ХМГА1

ХМГА1
Доступные структуры ПДБ Поиск ортологов: PDBe RCSB showСписок идентификационных кодов PDB 2EZD, 2EZE, 2EZF, 2EZG
Идентификаторы
Псевдонимы	HMGA1 , HMG-R, HMGA1A, HMGIY, группа высокой мобильности AT-крючок 1
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 600701 ; МГИ : 96160 ; Гомологен : 128226 ; Генные карты : HMGA1 ; ОМА : HMGA1 — ортологи
showМестоположение гена ( человек ) Chr. Chromosome 6 (human) Band 6p21.31 Start 34,236,873 bp End 34,246,231 bp
showМестоположение гена ( Мышь ) Chr. Chromosome 17 (mouse) Band 17 A3.3|17 14.5 cM Start 27,775,471 bp End 27,782,648 bp
show экспрессии РНК Характер Bgee Human Mouse (ortholog) Top expressed in cartilage tissue embryo mucosa of pharynx ganglionic eminence skin of abdomen thymus mucosa of transverse colon skin of leg nipple appendix Top expressed in epiblast tail of embryo yolk sac genital tubercle embryo embryo secondary oocyte zygote lip ventricular zone More reference expression data BioGPS More reference expression data
showГенная онтология Molecular function retinoid X receptor binding retinoic acid receptor binding enzyme binding peroxisome proliferator activated receptor binding DNA binding DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific nuclear receptor coactivator activity protein binding chromatin binding DNA-binding transcription factor activity 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity transcription factor binding DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity cis-regulatory region sequence-specific DNA binding minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific transcription coactivator activity structural constituent of chromatin Cellular component nucleus nucleoplasm cytosol senescence-associated heterochromatin focus chromosome focal adhesion transcription regulator complex chromatin RNA polymerase II transcription regulator complex Biological process negative regulation of cell population proliferation oncogene-induced cell senescence establishment of integrated proviral latency nucleosome disassembly regulation of transcription, DNA-templated positive regulation of transcription, DNA-templated positive regulation of transcription by RNA polymerase II positive regulation of cellular senescence negative regulation of transcription, DNA-templated response to virus DNA unwinding involved in DNA replication transcription, DNA-templated transcription by RNA polymerase II nuclear transport viral process base-excision repair protein-containing complex assembly Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи Разновидность Человек Мышь Входить 3159 15361 Вместе ENSG00000137309 ENSMUSG00000046711 ЮниПрот P17096 P17095 RefSeq (мРНК) showНМ_002131 НМ_145899 НМ_145901 НМ_145902 НМ_145903 NM_145904 NM_145905 NM_001319077 NM_001319078 NM_001319079 NM_001319080 NM_001319081 NM_001319082 showНМ_001025427 НМ_001039356 НМ_001166535 НМ_001166536 НМ_001166537 NM_001166539 NM_001166540 NM_001166541 NM_001166542 NM_001166543 NM_001166544 NM_001166545 NM_001166546 NM_016660 RefSeq (белок) showНП_001306006 НП_001306007 НП_001306008 НП_001306009 НП_001306010 NP_001306011 NP_002122 NP_665906 NP_665908 NP_665909 NP_665910 NP_665912 showNP_001159948 NP_001159949 НП_001020598 НП_001034445 NP_001160007 NP_001160008 NP_001160009 NP_001160011 NP_001160012 NP_001160013 NP_001160014 NP_001160015 NP_001160016 NP_001160017 NP_001160018 NP_057869 Местоположение (UCSC) Chr 6: 34,24 – 34,25 Мб Чр 17: 27,78 – 27,78 Мб в PubMed Поиск
Викиданные
Просмотр/редактирование человека Просмотр/редактирование мыши

Белок группы высокой подвижности HMG-I/HMG-Y представляет собой белок , который у человека кодируется HMGA1 геном .

Функция

Этот ген кодирует негистоновый белок хроматина, участвующий во многих клеточных процессах, включая регуляцию индуцируемой транскрипции генов, репликации ДНК, организации гетерохроматина , интеграции ретровирусов в хромосомы и метастатического прогрессирования раковых клеток.

Белки HMGA1 представляют собой довольно маленькие (~ 10-12 кДа) базовые молекулы и состоят из трех AT-крючков RGRP (Arg-Gly-Arg-Pro) с основным мотивом , новым доменом перекрестной сшивки , расположенным между вторым и третьим АТ-крючок и С-концевой кислый хвост, характерные для семейства HMG, включающего белки HMGA, HMGB и HMGN.

Слитые белки HMGA1-GFP высоко динамичны in vivo (определяется с помощью анализа FRAP ), но, напротив, также демонстрируют наномолярное сродство к богатой АТ ДНК in vitro (определяется биохимически), что можно объяснить обширными посттранскрипционными модификациями in vivo. . HMGA1 преимущественно связывается с малой бороздкой богатых АТ областей в двухцепочечной ДНК с помощью своих АТ-крючков. В растворе он имеет небольшую вторичную структуру, но принимает различные конформации при связывании с такими субстратами, как ДНК или другие белки. Белки HMGA1 имеют большое количество разнообразных посттрансляционных модификаций и расположены главным образом в ядре, особенно в гетерохроматине, а также в митохондриях и цитоплазме.

Недавно было показано, что белки HMGA1, HMGA1a и HMGA1b, могут сшивать волокна ДНК in vitro и индуцировать кластеризацию хроматина in vivo, что указывает на структурную роль белков HMGA1 в организации гетерохроматина.

Для этого гена обнаружено по крайней мере семь вариантов транскрипта, кодирующих две разные изоформы (HMGA1a, HMGA1b). Вариант сплайсинга HMGA1c только с двумя AT-крючками и без кислотного хвоста обсуждается как настоящий член семейства HMGA.

Мыши, у которых отсутствует вариант HMGA1 , т.е. Hmga1-/- мыши , страдают диабетом , демонстрируют гипертрофию сердца и экспрессируют низкие уровни рецептора инсулина .

Взаимодействия

Было показано, что HMGA1 взаимодействует с CEBPB. и транскрипционный фактор Sp1 .

См. также

• ХМГА
• AT-крюк

Дальнейшее чтение

• Хуэй Х, Перфетти Р. (февраль 2002 г.). «Гомеобокс-1 поджелудочной железы двенадцатиперстной кишки регулирует развитие поджелудочной железы во время эмбриогенеза и функцию островковых клеток во взрослом возрасте» . Европейский журнал эндокринологии . 146 (2): 129–41. дои : 10.1530/eje.0.1460129 . ПМИД   11834421 .
• Ван Маеле Б., Дебизер З. (2005). «Интеграция ВИЧ-1: взаимодействие между интегразой ВИЧ-1, клеточными и вирусными белками». Обзоры по СПИДу . 7 (1): 26–43. ПМИД   15875659 .
• Ван Маэле Б., Бусшотс К., Вандекеркхове Л., Крист Ф., Дебисер З. (февраль 2006 г.). «Клеточные кофакторы интеграции ВИЧ-1» . Тенденции биохимических наук . 31 (2): 98–105. дои : 10.1016/j.tibs.2005.12.002 . ПМИД   16403635 .
• Ривз Р., Ниссен М.С. (май 1990 г.). «АТ-ДНК-связывающий домен хромосомных белков группы I млекопитающих с высокой подвижностью. Новый пептидный мотив для распознавания структуры ДНК» . Журнал биологической химии . 265 (15): 8573–82. дои : 10.1016/S0021-9258(19)38926-4 . ПМИД   1692833 .
• Ниссен М.С., Ланган Т.А., Ривз Р. (октябрь 1991 г.). «Фосфорилирование киназой cdc2 модулирует ДНК-связывающую активность негистонового белка хроматина группы I с высокой подвижностью» . Журнал биологической химии . 266 (30): 19945–52. дои : 10.1016/S0021-9258(18)54874-2 . ПМИД   1939057 .
• Экнер Р., Бирнстил М.Л. (август 1989 г.). «Клонирование кДНК, кодирующих белки HMG I и HMG Y человека: оба способны связываться с мотивом последовательности октамера» . Исследования нуклеиновых кислот . 17 (15): 5947–59. дои : 10.1093/нар/17.15.5947 . ПМК   318252 . ПМИД   2505228 .
• Джонсон К.Р., Лен Д.А., Ривз Р. (май 1989 г.). «Альтернативный процессинг мРНК, кодирующих хромосомные белки групп высокой подвижности млекопитающих HMG-I и HMG-Y» . Молекулярная и клеточная биология . 9 (5): 2114–23. дои : 10.1128/mcb.9.5.2114 . ПМК   363005 . ПМИД   2701943 .
• Палвимо Дж., Линнала-Канккунен А. (октябрь 1989 г.). «Идентификация участков хромосомного белка HMG-I, фосфорилированного казеинкиназой II» . Письма ФЭБС . 257 (1): 101–4. Бибкод : 1989FEBSL.257..101P . дои : 10.1016/0014-5793(89)81796-X . ПМИД   2806554 . S2CID   7960951 .
• Карлсон-младший, Мёрк Э., Холтлунд Дж., Лаланд С.Г., Лунд Т. (февраль 1989 г.). «Аминокислотная последовательность хромосомного белка HMG-Y, ее связь с HMG-I и возможные домены для преимущественного связывания белков с участками пар оснований AT». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 158 (3): 646–51. дои : 10.1016/0006-291X(89)92770-8 . ПМИД   2920035 .
• Лунд Т., Даль К.Х., Мёрк Э., Холтлунд Дж., Лаланд С.Г. (июль 1987 г.). «Хромосомный белок человека HMG I содержит две идентичные палиндромные аминокислотные последовательности». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 146 (2): 725–30. дои : 10.1016/0006-291X(87)90589-4 . ПМИД   3619901 .
• Леже Х., Сок Э., Реннер К., Граммт Ф., Вегнер М. (июль 1995 г.). «Функциональное взаимодействие между белком домена POU Tst-1/Oct-6 и белком группы высокой подвижности HMG-I/Y» . Молекулярная и клеточная биология . 15 (7): 3738–47. дои : 10.1128/mcb.15.7.3738 . ПМК   230612 . ПМИД   7791781 .
• Джон С., Ривз Р.Б., Лин Дж.К., Чайлд Р., Лейден Дж.М., Томпсон С.Б., Леонард У.Дж. (март 1995 г.). «Регуляция экспрессии гена альфа-цепи рецептора интерлейкина-2, специфичного для конкретного типа клеток: потенциальная роль физических взаимодействий между белками семейства Elf-1, HMG-I (Y) и NF-каппа B» . Молекулярная и клеточная биология . 15 (3): 1786–96. дои : 10.1128/mcb.15.3.1786 . ПМК   230403 . ПМИД   7862168 .
• Фарнет CM, Бушмен, федеральный округ (февраль 1997 г.). «Интеграция кДНК ВИЧ-1: потребность белка HMG I (Y) для функции преинтеграционных комплексов in vitro» . Клетка . 88 (4): 483–92. дои : 10.1016/S0092-8674(00)81888-7 . ПМИД   9038339 . S2CID   14476092 .
• Миллер, доктор медицинских наук, Фарнет CM, Бушман, федеральный округ (июль 1997 г.). «Преинтеграционные комплексы вируса иммунодефицита человека 1 типа: исследования организации и состава» . Журнал вирусологии . 71 (7): 5382–90. doi : 10.1128/JVI.71.7.5382-5390.1997 . ЧВК   191777 . ПМИД   9188609 .
• Хут-младший, Бьюли К.А., Ниссен М.С., Эванс Дж.Н., Ривз Р., Гроненборн А.М., Клор Г.М. (август 1997 г.). «Структура раствора комплекса HMG-I (Y)-ДНК определяет новый архитектурный мотив связывания малой бороздки». Структурная биология природы . 4 (8): 657–65. дои : 10.1038/nsb0897-657 . ПМИД   9253416 . S2CID   2183841 .
• Карри Р.А. (декабрь 1997 г.). «Функциональное взаимодействие между доменом тримеризации ДНК-связывающей субъединицы NF-Y и белком группы высокой подвижности HMG-I (Y)» . Журнал биологической химии . 272 (49): 30880–8. дои : 10.1074/jbc.272.49.30880 . ПМИД   9388234 .
• Чин М.Т., Пеллакани А., Ван Х., Лин С.С., Джайн М.К., Перрелла М.А., Ли М.Э. (апрель 1998 г.). «Усиление транскрипции, зависимой от фактора ответа сыворотки, и связывания ДНК с помощью архитектурного фактора транскрипции HMG-I (Y)» . Журнал биологической химии . 273 (16): 9755–60. дои : 10.1074/jbc.273.16.9755 . ПМИД   9545312 .
• Кьяппетта Дж., Таллини Дж., Де Биасио М.К., Манфиолетти Дж., Мартинес-Телло Ф.Дж., Пентималли Ф., де Нигрис Ф., Мастро А., Ботти Г., Феделе М., Бергер Н., Санторо М., Джанкотти В., Фуско А. (сентябрь 1998 г.). «Обнаружение белка HMGI (Y) группы I с высокой подвижностью при диагностике опухолей щитовидной железы: экспрессия HMGI (Y) представляет собой потенциальный диагностический индикатор карциномы». Исследования рака . 58 (18): 4193–8. ПМИД   9751634 .
• Фогель Б., Лёшбергер А., Зауэр М., Хок Р. (сентябрь 2011 г.). «Сшивание ДНК через HMGA1 предполагает наличие каркаса ДНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (16): 7124–33. дои : 10.1093/nar/gkr396 . ПМК   3167630 . ПМИД   21596776 .

Внешние ссылки

• HMGA1 + белок, + человек в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
• Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : P17096 (белок группы высокой подвижности HMG-I/HMG-Y) в PDBe-KB .

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .