ARID2

ARID2
Идентификаторы
Псевдонимы	ARID2 , BAF200, p200, домен взаимодействия 2, богатый AT, CSS6, SMARCF3
Внешние идентификаторы	Опустить : 609539 ; МГИ : 1924294 ; Гомологен : 14601 ; GeneCards : ARID2 ; ОМА : ARID2 – ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 12 (human)
End	45,908,040 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 15 (mouse)
End	96,302,873 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	sperm; ; pancreatic ductal cell; ; secondary oocyte; ; bone marrow cells; ; thymus; ; testicle; ; ventricular zone; ; nasal epithelium; ; epithelium of colon; ; ganglionic eminence;
	Top expressed in
	Rostral migratory stream; ; hair follicle; ; primitive streak; ; ciliary body; ; internal carotid artery; ; external carotid artery; ; vestibular membrane of cochlear duct; ; hand; ; vas deferens; ; iris;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	DNA binding; protein binding; metal ion binding; nucleic acid binding; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific;
Cellular component	plasma membrane; nucleus; nucleoplasm;
Biological process	nucleosome disassembly; regulation of transcription, DNA-templated; transcription, DNA-templated; negative regulation of cell migration; negative regulation of cell population proliferation; heart morphogenesis; homeostatic process; embryonic organ development; cardiac muscle cell proliferation; coronary artery morphogenesis; chromatin organization; regulation of transcription by RNA polymerase II;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	196528
	77044
	ENSG00000189079
	ENSMUSG00000033237
	Q68CP9
	E9Q7E2
	НМ_152641 ; НМ_001347839
	НМ_175251
	НП_001334768 ; НП_689854
	НП_780460
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Белок 2, содержащий интерактивный домен, богатый АТ ( ARID2 ), представляет собой белок , который у человека кодируется ARID2 геном . ^[5]

Функция

ARID2 является субъединицей комплекса ремоделирования хроматина PBAF, который облегчает лиганд-зависимую транскрипцию. активация ядерными рецепторами. ^[5]

Структура

Белок ARID2 содержит два консервативных C-концевых C 2 H 2 мотива цинковых пальцев , область, богатую аминокислотными остатками пролина и глутамина RFX (регуляторного фактора X) , крылато-спиральный ДНК-связывающий домен и консервативный N -концевой AT - богатый домен взаимодействия ДНК — последний домен, в честь которого назван белок. ^[6]

Клиническое значение

Исследования мутаций показали, что ARID2 является значимым супрессором опухолей при многих подтипах рака. Мутации ARID2 широко распространены при гепатоцеллюлярной карциноме. ^[7] и меланома . ^[8]^[9] Мутации присутствуют в меньшей, но значительной части в широком спектре других опухолей. ^[10] Мутации ARID2 более распространены в гепатоцеллюлярной карциноме, связанной с вирусом гепатита С, в популяциях пациентов в США и Европе по сравнению с общей частотой мутаций . ^[6]

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000189079 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000033237 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: богатый интерактивный домен ARID2 AT 2 (ARID, RFX-подобный)» .
^ Jump up to: ^а ^б Чжао Х, Ван Дж, Хань Ю, Хуан З, Ин Дж, Би Икс, Чжао Дж, Фан Ю, Чжоу Х, Чжоу Дж, Ли З, Чжан Ю, Ян Икс, Ян Т, Ван Л, Торбенсон М.С., Цай Дж. (ноябрь 2011 г.). «ARID2: новый ген-супрессор опухоли при гепатоцеллюлярной карциноме» . Онкотаргет . 2 (11): 886–91. дои : 10.18632/oncotarget.355 . ПМК 3259997 . ПМИД 22095441 .
^ Ли М, Чжао Х, Чжан X, Вуд Л.Д., Андерс Р.А., Чоти М.А., Павлик ТМ, Дэниел Х.Д., Каннангай Р., Офферхаус Г.Дж., Велкулеску В.Е., Ван Л., Чжоу С., Фогельштейн Б., Хрубан Р.Х., Пападопулос Н., Кай Дж. , Торбенсон М.С., Кинцлер К.В. (сентябрь 2011 г.). «Инактивирующие мутации гена ремоделирования хроматина ARID2 при гепатоцеллюлярной карциноме» . Природная генетика . 43 (9): 828–9. дои : 10.1038/ng.903 . ПМК 3163746 . ПМИД 21822264 .
^ Ходис Э, Уотсон И.Р., Крюков Г.В., Арольд С.Т., Имелински М., Теурийя Ж.П., Никерсон Е., Оклер Д., Ли Л., Плейс С., Дикара Д., Рамос А.Х., Лоуренс М.С., Цибульскис К., Сиваченко А., Воэт Д., Саксена Г. , Странски Н., Онофрио Р.К., Винклер В., Ардли К., Уэгл Н., Варго Дж., Чонг К., Мортон Д.Л., Стемке-Хейл К., Чен Г., Ноубл М., Мейерсон М., Ледбери Дж.Э., Дэвис М.А., Гершенвальд Дж.Э., Вагнер С.Н. , Хун Д.С., Шадендорф Д., Ландер Э.С., Габриэль С.Б., Гетц Г., Гаррауэй Л.А., Чин Л. (июль 2012 г.). «Пейзаж драйверных мутаций при меланоме» . Клетка . 150 (2): 251–63. дои : 10.1016/j.cell.2012.06.024 . ПМК 3600117 . ПМИД 22817889 .
^ Краутхаммер М., Конг Ю., Ха Б.Х., Эванс П., Баккиокки А., Маккаскер Дж.П., Ченг Е., Дэвис М.Дж., Го Г., Чой М., Ариян С., Нараян Д., Даттон-Регестер К., Капатана А., Холман Э.К., Бозенберг М., Снол М., Клюгер Х.М., Браш Д.Е., Стерн Д.Ф., Материн М.А., Ло Р.С., Мане С., Ма С., Кидд К.К., Хейворд Н.К., Лифтон Р.П., Шлессингер Дж., Боггон Т.Дж., Халабан Р. (сентябрь 2012 г.). «Секвенирование экзома выявляет рецидивирующие соматические мутации RAC1 при меланоме» . Природная генетика . 44 (9): 1006–14. дои : 10.1038/ng.2359 . ПМЦ 3432702 . ПМИД 22842228 .
^ Шейн А.Х., Поллак-младший (2013). «Спектр мутаций SWI/SNF, повсеместно встречающихся при раке человека» . ПЛОС ОДИН . 8 (1): e55119. Бибкод : 2013PLoSO...855119S . дои : 10.1371/journal.pone.0055119 . ПМЦ 3552954 . ПМИД 23355908 .

Дальнейшее чтение

Мартенс Дж. А., Уинстон Ф. (апрель 2003 г.). «Последние достижения в понимании ремоделирования хроматина комплексами Swi/Snf». Текущее мнение в области генетики и развития . 13 (2): 136–42. дои : 10.1016/S0959-437X(03)00022-4 . ПМИД 12672490 .
Нагасе Т., Кикуно Р., Накаяма М., Хиросава М., Охара О. (август 2000 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XVIII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК головного мозга, которые кодируют большие белки in vitro» . Исследование ДНК . 7 (4): 273–81. дои : 10.1093/dnares/7.4.271 . ПМИД 10997877 .
Морманн Л., Лангенберг К., Крийгсвелд Дж., Кэл А.Дж., Хек А.Дж., Веррейзер К.П. (апрель 2004 г.). «Дифференциальное нацеливание на два различных комплекса ремоделирования хроматина дрозофилы, связанных с SWI/SNF» . Молекулярная и клеточная биология . 24 (8): 3077–88. дои : 10.1128/MCB.24.8.3077-3088.2004 . ПМК 381637 . ПМИД 15060132 .
Бранденбергер Р., Вэй Х., Чжан С., Лей С., Мураж Дж., Фиск Г.Дж., Ли Ю, Сюй С., Фанг Р., Гуглер К., Рао М.С., Мандалам Р., Лебковски Дж., Стэнтон Л.В. (июнь 2004 г.). «Описание характеристик транскриптома проясняет сигнальные сети, которые контролируют рост и дифференцировку ES-клеток человека». Природная биотехнология . 22 (6): 707–16. дои : 10.1038/nbt971 . ПМИД 15146197 . S2CID 27764390 .
Дидерихс С., Боймер Н., Джи П., Метцельдер С.К., Идос Г.Е., Кове Т., Ван В., Мёллер М., Пиршальски С., Громолл Дж., Шрадер М.Г., Кёффлер Х.П., Бердель В.Е., Серве Х., Мюллер-Тидов К. (август 2004 г.) . «Идентификация партнеров взаимодействия и субстратов комплекса циклин А1-CDK2» . Журнал биологической химии . 279 (32): 33727–41. дои : 10.1074/jbc.M401708200 . ПМИД 15159402 .
Патсиалу А., Вилскер Д., Моран Э. (2005). «ДНК-связывающие свойства белков семейства ARID» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (1): 66–80. дои : 10.1093/nar/gki145 . ПМК 546134 . ПМИД 15640446 .
Уилскер Д., Пробст Л., Уэйн Х.М., Малтаис Л., Такер П.В., Моран Э. (август 2005 г.). «Номенклатура ДНК-связывающих белков семейства ARID». Геномика . 86 (2): 242–51. дои : 10.1016/j.ygeno.2005.03.013 . ПМИД 15922553 .
Ян З, Цуй К, Мюррей ДМ, Лин С, Сюэ Ю, Герштейн А, Парсонс Р, Чжао К, Ван В (июль 2005 г.). «Комплекс ремоделирования хроматина PBAF требует новой субъединицы специфичности, BAF200, для регулирования экспрессии селективных генов, чувствительных к интерферону» . Гены и развитие . 19 (14): 1662–7. дои : 10.1101/gad.1323805 . ПМК 1176002 . ПМИД 15985610 .
Чжан Х, Ажар Г, Чжун Ю, Вэй Цзюй (август 2006 г.). «Zipzap/p200 — это новый белок цинковых пальцев, способствующий регуляции сердечных генов». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 346 (3): 794–801. дои : 10.1016/j.bbrc.2006.05.211 . ПМИД 16782067 .

Внешние ссылки

ARID2 + белок, + человек Национальной медицинской библиотеки США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
человека ARID2 Расположение генома ARID2 и страница сведений о гене в браузере генома UCSC .

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000189079 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000033237 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[entrez-5] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: богатый интерактивный домен ARID2 AT 2 (ARID, RFX-подобный)» .

[Zhao_2011-6] Jump up to: ^а ^б Чжао Х, Ван Дж, Хань Ю, Хуан З, Ин Дж, Би Икс, Чжао Дж, Фан Ю, Чжоу Х, Чжоу Дж, Ли З, Чжан Ю, Ян Икс, Ян Т, Ван Л, Торбенсон М.С., Цай Дж. (ноябрь 2011 г.). «ARID2: новый ген-супрессор опухоли при гепатоцеллюлярной карциноме» . Онкотаргет . 2 (11): 886–91. дои : 10.18632/oncotarget.355 . ПМК 3259997 . ПМИД 22095441 .

[7] Ли М, Чжао Х, Чжан X, Вуд Л.Д., Андерс Р.А., Чоти М.А., Павлик ТМ, Дэниел Х.Д., Каннангай Р., Офферхаус Г.Дж., Велкулеску В.Е., Ван Л., Чжоу С., Фогельштейн Б., Хрубан Р.Х., Пападопулос Н., Кай Дж. , Торбенсон М.С., Кинцлер К.В. (сентябрь 2011 г.). «Инактивирующие мутации гена ремоделирования хроматина ARID2 при гепатоцеллюлярной карциноме» . Природная генетика . 43 (9): 828–9. дои : 10.1038/ng.903 . ПМК 3163746 . ПМИД 21822264 .

[8] Ходис Э, Уотсон И.Р., Крюков Г.В., Арольд С.Т., Имелински М., Теурийя Ж.П., Никерсон Е., Оклер Д., Ли Л., Плейс С., Дикара Д., Рамос А.Х., Лоуренс М.С., Цибульскис К., Сиваченко А., Воэт Д., Саксена Г. , Странски Н., Онофрио Р.К., Винклер В., Ардли К., Уэгл Н., Варго Дж., Чонг К., Мортон Д.Л., Стемке-Хейл К., Чен Г., Ноубл М., Мейерсон М., Ледбери Дж.Э., Дэвис М.А., Гершенвальд Дж.Э., Вагнер С.Н. , Хун Д.С., Шадендорф Д., Ландер Э.С., Габриэль С.Б., Гетц Г., Гаррауэй Л.А., Чин Л. (июль 2012 г.). «Пейзаж драйверных мутаций при меланоме» . Клетка . 150 (2): 251–63. дои : 10.1016/j.cell.2012.06.024 . ПМК 3600117 . ПМИД 22817889 .

[9] Краутхаммер М., Конг Ю., Ха Б.Х., Эванс П., Баккиокки А., Маккаскер Дж.П., Ченг Е., Дэвис М.Дж., Го Г., Чой М., Ариян С., Нараян Д., Даттон-Регестер К., Капатана А., Холман Э.К., Бозенберг М., Снол М., Клюгер Х.М., Браш Д.Е., Стерн Д.Ф., Материн М.А., Ло Р.С., Мане С., Ма С., Кидд К.К., Хейворд Н.К., Лифтон Р.П., Шлессингер Дж., Боггон Т.Дж., Халабан Р. (сентябрь 2012 г.). «Секвенирование экзома выявляет рецидивирующие соматические мутации RAC1 при меланоме» . Природная генетика . 44 (9): 1006–14. дои : 10.1038/ng.2359 . ПМЦ 3432702 . ПМИД 22842228 .

[10] Шейн А.Х., Поллак-младший (2013). «Спектр мутаций SWI/SNF, повсеместно встречающихся при раке человека» . ПЛОС ОДИН . 8 (1): e55119. Бибкод : 2013PLoSO...855119S . дои : 10.1371/journal.pone.0055119 . ПМЦ 3552954 . ПМИД 23355908 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]