SOX4

SOX4
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	3U2B
Идентификаторы
Псевдонимы	SOX4 , EVI16, SRY-бокс 4, фактор транскрипции SRY-бокс 4, CSS10
Внешние идентификаторы	Опустить : 184430 ; МГИ : 98366 ; Гомологен : 2338 ; Генные карты : SOX4 ; OMA : SOX4 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 6 (human)
End	21,598,619 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 13 (mouse)
End	29,137,696 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	ganglionic eminence; ; ventricular zone; ; tendon of biceps brachii; ; corpus epididymis; ; beta cell; ; visceral pleura; ; lactiferous duct; ; caput epididymis; ; tibia; ; thymus;
	Top expressed in
	medial ganglionic eminence; ; Rostral migratory stream; ; vas deferens; ; human fetus; ; Gonadal ridge; ; abdominal wall; ; mandibular prominence; ; maxillary prominence; ; superior cervical ganglion; ; left lung lobe;
	More reference expression data
	; ; ; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	DNA binding; transcription coactivator activity; DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific; transcription cis-regulatory region binding; core promoter sequence-specific DNA binding; protein binding; protein heterodimerization activity; DNA-binding transcription factor activity; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding;
Cellular component	cytoplasm; nucleoplasm; mitochondrion; nucleus;
Biological process	skeletal system development; noradrenergic neuron differentiation; DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest; cardiac ventricle formation; glial cell development; regulation of transcription, DNA-templated; limb bud formation; regulation of protein stability; sympathetic nervous system development; somatic stem cell population maintenance; glucose homeostasis; positive regulation of canonical Wnt signaling pathway; ventricular septum morphogenesis; protein stabilization; ascending aorta morphogenesis; negative regulation of cell death; mitral valve morphogenesis; positive regulation of translation; transcription, DNA-templated; neuroepithelial cell differentiation; positive regulation of transcription, DNA-templated; positive regulation of Wnt signaling pathway; negative regulation of protein ubiquitination; heart development; pro-B cell differentiation; atrial septum primum morphogenesis; T cell differentiation; kidney morphogenesis; positive regulation of cell population proliferation; spinal cord development; positive regulation of apoptotic process; glial cell proliferation; canonical Wnt signaling pathway; positive regulation of N-terminal peptidyl-lysine acetylation; spinal cord motor neuron differentiation; cardiac right ventricle morphogenesis; neural tube formation; cellular response to glucose stimulus; endocrine pancreas development; negative regulation of cell population proliferation; positive regulation of insulin secretion; positive regulation of transcription by RNA polymerase II; transcription by RNA polymerase II; cell differentiation;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	6659
	20677
	ENSG00000124766
	ENSMUSG00000076431
	Q06945
	Q06831
	НМ_003107
	НМ_009238
	НП_003098
	НП_033264
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Транскрипционный фактор SOX-4 представляет собой белок , который у человека кодируется SOX4 геном . ^[5]^[6]^[7]

Функция

Этот безинтронный ген кодирует члена семейства транскрипционных факторов SOX (SRY-родственный HMG-box), участвующих в регуляции эмбрионального развития и определении судьбы клеток. Кодируемый белок может действовать как регулятор транскрипции после образования белкового комплекса с другими белками, такими как синдекан-связывающий белок (синтенин). Белок может функционировать в пути апоптоза, приводящем к гибели клеток, а также к онкогенезу, и может опосредовать последующие эффекты паратироидного гормона (ПТГ) и связанного с ПТГ белка (ПТГрП) на развитие костей. Была решена структура решения для HMG-бокса аналогичного мышиного белка. ^[7]

Sox4 экспрессируется в лимфоцитах (B и T) и необходим для развития B-лимфоцитов. ^[8]

Клиническое значение

Геномная область, близкая к гену SOX4, связана с развитием рака эндометрия. ^[9]^[10]

Взаимодействия

Было показано, что SOX4 взаимодействует с SDCBP . ^[11]

См. также

Семейство генов SOX

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000124766 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000076431 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Фарр Си-Джей, Исти-ди-джей, Рагуссис Дж., Коллиньон Дж., Ловелл-Бэдж Р., Гудфеллоу П.Н. (январь 1994 г.). «Характеристика и картирование человеческого гена SOX4». Геном млекопитающих . 4 (10): 577–84. дои : 10.1007/BF00361388 . PMID 8268656 . S2CID 12096721 .
^ Кричер Р., Ститсон Р.Н., Уэйд-Мартинс Р., Исти DJ, Фарр СиДжей (октябрь 1998 г.). «Присвоение Sox4 полосам A3-A5 хромосомы 13 мыши путем флуоресцентной гибридизации in situ; уточнение местоположения SOX4 человека до 6p22.3 и SOX20 до хромосомы 17p12.3». Цитогенетика и клеточная генетика . 81 (3–4): 294–5. doi : 10.1159/000015052 (неактивен 25 июля 2024 г.). ПМИД 9730625 . S2CID 46849443 . {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на июль 2024 г. ( ссылка )
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтреза: SOX4 SRY (область Y, определяющая пол)-бокс 4» .
^ Смит Э., Сигвардссон М. (июнь 2004 г.). «Роль факторов транскрипции в детерминации, развитии и трансформации B-лимфоцитов». Журнал биологии лейкоцитов . 75 (6): 973–81. дои : 10.1189/jlb.1103554 . ПМИД 14982952 . S2CID 6805071 .
^ О'Мара Т.А., Глабб Д.М., Амант Ф., Аннибали Д., Эштон К., Аттиа Дж., Ауэр П.Л., Бекманн М.В. и др. (август 2018 г.). «Идентификация девяти новых локусов предрасположенности к раку эндометрия» . Природные коммуникации . 9 (1): 3166. Бибкод : 2018NatCo...9.3166O . дои : 10.1038/s41467-018-05427-7 . ПМК 6085317 . ПМИД 30093612 .
^ Чен ММ, О'Мара Т.А., Томпсон Д.Д., Пейнтер Дж.Н., Аттиа Дж., Блэк А. и др. (июнь 2016 г.). «Метаанализ GWAS с участием 16 852 женщин выявил новый локус предрасположенности к раку эндометрия» . Молекулярная генетика человека . 25 (12): 2612–2620. дои : 10.1093/hmg/ddw092 . ПМК 5868213 . ПМИД 27008869 .
^ Гейсен Н., Уингс И.Дж., Палс К., Армстронг Дж., Маккиннон М., Рааймейкерс Дж.А., Ламмерс Дж.В., Кундерман Л., Коффер П.Дж. (август 2001 г.). «Цитокин-специфическая регуляция транскрипции посредством белка, взаимодействующего с IL-5Ralpha». Наука . 293 (5532): 1136–8. дои : 10.1126/science.1059157 . ПМИД 11498591 . S2CID 28003281 .

Дальнейшее чтение

Камачи Ю., Утикава М., Кондо Х. (апрель 2000 г.). «Сопряжение SOX: с партнерами в регуляции эмбрионального развития». Тенденции в генетике . 16 (4): 182–7. дои : 10.1016/S0168-9525(99)01955-1 . ПМИД 10729834 .
Боулз Дж., Шеперс Г., Купман П. (ноябрь 2000 г.). «Филогения семейства SOX факторов транскрипции развития на основе последовательностей и структурных показателей» . Биология развития . 227 (2): 239–55. дои : 10.1006/dbio.2000.9883 . ПМИД 11071752 .
Уилсон М., Купман П. (август 2002 г.). «Соответствие SOX: партнерские белки и кофакторы семейства регуляторов транскрипции SOX». Текущее мнение в области генетики и развития . 12 (4): 441–6. дои : 10.1016/S0959-437X(02)00323-4 . ПМИД 12100890 .
Шеперс Г.Е., Тисдейл Р.Д., Купман П. (август 2002 г.). «Двадцать пар sox: степень, гомология и номенклатура семейств генов транскрипционных факторов sox мыши и человека» . Развивающая клетка . 3 (2): 167–70. дои : 10.1016/S1534-5807(02)00223-X . ПМИД 12194848 .
Денни П., Свифт С., Брэнд Н., Дабхаде Н., Бартон П., Эшворт А. (июнь 1992 г.). «Консервативное семейство генов, связанных с геном, определяющим семенники, SRY» . Исследования нуклеиновых кислот . 20 (11): 2887. doi : 10.1093/nar/20.11.2887 . ПМЦ 336939 . ПМИД 1614875 .
Уоттон Д., Лейк Р.А., Фарр СиДжей, Оуэн М.Дж. (март 1995 г.). «Фактор транскрипции группы с высокой подвижностью, SOX4, трансактивирует энхансер CD2 человека» . Журнал биологической химии . 270 (13): 7515–22. дои : 10.1074/jbc.270.13.7515 . ПМИД 7706298 .
ван де Ветеринг М., Остервегель М., ван Норрен К., Клеверс Х. (октябрь 1993 г.). «Sox-4, Sry-подобный белок HMG-бокса, является активатором транскрипции в лимфоцитах» . Журнал ЭМБО . 12 (10): 3847–54. дои : 10.1002/j.1460-2075.1993.tb06063.x . ПМК 413668 . ПМИД 8404853 .
ван Хаут Л.П., Чуприна В.П., ван дер Ветеринг М., Боеленс Р., Каптейн Р., Клеверс Х. (декабрь 1995 г.). «Структура раствора специфичного для последовательности HMG-бокса активатора транскрипции лимфоцитов Sox-4» . Журнал биологической химии . 270 (51): 30516–24. дои : 10.1074/jbc.270.51.30516 . ПМИД 8530483 .
Ан С.Г., Чо Г.Х., Чон С.И., Рим Х., Чой Дж.Ю., Ким И.К. (июнь 1999 г.). «Идентификация кДНК Sox-4, белка HMG-Box и нового человеческого гомолога дрожжевого фактора сплайсинга SSF-1, дифференциально регулируемого во время апоптоза, индуцированного простагландином A2/delta12-PGJ2 в клетках Hep3B». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 260 (1): 216–21. дои : 10.1006/bbrc.1999.0856 . ПМИД 10381369 .
ван Бист М., Дойес Д., ван Де Ветеринг М., Кьерульф С., Бонвин А., Нильсен О., Клеверс Х. (сентябрь 2000 г.). «Специфические для последовательности факторы группового бокса с высокой подвижностью распознают мотивы малых бороздок из 10-12 пар оснований» . Журнал биологической химии . 275 (35): 27266–73. дои : 10.1074/jbc.M004102200 . ПМИД 10867006 .
Реппе С., Риан Э., Емтланд Р., Олстад ОК, Гаутвик В.Т., Гаутвик К.М. (декабрь 2000 г.). «Информационная РНК Sox-4 экспрессируется в пластинке эмбрионального роста и регулируется через рецептор паратиреоидного гормона/белка, связанного с паратиреоидным гормоном, в остеобластоподобных клетках». Журнал исследований костей и минералов . 15 (12): 2402–12. дои : 10.1359/jbmr.2000.15.12.2402 . ПМИД 11127205 . S2CID 2013715 .
Гейсен Н., Уингс И.Дж., Палс К., Армстронг Дж., Маккиннон М., Рааймейкерс Дж.А., Ламмерс Дж.В., Кундерман Л., Коффер П.Дж. (август 2001 г.). «Цитокин-специфическая регуляция транскрипции посредством белка, взаимодействующего с IL-5Ralpha». Наука . 293 (5532): 1136–8. дои : 10.1126/science.1059157 . ПМИД 11498591 . S2CID 28003281 .
Ли Си-Джей, Эпплби Виджей, Орм А.Т., Чан В.И., Скоттинг П.Дж. (май 2002 г.). «Дифференциальная экспрессия SOX4 и SOX11 при медуллобластоме». Журнал нейроонкологии . 57 (3): 201–14. дои : 10.1023/A:1015773818302 . ПМИД 12125983 . S2CID 20719302 .
Ан С.Г., Ким Х.С., Чон С.В., Ким Б.Е., Рим Х., Шим Дж.И., Ким Дж.В., Ли Дж.Х., Ким И.К. (июль 2002 г.). «Sox-4 является положительным регулятором апоптоза клеток Hep3B и HepG2, индуцированного простагландином (PG)A(2) и дельта(12)-PGJ(2)» . Экспериментальная и молекулярная медицина . 34 (3): 243–9. дои : 10.1038/эмм.2002.34 . ПМИД 12216117 .

Внешние ссылки

SOX4 + белок, + человек Национальной медицинской библиотеки США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .

Эта статья о гене на й хромосоме человека незавершена 6 - . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000124766 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000076431 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid8268656-5] Фарр Си-Джей, Исти-ди-джей, Рагуссис Дж., Коллиньон Дж., Ловелл-Бэдж Р., Гудфеллоу П.Н. (январь 1994 г.). «Характеристика и картирование человеческого гена SOX4». Геном млекопитающих . 4 (10): 577–84. дои : 10.1007/BF00361388 . PMID 8268656 . S2CID 12096721 .

[pmid9730625-6] Кричер Р., Ститсон Р.Н., Уэйд-Мартинс Р., Исти DJ, Фарр СиДжей (октябрь 1998 г.). «Присвоение Sox4 полосам A3-A5 хромосомы 13 мыши путем флуоресцентной гибридизации in situ; уточнение местоположения SOX4 человека до 6p22.3 и SOX20 до хромосомы 17p12.3». Цитогенетика и клеточная генетика . 81 (3–4): 294–5. doi : 10.1159/000015052 (неактивен 25 июля 2024 г.). ПМИД 9730625 . S2CID 46849443 . {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на июль 2024 г. ( ссылка )

[entrez-7] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтреза: SOX4 SRY (область Y, определяющая пол)-бокс 4» .

[pmid14982952-8] Смит Э., Сигвардссон М. (июнь 2004 г.). «Роль факторов транскрипции в детерминации, развитии и трансформации B-лимфоцитов». Журнал биологии лейкоцитов . 75 (6): 973–81. дои : 10.1189/jlb.1103554 . ПМИД 14982952 . S2CID 6805071 .

[9] О'Мара Т.А., Глабб Д.М., Амант Ф., Аннибали Д., Эштон К., Аттиа Дж., Ауэр П.Л., Бекманн М.В. и др. (август 2018 г.). «Идентификация девяти новых локусов предрасположенности к раку эндометрия» . Природные коммуникации . 9 (1): 3166. Бибкод : 2018NatCo...9.3166O . дои : 10.1038/s41467-018-05427-7 . ПМК 6085317 . ПМИД 30093612 .

[10] Чен ММ, О'Мара Т.А., Томпсон Д.Д., Пейнтер Дж.Н., Аттиа Дж., Блэк А. и др. (июнь 2016 г.). «Метаанализ GWAS с участием 16 852 женщин выявил новый локус предрасположенности к раку эндометрия» . Молекулярная генетика человека . 25 (12): 2612–2620. дои : 10.1093/hmg/ddw092 . ПМК 5868213 . ПМИД 27008869 .

[pmid11498591-11] Гейсен Н., Уингс И.Дж., Палс К., Армстронг Дж., Маккиннон М., Рааймейкерс Дж.А., Ламмерс Дж.В., Кундерман Л., Коффер П.Дж. (август 2001 г.). «Цитокин-специфическая регуляция транскрипции посредством белка, взаимодействующего с IL-5Ralpha». Наука . 293 (5532): 1136–8. дои : 10.1126/science.1059157 . ПМИД 11498591 . S2CID 28003281 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]