ДЖАРИД2

ДЖАРИД2
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	5HYN
Идентификаторы
Псевдонимы	JARID2 , JMJ, jumonji и AT-богатый домен взаимодействия, содержащий 2
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 601594 ; МГИ : 104813 ; Гомологен : 31279 ; GeneCards : JARID2 ; OMA : JARID2 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 6 (human)
End	15,522,042 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 13 (mouse)
End	45,075,119 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	secondary oocyte; ; buccal mucosa cell; ; sperm; ; gingival epithelium; ; trabecular bone; ; nipple; ; amniotic fluid; ; dorsal motor nucleus of vagus nerve; ; tendon of biceps brachii; ; Brodmann area 23;
	Top expressed in
	Rostral migratory stream; ; internal carotid artery; ; external carotid artery; ; tail of embryo; ; renal corpuscle; ; secondary oocyte; ; zygote; ; medullary collecting duct; ; gastrula; ; hair follicle;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	DNA binding; RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding; chromatin binding; histone demethylase activity; DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific; transcription factor binding; protein binding; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; methylated histone binding; histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity;
Cellular component	ESC/E(Z) complex; nucleoplasm; nucleus; histone methyltransferase complex; mitochondrion;
Biological process	cell differentiation; negative regulation of histone methylation; regulation of transcription, DNA-templated; thymus development; negative regulation of transcription by RNA polymerase II; spleen development; transcription, DNA-templated; stem cell differentiation; multicellular organism development; central nervous system development; negative regulation of gene expression, epigenetic; regulation of cell population proliferation; liver development; negative regulation of transcription, DNA-templated; negative regulation of cell population proliferation; positive regulation of histone H3-K9 methylation; negative regulation of cardiac muscle hypertrophy; cellular response to leukemia inhibitory factor; negative regulation of cardiac muscle cell proliferation; chromatin organization; histone demethylation; chromatin remodeling; histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	3720
	16468
	ENSG00000008083
	ENSMUSG00000038518
	Q92833
	Q62315
	НМ_001267040 ; НМ_004973
	НМ_001205043 ; НМ_001205044 ; НМ_021878 ; НМ_001360281
	НП_001253969 ; НП_004964
	НП_001191972 ; НП_001191973 ; НП_068678 ; НП_001347210
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Белок Jumonji — это белок , который у человека кодируется JARID2 геном . ^[5]^[6] JARID2 является членом суперсемейства альфа-кетоглутарат-зависимых гидроксилаз .

Jarid2 (jumonji, интерактивный домен 2, богатый АТ) представляет собой ген, кодирующий белок, который действует как предполагаемый фактор транскрипции . Jarid2, известный как ядерный белок, необходимый для эмбриогенеза мышей , является членом семейства jumonji, который содержит ДНК-связывающий домен, известный как AT-богатый домен взаимодействия (ARID). ^[7]^[8]^[9]^[10] Исследования Jarid2 in vitro показывают, что ARID вместе с другими функциональными доменами участвует в связывании ДНК, ядерной локализации, транскрипции и т.д. репрессии ^[11] и рекрутирование поликомб-репрессивного комплекса 2 (PRC2). ^[12]^[13] Внутриклеточные механизмы, лежащие в основе этих взаимодействий, остаются в значительной степени неизвестными.

В поисках важных для развития генов Jarid2 ранее был идентифицирован с помощью технологии генных ловушек как важный фактор, необходимый для развития органов . ^[7]^[11]^[14] Во время органогенеза мышей Jarid2 участвует в формировании нервной трубки и развитии печени, селезенки, тимуса и сердечно-сосудистой системы. ^[15]^[16] Непрерывная экспрессия Jarid2 в тканях сердца подчеркивает его главенствующую роль в развитии как эмбрионального, так и взрослого сердца. ^[7] Мутантные модели эмбрионов Jarid2 демонстрируют тяжелые пороки развития сердца, дефекты межжелудочковой перегородки, некомпактность стенки желудочка и увеличение предсердий . ^[7] Обнаружено, что гомозиготные мутанты Jarid2 умирают вскоре после рождения. ^[7] Сообщалось, что сверхэкспрессия мышиного гена Jarid2 подавляет пролиферацию кардиомиоцитов за счет его тесного взаимодействия с белком ретинобластомы (Rb), главным регулятором клеточного цикла. ^[11]^[14]^[17] Ретинобластома-связывающий белок-2 и человеческий белок SMCX имеют общие области гомологии между мышами и людьми. ^[5]

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000008083 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038518 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б Берже-Лефранк Дж.Л., Джей П., Массакриер А., Кау П., Маттей М.Г., Бауэр С., Марсолье С., Берта П., Фонтес М. (февраль 1997 г.). «Характеристика гена дзюмондзи человека» . Хум Мол Жене . 5 (10): 1637–41. дои : 10.1093/hmg/5.10.1637 . ПМИД 8894700 .
^ «Ген Энтрез: JARID2 jumonji, AT-богатый интерактивный домен 2» .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Ким Т.Г., Краус Дж.К., Чен Дж., Ли Ю. (2004). «Дзюмондзи, критический фактор сердечного развития, действует как репрессор транскрипции» . Ж. Биол. Хим . 278 (43): 42247–55. дои : 10.1074/jbc.M307386200 . ПМИД 12890668 .
^ Мысливец М.Р., Ким Т.Г., Ли Ю. (2007). «Характеристика белка 496 цинковых пальцев, который взаимодействует с jumonji/jarid2» . Письма ФЭБС . 581 (14): 2633–40. doi : 10.1016/j.febslet.2007.05.006 . ПМК 2002548 . ПМИД 17521633 .
^ Такахаши М., Кодзима М., Накадзима К., Сузуки-Мигишима Р., Мотеги Ю., Ёкояма М., Такеучи, Т. (2004). «Нарушения сердечной деятельности вызывают раннюю гибель мышей-мутантов джумонджи». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 324 (4): 1319–23. дои : 10.1016/j.bbrc.2004.09.203 . ПМИД 15504358 .
^ Тойода М., Кодзима М., Такеучи Т. (2000). «Дзюмонджи — это ядерный белок, который участвует в негативной регуляции роста клеток». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 274 (2): 332–6. дои : 10.1006/bbrc.2000.3138 . ПМИД 10913339 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Классен С.С., Рабкин С.В. (2008). «Оксид азота индуцирует экспрессию генов белка jumonji и ретинобластомы 2, одновременно снижая экспрессию предсердного предшественника натрийуретического пептида типа B в кардиомиоцитах». Фолиа биологическая . 54 (2): 65–70. ПМИД 18498724 .
^ Пасини Д., Клоос П.А., Валфридссон Дж., Олссон Л., Буковски Дж.П., Йохансен Дж.В., Хелин К. (2010). «JARID2 регулирует связывание репрессивного комплекса 2 полисот с генами-мишенями в ES-клетках». Природа . 464 (7286): 306–10. Бибкод : 2010Natur.464..306P . дои : 10.1038/nature08788 . ПМИД 20075857 . S2CID 205219740 .
^ Сон Дж., Шен СС, Маргерон Р., Рейнберг Д. (2013). «Активность по связыванию нуклеосом внутри JARID2 и EZH1 регулирует функцию PRC2 на хроматине» . Гены и развитие . 27 (24): 2663–77. дои : 10.1101/gad.225888.113 . ПМЦ 3877756 . ПМИД 24352422 .
^ Jump up to: ^а ^б Юнг Дж., Мысливец М.Р., Ли Ю. (2005). «Роль Джумонджи в эмбриональном развитии мышей» . Динамика развития . 232 (1): 21–32. дои : 10.1002/dvdy.20204 . ПМИД 15580614 . S2CID 31338749 .
^ Мотояма Дж., Китадзима К., Кодзима М., Кондо С., Такеучи Т. (1997). «У мышей-мутантов джумонджи нарушен органогенез печени, тимуса и селезенки». Механизмы развития . 66 (1–2): 27–37. дои : 10.1016/s0925-4773(97)00082-8 . ПМИД 9376320 . S2CID 6531281 .
^ Такеучи Т., Ямадзаки Ю., Като-Фукуи Ю., Цучия Р., Кондо С., Мотояма Дж., Хигасинакагава Т. (1995). «Захват генной ловушкой нового мышиного гена джумонджи, необходимого для формирования нервной трубки» . Гены и развитие . 9 (10): 1211–22. дои : 10.1101/gad.9.10.1211 . ПМИД 7758946 .
^ Мысливец М.Р., Чен Дж., Пауэрс П.А., Бартли Ч.Р., Шнайдер М.Д., Ли Ю. (2000). «Генерация условного нулевого аллеля дзюмондзи» . Бытие . 44 (9): 407–11. дои : 10.1002/dvg.20221 . ПМК 2002517 . ПМИД 16900512 .

Дальнейшее чтение

Ли Ю, Сонг А.Дж., Бейкер Р. и др. (2000). «Дзюмонджи, ядерный белок, необходимый для нормального развития сердца» . Цирк. Рез . 86 (9): 932–8. дои : 10.1161/01.res.86.9.932 . ПМИД 10807864 .
Тойода М., Кодзима М., Такеучи Т. (2000). «Дзюмонджи — это ядерный белок, который участвует в негативной регуляции роста клеток». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 274 (2): 332–6. дои : 10.1006/bbrc.2000.3138 . ПМИД 10913339 .
Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
Мунгалл А.Дж., Палмер С.А., Симс С.К. и др. (2003). «Последовательность ДНК и анализ хромосомы 6 человека» . Природа . 425 (6960): 805–11. Бибкод : 2003Natur.425..805M . дои : 10.1038/nature02055 . ПМИД 14574404 .
Волчик К.А., Чжу Х., Финнелл Р.Х. и др. (2004). «Оценка гена джумонджи и риска развития расщелины позвоночника и врожденных пороков сердца». Являюсь. Дж. Мед. Жене. А. 126 (2): 215–7. дои : 10.1002/ajmg.a.20574 . ПМИД 15057990 . S2CID 221248186 .
Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта полноразмерной кДНК Национального института здравоохранения: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Рез . 14 (10Б): 2121–7. дои : 10.1101/гр.2596504 . ПМК 528928 . ПМИД 15489334 .
Ким Т.Г., Чен Дж., Садошима Дж., Ли Ю. (2005). «Джумонджи подавляет экспрессию генов предсердного натрийуретического фактора, ингибируя транскрипционную активность сердечных транскрипционных факторов» . Мол. Клетка. Биол . 24 (23): 10151–60. дои : 10.1128/MCB.24.23.10151-10160.2004 . ПМК 529025 . ПМИД 15542826 .
Педроса Э., Йе К., Нолан К.А. и др. (2007). «Положительная ассоциация шизофрении с геном JARID2». Являюсь. Дж. Мед. Жене. Б Нейропсихиатр. Жене . 144 (1): 45–51. дои : 10.1002/ajmg.b.30386 . ПМИД 16967465 . S2CID 25560999 .

Внешние ссылки

JARID2 + белок, + человек Национальной медицинской библиотеки США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000008083 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038518 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid8894700-5] Jump up to: ^а ^б Берже-Лефранк Дж.Л., Джей П., Массакриер А., Кау П., Маттей М.Г., Бауэр С., Марсолье С., Берта П., Фонтес М. (февраль 1997 г.). «Характеристика гена дзюмондзи человека» . Хум Мол Жене . 5 (10): 1637–41. дои : 10.1093/hmg/5.10.1637 . ПМИД 8894700 .

[entrez-6] «Ген Энтрез: JARID2 jumonji, AT-богатый интерактивный домен 2» .

[Kim-7] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Ким Т.Г., Краус Дж.К., Чен Дж., Ли Ю. (2004). «Дзюмондзи, критический фактор сердечного развития, действует как репрессор транскрипции» . Ж. Биол. Хим . 278 (43): 42247–55. дои : 10.1074/jbc.M307386200 . ПМИД 12890668 .

[Mysliwiec2-8] Мысливец М.Р., Ким Т.Г., Ли Ю. (2007). «Характеристика белка 496 цинковых пальцев, который взаимодействует с jumonji/jarid2» . Письма ФЭБС . 581 (14): 2633–40. doi : 10.1016/j.febslet.2007.05.006 . ПМК 2002548 . ПМИД 17521633 .

[Takahashi-9] Такахаши М., Кодзима М., Накадзима К., Сузуки-Мигишима Р., Мотеги Ю., Ёкояма М., Такеучи, Т. (2004). «Нарушения сердечной деятельности вызывают раннюю гибель мышей-мутантов джумонджи». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 324 (4): 1319–23. дои : 10.1016/j.bbrc.2004.09.203 . ПМИД 15504358 .

[Toyota-10] Тойода М., Кодзима М., Такеучи Т. (2000). «Дзюмонджи — это ядерный белок, который участвует в негативной регуляции роста клеток». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 274 (2): 332–6. дои : 10.1006/bbrc.2000.3138 . ПМИД 10913339 .

[Klassen-11] Jump up to: ^а ^б ^с Классен С.С., Рабкин С.В. (2008). «Оксид азота индуцирует экспрессию генов белка jumonji и ретинобластомы 2, одновременно снижая экспрессию предсердного предшественника натрийуретического пептида типа B в кардиомиоцитах». Фолиа биологическая . 54 (2): 65–70. ПМИД 18498724 .

[Pasini-12] Пасини Д., Клоос П.А., Валфридссон Дж., Олссон Л., Буковски Дж.П., Йохансен Дж.В., Хелин К. (2010). «JARID2 регулирует связывание репрессивного комплекса 2 полисот с генами-мишенями в ES-клетках». Природа . 464 (7286): 306–10. Бибкод : 2010Natur.464..306P . дои : 10.1038/nature08788 . ПМИД 20075857 . S2CID 205219740 .

[Son-13] Сон Дж., Шен СС, Маргерон Р., Рейнберг Д. (2013). «Активность по связыванию нуклеосом внутри JARID2 и EZH1 регулирует функцию PRC2 на хроматине» . Гены и развитие . 27 (24): 2663–77. дои : 10.1101/gad.225888.113 . ПМЦ 3877756 . ПМИД 24352422 .

[Jung-14] Jump up to: ^а ^б Юнг Дж., Мысливец М.Р., Ли Ю. (2005). «Роль Джумонджи в эмбриональном развитии мышей» . Динамика развития . 232 (1): 21–32. дои : 10.1002/dvdy.20204 . ПМИД 15580614 . S2CID 31338749 .

[Motoyama-15] Мотояма Дж., Китадзима К., Кодзима М., Кондо С., Такеучи Т. (1997). «У мышей-мутантов джумонджи нарушен органогенез печени, тимуса и селезенки». Механизмы развития . 66 (1–2): 27–37. дои : 10.1016/s0925-4773(97)00082-8 . ПМИД 9376320 . S2CID 6531281 .

[Takeuchi-16] Такеучи Т., Ямадзаки Ю., Като-Фукуи Ю., Цучия Р., Кондо С., Мотояма Дж., Хигасинакагава Т. (1995). «Захват генной ловушкой нового мышиного гена джумонджи, необходимого для формирования нервной трубки» . Гены и развитие . 9 (10): 1211–22. дои : 10.1101/gad.9.10.1211 . ПМИД 7758946 .

[Mysliwiec-17] Мысливец М.Р., Чен Дж., Пауэрс П.А., Бартли Ч.Р., Шнайдер М.Д., Ли Ю. (2000). «Генерация условного нулевого аллеля дзюмондзи» . Бытие . 44 (9): 407–11. дои : 10.1002/dvg.20221 . ПМК 2002517 . ПМИД 16900512 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

v т и Оксидоредуктазы : диоксигеназы , включая стероидные гидроксилазы ( EC 1.14)
1.14.11 : 2-оксоглутарат	Пролилгидроксилаза HIF-пролилгидроксилаза ЭГЛН1 ЭГЛН2 ЭГЛН3 P4HTM Лизилгидроксилаза АлкБ АЛКБХ1 ФТО
1.14.13 : НАДН или НАДФН.	Флавинсодержащая монооксигеназа ФМО1 ФМО2 ФМО3 ФМО4 ФМО5 Синтаза оксида азота НОС1 НОС2 НОС3 Холестерин 7 альфа-гидроксилаза Метанмонооксигеназа 3А4 14α-деметилаза 24-гидроксихолестерин-7α-гидроксилаза
1.14.14 : восстановленный флавин или флавопротеин	19А1 2D6 2Е1
1.14.15 : восстановленный железосерный белок	11Б1 11Б2 11А1
1.14.16 : восстановленный птеридин ( зависит от BH4 )	Фенилаланингидроксилаза Тирозингидроксилаза Триптофангидроксилаза
1.14.17 : восстановленный аскорбат	Дофамин-бета-гидроксилаза
14.1.18 - 19 : другое	Тирозиназа Стеароил-КоА-десатураза-1
14.1.99 - разное	Циклооксигеназа Гемоксигеназа ( HMOX1 ) Скваленмонооксигеназа 17А1 21А2 Экдизон-20-монооксигеназа Дезоксигипузинмонооксигеназа

v т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)