СЕРПИНА2
| СЕРПИНА2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | SERPINA2 , ARGS, ATR, PIL, SERPINA2P, psiATR, член 2 семейства серпинов A (ген/псевдоген) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Генные карты : SERPINA2 ; ОМА : SERPINA2 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ингибитор серпинпептидазы, клада А (альфа-1-антипротеиназа, антитрипсин), член 2 — белок , который у человека кодируется SERPINA2 геном . Ингибитор сериновой пептидазы, член клады А 2, принадлежит к члену серинового семейства белков, которые обладают функциональной активностью ингибирования сериновых протеаз . [ 3 ]
Открытие
[ редактировать ]SERPINA2 был известен как псевдогены , поскольку он имел очень похожую структуру и функцию на SERPINA1 . Во время характеристики клонирования альфа-1- антитрипсиноподобного гена было обнаружено, что SERPINA2 не имеет промотора , но содержит значительную гомологию с SERPINA1 последовательностью гена . [ 4 ]
Расположение гена
[ редактировать ]SERPINA2 находится по адресу 14q32.13. [ 5 ]
Экспрессия и локализация генов
[ редактировать ]Внеклеточные предсказания SERPIN и клад общих доменов показывают, что локализация SERPINA2 в ER, скорее всего, больше, эти общие мотивы ER указывают на то, что их локализация, скорее всего, будет в ER. [ 6 ]
Структура
[ редактировать ]Популяционные исследования показывают, что этот ген полиморфен . делеции , мутации сдвига рамки считывания и критическая мутация стартового кодона В некоторых популяциях были обнаружены (ATG на ATA), а также аллель , которая может кодировать функциональный белок. Этот ген может быть развивающимся псевдогеном. [ 7 ] Эталонный геном содержит мутацию стартового кодона и имеет делецию кодирующей области . Трехмерная модель SERPINA2 была создана с использованием неудалённой формы кристаллической структуры, гомологичной белку SERPINA1. Модель была создана с использованием swissmodel в EXPASY и показала, что SERPINA2 сохраняет петлю реактивного центра SERPIN , которая наиболее совместима с ингибирующей активностью протеазы. Консенсусная последовательность, окружающая петлю реактивного центра, значительно разошлась, так что теперь она содержит мотивы триптофана и зарина вместо мотива метионина и серина. [ 8 ]
Функция
[ редактировать ]SERPINA2 ранее был идентифицирован как псевдоген; однако недавно появились новые данные, указывающие на то, что SERPINA2 продуцирует активный транскрипт, который отвечает за кодирование белка, расположенного в эндоплазматическом ретикулуме . Детальное изучение гена SERPINA2 в нескольких этнических группах показало, что с добавлением SERPINA2 гена гаплотип характеризуется частичной делецией, которая имеет закономерности, предполагающие положительный отбор потери функции белка SERPINA2. [ 5 ]
Исследования SERPINA2 показали разные результаты относительно степени дегенерации последовательности, которой она может подвергнуться. [ 7 ] Бао и др. (1988) в своих исследованиях описывает, что последовательность с сайтами сплайсинга РНК сохраняется в SERPINA2, и при экспрессии она кодирует новый секреторный белок (SERPIN) с другой субстратной специфичностью. Эти исследования SERPINA2 на людях пришли к выводу, что недавнему положительному отбору благоприятствует потеря функции SERPINA2 и псевдогенизация. [ 9 ] Гены SERPINA2 в основном экспрессируются в лейкоцитах и семенниках , что дает остаточную экспрессию в печени . SERPINA2 связана с продолжающимся адаптивным процессом, связанным с преимуществами в роли фертильности и взаимодействии патогенов- хозяев . [ 8 ]
Мутации
[ редактировать ]Критическая мутация присутствует в стартовом кодоне и делеция 2 КБ в экзоне IV и части экзона V. Эта делеция в стартовом кодоне происходит с частотой 30%. [ 4 ] Исследования SERPINA2 in vitro и in vivo показали, что он экспрессирует стабильные белки с n-связанным гликозилированием с молекулярной массой 52 кДа и совместимые с обычными SERPIN. [ 8 ]
Заболевание, связанное
[ редактировать ]SERPINA2 является членом семейства SERPIN, которое известно как гены, кодирующие белки. Заболевание, связанное с этим геном, — эмфизема , возникающая из-за дефицита белка аат. SERPINA2 имеет функцию, аналогичную SERPINA1, и связана с функцией активности ингибитора пептидазы серинового типа. [ 10 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с ENSG00000258597 GRCh38: выпуск Ensembl 89: ENSG00000274821, ENSG00000258597 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ген Энтрез: ингибитор серпинпептидазы, клада А (антипротеиназа альфа-1, антитрипсин), член 2» . Проверено 21 сентября 2017 г.
- ^ Перейти обратно: а б Хофкер М.Х., Нелен М., Класен Э.К., Нукива Т., Куриэль Д., Кристал Р.Г., Франц Р.Р. (сентябрь 1988 г.). «Клонирование и характеристика альфа-1-антитрипсиноподобного гена, находящегося на 12 КБ ниже настоящего гена альфа-1-антитрипсина». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 155 (2): 634–42. дои : 10.1016/S0006-291X(88)80542-4 . ПМИД 2901833 .
- ^ Перейти обратно: а б Хейт С., Джексон BC, МакЭндрюс М., Райт М.В., Томпсон Д.С., Сильверман Г.А., Неберт Д.В., Василиу В. (октябрь 2013 г.). «Обновление суперсемейства генов SERPIN человека и мыши» . Геномика человека . 7 (1): 22. дои : 10.1186/1479-7364-7-22 . ПМЦ 3880077 . ПМИД 24172014 .
- ^ Маркес П.И., Феррейра З., Мартинс М., Фигейреду Х., Силва Д.И., Кастро П., Моралес-Хохас Р., Симойнс-Коррейя Х., Сейшас С. (июнь 2013 г.). «SERPINA2 — это новый ген, функция которого отличается от SERPINA1» . ПЛОС ОДИН . 8 (6): e66889. Бибкод : 2013PLoSO...866889M . дои : 10.1371/journal.pone.0066889 . ПМЦ 3691238 . ПМИД 23826168 .
- ^ Перейти обратно: а б Сейшас С., Суриано Г., Карвальо Ф., Серука Р., Роча Дж., Ди Риенцо А. (февраль 2007 г.). «Разнообразие последовательностей в проксимальном субкластере SERPIN 14q32.1: свидетельства естественного отбора, способствующего псевдогенизации SERPINA2» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (2): 587–98. дои : 10.1093/molbev/msl187 . ПМИД 17135331 .
- ^ Перейти обратно: а б с Маркес П.И., Феррейра З., Мартинс М., Фигейреду Х., Силва Д.И., Кастро П., Моралес-Хохас Р., Симойнс-Коррейя Х., Сейшас С. (июнь 2013 г.). «SERPINA2 — это новый ген, функция которого отличается от SERPINA1» . ПЛОС ОДИН . 8 (6): e66889. Бибкод : 2013PLoSO...866889M . дои : 10.1371/journal.pone.0066889 . ПМЦ 3691238 . ПМИД 23826168 .
- ^ Бао Дж.Дж., Рид-Фурке Л., Сиферс Р.Н., Кидд В.Дж., Ву С.Л. (февраль 1988 г.). «Молекулярная структура и гомология последовательности гена, связанного с альфа-1-антитрипсином, в геноме человека». Геномика . 2 (2): 165–73. дои : 10.1016/0888-7543(88)90099-7 . ПМИД 2842251 .
- ^ "СЕРПИНА2" . Генные карты .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Меркель, Пенсильвания; Се, Г; Монах, Пенсильвания; Джи, Х; Чаватта, диджей (май 2017 г.). «Идентификация функциональных и экспрессионных полиморфизмов, связанных с риском васкулита, ассоциированного с антинейтрофильными цитоплазматическими аутоантителами» . Артрит и ревматология . 69 (5): 1054–1066. дои : 10.1002/арт.40034 . ПМЦ 5434905 . ПМИД 28029757 .
- Намчу С.Дж., Фридман Р.Д., Марсден М.Д., Сараусад Л.М., Ясони К.Л., Фурнье Р.Э. (март 2004 г.). «Организация последовательностей и области прикрепления матрицы кластера генов ингибитора сериновой протеазы человека на участке 14q32.1». Геном млекопитающих . 15 (3): 162–78. дои : 10.1007/s00335-003-2311-y . ПМИД 15014966 . S2CID 8594824 .
- Роллини П., Фурнье Р.Э. (декабрь 1997 г.). «Молекулярная связь генов альфа-1-антитрипсина человека и кортикостероидсвязывающего глобулина на хромосоме 14q32.1». Геном млекопитающих . 8 (12): 913–6. дои : 10.1007/s003359900610 . ПМИД 9383284 . S2CID 25123395 .
- Геттинс П.Г., Олсон С.Т. (август 2016 г.). «Ингибирующие серпины. Новое понимание их сворачивания, полимеризации, регуляции и клиренса» . Биохимический журнал . 473 (15): 2273–2293. дои : 10.1042/bcj20160014 . ПМК 5266585 . ПМИД 27470592 .