314724 | 1083 | 99 | ФАМ214А |
| Пан паниск | Бонобо | 6.3 | XP_003827895.1 | 1076 | 100 | ФАМ214А |
| Раттус норвегикус | Крыса | 92.3 | НП_001100308 | 1074 | 100 | ЛОК300836 |
| Бос Телец | Корова | 94.2 | XP_601152 | 1087 | 100 | КИАА1370 |
| Знакомый серый волк | Собака | 94.2 | XP_544682 | 1081 | 100 | КИАА1370 |
| Орниторинх анатинус | Утконос | 167.4 | XP_001515207 | 1169 | 95 | КИАА1370 |
| Петух есть петух | Курица | 296.0 | НП_001005811 | 1093 | 99 | ФАМ214А |
| Тениопигия гуттата | Зебра Финч | 296.0 | XP_002196177 | 1112 | 99 | ФАМ214А |
| Анолис Каролинский | Каролина Анол | 296.0 | XP_003227400 | 1086 | 99 | КИАА1370 |
| Ксенопус тропический | Тропическая шпорцевая лягушка | 371.2 | НП_001015702 | 946 | 98 | ФАМ214А |
| Дания рерио | данио | 400.1 | НП_001189349 | 1021 | 75 | ФАМ214А |
| Апис меллифера | Медоносная пчела | 782.7 | XP_393903 | 1339 | 45 | ЛОК410423 |
| Стронгилоцентротус пурпурный | Морской еж | 742.9 | XP_799179 | 297 | 27 | FAM214A-подобный |
| Дрозофила меланогастер | Фруктовая муха | 782.7 | НП_610688 | 1297 | 27 | CG9005 |
| Шистосома Мансони | Шистосомный паразит | 792.4 | XP_002579285 | 766 | 26 | Гипотетический белок |
| Дафния блоха | Обыкновенная водяная блоха | 782.7 | EFX87516 | 200 | 18 | Гипотетический белок DAPPUDRAFT_207300 |
| Нематостелла вектенсис | Морской анемон | 855,3 млн лет назад | XP_001633540 | 191 | 18 | Гипотетический белок |
| Клубень меланоспорум | Трюфель | 1215.8 | XP_002841833 | 622 | 15 | Гипотетический белок |
| Таларомицес стипитатус | - | 1215.8 | XP_002478567 | 797 | 25 | Консервативный гипотетический белок |
| Аспергиллы нидуланс | Нитчатый гриб | 1215.8 | XP_658605 | 728 | 15 | гипотетический белок AN1001.2 |
Филогения
[ редактировать ]
Неукорененное филогенетическое дерево из 20 ортологов было создано программой CLUSTALW на Biology Workbench, чтобы продемонстрировать эволюционные отношения между FAM214A и его ортологами. [ 31 ]
Сохраненные домены
[ редактировать ]Внутри белка FAM214A имеется три хорошо консервативных участка. К ним относятся хорошо консервативная область вблизи n-конца белка и два консервативных домена , включая домен неизвестной функции 4210 (DUF4210) и домен Chromosome_Seg вблизи c-конца . [ 7 ] Схематическая диаграмма этих трех регионов показана ниже. Предполагается, что хорошо консервативная область вблизи n-конца белка не будет содержать каких-либо известных доменов или мотивов; однако сайт расщепления, предсказанный NetCorona выше, расположен внутри этой области и хорошо консервативен в большинстве белков, ортологичных FAM214A. [ 27 ] Два консервативных домена, расположенные на конце этого белка, являются наиболее важной частью пептида с точки зрения истории эволюции. Все организмы в таблице ортолога выше, за исключением утконоса (у которого отсутствует домен Chromosome_Seg), содержат оба этих консервативных домена в своей белковой последовательности. [ 7 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000047346 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000034858 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Jump up to: а б с д «Генные карты: семейство FAM214A со сходством последовательностей 214, A» .
- ^ Jump up to: а б «Белок FAM214A» . НКБИ . Проверено 2 февраля 2013 г.
- ^ Jump up to: а б с д «Консервативные домены NCBI» .
- ^ «Область карты местоположения гена вокруг гена FAM214a» . Генные карты .
- ^ Jump up to: а б «Семейство FAM214A со сходством последовательностей 214, А» . НКБИ.
- ^ «Семейство Homo sapiens со сходством последовательностей 214, член A (FAM214A), мРНК» . НКБИ. 17 апреля 2013 г.
- ^ Jump up to: а б с д «Геноматикс: Эльдорадо» . Геноматикс . [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Jump up to: а б «Экспрессия гена FAM214A с генных карт» . Генные карты .
- ^ Jump up to: а б «Экспрессия гена FAM214A по данным BioGPS» . БиоGPS .
- ^ «Экспрессия гена FAM214A из атласа экспрессии» . Архивировано из оригинала 16 июня 2013 г.
- ^ «Онтология генов» .
- ^ «Онтология гена: терминологические ассоциации» .
- ^ Jump up to: а б «Инструментарий биологии: SAPS» .
- ^ Козловский, Л.П. (2016). «IPC — Калькулятор изоэлектрической точки» . Биология Директ . 11 (1): 55. дои : 10.1186/s13062-016-0159-9 . ПМК 5075173 . ПМИД 27769290 .
- ^ Jump up to: а б с д и «ПСОРТ II Прогноз» .
- ^ Jump up to: а б с «Белок FAM214A - Homo sapiens (Человек)» . ЮниПрот .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г «ПСОРТ II НЛС» . ПСОРТ .
- ^ Jump up to: а б с д Рейнхардт А., Хаббард Т. (май 1998 г.). «Использование нейронных сетей для предсказания субклеточного расположения белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (9): 2230–6. дои : 10.1093/нар/26.9.2230 . ПМЦ 147531 . ПМИД 9547285 .
- ^ Jump up to: а б с «НетФос» . ЭксПАСи .
- ^ «НетНГлик» . ЭксПАСи .
- ^ «НетОГлик» . ЭксПАСи .
- ^ Файярд Э., Тинтиньяк Л.А., Бодри А., Хеммингс Б.А. (декабрь 2005 г.). «Протеинкиназа B/Akt с первого взгляда» Журнал клеточной науки . 118 (Пт 24): 5675–8. дои : 10.1242/jcs.02724 . ПМИД 16339964 . S2CID 8984112 .
- ^ Jump up to: а б с «НетКорона» . ЭксПАСи .
- ^ «Генные карты MFSD6L» . Генные карты .
- ^ «УниПрот МФСД6Л» . ЮниПрот .
- ^ Jump up to: а б с д и «Сервер распознавания складок белка PHYRE» . Архивировано из оригинала 12 августа 2022 г. Проверено 12 мая 2013 г.
- ^ Jump up to: а б с «Биологический верстак» .
- ^ «Генные карты-паралоги» . Генные карты .
- ^ Jump up to: а б «NCBI ВЗРЫВ» . НКБИ.
- ^ «Консервативные домены FAM214B» . НКБИ.
- ^ «Ортологи генных карт» . Генные карты .
- ^ Хеджес, Южная Каролина; Дадли Дж; Кумар С. (2006). «TimeTree: общедоступная база знаний о временах расхождения среди организмов» . стр. 2971–2972.