PHF8

PHF8
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	4DO0, 3K3O, 2WWU, 3K3N, 3KV4,%%s2WWU, 3K3N, 3K3O, 3KV4, 4DO0
Идентификаторы
Псевдонимы	PHF8 , JHDM1F, MRXSSD, ZNF422, белок 8 пальца PHD, KDM7B
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 300560 ; МГИ : 2444341 ; Гомологен : 49405 ; Генные карты : PHF8 ; OMA : PHF8 – ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	X chromosome (human)
End	54,048,958 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	X chromosome (mouse)
End	150,416,855 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	right testis; ; sural nerve; ; left testis; ; testicle; ; tendon of biceps brachii; ; Achilles tendon; ; epithelium of colon; ; right lobe of liver; ; gonad; ; right uterine tube;
	Top expressed in
	zygote; ; primary oocyte; ; otic vesicle; ; saccule; ; blood; ; secondary oocyte; ; otic placode; ; Gonadal ridge; ; granulocyte; ; medial ganglionic eminence;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity; iron ion binding; histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity; histone H4-methyl-lysine-20 demethylase activity; chromatin binding; dioxygenase activity; metal ion binding; methylated histone binding; protein binding; histone H3-methyl-lysine-36 demethylase activity; oxidoreductase activity; histone H3-tri/di-methyl-lysine-27 demethylase activity; histone demethylase activity; zinc ion binding;
Cellular component	nuclear membrane; nucleoplasm; nucleolus; nucleus;
Biological process	regulation of transcription, DNA-templated; histone H3-K27 demethylation; histone H3-K9 demethylation; histone H4-K20 demethylation; transcription, DNA-templated; positive regulation of transcription, DNA-templated; brain development; negative regulation of ribosomal DNA heterochromatin assembly; histone H3-K36 demethylation; cell cycle; positive regulation of transcription by RNA polymerase I; G1/S transition of mitotic cell cycle; chromatin organization;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	23133
	320595
	ENSG00000172943
	ENSMUSG00000041229
	Q9UPP1
	Q80TJ7
	НМ_001184896 ; НМ_001184897 ; НМ_001184898 ; НМ_015107
	НМ_001113354 ; НМ_177201
	НП_001171825 ; НП_001171826 ; НП_001171827 ; НП_055922
	НП_001106825 ; НП_796175
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Белок 8 пальца PHD — это белок , который у человека кодируется PHF8 геном . ^[5]

Функция

PHF8 принадлежит к семейству двухвалентного железа и суперсемейству альфа-кетоглутарат-зависимых гидроксилаз . ^[6] и активен как лизиндеметилаза гистонов с селективностью в отношении ди- и монометильных состояний. ^[7] PHF8 индуцирует процесс, подобный ЕМТ (эпителиально-мезенхимальному переходу), путем активации ключевых факторов транскрипции ЕМТ SNAI1 и ZEB1.

Регуляция во время дифференциации

Было обнаружено, что экспрессия PHF8 увеличивается во время эндотелиальной дифференцировки и значительно снижается во время кардиальной дифференцировки эмбриональных стволовых клеток мыши. ^[8]

Клиническое значение

Сидериуса Мутации в PHF8 вызывают Х-сцепленную умственную отсталость (XLMR) ( OMIM : 300263 ). ^[9]^[10]^[11] Помимо умеренной умственной отсталости , особенности синдрома Сидериуса-Гамеля включают лицевой дисморфизм, расщелину губы и/или волчью пасть, а в некоторых случаях микроцефалию . ^[12]^[13]^[14] о хромосомной микроделеции Xp11.22, охватывающей все гены PHF8 и FAM120C , а также часть гена WNK3 Сообщалось , у двух братьев с расстройством аутистического спектра в дополнение к XLMR Сидериус-типа и расщелине губы и неба . ^[15]

Эта каталитическая активность нарушается клинически известными мутациями PHF8 , которые, как было обнаружено, группируются в его каталитическом домене JmjC. Мутация F279S PHF8, обнаруженная у двух финских братьев с легкой умственной отсталостью , дисморфизмом лица и расщелиной губы/неба . ^[14] Было обнаружено, что он дополнительно предотвращает ядерную локализацию PHF8, сверхэкспрессируемого в клетках человека. ^[7]

Каталитическая активность PHF8 зависит от молекулярного кислорода . ^[7] факт, который считается важным в связи с сообщениями об увеличении заболеваемости расщелиной губы/неба у мышей, которые подвергались гипоксии во время беременности . ^[16] У людей расщелина губы плода и другие врожденные аномалии также связаны с материнской гипоксией, вызванной, например, курением матери , ^[17] матерью злоупотребление алкоголем или лечение гипертонии у матери . ^[18]

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000172943 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000041229 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ген Энтрез: белок 8 пальца PHF8 PHD» .
^ Лоэнарц С., Шофилд С.Дж. (март 2008 г.). «Расширение химической биологии 2-оксоглутаратоксигеназ». Химическая биология природы . 4 (3): 152–6. дои : 10.1038/nchembio0308-152 . ПМИД 18277970 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Лоенарц С., Ге В., Коулман М.Л., Роуз Н.Р., Купер К.Д., Клозе Р.Дж. и др. (январь 2010 г.). «PHF8, ген, связанный с расщелиной губы/неба и умственной отсталостью, кодирует непсилон-диметиллизиндеметилазу» . Молекулярная генетика человека . 19 (2): 217–22. дои : 10.1093/hmg/ddp480 . ПМЦ 4673897 . ПМИД 19843542 .
^ Бекель Дж.Н., Дерлет А., Глейзер С.Ф., Лузак А., Лукас Т., Хоймюллер А.В. и др. (июль 2016 г.). «JMJD8 регулирует ангиогенное прорастание и клеточный метаболизм путем взаимодействия с пируваткиназой M2 в эндотелиальных клетках» . Атеросклероз, тромбоз и сосудистая биология . 36 (7): 1425–1433. дои : 10.1161/ATVBAHA.116.307695 . ПМИД 27199445 .
^ Сидериус Л.Е., Хамель Б.С., ван Боховен Х., де Ягер Ф., ван ден Хельм Б., Кремер Х. и др. (июль 1999 г.). «Х-сцепленная умственная отсталость, связанная с расщелиной губы/неба, соответствует Xp11.3-q21.3» . Американский журнал медицинской генетики . 85 (3): 216–20. doi : 10.1002/(SICI)1096-8628(19990730)85:3<216::AID-AJMG6>3.0.CO;2-X . ПМИД 10398231 .
^ «OMIM: Синдром умственной отсталости, сцепленный с Х-Сидериусом» . Проверено 21 октября 2009 г.
^ «OMIM: белок 8 пальцев PHD; PHF8» . Проверено 21 октября 2009 г.
^ Абиди Ф., Миано М., Мюррей Дж., Шварц К. (июль 2007 г.). «Новая мутация в гене PHF8 связана с Х-сцепленной умственной отсталостью с расщелиной губы и неба» . Клиническая генетика . 72 (1): 19–22. дои : 10.1111/j.1399-0004.2007.00817.x . ПМК 2570350 . ПМИД 17594395 .
^ Ломонье Ф., Хольберт С., Ронсе Н., Фаравелли Ф., Ленцнер С., Шварц К.Э. и др. (октябрь 2005 г.). «Мутации в PHF8 связаны с Х-сцепленной умственной отсталостью и расщелиной губы/волчьего неба» . Журнал медицинской генетики . 42 (10): 780–6. дои : 10.1136/jmg.2004.029439 . ПМЦ 1735927 . ПМИД 16199551 .
^ Jump up to: ^а ^б Койвисто А.М., Ала-Мелло С., Леммеля С., Кому Х.А., Раутио Дж., Ярвеля I (август 2007 г.). «Скрининг мутаций в гене PHF8 и идентификация новой мутации в финской семье с XLMR и расщелиной губы/неба». Клиническая генетика . 72 (2): 145–9. дои : 10.1111/j.1399-0004.2007.00836.x . ПМИД 17661819 . S2CID 23326755 .
^ Цяо Ю., Лю Х, Гарвард С., Хильдебранд М.Дж., Райкан-Сепарович Э., Холден Дж.Дж. и др. (август 2008 г.). «Семейная микроделеция Xp11.22, связанная с аутизмом». Клиническая генетика . 74 (2): 134–44. дои : 10.1111/j.1399-0004.2008.01028.x . ПМИД 18498374 . S2CID 22008997 .
^ Милликовский Дж., Джонстон MC (сентябрь 1981 г.). «Гипероксия и гипоксия во время беременности: простые экспериментальные манипуляции изменяют частоту расщелин губы и неба у мышей CL/Fr» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 78 (9): 5722–3. Бибкод : 1981PNAS...78.5722M . дои : 10.1073/pnas.78.9.5722 . ПМЦ 348841 . ПМИД 6946511 .
^ Ши М., Веби Г.Л., Мюррей Дж.К. (март 2008 г.). «Обзор генетических вариантов и курения матери в этиологии расщелины рта и других врожденных дефектов» . Исследование врожденных дефектов. Часть C, Эмбрион сегодня . 84 (1): 16–29. дои : 10.1002/bdrc.20117 . ПМК 2570345 . ПМИД 18383123 .
^ Херст Дж.А., Хоулстон Р.С., Робертс А., Гулд С.Дж., Тинги В.Г. (октябрь 1995 г.). «Поперечная недостаточность конечностей, расщелина лица и гипоксическое повреждение почек: связь с лечением материнской гипертонии?». Клиническая дисморфология . 4 (4): 359–63. дои : 10.1097/00019605-199510000-00013 . ПМИД 8574428 . S2CID 6330050 .

Внешние ссылки

PHF8 + белок, + человек Национальной медицинской библиотеки США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000172943 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000041229 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[entrez-5] «Ген Энтрез: белок 8 пальца PHF8 PHD» .

[6] Лоэнарц С., Шофилд С.Дж. (март 2008 г.). «Расширение химической биологии 2-оксоглутаратоксигеназ». Химическая биология природы . 4 (3): 152–6. дои : 10.1038/nchembio0308-152 . ПМИД 18277970 .

[PMID19843542-7] Jump up to: ^а ^б ^с Лоенарц С., Ге В., Коулман М.Л., Роуз Н.Р., Купер К.Д., Клозе Р.Дж. и др. (январь 2010 г.). «PHF8, ген, связанный с расщелиной губы/неба и умственной отсталостью, кодирует непсилон-диметиллизиндеметилазу» . Молекулярная генетика человека . 19 (2): 217–22. дои : 10.1093/hmg/ddp480 . ПМЦ 4673897 . ПМИД 19843542 .

[8] Бекель Дж.Н., Дерлет А., Глейзер С.Ф., Лузак А., Лукас Т., Хоймюллер А.В. и др. (июль 2016 г.). «JMJD8 регулирует ангиогенное прорастание и клеточный метаболизм путем взаимодействия с пируваткиназой M2 в эндотелиальных клетках» . Атеросклероз, тромбоз и сосудистая биология . 36 (7): 1425–1433. дои : 10.1161/ATVBAHA.116.307695 . ПМИД 27199445 .

[9] Сидериус Л.Е., Хамель Б.С., ван Боховен Х., де Ягер Ф., ван ден Хельм Б., Кремер Х. и др. (июль 1999 г.). «Х-сцепленная умственная отсталость, связанная с расщелиной губы/неба, соответствует Xp11.3-q21.3» . Американский журнал медицинской генетики . 85 (3): 216–20. doi : 10.1002/(SICI)1096-8628(19990730)85:3<216::AID-AJMG6>3.0.CO;2-X . ПМИД 10398231 .

[OMIM300263-10] «OMIM: Синдром умственной отсталости, сцепленный с Х-Сидериусом» . Проверено 21 октября 2009 г.

[OMIM300560-11] «OMIM: белок 8 пальцев PHD; PHF8» . Проверено 21 октября 2009 г.

[12] Абиди Ф., Миано М., Мюррей Дж., Шварц К. (июль 2007 г.). «Новая мутация в гене PHF8 связана с Х-сцепленной умственной отсталостью с расщелиной губы и неба» . Клиническая генетика . 72 (1): 19–22. дои : 10.1111/j.1399-0004.2007.00817.x . ПМК 2570350 . ПМИД 17594395 .

[13] Ломонье Ф., Хольберт С., Ронсе Н., Фаравелли Ф., Ленцнер С., Шварц К.Э. и др. (октябрь 2005 г.). «Мутации в PHF8 связаны с Х-сцепленной умственной отсталостью и расщелиной губы/волчьего неба» . Журнал медицинской генетики . 42 (10): 780–6. дои : 10.1136/jmg.2004.029439 . ПМЦ 1735927 . ПМИД 16199551 .

[PMID17661819-14] Jump up to: ^а ^б Койвисто А.М., Ала-Мелло С., Леммеля С., Кому Х.А., Раутио Дж., Ярвеля I (август 2007 г.). «Скрининг мутаций в гене PHF8 и идентификация новой мутации в финской семье с XLMR и расщелиной губы/неба». Клиническая генетика . 72 (2): 145–9. дои : 10.1111/j.1399-0004.2007.00836.x . ПМИД 17661819 . S2CID 23326755 .

[15] Цяо Ю., Лю Х, Гарвард С., Хильдебранд М.Дж., Райкан-Сепарович Э., Холден Дж.Дж. и др. (август 2008 г.). «Семейная микроделеция Xp11.22, связанная с аутизмом». Клиническая генетика . 74 (2): 134–44. дои : 10.1111/j.1399-0004.2008.01028.x . ПМИД 18498374 . S2CID 22008997 .

[16] Милликовский Дж., Джонстон MC (сентябрь 1981 г.). «Гипероксия и гипоксия во время беременности: простые экспериментальные манипуляции изменяют частоту расщелин губы и неба у мышей CL/Fr» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 78 (9): 5722–3. Бибкод : 1981PNAS...78.5722M . дои : 10.1073/pnas.78.9.5722 . ПМЦ 348841 . ПМИД 6946511 .

[17] Ши М., Веби Г.Л., Мюррей Дж.К. (март 2008 г.). «Обзор генетических вариантов и курения матери в этиологии расщелины рта и других врожденных дефектов» . Исследование врожденных дефектов. Часть C, Эмбрион сегодня . 84 (1): 16–29. дои : 10.1002/bdrc.20117 . ПМК 2570345 . ПМИД 18383123 .

[18] Херст Дж.А., Хоулстон Р.С., Робертс А., Гулд С.Дж., Тинги В.Г. (октябрь 1995 г.). «Поперечная недостаточность конечностей, расщелина лица и гипоксическое повреждение почек: связь с лечением материнской гипертонии?». Клиническая дисморфология . 4 (4): 359–63. дои : 10.1097/00019605-199510000-00013 . ПМИД 8574428 . S2CID 6330050 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

v т и Оксидоредуктазы : диоксигеназы , включая стероидные гидроксилазы ( EC 1.14)
1.14.11 : 2-оксоглутарат	Пролилгидроксилаза HIF-пролилгидроксилаза ЭГЛН1 ЭГЛН2 ЭГЛН3 P4HTM Лизилгидроксилаза АлкБ АЛКБХ1 ФТО
1.14.13 : НАДН или НАДФН.	Флавинсодержащая монооксигеназа ФМО1 ФМО2 ФМО3 ФМО4 ФМО5 Синтаза оксида азота НОС1 НОС2 НОС3 Холестерин 7 альфа-гидроксилаза Метанмонооксигеназа 3А4 14α-деметилаза 24-гидроксихолестерин-7α-гидроксилаза
1.14.14 : восстановленный флавин или флавопротеин	19А1 2D6 2Е1
1.14.15 : восстановленный железосерный белок	11Б1 11Б2 11А1
1.14.16 : восстановленный птеридин ( зависит от BH4 )	Фенилаланингидроксилаза Тирозингидроксилаза Триптофангидроксилаза
1.14.17 : восстановленный аскорбат	Дофамин-бета-гидроксилаза
14.1.18 - 19 : другое	Тирозиназа Стеароил-КоА-десатураза-1
14.1.99 - разное	Циклооксигеназа Гемоксигеназа ( HMOX1 ) Скваленмонооксигеназа 17А1 21А2 Экдизон-20-монооксигеназа Дезоксигипузинмонооксигеназа

v т и Ферменты
Активность	Активный сайт Связывающий сайт Каталитическая триада Оксианионная дырка Ферментная распущенность Фермент, ограниченный диффузией Кофактор Ферментативный катализ
Регулирование	Аллостерическая регуляция Кооперативность Ингибитор ферментов Активатор ферментов
Классификация	Номер ЕС Суперсемейство ферментов Семейство ферментов Список ферментов
Кинетика	Кинетика ферментов Диаграмма Иди – Хофсти Заговор Хейнса – Вульфа График Лайнуивера – Берка Кинетика Михаэлиса – Ментен
Типы	EC1 Оксидоредуктазы ( список ) EC2 Трансферазы ( список ) EC3 Гидролазы ( список ) EC4- лиазы ( список ) EC5 Изомеразы ( список ) EC6- лигазы ( список ) EC7 Транслоказы ( список )