Blast2GO

Blast2GO
	Blast2GO
Тип	Программное обеспечение для биоинформатики
Зарождение	2011
Производитель	БиоБам Биоинформатика
Модели изготовлены	Демо, Базовая, Пробная версия, Pro, Плагин, Командная строка
Веб-сайт	https://www.blast2go.com

Blast2GO , впервые опубликованный в 2005 году. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} представляет собой биоинформатический программный инструмент для автоматического высокопроизводительного функционального аннотирования новых данных последовательностей ( генов- белков ). Он использует BLAST ^{[ 5 ]} алгоритм для идентификации похожих последовательностей с последующим переносом существующей функциональной аннотации из еще охарактеризованных последовательностей в новую. Функциональная информация представлена через Онтологию генов (GO), контролируемый словарь функциональных атрибутов. ^{[ нужна ссылка ]} Генная Онтология , или GO , является крупной биоинформатической инициативой, направленной на унификацию представления атрибутов генов и генных продуктов для всех видов . ^{[ 6 ]}

См. также

Ссылки

^ Конеса, А; Гетц, С; Гарсиа-Гомес, Х.М.; Терол, Дж; Талон, М; Роблес, М. (15 сентября 2005 г.). «Blast2GO: универсальный инструмент для аннотирования, визуализации и анализа в исследованиях функциональной геномики» . Биоинформатика . 21 (18): 3674–6. doi : 10.1093/биоинформатика/bti610 . ПМИД 16081474 .
^ Гетц, С; Гарсиа-Гомес, Х.М.; Терол, Дж; Уильямс, Т.Д.; Нагарадж, Ш.; Нуэда, MJ; Роблес, М; Талон, М; Допазо, Дж; Конеса, А. (июнь 2008 г.). «Высокопроизводительная функциональная аннотация и интеллектуальный анализ данных с помощью пакета Blast2GO» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (10): 3420–35. дои : 10.1093/нар/gkn176 . ПМЦ 2425479 . ПМИД 18445632 .
^ Конеса, А; Гетц, С (2008). «Blast2GO: комплексный пакет для функционального анализа в геномике растений» . Международный журнал геномики растений . 2008 : 1–12. дои : 10.1155/2008/619832 . ПМК 2375974 . ПМИД 18483572 .
^ Гетц, С; Арнольд, Р; Себастьян-Леон, П; Мартин-Родригес, С; Тишлер, П; Джел, Массачусетс; Допазо, Дж; Раттей, Т; Конеса, А. (1 апреля 2011 г.). «B2G-FAR, видово-ориентированное хранилище аннотаций GO» . Биоинформатика . 27 (7): 919–24. doi : 10.1093/биоинформатика/btr059 . ПМК 3065692 . ПМИД 21335611 .
^ Альтшул, Сан-Франциско; Гиш, В; Миллер, В; Майерс, EW; Липман, ди-джей (5 октября 1990 г.). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания». Журнал молекулярной биологии . 215 (3): 403–10. дои : 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 . ПМИД 2231712 . S2CID 14441902 .
^ Консорциум генной онтологии (январь 2008 г.). «Проект Генной Онтологии в 2008 году» . Нуклеиновые кислоты Рез . 36 (Проблема с базой данных): D440–4. дои : 10.1093/нар/gkm883 . ПМК 2238979 . ПМИД 17984083 .

Эта статья, посвященная биоинформатике, незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[b2g-1] Конеса, А; Гетц, С; Гарсиа-Гомес, Х.М.; Терол, Дж; Талон, М; Роблес, М. (15 сентября 2005 г.). «Blast2GO: универсальный инструмент для аннотирования, визуализации и анализа в исследованиях функциональной геномики» . Биоинформатика . 21 (18): 3674–6. doi : 10.1093/биоинформатика/bti610 . ПМИД 16081474 .

[2] Гетц, С; Гарсиа-Гомес, Х.М.; Терол, Дж; Уильямс, Т.Д.; Нагарадж, Ш.; Нуэда, MJ; Роблес, М; Талон, М; Допазо, Дж; Конеса, А. (июнь 2008 г.). «Высокопроизводительная функциональная аннотация и интеллектуальный анализ данных с помощью пакета Blast2GO» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (10): 3420–35. дои : 10.1093/нар/gkn176 . ПМЦ 2425479 . ПМИД 18445632 .

[3] Конеса, А; Гетц, С (2008). «Blast2GO: комплексный пакет для функционального анализа в геномике растений» . Международный журнал геномики растений . 2008 : 1–12. дои : 10.1155/2008/619832 . ПМК 2375974 . ПМИД 18483572 .

[4] Гетц, С; Арнольд, Р; Себастьян-Леон, П; Мартин-Родригес, С; Тишлер, П; Джел, Массачусетс; Допазо, Дж; Раттей, Т; Конеса, А. (1 апреля 2011 г.). «B2G-FAR, видово-ориентированное хранилище аннотаций GO» . Биоинформатика . 27 (7): 919–24. doi : 10.1093/биоинформатика/btr059 . ПМК 3065692 . ПМИД 21335611 .

[5] Альтшул, Сан-Франциско; Гиш, В; Миллер, В; Майерс, EW; Липман, ди-джей (5 октября 1990 г.). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания». Журнал молекулярной биологии . 215 (3): 403–10. дои : 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 . ПМИД 2231712 . S2CID 14441902 .

[pmid17984083-6] Консорциум генной онтологии (январь 2008 г.). «Проект Генной Онтологии в 2008 году» . Нуклеиновые кислоты Рез . 36 (Проблема с базой данных): D440–4. дои : 10.1093/нар/gkm883 . ПМК 2238979 . ПМИД 17984083 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

v т и Геномика
Поля	Когнитивная геномика Вычислительная геномика Сравнительная геномика Функциональная геномика Геномный проект Проект «Геном человека» Метагеномика Проект микробиома человека Пангеномика Персональная геномика Популяционная геномика Социальная геномика Структурная геномика
Биоинформатика	Биочип Хеминформатика Хемогеномика Коннектомика Проект человеческого коннектома Эпигеномика Проект эпигенома человека гликомика Иммуномика Липидомика Метаболомика Микробиомика Нутригеномика Палеополиплоидия Фармакогенетика Фармакогеномика Системная биология Токсикогеномика Транскриптомика
Структурная биология	Протеомика Проект протеома человека Протеомика карты вызовов Структурно-ориентированный дизайн лекарств Экспрессионная протеомика
Инструменты исследования	2-D электрофорез Масс-спектрометр Ионизация электрораспылением Лазерная десорбция ионизация с помощью матрицы Матрично-активированная лазерная десорбция ионизационно-времяпролетный масс-спектрометр Микрофлюидные инструменты Метки изотопного сродства Захват конформации хромосомы
Организации	Банк данных ДНК Японии (JP) Европейская лаборатория молекулярной биологии (ЕС) Национальные институты здравоохранения (США) Wellcome Sanger Institute (Великобритания)
Список Категория