DTDP-глюкоза 4,6-дегидратаза
| DTDP-глюкоза 4,6-дегидратаза | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| ЕС №. | 4.2.1.46 | ||
| CAS №. | 37259-54-4 | ||
| Альт. имена | RMLB | ||
| Базы данных | |||
| Intenz | Intenz View | ||
| Бренда | Бренда вход | ||
| Расширение | Вид Nicezyme | ||
| Кегг | Кегг вход | ||
| Метатический | Метаболический путь | ||
| Напрямую | профиль | ||
| PDB Структуры | RCSB PDB PDBE PDBSUM | ||
| Джин Онтология | Друг / Quickgo | ||
| |||
Фермент дегидратаза DTDP-глюкоза 4,6- ( EC 4.2.1.46 ) катализирует химическую реакцию
- DTDP-глюкоза DTDP-4-дегидро-6-дезокси- d -глюкоза + h 2 o
Структура и механизм действия
[ редактировать ]Первые белковые структуры DTDP-глюкозы 4,6-дегидратазы (RMLB) были завершены Джимом Тоденом в лаборатории Хейзел Холден ( Университет Висконсин-Мадисон ) и Саймон Аллард в лаборатории Джима Нейсмит ( Университет Сент-Эндрю ). [ 1 ] [ 2 ] Дальнейшие структурные , мутагенные и ферментативные исследования обеих групп, наряду с важной механистической работой групп W. Wallace Cleland и Perry Frey, привели к хорошему пониманию этого фермента. [ 3 ] [ 4 ] В кратком изложении фермент представляет собой димерный белок с складом Россманн ; он использует плотно связанный коэнзим NAD + Для временного окисления субстрата активируя его для стадии дегидратации . [ 5 ] [ 6 ]
Номенклатура
[ редактировать ]Этот фермент принадлежит к семейству лиаз , в частности, гидро-лилаз, которые расщепляют углерод-кислородные связи. Систематическим названием этого класса ферментов является DTDP-глюкоза 4,6-гидро-лилаза (DTDP-4-дегидро-6-дезокси- D -глюкоза) . Другие общие названия включают тимидинофосфоглюкозу оксидоредуктазу , оксидоредуктазу TDP , RMLB , DESIV и DTDP-глюкозы 4,6-гидро-линейазы . Этот фермент участвует в 4 метаболических путях : метаболизм нуклеотидных сахаров , биосинтез стрептомицина , биосинтез поликетидного сахара и биосинтез антибиотиков ванкомицина .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Аллард, STM; Клеланд WW ; Холден, HM. (2004). «Рентгеновская структура высокого разрешения DTDP-глюкозы 4,6-дегидратазы из Streptomyces venezuelae» . Журнал биологической химии . 279 (3): 2211–20. doi : 10.1074/jbc.m310134200 . PMID 14570895 .
- ^ Аллард, STM; Giraud, MF; Naismith, JH; и др. (2001). «Кристаллическая структура DTDP-D-глюкозы 4,6-дегидратазы (RMLB) из Salmonella Enterica Serovar Typhimurium, второй фермент в пути DTDP-L-Rhamnose». Журнал молекулярной биологии . 307 (1): 283–295. doi : 10.1006/jmbi.2000.4470 . PMID 11243820 .
- ^ Hegeman AD, Gross JW, Frey PA (февраль 2002 г.). «Согласованные и поэтапные механизмы обезвоживания, наблюдаемые в диком типе и мутированной Escherichia coli dtdp-glucose 4,6-дегидратазу». Биохимия . 41 (8): 2797–804. Citeseerx 10.1.1.557.8752 . doi : 10.1021/bi011748c . PMID 11851427 .
- ^ Джерратана Б., Клеланд WW, Frey PA (август 2001 г.). «Механистическая роль Thr134, Tyr160 и Lys 164 в реакции, катализируемой DTDP-глюкозой 4,6-дегидратазой». Биохимия . 40 (31): 9187–95. doi : 10.1021/bi0108249 . PMID 11478886 .
- ^ Аллард, STM; Бейс К; Giraud Mf; Hegeman ad; Gross JW; Wilmouth RC; Уитфилд С; Graninger M; Месснер P; Аллен Аг; Maskell DJ ; Naismith JH (январь 2002 г.). «На пути к структурному пониманию дегидратазного механизма» . Структура 10 (1): 81–92. doi : 10.1016/s0969-2126 (01) 00694-3 . PMID 11796113 .
- ^ Бейс К, Аллард; STM, Hegeman AD; Муршудов г; Philp D; NAISMITH JH (октябрь 2003 г.). «Структура NADH в ферменте DTDP-D-глюкозе дегидратаза (RMLB)». J. Am. Химический Соц 125 (39): 11872–8. doi : 10.1021/ja035796r . PMID 14505409 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Гилберт Дж. М., Машуши М., Стромингер Дж.Л. (1965). «Тимидинофосфат 4-ацетамидо-4,6-дидексигексозы. II Очистка и свойства тимидина дифхосфата D-глюкозооксидоредуктазы» . Дж. Биол. Химический 240 : 1305–8. doi : 10.1016/s0021-9258 (18) 97575-7 . PMID 14284740 .
- Melo A, Elliott WH, Glaser L (1968). «Механизм синтеза 6-дезоксигексозы. I. Внутримолекулярный перенос водорода, катализируемый дезокситимидинофосфатом D-глюкозооксидоредуктазой» . Дж. Биол. Химический 243 (7): 1467–74. doi : 10.1016/s0021-9258 (18) 93566-0 . PMID 4869560 .
- Ван С.Ф., Габриэль О (1969). «Биологические механизмы, участвующие в образовании дезокси-сахара. V Выделение и кристаллизацию тимидинофосфат-D-глюкозе оксидоредуктазы из Escherichia coli B» . Дж. Биол. Химический 244 (13): 3430–7. doi : 10.1016/s0021-9258 (18) 83390-7 . PMID 4307450 .
