PSMC3
PSMC3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | PSMC3 , TBP1, субъединица протеасомы 26S, ATPase 3, RPT5, DCIDP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | Омим : 186852 ; MGI : 1098754 ; Гомологен : 2097 ; GeneCards : PSMC3 ; OMA : PSMC3 - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Викидид | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
26S Протеаза регулирующая субъединица 6A , также известная как 26S Proteasome AAA-ATPase Subunit RPT5 , является ферментом , который у людей кодируется PSMC3 геном . [ 5 ] [ 6 ] Этот белок является одной из 19 важных субъединиц полного собравшегося 19S -протеасомного комплекса [ 7 ] Шесть 26-х протеасомных субъединиц AAA-ATPase ( RPT1 , RPT2 , RPT3 , RPT4 , RPT5 (этот белок) и RPT6 ) вместе с четырьмя неатпазными субъединицами ( RPN1 , RPN2 , RPN10 и RPN13 ) образуют базовый субэссплекс из 19S. частица для протеасомного комплекса. [ 7 ]
Ген
[ редактировать ]Ген PSMC3 кодирует одну из субъединиц АТФазы, члена семейства Triple-A ATPases, обладающих чапероноподобной активностью. Эта субъединица может конкурировать с PSMC2 за связывание с ВИЧ -белком, чтобы регулировать взаимодействие между вирусным белком и транскрипционным комплексом. Псевдоген был идентифицирован на хромосоме 9. [ 8 ] Человеческий ген PSMC3 имеет 12 экзонов и расположена в диапазоне хромосом 11p11.2.
Белок
[ редактировать ]Регуляторная субъединица протеазы белка человека 26S 6A составляет 49 кДа по размеру и состоит из 439 аминокислот. Рассчищенный теоретический ИП этого белка составляет 5,68. [ 9 ]
Сложная сборка
[ редактировать ]26S Комплекс протеасомы обычно состоят из частицы ядра 20S (CP или 20S протеасома) и одной или двух регуляторных частиц 19S (RP или 19S протеасома) на одной стороне или обеих сторонах 20-х годов в форме ствола. CP и RPs относятся к различным структурным характеристикам и биологическим функциям. Вкратце, субтерплекс 20S представляет три типа протеолитической активности, в том числе каспазоподобная, трипсиноподобная и химотрипсин-подобная активность. Эти протеолитические активные участки, расположенные во внутренней стороне камеры, образованной 4 сложенными кольцами из субъединиц 20S, предотвращая случайное встречу с белком и неконтролируемая деградация белка. Регуляторные частицы 19S могут распознавать, меченный убиквитином белок в качестве субстрата деградации, разворачивать белок в линейный, открыть затвор частицы 20S ядра и направлять субстрат в протеолитическую камеру. Чтобы соответствовать такой функциональной сложности, регуляторная частица 19S содержит как минимум 18 конститутивных субъединиц. Эти субъединицы могут быть классифицированы на два класса, основанные на АТФ-зависимости субъединиц, АТФ-зависимых субъединиц и АТФ-независимых субъединиц. Согласно белковому взаимодействию и топологическим характеристикам этого мультисубнитного комплекса, регуляторная частица 19S состоит из основания и подкомплекса крышки. База состоит из кольца из шести ААА-АТФаз (субъединица RPT1-6, систематическая номенклатура) и четырех непазных субъединиц ( RPN1 , RPN2 , RPN10 и RPN13 ). Таким образом, 26S Протеаза регуляторная субъединица 4 (RPT2) является важным компонентом формирования базового подкомплекса регуляторной частицы 19S. Для сборки базового субэкомплекса 19S четыре набора шаперонов ключевой сборки (HSM3/S5B, NAS2/P27, NAS6/P28 и RPN14/PAAF1, номенклатура у дрожжей/млекопитающих) были выявлены четырьмя группами самостоятельно. [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] Эти 19S регуляторные частицы, связанные с основанием частиц, все связываются с отдельными субъединицами АТФазы через С-концевые области. Например, HSM3/S5B связывается с субъединицей RPT1 и RPT2 (этот белок), NAS2/P27 с RPT5 (этот белок), NAS6/P28 до RPT3 и RPN14/PAAAF1 до RPT6 соответственно. Впоследствии три модуля промежуточных сборок образуются следующим образом, модуль NAS6/P28-RPT3-RPT6-RPN14/PAAF1, модуль NAS2/P27-RPT4-RPT5 и модуль HSM3/S5B-RPT1-RPT2-RPN2. В конце концов, эти три модуля собираются вместе, чтобы сформировать гетерогексамерное кольцо из 6 атласов с RPN1. Окончательное добавление RPN13 указывает на завершение сборки базовых субэксплексов 19S. [ 7 ]
Функция
[ редактировать ]Как механизм деградации, который отвечает за ~ 70% внутриклеточного протеолиза, [ 16 ] Протеасомный комплекс (26S Proteasome) играет критическую роль в поддержании гомеостаза клеточного протеома. Соответственно, неправильно свернутые белки и поврежденный белок должны быть непрерывно удалены для переработки аминокислот для нового синтеза; Параллельно некоторые ключевые регуляторные белки выполняют свои биологические функции посредством селективной деградации; Кроме того, белки расщепляются в пептиды для презентации антигена класса I MHC. Чтобы удовлетворить такие сложные требования в биологическом процессе посредством пространственного и временного протеолиза, белковые субстраты должны быть распознаны, рекрутированы и в конечном итоге гидролизованы хорошо контролируемым образом. Таким образом, регуляторная частица 19S относится к ряду важных возможностей для решения этих функциональных проблем. Чтобы распознать белок в качестве обозначенного субстрата, 19S комплекс имеет субъединицы, которые способны распознавать белки со специальной деградативной меткой, убиквитинилирование. У него также есть субъединицы, которые могут связываться с нуклеотидами (например, ATP), чтобы облегчить связь между частицами от 19 до 20 лет, а также вызывают изменения подтверждения альфа-субъединиц C-концевых, которые образуют вход подложки комплекса 20S.
Субъединицы ATPases собираются в кольцо с шестьючковых с последовательности RPT1-RPT5-RPT4-RPT3-RPT6-RPT2, которая взаимодействует с семичленным альфа-кольцом из частицы 20S и устанавливает асимметричный интерфейс между 19S и RP. 20 с. [ 17 ] [ 18 ] Три С-концевые хвосты с мотивами HBYX различных RPT ATPases вставляют в карманы между двумя определенными альфа-субъединицами CP и регулируют отверстие затвора центральных каналов в альфа-кольце CP. [ 19 ] [ 20 ] Свидетельство показало, что субъединица ATPase RPT5, наряду с другими Ubuiqintinated 19S-протеасовыми субъединицами ( RPN13 , RPN10 ) и деубиквитинирующим ферментом UCH37, может быть убиквитинированным in Situ с помощью протеасом-ассоциационных ферментов. Убиквитинирование субъединиц протеасомы может регулировать протеасомную активность в ответ на изменение уровней клеточной убиквитинирования. [ 21 ]
Взаимодействия
[ редактировать ]Было показано, что PSMC3 взаимодействует с PSMC5 [ 22 ] и фон Хиппель-Линдау-супрессор опухоли . [ 23 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000165916 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а беременный в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000002102 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ Хойл Дж., Тан К.Х., Фишер Эм (март 1997 г.). «Локализация генов, кодирующих двух доменных членов семейства AAA: PSMC5 (белок-вмешивающий рецептор щитовидной железы, Trip1) и PSMC3 (TAT-связывающий белок, TBP1)». Hum Genet . 99 (2): 285–8. doi : 10.1007/s004390050356 . PMID 9048938 . S2CID 29818936 .
- ^ Говорят Н., Сузуки М., Фудзива Т., Шимбара Ч., ребенок (Марк 1998). Хросомалемаломальный локальный аннализ Biophy Biophhys Res Communic 243 (1): 229–3 doi : 10.1006/brc . PMID 9473509 .
- ^ Jump up to: а беременный в Gu Zc, Enenkel C (Dec 2014). «Сборка протеасома» . Клеточные и молекулярные науки о жизни . 71 (24): 4729–45. doi : 10.1007/s00018-014-1699-8 . PMC 11113775 . PMID 25107634 . S2CID 15661805 .
- ^ «Ген Entrez: PSMC3 Протеасома (Prosome, Macropain) 26S субъединица, АТФаза, 3» .
- ^ "Uniprot: P17980 - PRS6A_HUMAN" .
- ^ Le Tallec B, Barrault MB, Guérois R, Carré T, Peyroche A (февраль 2009 г.). «HSM3/S5B участвует в пути сборки регуляторной частицы 19S протеасомы» . Молекулярная клетка . 33 (3): 389–99. doi : 10.1016/j.molcel.2009.01.010 . PMID 19217412 .
- ^ Funakoshi M, Tomko RJ, Kobayashi H, Hochstrasser M (май 2009 г.). «Многочисленные шапероны сборки регулируют биогенез основания регуляторной частицы протеасом» . Клетка . 137 (5): 887–99. doi : 10.1016/j.cell.2009.04.061 . PMC 2718848 . PMID 19446322 .
- ^ Park S, Roelofs J, Kim W, Robert J, Schmidt M, Gygi SP, Finley D (Jun 2009). «Гексамерная сборка протеасомных АТФаз шаблон через их C -концерты» . Природа . 459 (7248): 866–70. Bibcode : 2009natur.459..866p . doi : 10.1038/nature08065 . PMC 2722381 . PMID 19412160 .
- ^ Roelofs J, Park S, Haas W, Tian G, McAllister FE, Huo Y, Lee BH, Zhang F, Shi Y, Gygi SP, Finley D (Jun 2009). «Опосредованный шапероном путь сборочной сборки регуляторной частицы протеасом» . Природа . 459 (7248): 861–5. Bibcode : 2009natur.459..861r . doi : 10.1038/nature08063 . PMC 2727592 . PMID 19412159 .
- ^ Saeki Y, Toh-E A, Kudo T, Kawamura H, Tanaka K (май 2009 г.). «Многочисленные протеасомные белки помогают сборке регуляторной частицы дрожжей 19S» . Клетка . 137 (5): 900–13. doi : 10.1016/j.cell.2009.05.005 . PMID 19446323 . S2CID 14151131 .
- ^ I Neko T, Hamazaki J, Iemura S, Sasaki K, Furuyama K, Natsume T, Tanaka K, Murata S (май 2009 г.). «Путь сборки подкомплекса базы млекопитающих протеасмеров опосредован множеством специфических шаперонов » Ячейка 137 (5): 914–2 Doi : 10.1016/ j.cell.2009.05.0 PMID 19490896 S2CID 18551885 .
- ^ Rock KL, Gramm C, Rothstein L, Clark K, Stein R, Dick L, Hwang D, Goldberg AL (сентябрь 1994). «Ингибиторы протеасомы блокируют деградацию большинства клеточных белков и генерацию пептидов, представленных на молекулах класса I MHC». Клетка . 78 (5): 761–71. doi : 10.1016/s0092-8674 (94) 90462-6 . PMID 8087844 . S2CID 22262916 .
- ^ Tian G, Park S, Lee MJ, Huck B, McAllister F, Hill CP, Gygi SP, Finley D (ноябрь 2011). «Асимметричный график между регуляторными и основными частицами протеасомы» . Природа структурная и молекулярная биология . 18 (11): 1259–67. doi : 10.1038/nsmb.2147 . PMC 3210322 . PMID 22037170 .
- ^ Ландер GC, Estrin E, Matyskiela ME, Bashore C, Nogales E, Martin A (февраль 2012 г.). «Полная архитектура субъединицы регуляторной частицы протеасомы» . Природа . 482 (7384): 186–91. Bibcode : 2012natur.482..186L . doi : 10.1038/nature10774 . PMC 3285539 . PMID 22237024 .
- ^ Джилетт Т.Г., Кумар Б., Томпсон Д., Слоутер С.А., Демартино Г.Н. (ноябрь 2008 г.). «Дифференциальные роли COOH -терминов субъединиц AAA PA700 (регулятор 19 с) в асимметричной сборке и активации протеасомы 26 с» . Журнал биологической химии . 283 (46): 31813–31822. doi : 10.1074/jbc.m805935200 . PMC 2581596 . PMID 18796432 .
- ^ Смит Д.М., Чанг С.К., Парк С., Финли Д., Ченг Й, Голдберг А.Л. (сентябрь 2007 г.). «Док -санитарная стыковка карбоксильных терминах протеасомных АТФаз в альфа -кольце протеасомы 20S открывает ворота для входа подложки» . Молекулярная клетка . 27 (5): 731–744. doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.033 . PMC 2083707 . PMID 17803938 .
- ^ Jacobson AD, Macfadden A, Wu Z, Peng J, Liu CW (Jun 2014). «Авторегуляция протеасомы 26S с помощью убиквитинирования in situ» . Молекулярная биология клетки . 25 (12): 1824–35. doi : 10.1091/mbc.e13-10-0585 . PMC 4055262 . PMID 24743594 .
- ^ Ишизука Т., Сато Т., Монден Т., Шибусава Н., Хашида Т., Ямада М., Мори М (август 2001 г.). «Вирус вируса иммунодефицита человека типа 1 TAT-связывающий белок-1 является транскрипционным коактиватором, специфичным для TR» . Мол Эндокринол . 15 (8): 1329–43. doi : 10.1210/mend.15.8.0680 . PMID 11463857 .
- ^ Кукуруза PG, McDonald ER, Herman JG, El-Deiry WS (ноябрь 2003 г.). «TAT-связывающий белок-1, компонент протеасомы 26S, способствует функции убиквитиновой лигазы E3 в белке фон Хиппель-Линдау». НАТ Генет . 35 (3): 229–37. doi : 10.1038/ng1254 . PMID 14556007 . S2CID 22798700 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Кукс О., Танака К., Голдберг А.Л. (1996). «Структура и функции протеасомов 20 и 26S». Анну. Преподобный Биохим . 65 : 801–47. doi : 10.1146/annurev.bi.65.070196.004101 . PMID 8811196 .
- Гофф С.П. (2003). «Смерть путем дезаминирования: новая система ограничения хозяина для ВИЧ-1» . Клетка . 114 (3): 281–3. doi : 10.1016/s0092-8674 (03) 00602-0 . PMID 12914693 . S2CID 16340355 .
- Нельбок П., Диллон П.Дж., Перкинс А., Розен К.А. (1990). «КДНК для белка, который взаимодействует с трансактиватором вируса иммунодефицита человека». Наука . 248 (4963): 1650–3. Bibcode : 1990sci ... 248.1650n . doi : 10.1126/science.2194290 . PMID 2194290 .
- Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-капитализация: простой метод замены структуры крышки эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген . 138 (1–2): 171–4. doi : 10.1016/0378-1119 (94) 90802-8 . PMID 8125298 .
- Shaw Dr, Ennis HL (1993). «Молекулярное клонирование и регуляция развития гомологов Dictyostelium discoideum человеческого и дрожжевого белка-связывающего белка ВИЧ1». Биохимия. Биофиз. Резерв Общение 193 (3): 1291–6. doi : 10.1006/bbrc.1993.1765 . PMID 8323548 .
- Ohana B, Moore PA, Ruben SM, Southgate CD, Green MR, Rosen CA (1993). «Белок, связывающий вирус иммунодефицита человека типа 1, является транскрипционным активатором, принадлежащим к дополнительному семейству эволюционно консервативных генов» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 90 (1): 138–42. Bibcode : 1993pnas ... 90..138o . doi : 10.1073/pnas.90.1.138 . PMC 45615 . PMID 8419915 .
- Dubiel W, Ferrell K, Rechsteiner M (1993). «Пептидное секвенирование идентифицирует MSS1, модулятор ВИЧ-опосредованной трансактивации, в качестве субъединицы 7 из протеазы 26 с» . Фебс Летт . 323 (3): 276–8. Bibcode : 1993 Phebsl.323..276d . doi : 10.1016/0014-5793 (93) 81356-5 . PMID 8500623 . S2CID 26726988 .
- Demartino GN, Proske RJ, Moomaw CR, Strong AA, Song X, Hisamatsu H, Tanaka K, Slaughter CA (1996). «Идентификация, очистка и характеристика PA700-зависимого активатора протеасомы» . Дж. Биол. Химический 271 (6): 3112–8. doi : 10.1074/jbc.271.6.3112 . PMID 8621709 .
- Seeger M, Ferrell K, Frank R, Dubiel W (1997). «ТАТ ВИЧ-1 ингибирует протеасому 20 с и ее регуляторную опосредованную активацию 11 с» . Дж. Биол. Химический 272 (13): 8145–8. doi : 10.1074/jbc.272.13.8145 . PMID 9079628 .
- Танака Т., Накамура Т., Такаги Х., Сато М. (1997). «Молекулярное клонирование и характеристика нового взаимодействующего белка TBP-1 (TBPIP): усиление действия TBP-1 на TAT с помощью TBPIP». Биохимия. Биофиз. Резерв Общение 239 (1): 176–81. doi : 10.1006/bbrc.1997.7447 . PMID 9345291 .
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (1997). «Строительство и характеристика обогащенной полной длиной и библиотекой кДНК с 5'-эндом». Ген . 200 (1–2): 149–56. doi : 10.1016/s0378-1119 (97) 00411-3 . PMID 9373149 .
- Накамура Т., Танака Т., Такаги Х, Сато М. (1998). «Клонирование и гетерогенная экспрессия in vivo белка-1 (TBP-1) in vivo в мыши». Биохим. Биофиз. Акт . 1399 (1): 93–100. doi : 10.1016/s0167-4781 (98) 00105-5 . PMID 9714759 .
- Мадани Н., Кабат Д. (1998). «Эндогенный ингибитор вируса иммунодефицита человека в лимфоцитах человека преодолевается вирусным белком VIF» . J. Virol . 72 (12): 10251–5. doi : 10.1128/jvi.72.12.10251-10255.1998 . PMC 110608 . PMID 9811770 .
- Саймон Дж. Х., Гаддис Н.К., Фушер Р.А., Малим М.Х. (1998). «Свидетельство о недавно обнаруженном клеточном фенотипе анти-ВИЧ-1». НАТ Медик 4 (12): 1397–400. doi : 10.1038/3987 . PMID 9846577 . S2CID 25235070 .
- Park BW, O'Rourke DM, Wang Q, Davis JG, Post A, Qian X, Greene MI (1999). «Индукция гена TAT-связывающего белка 1 сопровождает инъекцию онкогенных тирозинкиназ рецепторов ERBB» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 96 (11): 6434–8. Bibcode : 1999pnas ... 96.6434p . doi : 10.1073/pnas.96.11.6434 . PMC 26899 . PMID 10339605 .
- Tanahashi N, Murakami Y, Minami Y, Shimbara N, Hendil KB, Tanaka K (2000). «Гибридные протеасомы. Индукция интерфероном-гамма и вклад в АТФ-зависимый протеолиз» . Дж. Биол. Химический 275 (19): 14336–45. doi : 10.1074/jbc.275.19.14336 . PMID 10799514 .
- Иджичи Х., Танака Т., Накамура Т., Яги Х, Хакуба А., Сато М. (2000). «Молекулярное клонирование и характеристика человеческого гомолога TBPIP, гена, связанного с локусом BRCA1». Ген . 248 (1–2): 99–107. doi : 10.1016/s0378-1119 (00) 00141-4 . PMID 10806355 .