Р.ЭкоРИИ
Эндонуклеаза рестрикции (REase) EcoRII (произносится как «эко R два») представляет собой фермент системы модификации рестрикции (RM), который в природе встречается в Escherichia coli , грамотрицательных бактериях . Его молекулярная масса составляет 45,2 кДа , он состоит из 402 аминокислот . [1]
Способ действия
[ редактировать ]EcoRII — бактерия типа IIE. [2] REase , которая взаимодействует с двумя [3] или три [4] копии псевдопалиндромной ДНК последовательности распознавания 5' - CCWGG аллостерическим активатором - 3' (W= A или T ), одна из которых является фактической мишенью расщепления, а другая(ие) служит(ют) ( ами). EcoRII разрезает целевую последовательность ДНК CCWGG, образуя липкие концы . [5]
Схема разреза
[ редактировать ]| Сайт признания | Вырезать результаты |
5' NNCCWGGNN3' NNGGWCCNN | 5' NN CCWGGNN3' NNGGWCC NN |
Структура
[ редактировать ]| Эндонуклеаза рестрикции EcoRII, N-концевая | |||
|---|---|---|---|
 кристаллическая структура мутанта r88a эндонуклеазы рестрикции ecorii | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | ЭкоРИИ-Н | ||
| Пфам | PF09217 | ||
| Пфам Клан | CL0405 | ||
| ИнтерПро | ИПР015300 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1на6 / СКОПе / СУПФАМ | ||
| |||
| Конец EcoRII C | |||
|---|---|---|---|
кристаллическая структура мутанта r88a эндонуклеазы рестрикции ecorii | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | ЭкоРИИ-С | ||
| Пфам | PF09019 | ||
| Пфам Клан | CL0236 | ||
| ИнтерПро | ИПР015109 | ||
| |||
Апо - кристаллическая структура мутанта EcoRII R88A ( PDB : 1NA6 ) [6] была решена с 2,1 Å разрешением . EcoRII Мономер имеет два домена , N-концевой и C-концевой , соединенные шарнирной петлей .
Эффектор-связывающий домен
[ редактировать ]N-концевой эффектор - связывающий домен имеет архетипическую ДНК-связывающую псевдобочкообразную складку ( SCOP 101936 ) с выраженной щелью . Структурная суперпозиция показала, что она эволюционно связана с:
- ДНК-связывающий домен B3 ( SCOP 117343 ) из факторов транскрипции высших растений ( PDB : 1WID ) [7]
- С-концевой домен эндонуклеазы рестрикции BfiI [8] ( ВВП : 2C1L ) [9]
Каталитический домен
[ редактировать ]С-концевой каталитический домен имеет типичный [10] подобная эндонуклеазе рестрикции складка ( SCOP 52979 ) и принадлежит к большому (более 30 членов) суперсемейству эндонуклеаз рестрикции ( SCOP 52980 ).
Механизм автоингибирования/активации
[ редактировать ]Структурное выравнивание последовательностей и сайт-направленный мутагенез идентифицировали предполагаемые активные сайты PD..D/EXK димера каталитического домена EcoRII, которые в апо-структуре пространственно блокируются N-концевыми доменами. [6]
См. также
[ редактировать ]- EcoRI , другой фермент нуклеазы из Escherichia coli .
- EcoRV , другой фермент нуклеазы из Escherichia coli .
- ДНК-связывающий домен B3 высших растений эволюционно связан с EcoRII.
- FokI , еще один фермент нуклеаза из Flavobacterium okeanokoites.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- EcoRII в базе данных рестрикционных ферментов REBASE
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Ричард Дж. Робертс. «ЭкоРИИ» . REBASE — База данных рестрикционных ферментов . Проверено 23 марта 2008 г.
- ^ Робертс Р.Дж., Белфорт М., Бестор Т. и др. (2003). «Номенклатура ферментов рестрикции, ДНК-метилтрансфераз, самонаводящихся эндонуклеаз и их генов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (7): 1805–12. дои : 10.1093/нар/gkg274 . ПМК 152790 . ПМИД 12654995 . PDF [ мертвая ссылка ]
- ^ Мюке М., Лурц Р., Макельданц П., Бельке Дж., Крюгер Д.Х., Рейтер М. (2000). «Визуализация петель ДНК, индуцированных эндонуклеазой рестрикции EcoRII. Одна замена аминокислот отделяет распознавание мишени от кооперативного взаимодействия и расщепления ДНК» . Ж. Биол. Хим . 275 (39): 30631–7. дои : 10.1074/jbc.M003904200 . ПМИД 10903314 . PDF [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Шляхтенко Л.С., Гилмор Дж., Портильо А., Тамулайтис Г., Сикснис В., Любченко Ю.Л. (2007). «Прямая визуализация тройного синаптического комплекса EcoRII-ДНК с помощью атомно-силовой микроскопии». Биохимия . 46 (39): 11128–36. дои : 10.1021/bi701123u . ПМИД 17845057 . S2CID 27800123 .
- ^ Гриффитс, Энтони Дж. Ф. (1999). Введение в генетический анализ . Сан-Франциско: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-3520-5 .
- ^ Jump up to: а б Чжоу XE, Ван Ю, Рейтер М, Мюкке М, Крюгер Д.Х., Михан Э.Дж., Чен Л. (2004). «Кристаллическая структура эндонуклеазы рестрикции типа IIE EcoRII обнаруживает механизм аутоингибирования с помощью новой эффекторной складки». Дж. Мол. Биол . 335 (1): 307–19. дои : 10.1016/j.jmb.2003.10.030 . ПМИД 14659759 .
- ^ Ямасаки К, Кигава Т, Иноуэ М, Татено М, Ямасаки Т, Ябуки Т, Аоки М, Секи Е, Мацуда Т, Томо Ю, Хаями Н, Терада Т, Ширузу М, Осанаи Т, Танака А, Секи М, Шинозаки К , Ёкояма С (2004). «Структура раствора ДНК-связывающего домена B3 холодозависимого транскрипционного фактора RAV1 Arabidopsis» . Растительная клетка . 16 (12): 3448–59. дои : 10.1105/tpc.104.026112 . ПМЦ 535885 . ПМИД 15548737 . PDF
- ^ Ричард Дж. Робертс. "БфиИ" . REBASE — База данных рестрикционных ферментов . Проверено 23 марта 2008 г.
- ^ Гразулис С., Манакова Е., Россле М., Бохтлер М., Тамулатиене Г., Хубер Р., Сикснис В. (2005). «Структура металл-независимого фермента рестрикции BfiI демонстрирует слияние специфического ДНК-связывающего домена с неспецифической нуклеазой» (PDF) . Учеб. Натл. акад. наук. США . 102 (44): 15797–802. Бибкод : 2005PNAS..10215797G . дои : 10.1073/pnas.0507949102 . ПМК 1266039 . ПМИД 16247004 . PDF
- ^ Нив М.Ю., Риполл Д.Р., Вила Дж.А., Ливо А., Ванами Э.С., Аггарвал А.К., Вайнштейн Х., Шерага Х.А. (2007). «Возврат к топологии REase типа II; структурные классы и общее консервативное ядро» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (7): 2227–37. дои : 10.1093/нар/gkm045 . ПМК 1874628 . ПМИД 17369272 .
