RFX1

RFX1
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	1DP7
Идентификаторы
Псевдонимы	RFX1 , EFC, RFX, регуляторный фактор X1
Внешние идентификаторы	Опустить : 600006 ; МГИ : 105982 ; Гомологен : 2189 ; Генные карты : RFX1 ; OMA : RFX1 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 19 (human)
End	14,007,039 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 8 (mouse)
End	84,823,621 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	right testis; ; left testis; ; granulocyte; ; pituitary gland; ; right uterine tube; ; anterior pituitary; ; blood; ; right hemisphere of cerebellum; ; apex of heart; ; gonad;
	Top expressed in
	ascending aorta; ; neural layer of retina; ; aortic valve; ; spermatid; ; granulocyte; ; seminiferous tubule; ; mesenteric lymph nodes; ; blood; ; superior frontal gyrus; ; thymus;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding; transcription factor activity, RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific binding; DNA binding; protein binding; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; DNA-binding transcription factor activity;
Cellular component	intracellular membrane-bounded organelle; nucleoplasm; nucleus;
Biological process	regulation of transcription, DNA-templated; immune response; transcription, DNA-templated; regulation of transcription by RNA polymerase II;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	5989
	19724
	ENSG00000132005 ; ENSG00000288283
	ENSMUSG00000031706
	P22670
	P48377
	НМ_002918
	НМ_009055
	НП_002909
	НП_033081
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Регуляторный фактор MHC класса II RFX1 представляет собой белок , который у человека кодируется RFX1 геном , расположенным на коротком плече хромосомы 19. ^[5]^[6]^[7]

Структура

Ген RFX1 является членом семейства генов регуляторного фактора X (RFX), которое кодирует факторы транскрипции , содержащие пять консервативных доменов, включая высококонсервативный, расположенный в центре крылатый спиральный ДНК-связывающий домен, а также домен димеризации, расположенный в C- терминальная область последовательности. ^[8] Помимо пяти консервативных доменов, белки RFX значительно различаются. Домены связывания ДНК и димеризации белков семейства RFX не имеют сходства с другими доменами с такими же функциями в других белках. ^[6]

Распространение видов

Семейство белков RFX консервативно у S. pombe , S. cerevisiae , C. elegans , мышей и человека. ^[9] Известно семь белков RFX у человека, пять у мышей и один у C. elegans , а также по одному у каждого из двух видов дрожжей. ^[9]^[10]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, структурно связан с регуляторными факторами X2 , X3 , X4 и X5 . Это активатор транскрипции, который может связывать ДНК в виде мономера или гетеродимера с членами семейства RFX X2, X3 и X5, но не с X4. Этот белок связывается с Xbox генами MHC класса II и необходим для их экспрессии. Кроме того, он может связываться с инвертированным повтором , необходимым для экспрессии гепатита В. генов вируса ^[7] Белки RFX были первоначально клонированы и охарактеризованы из-за их высокого сродства к цис-действующей последовательности промотора, называемой Xbox, обнаруженной во всех генах MHC класса II. ^[6]

Обнаружено, что уровни мРНК, кодирующей этот белок, а также RFX2 и RFX3, постоянно повышены в семенниках и варьируются в других тканях по всему организму. ^[6]

RFX1 содержит С-концевую последовательность, не имеющую явной гомологии с другими белками RFX. Этот С-концевой хвост содержит кислую область, которая, как полагают, помогает пересекать ядерную мембрану. Предполагается, что для этого домена существуют две основные функции: вклад в сигнал ядерной локализации (NLS), а также противоречивое подавление связывания ДНК, а также ядерной ассоциации. Эти две функции были первоначально идентифицированы посредством мутаций последовательностей и трансляционных слияний с gfp ( зеленым флуоресцентным белком ) и еще предстоит подтвердить. ^[11]

Взаимодействия

Было показано, что RFX1 взаимодействует с геном Abl . ^[9]

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ENSG00000288283 GRCh38: выпуск Ensembl 89: ENSG00000132005, ENSG00000288283 — Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031706 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Пульятти Л., Дерре Дж., Бергер Р., Укла С., Рейт В., Мах Б. (сентябрь 1992 г.). «Гены регуляторных факторов MHC класса II RFX1 и RFX2 расположены на коротком плече хромосомы 19». Геномика . 13 (4): 1307–10. дои : 10.1016/0888-7543(92)90052-T . ПМИД 1505960 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Рейт В., Укла С., Баррас Э., Гауд А., Дюран Б., Эрреро-Санчес С., Кобр М., Мах Б. (февраль 1994 г.). «RFX1, трансактиватор энхансера I вируса гепатита В, принадлежит к новому семейству гомодимерных и гетеродимерных ДНК-связывающих белков» . Мол Клеточная Биол . 14 (2): 1230–44. дои : 10.1128/mcb.14.2.1230 . ПМЦ 358479 . ПМИД 8289803 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Ген Энтрез: регуляторный фактор RFX1 X, 1 (влияет на экспрессию HLA класса II)» .
^ Эмери П., Дюран Б., Мах Б., Рейт В. (март 1996 г.). «Белки RFX, новое семейство ДНК-связывающих белков, консервативных в царстве эукариот» . Нуклеиновые кислоты Рез . 24 (5): 803–7. дои : 10.1093/нар/24.5.803 . ПМК 145730 . ПМИД 8600444 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Агами Р., Шауль Ю. (апрель 1998 г.). «Киназная активность c-Abl, но не v-Abl, усиливается за счет прямого взаимодействия с RFXI, белком, который связывает энхансеры нескольких вирусов и гены, регулируемые клеточным циклом» . Онкоген . 16 (14): 1779–88. дои : 10.1038/sj.onc.1201708 . ПМИД 9583676 .
^ Афтаб С., Семенец Л., Чу Дж.С., Чен Н. (2008). «Идентификация и характеристика новых тканеспецифичных факторов транскрипции RFX человека» . БМК Эвол. Биол . 8 (1): 226. Бибкод : 2008BMCEE...8..226A . дои : 10.1186/1471-2148-8-226 . ПМЦ 2533330 . ПМИД 18673564 .
^ Катан-Хайкович Ю, Шауль Ю (май 2001 г.). «Ядерный импорт и ДНК-связывающая активность RFX1. Доказательства аутоингибирующего механизма» . Евро. Дж. Биохим . 268 (10): 3108–16. дои : 10.1046/j.1432-1327.2001.02211.x . ПМИД 11358531 .

Дальнейшее чтение

Эрреро Санчес К., Рейт В., Силаччи П., Мах Б. (1992). «Дефект связывания ДНК, наблюдаемый у регуляторных мутантов главного комплекса гистосовместимости класса II, касается только одного члена семейства комплексов, связывающихся с X-боксами промоторов класса II» . Мол. Клетка. Биол . 12 (9): 4076–83. дои : 10.1128/mcb.12.9.4076 . ПМК 360302 . ПМИД 1508204 .
Рейт В., Эрреро-Санчес С., Кобр М. и др. (1991). «Регуляторный фактор MHC класса II RFX имеет новый ДНК-связывающий домен и функционально независимый домен димеризации» . Генс Дев . 4 (9): 1528–40. дои : 10.1101/gad.4.9.1528 . ПМИД 2253877 .
Сафрани Г., Перри Р.П. (1993). «Фактор транскрипции RFX1 помогает контролировать промотор гена rpL30, кодирующего рибосомальный белок мыши, путем связывания с его альфа-элементом». Джин . 132 (2): 279–83. дои : 10.1016/0378-1119(93)90208-К . PMID 8224874 .
Зигрист К.А., Дюран Б., Эмери П. и др. (1993). «RFX1 идентичен энхансерному фактору C и действует как трансактиватор энхансера вируса гепатита B» . Мол. Клетка. Биол . 13 (10): 6375–84. дои : 10.1128/mcb.13.10.6375 . ПМЦ 364696 . ПМИД 8413236 .
Эмери П., Дюран Б., Мах Б., Рейт В. (1996). «Белки RFX, новое семейство ДНК-связывающих белков, консервативных в царстве эукариот» . Нуклеиновые кислоты Рез . 24 (5): 803–7. дои : 10.1093/нар/24.5.803 . ПМК 145730 . ПМИД 8600444 .
Дойл Дж., Хоффман С., Укла С. и др. (1996). «Местоположение генов человека и мыши, кодирующих белки транскрипционных факторов RFX1 и RFX2» . Геномика . 35 (1): 227–30. дои : 10.1006/geno.1996.0343 . ПМИД 8661125 .
Катан-Хайкович Ю, Шауль Ю (1998). «RFX1, одиночный ДНК-связывающий белок с разделенным доменом димеризации, генерирует альтернативные комплексы» . Ж. Биол. Хим . 273 (38): 24504–12. дои : 10.1074/jbc.273.38.24504 . ПМИД 9733744 .
Ивама А., Пан Дж., Чжан П. и др. (1999). «Димерные белки RFX способствуют активности и специфичности линии альфа-промотора рецептора интерлейкина-5 посредством доменов активации и репрессии» . Мол. Клетка. Биол . 19 (6): 3940–50. дои : 10.1128/mcb.19.6.3940 . ПМК 104353 . ПМИД 10330134 .
Заяк-Кей М., Бен-Барух Н., Кастанос Э. и др. (2000). «Индукция Myc-интрон-связывающих полипептидов MIBP1 и RFX1 во время опосредованной ретиноевой кислотой дифференцировки гемопоэтических клеток» . Биохим. Дж . 345. 345 (3): 535–41. дои : 10.1042/0264-6021:3450535 . ПМК 1220788 . ПМИД 10642512 .
Моротоми-Яно К., Яно К., Сайто Х. и др. (2002). «Регуляторный фактор человека X 4 (RFX4) представляет собой димерный ДНК-связывающий белок, специфичный для семенников, который взаимодействует с другими членами RFX человека» . Ж. Биол. Хим . 277 (1): 836–42. дои : 10.1074/jbc.M108638200 . ПМИД 11682486 .
Сенгупта П.К., Фарго Дж., Смит Б.Д. (2002). «Семейство RFX взаимодействует в стартовом сайте коллагена (COL1A2) и подавляет транскрипцию» . Ж. Биол. Хим . 277 (28): 24926–37. дои : 10.1074/jbc.M111712200 . ПМИД 11986307 .
Накаяма А., Мураками Х., Маэяма Н. и др. (2003). «Роль факторов транскрипции RFX в неспецифической для нейрональных клеток инактивации промотора белка MAP1A, связанного с микротрубочками» . Ж. Биол. Хим . 278 (1): 233–40. дои : 10.1074/jbc.M209574200 . ПМИД 12411430 .
Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
Норквей Л.Д., Ян X, Шеппард П. и др. (2003). «RFX1 и NF-1 связываются с последовательностями P локуса гормона роста человека в хроматине гипофиза». Мол. Эндокринол . 17 (6): 1027–38. CiteSeerX 10.1.1.325.4046 . дои : 10.1210/me.2003-0025 . ПМИД 12624117 .
Майгрен С., Сур И., Нильссон М., Тофтгард Р. (2004). «Участие белков RFX в активации транскрипции с помощью Ras-чувствительного энхансерного элемента». Арх. Дерматол. Рез . 295 (11): 482–9. дои : 10.1007/s00403-004-0456-5 . ПМИД 15024578 . S2CID 2408607 .
Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Крупномасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 101 (33): 12130–5. Бибкод : 2004PNAS..10112130B . дои : 10.1073/pnas.0404720101 . ПМК 514446 . ПМИД 15302935 .

Внешние ссылки

RFX1 + белок, + человек Национальной медицинской библиотеки США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с ENSG00000288283 GRCh38: выпуск Ensembl 89: ENSG00000132005, ENSG00000288283 — Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031706 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid1505960-5] Пульятти Л., Дерре Дж., Бергер Р., Укла С., Рейт В., Мах Б. (сентябрь 1992 г.). «Гены регуляторных факторов MHC класса II RFX1 и RFX2 расположены на коротком плече хромосомы 19». Геномика . 13 (4): 1307–10. дои : 10.1016/0888-7543(92)90052-T . ПМИД 1505960 .

[Reith_1994-6] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Рейт В., Укла С., Баррас Э., Гауд А., Дюран Б., Эрреро-Санчес С., Кобр М., Мах Б. (февраль 1994 г.). «RFX1, трансактиватор энхансера I вируса гепатита В, принадлежит к новому семейству гомодимерных и гетеродимерных ДНК-связывающих белков» . Мол Клеточная Биол . 14 (2): 1230–44. дои : 10.1128/mcb.14.2.1230 . ПМЦ 358479 . ПМИД 8289803 .

[entrez-7] Перейти обратно: ^а ^б «Ген Энтрез: регуляторный фактор RFX1 X, 1 (влияет на экспрессию HLA класса II)» .

[pmid8600444-8] Эмери П., Дюран Б., Мах Б., Рейт В. (март 1996 г.). «Белки RFX, новое семейство ДНК-связывающих белков, консервативных в царстве эукариот» . Нуклеиновые кислоты Рез . 24 (5): 803–7. дои : 10.1093/нар/24.5.803 . ПМК 145730 . ПМИД 8600444 .

[Agami_1998-9] Перейти обратно: ^а ^б ^с Агами Р., Шауль Ю. (апрель 1998 г.). «Киназная активность c-Abl, но не v-Abl, усиливается за счет прямого взаимодействия с RFXI, белком, который связывает энхансеры нескольких вирусов и гены, регулируемые клеточным циклом» . Онкоген . 16 (14): 1779–88. дои : 10.1038/sj.onc.1201708 . ПМИД 9583676 .

[pmid18673564-10] Афтаб С., Семенец Л., Чу Дж.С., Чен Н. (2008). «Идентификация и характеристика новых тканеспецифичных факторов транскрипции RFX человека» . БМК Эвол. Биол . 8 (1): 226. Бибкод : 2008BMCEE...8..226A . дои : 10.1186/1471-2148-8-226 . ПМЦ 2533330 . ПМИД 18673564 .

[pmid11358531-11] Катан-Хайкович Ю, Шауль Ю (май 2001 г.). «Ядерный импорт и ДНК-связывающая активность RFX1. Доказательства аутоингибирующего механизма» . Евро. Дж. Биохим . 268 (10): 3108–16. дои : 10.1046/j.1432-1327.2001.02211.x . ПМИД 11358531 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]