САТБ2

САТБ2
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
показывать Список идентификационных кодов PDB
	1WI3, 1WIZ, 2CSF
Идентификаторы
Псевдонимы	SATB2 , GLSS, гомеобокс SATB 2
Внешние идентификаторы	Опустить : 608148 ; МГИ : 2679336 ; Гомологен : 32249 ; Генные карты : SATB2 ; ОМА : SATB2 — ортологи
показывать Местоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 2 (human)
End	199,471,266 bp
показывать Местоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 1 (mouse)
End	57,017,809 bp
показывать экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	periodontal fiber; ; mucosa of sigmoid colon; ; tibia; ; rectum; ; mucosa of ileum; ; mucosa of transverse colon; ; middle temporal gyrus; ; Brodmann area 46; ; superior frontal gyrus; ; postcentral gyrus;
	Top expressed in
	facial skeleton; ; Dermatocranium; ; membranous bone; ; mandible; ; maxilla; ; rib; ; body of femur; ; barrel cortex; ; left colon; ; molar;
	More reference expression data
	n/a
показывать Генная онтология
Molecular function	sequence-specific DNA binding; DNA binding; chromatin binding; protein binding; RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding; DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific; RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific;
Cellular component	histone deacetylase complex; transcription regulator complex; nuclear matrix; nucleus; nucleoplasm;
Biological process	commitment of neuronal cell to specific neuron type in forebrain; embryonic skeletal system morphogenesis; cellular response to organic substance; chromatin remodeling; roof of mouth development; regulation of transcription, DNA-templated; embryonic pattern specification; regulation of transcription by RNA polymerase II; neuron migration; negative regulation of transcription by RNA polymerase II; transcription, DNA-templated; multicellular organism development; cartilage development; regulation of gene expression; osteoblast development; positive regulation of transcription by RNA polymerase II; transcription by RNA polymerase II; chromatin organization;
	Sources:Amigo / QuickGO
скрывать Ортологи
	23314
	212712
	ENSG00000119042
	ENSMUSG00000038331
	Q9UPW6
	Q8VI24
	НМ_001172509 ; НМ_001172517 ; НМ_015265
	НМ_139146 ; НМ_001358580 ; НМ_001358581
	НП_001165980 ; НП_001165988 ; НП_056080
	НП_631885 ; НП_001345509 ; НП_001345510
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Специальный белок 2, связывающий последовательности с богатым АТ (SATB2), также известный как ДНК-связывающий белок SATB2, представляет собой белок , который у людей кодируется SATB2 геном . ^[5] SATB2 представляет собой ДНК-связывающий белок , который специфически связывает области прикрепления ядерного матрикса и участвует в регуляции транскрипции и ремоделировании хроматина . ^[6] SATB2 демонстрирует ограниченный способ экспрессии [1] и экспрессируется в определенных ядрах клеток [2] . Белок SATB2 в основном экспрессируется в эпителиальных клетках толстой и прямой кишки, а затем в ядрах нейронов головного мозга. ^[7]

Функция

При средней распространенности во всем мире 1/800 живорождений расщелины рта являются одним из наиболее распространенных врожденных дефектов. ^[8] Хотя более 300 синдромов пороков развития могут включать расщелину рта, несиндромальные формы составляют около 70% случаев с расщелиной губы или без нее с расщелиной неба (CL/P) и примерно 50% случаев только с расщелиной неба (CP). Несиндромальные расщелины полости рта считаются «сложными» или «многофакторными», поскольку в этиологию влияют как гены, так и факторы окружающей среды. Текущие исследования показывают, что несколько генов, вероятно, контролируют риск, а также факторы окружающей среды, такие как курение матери . ^[9]

Исследования повторного секвенирования для выявления конкретных мутаций позволяют предположить, что несколько разных генов могут контролировать риск развития расщелины рта, и было обнаружено множество различных вариантов или мутаций в явно причинных генах, отражающих высокую степень аллельной гетерогенности. Хотя большинство этих мутаций чрезвычайно редки и часто демонстрируют неполную пенетрантность (т. е. здоровый родитель или другие родственники также могут быть носителями мутации), в совокупности они могут составлять до 5% несиндромальных расщелин ротовой полости. ^[9]

Было обнаружено, что мутации в гене SATB2 вызывают изолированную расщелину неба. ^[10] SATB2 также, вероятно, влияет на развитие мозга. Это согласуется с исследованиями на мышах, которые показывают, что SATB2 необходим для правильного установления связей корковых нейронов через мозолистое тело , несмотря на очевидно нормальное мозолистое тело у гетерозиготных нокаутных мышей . ^[11]

Структура

из 733 аминокислот SATB2 представляет собой человеческий белок, содержащий гомеодомен , с молекулярной массой 82,5 кДа, кодируемый геном SATB2 на участке 2q33. Белок содержит две вырожденные области гомеодомена, известные как домены CUT (аминокислоты 352–437 и 482–560), и классический гомеодомен (аминокислоты 614–677). Существует чрезвычайно высокая степень консервативности последовательности: только три предсказанные аминокислотные замены в белке из 733 остатков с I481V, A590T и I730T представляют собой аминокислотные различия между человеческим и мышиным белком.

Клиническое значение

SATB2 является причиной расщелины или верхнего неба у людей с синдромом микроделеции 2q32q33. ^[11]

Было обнаружено, что SATB2 нарушен в двух несвязанных случаях с de novo, явно сбалансированными хромосомными транслокациями связанными с расщелиной неба и последовательностью Пьера Робина . ^[12]

Роль SATB2 в развитии зубов и челюстей подтверждается выявлением мутации SATB2 de novo у мужчины с глубокими интеллектуальными нарушениями и аномалиями челюсти и зубов, а также транслокацией, прерывающей SATB2 у человека с последовательностью Робина. Кроме того, мышиные модели продемонстрировали, что гаплонедостаточность SATB2 приводит к черепно-лицевым дефектам, которые фенокопируют дефекты, вызванные делецией 2q32q33 у людей; более того, полная функциональная потеря SATB2 усиливает эти дефекты. ^[11]

Экспрессия SATB2 высокоспецифична для рака нижних отделов желудочно-кишечного тракта и используется в качестве биомаркера колоректального рака . ^[13]^[14]

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000119042 – Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038331 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Кикуно Р., Нагасе Т., Исикава К., Хиросава М., Миядзима Н., Танака А. и др. (июнь 1999 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XIV. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК головного мозга, которые кодируют большие белки in vitro» . Исследование ДНК . 6 (3): 197–205. дои : 10.1093/dnares/6.3.197 . ПМИД 10470851 .
^ «Энтрез Джин: Гомеобокс SATB 2» .
^ Улен М., Фагерберг Л., Халльстрем Б.М., Линдског С., Оксволд П., Мардиноглу А. и др. (январь 2015 г.). «Протеомика. Тканевая карта протеома человека». Наука . 347 (6220): 1260419. doi : 10.1126/science.1260419 . ПМИД 25613900 . S2CID 802377 .
^ Джугессур А., Ши М., Гьессинг Х.К., Лие Р.Т., Уилкокс А.Дж., Вайнберг С.Р. и др. (июль 2010 г.). «Материнские гены и расщелины лица у потомства: комплексный поиск генетических ассоциаций в двух популяционных исследованиях расщелин в Скандинавии» . ПлоС Один . 5 (7): e11493. Бибкод : 2010PLoSO...511493J . дои : 10.1371/journal.pone.0011493 . ПМК 2901336 . ПМИД 20634891 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Бити Т.Х., Гетмански Дж.Б., Фаллин М.Д., Парк Дж.В., Салл Дж.В., Макинтош И. и др. (ноябрь 2006 г.). «Анализ генов-кандидатов на хромосоме 2 в тройках родителей с расщелиной рта из трех популяций». Генетика человека . 120 (4): 501–518. дои : 10.1007/s00439-006-0235-9 . ПМИД 16953426 . S2CID 7836461 .
^ Диксон М.Дж., Маразита М.Л., Бити Т.Х., Мюррей Дж.К. (март 2011 г.). «Расщелина губы и неба: понимание генетических и экологических влияний» . Обзоры природы. Генетика . 12 (3): 167–178. дои : 10.1038/nrg2933 . ПМК 3086810 . ПМИД 21331089 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Розенфельд Дж.А., Баллиф Б.К., Лукас А., Спенс Э.Дж., Пауэлл С., Эйлсворт А.С. и др. (август 2009 г.). «Небольшие делеции SATB2 вызывают некоторые клинические особенности синдрома микроделеции 2q33.1» . ПлоС Один . 4 (8): е6568. Бибкод : 2009PLoSO...4.6568R . дои : 10.1371/journal.pone.0006568 . ПМК 2719055 . ПМИД 19668335 .
^ ФитцПатрик Д.Р., Карр И.М., Макларен Л., Лик Дж.П., Вайтман П., Уильямсон К. и др. (октябрь 2003 г.). «Идентификация SATB2 как гена расщелины неба на 2q32-q33» . Молекулярная генетика человека . 12 (19): 2491–2501. дои : 10.1093/hmg/ddg248 . ПМИД 12915443 .
^ Магнуссон К., де Вит М., Бреннан Д.Д., Джонсон Л.Б., МакГи С.Ф., Лундберг Э. и др. (июль 2011 г.). «SATB2 в сочетании с цитокератином 20 выявляет более 95% всех колоректальных карцином». Американский журнал хирургической патологии . 35 (7): 937–948. doi : 10.1097/pas.0b013e31821c3dae . ПМИД 21677534 . S2CID 33883685 .
^ Драгомир А., де Вит М., Йоханссон С., Улен М., Понтен Ф. (май 2014 г.). «Роль SATB2 как диагностического маркера опухолей колоректального происхождения: результаты клинического проспективного исследования, основанного на патологии». Американский журнал клинической патологии . 141 (5): 630–638. дои : 10.1309/ajcpww2urz9jkqju . ПМИД 24713733 . S2CID 4564790 .

Дальнейшее чтение

Добрева Г., Дамбахер Дж., Гросседль Р. (декабрь 2003 г.). «SUMO-модификация нового MAR-связывающего белка, SATB2, модулирует экспрессию гена иммуноглобулина mu» . Гены и развитие . 17 (24): 3048–3061. дои : 10.1101/gad.1153003 . ПМК 305257 . ПМИД 14701874 .
Добрева Г., Чахрур М., Даутценберг М., Чиривелла Л., Канцлер Б., Фариньяс И. и др. (июнь 2006 г.). «SATB2 является многофункциональной детерминантой черепно-лицевого паттерна и дифференцировки остеобластов» . Клетка . 125 (5): 971–986. дои : 10.1016/j.cell.2006.05.012 . ПМИД 16751105 . S2CID 2882724 .
Алькамо Э.А., Чиривелья Л., Даутценберг М., Добрева Г., Фариньяс И., Гроссшедль Р. и др. (февраль 2008 г.). «Satb2 регулирует идентичность нейронов мозолистой проекции в развивающейся коре головного мозга» . Нейрон . 57 (3): 364–377. дои : 10.1016/j.neuron.2007.12.012 . ПМИД 18255030 . S2CID 6716396 .
Бити Т.Х., Гетмански Дж.Б., Фаллин М.Д., Парк Дж.В., Салл Дж.В., Макинтош И. и др. (ноябрь 2006 г.). «Анализ генов-кандидатов на хромосоме 2 в тройках родителей с расщелиной рта из трех популяций». Генетика человека . 120 (4): 501–518. дои : 10.1007/s00439-006-0235-9 . ПМИД 16953426 . S2CID 7836461 .
Мачадо Р.Д., Паучиуло М.В., Фретвелл Н., Вил С., Томсон Дж.Р., Вилариньо Гуэль С. и др. (сентябрь 2000 г.). «Физическая карта и карта транскриптов, основанная на уточнении критического интервала для PPH1, гена семейной первичной легочной гипертензии. Международный консорциум PPH». Геномика . 68 (2): 220–228. дои : 10.1006/geno.2000.6291 . ПМИД 10964520 .
Джугессур А., Ши М., Гьессинг Х.К., Лие Р.Т., Уилкокс А.Дж., Вайнберг С.Р. и др. (июль 2010 г.). «Материнские гены и расщелины лица у потомства: комплексный поиск генетических ассоциаций в двух популяционных исследованиях расщелин в Скандинавии» . ПлоС Один . 5 (7): e11493. Бибкод : 2010PLoSO...511493J . дои : 10.1371/journal.pone.0011493 . ПМК 2901336 . ПМИД 20634891 .
Картер Т.К., Моллой А.М., Пангилинан Ф., Троендл Дж.Ф., Кирк П.Н., Конли М.Р. и др. (февраль 2010 г.). «Тестирование выявило связь генетических факторов риска развития расщелины рта в большой ирландской исследуемой популяции» . Исследование врожденных дефектов. Часть A. Клиническая и молекулярная тератология . 88 (2): 84–93. дои : 10.1002/bdra.20639 . ПМЦ 3503531 . ПМИД 19937600 .
Розенфельд Дж.А., Баллиф Б.К., Лукас А., Спенс Э.Дж., Пауэлл С., Эйлсворт А.С. и др. (август 2009 г.). «Небольшие делеции SATB2 вызывают некоторые клинические особенности синдрома микроделеции 2q33.1» . ПлоС Один . 4 (8): е6568. Бибкод : 2009PLoSO...4.6568R . дои : 10.1371/journal.pone.0006568 . ПМК 2719055 . ПМИД 19668335 .
Виейра А.Р., Авила Дж.Р., Даак-Хирш С., Драган Э., Феликс Т.М., Рахимов Ф. и др. (декабрь 2005 г.). «Медицинское секвенирование генов-кандидатов для несиндромальной расщелины губы и неба» . PLoS Генетика . 1 (6): е64. дои : 10.1371/journal.pgen.0010064 . ПМЦ 1298935 . ПМИД 16327884 .

Внешние ссылки

SATB2 Расположение гена человека в браузере генома UCSC .
Подробности о гене человека SATB2 в браузере генома UCSC .

Реестр случаев SATB2 http://satb2gene.com

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000119042 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038331 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid10470851-5] Кикуно Р., Нагасе Т., Исикава К., Хиросава М., Миядзима Н., Танака А. и др. (июнь 1999 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XIV. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК головного мозга, которые кодируют большие белки in vitro» . Исследование ДНК . 6 (3): 197–205. дои : 10.1093/dnares/6.3.197 . ПМИД 10470851 .

[entrez-6] «Энтрез Джин: Гомеобокс SATB 2» .

[7] Улен М., Фагерберг Л., Халльстрем Б.М., Линдског С., Оксволд П., Мардиноглу А. и др. (январь 2015 г.). «Протеомика. Тканевая карта протеома человека». Наука . 347 (6220): 1260419. doi : 10.1126/science.1260419 . ПМИД 25613900 . S2CID 802377 .

[Jugessur-8] Джугессур А., Ши М., Гьессинг Х.К., Лие Р.Т., Уилкокс А.Дж., Вайнберг С.Р. и др. (июль 2010 г.). «Материнские гены и расщелины лица у потомства: комплексный поиск генетических ассоциаций в двух популяционных исследованиях расщелин в Скандинавии» . ПлоС Один . 5 (7): e11493. Бибкод : 2010PLoSO...511493J . дои : 10.1371/journal.pone.0011493 . ПМК 2901336 . ПМИД 20634891 .

[Beaty-9] Перейти обратно: ^а ^б Бити Т.Х., Гетмански Дж.Б., Фаллин М.Д., Парк Дж.В., Салл Дж.В., Макинтош И. и др. (ноябрь 2006 г.). «Анализ генов-кандидатов на хромосоме 2 в тройках родителей с расщелиной рта из трех популяций». Генетика человека . 120 (4): 501–518. дои : 10.1007/s00439-006-0235-9 . ПМИД 16953426 . S2CID 7836461 .

[pmid21331089-10] Диксон М.Дж., Маразита М.Л., Бити Т.Х., Мюррей Дж.К. (март 2011 г.). «Расщелина губы и неба: понимание генетических и экологических влияний» . Обзоры природы. Генетика . 12 (3): 167–178. дои : 10.1038/nrg2933 . ПМК 3086810 . ПМИД 21331089 .

[Rosenfeld-11] Перейти обратно: ^а ^б ^с Розенфельд Дж.А., Баллиф Б.К., Лукас А., Спенс Э.Дж., Пауэлл С., Эйлсворт А.С. и др. (август 2009 г.). «Небольшие делеции SATB2 вызывают некоторые клинические особенности синдрома микроделеции 2q33.1» . ПлоС Один . 4 (8): е6568. Бибкод : 2009PLoSO...4.6568R . дои : 10.1371/journal.pone.0006568 . ПМК 2719055 . ПМИД 19668335 .

[pmid12915443-12] ФитцПатрик Д.Р., Карр И.М., Макларен Л., Лик Дж.П., Вайтман П., Уильямсон К. и др. (октябрь 2003 г.). «Идентификация SATB2 как гена расщелины неба на 2q32-q33» . Молекулярная генетика человека . 12 (19): 2491–2501. дои : 10.1093/hmg/ddg248 . ПМИД 12915443 .

[13] Магнуссон К., де Вит М., Бреннан Д.Д., Джонсон Л.Б., МакГи С.Ф., Лундберг Э. и др. (июль 2011 г.). «SATB2 в сочетании с цитокератином 20 выявляет более 95% всех колоректальных карцином». Американский журнал хирургической патологии . 35 (7): 937–948. doi : 10.1097/pas.0b013e31821c3dae . ПМИД 21677534 . S2CID 33883685 .

[14] Драгомир А., де Вит М., Йоханссон С., Улен М., Понтен Ф. (май 2014 г.). «Роль SATB2 как диагностического маркера опухолей колоректального происхождения: результаты клинического проспективного исследования, основанного на патологии». Американский журнал клинической патологии . 141 (5): 630–638. дои : 10.1309/ajcpww2urz9jkqju . ПМИД 24713733 . S2CID 4564790 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]