ДЖАРИД1Б

КДМ5Б
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	2MA5, 2MNY, 2MNZ, 5A1F, 5A3N, 5A3P, 5A3T, 5A3W, 5FPL, 5FPU, 5FV3, 5FZ6, 5FUP, 5FUN, 5FZK, 5FYZ, 5FZ7, 5FZ9, 5FYU, 5FZB, 5FZC, 5FYT, 5FZ0, 5FYY, 5FZ1, 5FZ3, 5FZL, 5FZA, 5FZ4
Идентификаторы
Псевдонимы	KDM5B , CT31, JARID1B, PLU-1, PLU1, PPP1R98, PUT1, RBBP2H1A, RBP2-H1, лизиндеметилаза 5B, MRT65
Внешние идентификаторы	Опустить : 605393 ; МГИ : 1922855 ; Гомологен : 48448 ; Генные карты : KDM5B ; ОМА : КДМ5Б - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 1 (human)
End	202,808,487 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 1 (mouse)
End	134,563,023 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	sperm; ; left testis; ; right testis; ; ganglionic eminence; ; ventricular zone; ; epithelium of colon; ; testicle; ; gonad; ; skin of thigh; ; cartilage tissue;
	Top expressed in
	Rostral migratory stream; ; spermatocyte; ; maxillary prominence; ; mandibular prominence; ; spermatid; ; molar; ; internal carotid artery; ; ganglionic eminence; ; abdominal wall; ; Gonadal ridge;
	More reference expression data
	; ; ; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	DNA binding; transcription corepressor activity; DNA-binding transcription factor activity; dioxygenase activity; metal ion binding; protein binding; oxidoreductase activity; histone demethylase activity; histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity; sequence-specific double-stranded DNA binding; histone H3-methyl-lysine-4 demethylase activity; histone binding; zinc ion binding; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific; chromatin binding; methylated histone binding;
Cellular component	nucleoplasm; nucleus; cytosol; histone methyltransferase complex;
Biological process	response to fungicide; positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation; regulation of transcription, DNA-templated; branching involved in mammary gland duct morphogenesis; uterus morphogenesis; rhythmic process; regulation of estradiol secretion; post-embryonic development; cellular response to fibroblast growth factor stimulus; transcription, DNA-templated; single fertilization; mammary duct terminal end bud growth; positive regulation of gene expression; lens fiber cell differentiation; negative regulation of transcription, DNA-templated; histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific; regulation of transcription by RNA polymerase II; histone H3-K4 demethylation; cellular response to leukemia inhibitory factor; chromatin organization; negative regulation of transcription by RNA polymerase II; chromatin remodeling;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	10765
	75605
	ENSG00000117139
	ENSMUSG00000042207
	Q9UGL1
	Q80Y84
	НМ_001314042 ; НМ_006618 ; НМ_001347591 ; НМ_001399817
	НМ_152895
	НП_001300971 ; НП_001334520 ; НП_006609
	НП_690855
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Лизин-специфическая деметилаза 5B, также известная как деметилаза гистонов JARID1B, представляет собой деметилазу фермент , который у человека кодируется KDM5B геном . ^[5]^[6]^[7] JARID1B принадлежит к суперсемейству альфа-кетоглутарат-зависимых гидроксилаз .

Функция

Jarid1B (также известный как KDM5B или PLU1) принадлежит к семейству генов JHDM. Они ответственны за деметилирование три- и диметилированных лизинов в положении 4 гистона 3 ( H3K4me3 и H3K4me2). Jarid1B представляет собой мультидоменный фермент, входящий в подсемейство KDM5. Все семейство Jarid1 представляет собой семейство белков, обладающих активностью деметилазы гистонов H3K4. ^[8]

Jarid1B вовлечен в развитие рака простаты, молочной железы и кожи, а также связан с сохранением меланомы. Полученные нокаутные мыши (Jarid1b-/-) жизнеспособны в неонатальной жизни. Эти мыши действительно демонстрируют фенотип преждевременной смертности, снижение фертильности у самок мышей, снижение массы тела и нарушение развития молочных желез. Он также снижал уровень эстрогена в сыворотке и вызывал снижение пролиферации эпителиальных клеток молочной железы на ранних стадиях полового созревания. На мышей Jarid1b-/-, по-видимому, сильно влияют многие регуляторы развития мамочек, такие как FOXA1 и рецептор эстрогена α. ^[9] Однако другие показали, что эмбрионы с нокаутом Jarid1B обычно имеют неонатальную летальность из-за отказа их дыхательной системы. Также было обнаружено, что нокаутные эмбрионы имеют несколько различных нервных дефектов, в том числе: дезорганизацию черепных нервов, повышенную частоту экзэнцефалии и дефекты развития глаз. ^[10]

Взаимодействия

Было показано, что JARID1B взаимодействует с FOXG1. ^[11] и ПАКС9 . ^[11]

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000117139 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000042207 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Лахуд М.Х., Ристевски С., Вентер Д.Д., Джермин Л.С., Бертончелло И., Заварсек С., Хасторп С., Драго Дж., де Крецер Д., Герцог П.Дж., Кола I (август 2001 г.). «Нацеливание на ген Desrt, нового ДНК-связывающего белка класса ARID, вызывает задержку роста и аномальное развитие репродуктивных органов» . Геномные исследования . 11 (8): 1327–34. дои : 10.1101/гр.168801 . hdl : 10536/DRO/DU:30121320 . ПМИД 11483573 .
^ Чжу Л., Ху Дж., Линь Д., Уитсон Р., Итакура К., Чен Ю. (август 2001 г.). «Динамика ДНК-связывающего домена Mrf-2 в свободном состоянии и в комплексе с ДНК». Биохимия . 40 (31): 9142–50. дои : 10.1021/bi010476a . ПМИД 11478881 .
^ «Ген Энтреза: JARID1B jumonji, AT-богатый интерактивный домен 1B» .
^ Кристенсен Л.Х., Нильсен А.Л., Хельгстранд С., Лис М., Клоос П., Каструп Дж.С., Хелин К., Олсен Л., Гаджхеде М. (июнь 2012 г.). «Исследования деметилирования H3K4me3 с помощью KDM5B/Jarid1B/PLU1 выявили сильное распознавание субстрата in vitro и идентифицировали 2,4-пиридиндикарбоновую кислоту как ингибитор in vitro и в клетках» . Журнал ФЭБС . 279 (11): 1905–14. дои : 10.1111/j.1742-4658.2012.08567.x . ПМИД 22420752 .
^ Цзоу М.Р., Цао Дж., Лю З., Ха С.Дж., Поляк К., Ян К. (июнь 2014 г.). «Интерактивный домен 1B, богатый гистоновой деметилазой jumonji AT (JARID1B), контролирует развитие молочной железы путем регулирования ключевых генов развития и спецификации линии» . Журнал биологической химии . 289 (25): 17620–33. дои : 10.1074/jbc.M114.570853 . ПМК 4067197 . ПМИД 24802759 .
^ Альберт М., Шмитц С.Ю., Кооистра С.М., Малатеста М., Моралес Торрес К., Реклинг Х.К., Йохансен Й.В., Абарратеги И., Хелин К. (апрель 2013 г.). «Гистоновая деметилаза Jarid1b обеспечивает правильное развитие мышей, защищая гены развития от аберрантного H3K4me3» . ПЛОС Генетика . 9 (4): e1003461. дои : 10.1371/journal.pgen.1003461 . ПМК 3630093 . ПМИД 23637629 .
^ Jump up to: ^а ^б Тан К., Шоу А.Л., Мэдсен Б., Дженсен К., Тейлор-Пападимитриу Дж., Фримонт П.С. (июнь 2003 г.). «Человеческий PLU-1 обладает свойствами репрессии транскрипции и взаимодействует с факторами транскрипции развития BF-1 и PAX9» . Журнал биологической химии . 278 (23): 20507–13. дои : 10.1074/jbc.M301994200 . ПМИД 12657635 .

Дальнейшее чтение

Лу П.Дж., Сандквист К., Бэкстрем Д., Поулсом Р., Хэнби А., Мейер-Эверт С., Джонс Т., Митчелл М., Пита-Роу П., Фримонт П., Тейлор-Пападимитриу Дж. (май 1999 г.). «Новый ген (PLU-1), содержащий высококонсервативные предполагаемые мотивы связывания ДНК/хроматина, специфически активируется при раке молочной железы» . Журнал биологической химии . 274 (22): 15633–45. дои : 10.1074/jbc.274.22.15633 . ПМИД 10336460 .
Кашуба В., Протопопов А., Подовский Р., Гизатуллин Р., Ли Дж., Кляйн Г., Валестедт С., Забаровский Е. (июнь 2000 г.). «Выделение и хромосомная локализация нового гомолога 1a белка, связывающего ретинобластому человека (RBBP2H1A)» . Европейский журнал генетики человека . 8 (6): 407–13. дои : 10.1038/sj.ejhg.5200474 . ПМИД 10878660 .
Барретт А., Мэдсен Б., Копьер Дж., Лу П.Дж., Купер Л., Скибетта А.Г., Берчелл Дж., Тейлор-Пападимитриу Дж. (октябрь 2002 г.). «Ядерный белок PLU-1, активность которого повышается при раке молочной железы, демонстрирует ограниченную экспрессию в нормальных тканях взрослого человека: новый антиген рака/яичка?» . Международный журнал рака . 101 (6): 581–8. дои : 10.1002/ijc.10644 . ПМИД 12237901 .
Тан К., Шоу А.Л., Мэдсен Б., Дженсен К., Тейлор-Пападимитриу Дж., Фримонт П.С. (июнь 2003 г.). «Человеческий PLU-1 обладает свойствами репрессии транскрипции и взаимодействует с факторами транскрипции развития BF-1 и PAX9» . Журнал биологической химии . 278 (23): 20507–13. дои : 10.1074/jbc.M301994200 . ПМИД 12657635 .
Патсиалу А., Вилскер Д., Моран Э. (2005). «ДНК-связывающие свойства белков семейства ARID» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (1): 66–80. дои : 10.1093/nar/gki145 . ПМК 546134 . ПМИД 15640446 .
Чах А., Ленцнер С., Мозер Б., Рейнхардт Р., Челли Дж., Фринс Дж.П., Клифстра Т., Рейно М., Тернер Г., Роперс Х.Х., Кусс А., Дженсен Л.Р. (апрель 2006 г.). «Новые мутации JARID1C/SMCX у пациентов с Х-сцепленной умственной отсталостью» . Человеческая мутация . 27 (4): 389. doi : 10.1002/humu.9420 . ПМИД 16541399 .
Ямане К., Татейши К., Клозе Р.Дж., Фанг Дж., Фабрицио Л.А., Эрджюмент-Бромаж Х., Тейлор-Пападимитриу Дж., Темпст П., Чжан Ю. (март 2007 г.). «PLU-1 представляет собой деметилазу H3K4, участвующую в репрессии транскрипции и пролиферации клеток рака молочной железы» . Молекулярная клетка . 25 (6): 801–12. doi : 10.1016/j.molcel.2007.03.001 . ПМИД 17363312 .
Барретт А., Сантанджело С., Тан К., Кэтчпол С., Робертс К., Спенсер-Дин Б, Холл Д., Скибетта А., Берчелл Дж., Вердин Э., Фримонт П., Тейлор-Пападимитриу Дж. (июль 2007 г.). «Репрессор транскрипции PLU-1/JARID1B, связанный с раком молочной железы, напрямую взаимодействует с деацетилазами гистонов». Международный журнал рака . 121 (2): 265–75. дои : 10.1002/ijc.22673 . ПМИД 17373667 . S2CID 24855452 .

Внешние ссылки

JARID1B + белок, + человек в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .

статья о гене на хромосоме 1 человека незавершена Эта . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000117139 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000042207 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid11483573-5] Лахуд М.Х., Ристевски С., Вентер Д.Д., Джермин Л.С., Бертончелло И., Заварсек С., Хасторп С., Драго Дж., де Крецер Д., Герцог П.Дж., Кола I (август 2001 г.). «Нацеливание на ген Desrt, нового ДНК-связывающего белка класса ARID, вызывает задержку роста и аномальное развитие репродуктивных органов» . Геномные исследования . 11 (8): 1327–34. дои : 10.1101/гр.168801 . hdl : 10536/DRO/DU:30121320 . ПМИД 11483573 .

[pmid11478881-6] Чжу Л., Ху Дж., Линь Д., Уитсон Р., Итакура К., Чен Ю. (август 2001 г.). «Динамика ДНК-связывающего домена Mrf-2 в свободном состоянии и в комплексе с ДНК». Биохимия . 40 (31): 9142–50. дои : 10.1021/bi010476a . ПМИД 11478881 .

[entrez-7] «Ген Энтреза: JARID1B jumonji, AT-богатый интерактивный домен 1B» .

[pmid22420752-8] Кристенсен Л.Х., Нильсен А.Л., Хельгстранд С., Лис М., Клоос П., Каструп Дж.С., Хелин К., Олсен Л., Гаджхеде М. (июнь 2012 г.). «Исследования деметилирования H3K4me3 с помощью KDM5B/Jarid1B/PLU1 выявили сильное распознавание субстрата in vitro и идентифицировали 2,4-пиридиндикарбоновую кислоту как ингибитор in vitro и в клетках» . Журнал ФЭБС . 279 (11): 1905–14. дои : 10.1111/j.1742-4658.2012.08567.x . ПМИД 22420752 .

[pmid24802759-9] Цзоу М.Р., Цао Дж., Лю З., Ха С.Дж., Поляк К., Ян К. (июнь 2014 г.). «Интерактивный домен 1B, богатый гистоновой деметилазой jumonji AT (JARID1B), контролирует развитие молочной железы путем регулирования ключевых генов развития и спецификации линии» . Журнал биологической химии . 289 (25): 17620–33. дои : 10.1074/jbc.M114.570853 . ПМК 4067197 . ПМИД 24802759 .

[pmid23637629-10] Альберт М., Шмитц С.Ю., Кооистра С.М., Малатеста М., Моралес Торрес К., Реклинг Х.К., Йохансен Й.В., Абарратеги И., Хелин К. (апрель 2013 г.). «Гистоновая деметилаза Jarid1b обеспечивает правильное развитие мышей, защищая гены развития от аберрантного H3K4me3» . ПЛОС Генетика . 9 (4): e1003461. дои : 10.1371/journal.pgen.1003461 . ПМК 3630093 . ПМИД 23637629 .

[pmid12657635-11] Jump up to: ^а ^б Тан К., Шоу А.Л., Мэдсен Б., Дженсен К., Тейлор-Пападимитриу Дж., Фримонт П.С. (июнь 2003 г.). «Человеческий PLU-1 обладает свойствами репрессии транскрипции и взаимодействует с факторами транскрипции развития BF-1 и PAX9» . Журнал биологической химии . 278 (23): 20507–13. дои : 10.1074/jbc.M301994200 . ПМИД 12657635 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

v т и Оксидоредуктазы : диоксигеназы , включая стероидные гидроксилазы ( EC 1.14)
1.14.11 : 2-оксоглутарат	Пролилгидроксилаза HIF-пролилгидроксилаза ЭГЛН1 ЭГЛН2 ЭГЛН3 P4HTM Лизилгидроксилаза АлкБ АЛКБХ1 ФТО
1.14.13 : НАДН или НАДФН.	Флавинсодержащая монооксигеназа ФМО1 ФМО2 ФМО3 ФМО4 ФМО5 Синтаза оксида азота НОС1 НОС2 НОС3 Холестерин 7 альфа-гидроксилаза Метанмонооксигеназа 3А4 14α-деметилаза 24-гидроксихолестерин-7α-гидроксилаза
1.14.14 : восстановленный флавин или флавопротеин	19А1 2D6 2Е1
1.14.15 : восстановленный железосерный белок	11Б1 11Б2 11А1
1.14.16 : восстановленный птеридин ( зависит от BH4 )	Фенилаланингидроксилаза Тирозингидроксилаза Триптофангидроксилаза
1.14.17 : восстановленный аскорбат	Дофамин-бета-гидроксилаза
14.1.18 - 19 : другое	Тирозиназа Стеароил-КоА-десатураза-1
14.1.99 - разное	Циклооксигеназа Гемоксигеназа ( HMOX1 ) Скваленмонооксигеназа 17A1 21A2 Ecdysone 20-monooxygenase Deoxyhypusine monooxygenase

v т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)