CXorf66
| CXorf66 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | CXorf66 , SGPX, открытая рамка считывания хромосомы X 66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | МГИ : 3779666 ; Гомологен : 82551 ; Генные карты : CXorf66 ; OMA : CXorf66 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CXorf66, также известный как открытая рамка считывания 66 хромосомы X , представляет собой белок человека, состоящий из 361 аминокислот, который кодируется CXorf66 геном . Предполагается, что закодированный белок будет трансмембранным белком типа 1 ; однако его точная функция в настоящее время неизвестна. [ 5 ]
На CXorf66 имеется патент под номером US 8586006, выданный Институтом системной биологии и интегрированной диагностики, Inc. [ 6 ]
Белок CXorf66 является потенциальным новым биомаркером рака . [ 7 ]
Ген
[ редактировать ]CXorf66 расположен на X хромосоме в Xq27.1 и находится на цепи комплемента. [ 8 ] Ген CXorf66 расположен между АТФазой ATP11C , MIR505 и HNRNPA3P3 . [ 8 ] Вдобавок к этому, по данным OMIM, CXorf66 позиционируется между SOX3 , SPANXB1 и CDR1 . [ 9 ]
мРНК
[ редактировать ]Варианты сращивания
[ редактировать ]CXorf66 состоит только из одного известного варианта сплайсинга с тремя экзонами (1–117, 118–271 и 272–1288 п.н.) и двумя интронами . [ 10 ] Места соединений находятся на участках 30 а.к. [G] и 81 а.к. [M]. [ 10 ]
Было обнаружено, что CXorf66 имеет только один полиаденилирования . сайт [ 11 ]
Белок
[ редактировать ]Состав
[ редактировать ]Белок CXorf66, содержащий 57 серинов и 42 лизина, богат как серином , так и лизином . [ 12 ] CXorf66 имеет молекулярную массу 39,9 кдал и изоэлектрическую точку 9,89. [ 12 ]
Домены
[ редактировать ]Белок CXorf66 имеет предсказанный сигнальный пептид от 1 до 19 ак, топологический домен от 20 до 47 ак, трансмембранный домен от 48 до 68 аа и второй топологический домен от 69 до 361 аа. [ 13 ] Предполагается, что сайт расщепления сигнального пептида будет располагаться между 17-18аа. [ 14 ] Анализируя состав белка (богатый серином и лизином) и посттрансляционные модификации (высокий уровень фосфорилирования), прогнозируется, что первый топологический домен [20-47аа] является внеклеточным , а топологический домен [69-361аа] является цитоплазматическим. . Визуальное изображение можно увидеть на рисунке II . [ 15 ]
В белке CXorf66 человека обнаружено три повторяющихся мотива DKPV [31-34 и 204-207 а.к.], SEAK [97-100 и 287-290 а.к.] и PKRS [161-164 и 245-248 а.к.]. Эти повторы законсервированы у других приматов, таких как Gorilla gorilla gorilla и Macaca mulatta , но отсутствуют у других млекопитающих. [ 16 ]
SNP
[ редактировать ]Существует один природный вариант популяции (частота 0,436) в положении 233aa от пролина до лейцина в белке CXorf66, причем пролин является наследственной кодируемой аминокислотой. не наблюдалось Никаких эффектов при этой миссенс-мутации . [ 13 ] [ 17 ]
Взаимодействующие белки
[ редактировать ]-
Рисунок III. STRING предсказал белковые взаимодействия для человеческого CXorf66
На основании предсказанного STRING взаимодействия белков CXorf66 имеет средний уровень оценки связи с белками, перечисленными на рисунке III . [ 18 ] Важно отметить, что все перечисленные белки не определены экспериментально.
Регулирование
[ редактировать ]Транскрипция
[ редактировать ]Промоутер
[ редактировать ]Существует только один известный промотор, предсказанный Genomatix для белка CXorf66 на отрицательной цепи 139047554-139048298, длиной 745 пар оснований. [ 19 ] Когда выравнивание поиска BLAT для созданного промотора CXorf66 использовалось , были получены многочисленные совпадения с высокой идентичностью для различных генов на разных хромосомах. Ниже приведены несколько сгенерированных результатов поиска с самым высоким рейтингом, которые имеют высокий процент идентичности: [ 20 ]
| Имя | Идентификатор гена | Счет | Размах (б.п.) из 745 | Личность | хромосома | Стрэнд | Начинать | Конец |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ЗБТБ8А | 653121 | 282 | 656 | 88.2% | 1 | - | 32994892 | 32995547 |
| ТЭСК2 | 10420 | 263 | 624 | 90.3% | 1 | - | 45843093 | 45843716 |
| ТБСК | 93627 | 244 | 639 | 91.5% | 4 | + | 107146630 | 107147268 |
| USP48 | 84196 | 241 | 631 | 89.0% | 1 | + | 22014725 | 22015355 |
| ПТПН22 | 26191 | 227 | 281 | 90.0% | 1 | - | 114365307 | 114365587 |
| ПСХ | 5723 | 220 | 605 | 90.6% | 7 | - | 56098319 | 56098923 |
Уникально то, что TESK2 представляет собой специфичную для семенников протеинкиназу, которая коррелирует с прогнозируемой тканевой экспрессией CXorf66.
Транскрипционные факторы
[ редактировать ]С помощью Genomatix была создана таблица 20 основных факторов транскрипции и их сайтов связывания в промоторе CXorf66 (см. рисунок IV ). [ 19 ]
Перевод
[ редактировать ]CXorf66 имеет две микроРНК : hsa-mir-1290. Архивировано 5 марта 2021 г. на Wayback Machine и hsa-miR-4446-5p. Архивировано 4 марта 2016 г. на Wayback Machine. Предполагается, что они связываются с 3'-UTR-областью мРНК. . [ 21 ]
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]Сайт N-гликозилирования был предсказан NetNGlyc Expasy в NGSS [24aa], причем вторичный сайт также возможен в NGTN [21aa]. [ 22 ] С помощью NetPhos в общей сложности 48 сайтов фосфорилирования было предсказано (41 серин , 2 треонина и 5 тирозинов ), все из которых расположены после предсказанного трансмембранного домена, что указывает на топологию цитоплазмы. [ 23 ] С помощью YinOYang множество сайтов O-GlcNAc было предсказано . Все, что включает высокий потенциал, происходит после трансмембранной области 48-68 аминокислот. [ 24 ] Анализ SUMOplot, проведенный для белка CXorf66 Homo sapiens, обнаружил высокую вероятность мотива сумойилирования в положении K241, наряду с мотивами с низкой вероятностью в K316 и K186. Поскольку сумойлирование играет роль в различных клеточных процессах, таких как ядерно-цитозольный транспорт и регуляция транскрипции, ожидается, что CXorf66 модифицируется белка SUMO . посттрансляцией [ 25 ]
Субклеточная локализация
[ редактировать ]
При использовании PSORT II имеется сигнал ядерной локализации PYKKKHL по адресу 268aa. [ 26 ] Можно увидеть, что этот сигнал сохраняется и у других видов приматов; однако он отсутствует у других млекопитающих. В дополнение к этому, согласно SAPS kNN-предсказанию SDSC Biology Workbench, белок CXorf66 для человека и мышиный гомолог имеют 47,8% вероятность оказаться в ядерной области клетки. Однако для более отдаленных гомологов, таких как Bos taurus, которые не имеют сигналов ядерной локализации, CXorf66 имеет вероятность 34,8% оказаться во внеклеточной среде, включая область клеточной стенки или области плазматической мембраны. [ 12 ] [ 26 ] Чтобы просмотреть несколько гомологов и сигналы их ядерной локализации, см. рисунок V.
Гомология
[ редактировать ]CXorf66 не имеет известных аналогов у человека; однако CXorf66 сохранил гомологи во всем царстве млекопитающих . Для CXorf66, высококонсервативного у приматов, была обнаружена заметная быстрая эволюция (см. рисунок VI) , объясняющая большее количество ортологов у млекопитающих, а не у беспозвоночных, птиц и рептилий. [ 27 ]
| Белок CXorf66 | Разновидность | Дата расхождения (MYA) [ 28 ] | Инвентарный номер NCBI | покрытие запроса | Значение Е | Личность |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Гомолог CXorf66 | Шимпанзе (Пан-троглодиты) | 6.3 | XP_001139133.1 | 100% | 0 | 98% |
| Гомолог CXorf66 | Горилла (Горилла-горилла-горилла) | 8.8 | XP_004065002.1 | 100% | 0 | 98% |
| LOC631784 изоформа X1 | Мышь (Mus musculus) | 92.3 | XP_006528296.1 | 98% | 2Э-41 | 34% |
| CXorf66-подобная изоформа X1 | Крыса (Rattus norvegicus) | 92.3 | XP_001068529.2 | 84% | 6Э-32 | 32% |
| Гомолог CXorf66 | Корова (Bos taurus) | 94.2 | XP_005200949.1 | 96% | 2.00Э-46 | 35% |
| Гомолог CXorf66 | Белый носорог (Ceratotherium simum simum) | 94.2 | XP_004441715.1 | 100% | 8.00Э-86 | 48% |
| Гомолог CXorf66 | Лошадь (Equus callus) | 94.2 | XP_005614614.1 | 96% | 8.00Е-58 | 44% |
| Полипептид нейрофиламентной среды | Зебра-зяблик (Taeniopygia Guttata) | 296 | XP_002197538.1 | 44% | 2.00E-08 | 30% |
| Триадиноподобный, частичный | Аллигатор (Alligator Mississippiensis) | 296 | XP_006271227.1 | 53% | 2.00E-12 | 23% |
| LOC590028 | Морской еж (Strongylocentrotus purpuratus) | 742.9 | XP_794743.3 | 45% | 2.00E-05 | 35.40% |
| Альфа-L-фукозидаза | Стрептококковый мит | 2535.8 | WP_001083113.1 | 47% | 7.00Э-38 | 22% |
Выражение
[ редактировать ]Согласно данным дисплея обилия кДНК EST компании Unigene и Атласа белков, CXorf66 имеет умеренно высокие уровни экспрессии в семенниках, а также более высокие уровни экспрессии в тканях плода по сравнению с другими стадиями развития. [ 29 ] [ 30 ] Белок CXorf66 также имеет заметно низкое присутствие как в контрольной эндометрия общей РНК , так и в общей РНК эндометриоза . [ 31 ] Было показано, что CXorf66 заметно присутствует в плазме и тромбоцитах . [ 5 ] По данным PaxDb, CXorf66 вошел в число 5% лучших в одном исследовании плазмы человека и в 25% лучших в другом исследовании, проведенном с человеческими тромбоцитами. [ 32 ] В дополнение к этому наблюдалось заметное присутствие белка CXorf66 (60–100%) как в неповрежденной, так и в ткани перегородки при дилатированной кардиомиопатии . [ 33 ] Кроме того, CXorf66 содержит около 75% белка в мононуклеарных клетках периферической крови . [ 34 ]
-
Присутствие белка CXorf66 в ткани перегородки при дилатационной кардиомиопатии -
Присутствие белка CXorf66 в мононуклеарных клетках периферической крови -
Присутствие белка CXorf66 при эндометриозе Тотальная РНК
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000203933 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Перейти обратно: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000079583 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Перейти обратно: а б GeneCard для CXorf66
- ^ Лерой Худ; Патрисия М. Бекманн; Ричард Джонсон; Марчелло Марелли; Сяоцзюнь Ли. «Органоспецифические белки и методы их использования» . Патент US8586006 . Институт системной биологии, Integrated Diagnostics, Inc. Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Дельгадо А.П., Хамид С., Брандао П., Нараянан Р. (2014). «Новый трансмембранный гликопротеиновый биомаркер рака, присутствующий в Х-хромосоме». Геномика и протеомика рака . 11 (2): 81–92. ПМИД 24709545 .
- ^ Перейти обратно: а б «Белок NCBI CXorf66» . Сохраненная база данных доменов . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ «Белок OMIM CXorf66» . Сохраненная база данных доменов . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Белок NCBI AceView CXorf66» . Сохраненная база данных доменов . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ «Софтберри» . Softberry.com . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Перейти обратно: а б с Кафедра биоинженерии. «Инструментарий биологии SDSC» . Калифорнийский университет, Сан-Диего . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Перейти обратно: а б «UniProtKB/Swiss-Prot Q5JRM2» . Консорциум ЮниПрот . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Томас Нордаль Петерсен; Сорен Брунак; Гуннар фон Хейне ; Хенрик Нильсен. «SignalP 4.0: распознавание сигнальных пептидов из трансмембранных областей» . Природные методы . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Хирокава Т.; Бун-Ченг С.; Митаку С. (1998). «SOSUI: система классификации и прогнозирования вторичной структуры мембранных белков» . Биоинформатика . 14 (4). Журнал биоинформатики: 378–379. дои : 10.1093/биоинформатика/14.4.378 . ПМИД 9632836 . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Брендель В., Бучер П., Нурбахш И.Р., Блейсделл Б.Е. и Карлин С. (1992). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей» . SAPS (Статистический анализ ПС) . 89 (6). Учеб. Натл. акад. наук. США: 2002–2006 гг. Бибкод : 1992PNAS...89.2002B . дои : 10.1073/pnas.89.6.2002 . ПМК 48584 . ПМИД 1549558 . Проверено 11 марта 2015 г.
{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ "дбСНП" . Сохраненная база данных доменов . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ «Взаимодействие с белками CXorf66» . STRING — Известные и предсказанные белок-белковые взаимодействия . String-db.org . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Перейти обратно: а б Программное обеспечение Геноматикс. «Геноматикс Эльдорадо» . Архивировано из оригинала 2 декабря 2021 г. Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Джим Кент. «БЛАТ» . UCSC Геномная биоинформатика . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ «miRBase: база данных микроРНК» . Университет Манчестера . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Р. Гупта; Э. Юнг; С. Брунак. «Прогнозирование сайтов N-гликозилирования в белках человека» . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Блом, Н.; Гаммельтофт С. и Брунак С. (1999). «Предсказание сайтов фосфорилирования эукариотических белков на основе последовательностей и структур» . Журнал молекулярной биологии . 294 (5): 1351–1362. дои : 10.1006/jmbi.1999.3310 . ПМИД 10600390 . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Р Гупта. «Прогнозирование сайтов гликозилирования в протеомах: от посттрансляционных модификаций к функции белка» . Cbs.dtu.dk. Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Ци Чжао; Юэюань Чжэн; Вэньчжун Му; Цзянь Рен. «GPS-SUMO: инструмент для прогнозирования мотивов сумойлирования» . Архивировано из оригинала 10 мая 2013 г.
- ^ Перейти обратно: а б Пол Хортон. «ПСОРТ II» . Psort.hgc.jp . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . Сохраненная база данных доменов . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ «Временная шкала жизни» . Дерево Времени . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ «Униген» . Сохраненная база данных доменов . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Улен М, Оксволд П, Фагерберг Л, Лундберг Э, Йонассон К, Форсберг М, Цвален М, Кампф С, Вестер К, Хобер С, Вернерус Х, Бьёрлинг Л, Понтен Ф (2010). «На пути к основанному на знаниях Атласу белков человека » Атлас белков человека . 28 (12). Национальная биотехнология: 1248–1250. дои : 10.1038/nbt1210–1248 . ПМИД 21139605 . S2CID 26688909 . Проверено 1 марта 2015 г.
- ^ «CXorf66-Эндометриоз» . ГЕО-профиль NCBI . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ Ван, М.; и др. «PaxDb CXorf66» . PaxDb: Содержание белка в организмах . Мол клеточная протеомика . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ «CXorf66 — Дилатационная кардиомиопатия: перегородка» . ГЕО-профиль NCBI . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 11 марта 2015 г.
- ^ «Профессиональное воздействие бензола: мононуклеарные клетки периферической крови (HumanRef-8)» . ГЕО-профиль NCBI . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 11 марта 2015 г.