Домен B3
(Перенаправлено с ДНК-связывающего домена B3 )
| ДНК-связывающий домен B3 | |||
|---|---|---|---|
 ДНК-связывающий домен B3 RAV1 | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | B3_домен | ||
| Пфам | PF02362 | ||
| ИнтерПро | ИПР003340 | ||
| PROSITE | ПС50863 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1wid / SCOPe / СУПФАМ | ||
| CDD | cd10017 | ||
| |||
B3 ДНК-связывающий домен (DBD) представляет собой высококонсервативный домен , обнаруженный исключительно в транскрипционных факторах (≥40 видов) ( Pfam PF02362 ) в сочетании с другими доменами ( InterPro : IPR003340 ). Он состоит из 100-120 остатков, включает семь бета-цепей и две альфа-спирали , образующие ДНК-связывающую псевдобочковую белковую складку ( SCOP 117343 ); он взаимодействует с большой бороздкой ДНК . [ 1 ]
Семьи B3
[ редактировать ]У Arabidopsis thaliana существует три основных семейства транскрипционных факторов, содержащих домен B3: [ 2 ]
- ( ауксин на ответа актеры ) ARF
- ABI3 ( AB сцизиновая кислота I нечувствительна 3 )
- RAV ( относится к A BI3/ V P1)
| белок | АРФ1- B3 | АБИ3- B3 | РАВ1- Б3 |
|---|---|---|---|
| Структура B3, полученная | молекулярная модель [ 1 ] | молекулярная модель [ 1 ] | ЯМР [ 1 ] |
| B3 Последовательность распознавания | ТГТСТС [ 3 ] [ 4 ] | КАТГЦА [ 5 ] [ 6 ] | CACCTG [ 7 ] |
ВВП : 1WID [ 1 ] и PDB : 1YEL [ 8 ] представляют собой только известные ЯМР- фазовые структуры ДНК-связывающего домена B3.
Родственные белки
[ редактировать ]N -концевой домен эндонуклеазы рестрикции EcoRII ; С -концевой домен эндонуклеазы рестрикции BfiI обладает сходной укладкой ДНК-связывающего псевдобочкового белка . [ 9 ] [ 10 ]
См. также
[ редактировать ]- Эндонуклеаза рестрикции EcoRII
- Ауксин
- Абсцизовая кислота
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и Ямасаки К, Кигава Т, Иноуэ М, Татено М, Ямасаки Т, Ябуки Т, Аоки М, Секи Е, Мацуда Т, Томо Ю, Хаями Н, Терада Т, Ширузу М, Осанаи Т, Танака А, Секи М, Шинозаки К , Ёкояма С (2004). «Структура раствора ДНК-связывающего домена B3 холодочувствительного транскрипционного фактора RAV1 Arabidopsis» . Растительная клетка . 16 (12): 3448–59. дои : 10.1105/tpc.104.026112 . ПМЦ 535885 . ПМИД 15548737 .
- ^ Рихманн Дж.Л., Херд Дж., Мартин Дж., Ройбер Л., Цзян С., Кедди Дж., Адам Л., Пинеда О., Рэтклифф О.Дж., Самаха Р.Р., Крилман Р., Пилигрим М., Браун П., Чжан Дж.З., Гандехари Д., Шерман Б.К., Ю.Г. (2000). «Факторы транскрипции арабидопсиса: полногеномный сравнительный анализ эукариот». Наука . 290 (5499): 2105–10. Бибкод : 2000Sci...290.2105R . дои : 10.1126/science.290.5499.2105 . ПМИД 11118137 .
- ^ Улмасов Т., Хаген Г., Гилфойл Т.Дж. (1997). «ARF1, фактор транскрипции, который связывается с элементами ответа на ауксин». Наука . 276 (5320): 1865–8. дои : 10.1126/science.276.5320.1865 . ПМИД 9188533 .
- ^ Тивари С.Б., Хаген Дж., Гилфойл Т.Дж. (2003). «Роль доменов факторов ответа на ауксин в ауксин-зависимой транскрипции» . Растительная клетка . 15 (2): 533–43. дои : 10.1105/tpc.008417 . ПМЦ 141219 . ПМИД 12566590 .
- ^ Сузуки М., Као С.И., Маккарти Д.Р. (1997). «Консервативный домен B3 VIVIPAROUS1 обладает кооперативной ДНК-связывающей активностью» . Растительная клетка . 9 (5): 799–807. дои : 10.1105/tpc.9.5.799 . ПМК 156957 . ПМИД 9165754 .
- ^ Эскурра И., Уиклиф П., Нелин Л., Эллерстрем М., Раск Л. (2000). «Трансактивация промотора напина Brassica napus с помощью ABI3 требует взаимодействия консервативных доменов B2 и B3 ABI3 с различными цис-элементами: B2 опосредует активацию через ABRE, тогда как B3 взаимодействует с RY/G-боксом». Плант Дж . 24 (1): 57–66. дои : 10.1046/j.1365-313x.2000.00857.x . ПМИД 11029704 .
- ^ Кагая Ю, Омия К, Хаттори Т (1999). «RAV1, новый ДНК-связывающий белок, связывается с двудольной последовательностью распознавания посредством двух отдельных ДНК-связывающих доменов, уникально обнаруженных у высших растений» . Нуклеиновые кислоты Рез . 27 (2): 470–8. дои : 10.1093/нар/27.2.470 . ПМК 148202 . ПМИД 9862967 .
- ^ Уолтнер, Дж. К.; Петерсон, ФК; Литл, БЛ; Волкман, Б.Ф. (2005). «Структура домена B3 белка At1g16640 Arabidopsis thaliana» . Белковая наука . 14 (9): 2478–83. дои : 10.1110/ps.051606305 . ПМЦ 2253459 . ПМИД 16081658 .
- ^ Чжоу XE, Ван Ю, Рейтер М, Мюкке М, Крюгер Д.Х., Михан Э.Дж., Чен Л. (2004). «Кристаллическая структура эндонуклеазы рестрикции типа IIE EcoRII обнаруживает механизм аутоингибирования с помощью новой эффекторной складки». Дж. Мол. Биол . 335 (1): 307–19. дои : 10.1016/j.jmb.2003.10.030 . ПМИД 14659759 .
- ^ Гразулис С., Манакова Е., Россле М., Бохтлер М., Тамулатиене Г., Хубер Р., Сикснис В. (2005). «Структура металл-независимого фермента рестрикции BfiI демонстрирует слияние специфического ДНК-связывающего домена с неспецифической нуклеазой» (PDF) . Учеб. Натл. акад. наук. США . 102 (44): 15797–802. Бибкод : 2005PNAS..10215797G . дои : 10.1073/pnas.0507949102 . ПМК 1266039 . ПМИД 16247004 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- База данных DBD предсказанных факторов транскрипции. Архивировано 4 декабря 2008 г. в Wayback Machine. Куммерфельд С.К., Тайхманн С.А. (2006). «DBD: база данных прогнозирования факторов транскрипции» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (Проблема с базой данных): D74–81. дои : 10.1093/nar/gkj131 . ПМЦ 1347493 . ПМИД 16381970 . Использует тщательно подобранный набор ДНК-связывающих доменов для прогнозирования факторов транскрипции во всех полностью секвенированных геномах.
- Классификация в таблице «Факторы транскрипции» по базе данных Трансфак .
- База данных факторов транскрипции арабидопсиса
- B3. Архивировано 17 октября 2019 г. в Wayback Machine , RAV и ARF. Архивировано 17 октября 2019 г. в семействе Wayback Machine в PlantTFDB: база данных факторов транскрипции растений.