D-аланин — D-аланинлигаза
| D-аланин — D-аланинлигаза | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Номер ЕС. | 6.3.2.4 | ||
| Номер CAS. | 9023-63-6 | ||
| Базы данных | |||
| ИнтЭнк | вид IntEnz | ||
| БРЕНДА | БРЕНДА запись | ||
| Экспаси | Просмотр NiceZyme | ||
| КЕГГ | КЕГГ запись | ||
| МетаЦик | метаболический путь | ||
| ПРЯМОЙ | профиль | ||
| PDB Структуры | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||
| Генная онтология | АмиГО / QuickGO | ||
| |||
| D-ala D-ala лигазы N-конец | |||
|---|---|---|---|
 комплекс y216f d-ala:d-ala лигазы с адп и фосфорилфосфинатом | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | Dala_Dala_lig_N | ||
| Пфам | PF01820 | ||
| ИнтерПро | ИПР011127 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 2длн / СКОПе / СУПФАМ | ||
| |||
| С-конец D-ала D-ала-лигазы | |||
|---|---|---|---|
комплекс y216f d-ala:d-ala лигазы с адп и фосфорилфосфинатом | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | Дала_Dala_lig_C | ||
| Пфам | PF07478 | ||
| Пфам Клан | CL0179 | ||
| ИнтерПро | ИПР011095 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 2длн / СКОПе / СУПФАМ | ||
| |||
В энзимологии D -аланин—D-аланинлигаза ( EC 6.3.2.4 ) — фермент химическую , катализирующий реакцию .
- АТФ + 2 D-аланин АДФ + фосфат + D-аланил-D-аланин
Таким образом, двумя субстратами этого фермента являются АТФ и D-аланин , а тремя его продуктами являются АДФ , фосфат и D-аланил-D-аланин .
Этот фермент принадлежит к семейству лигаз , в частности тех, которые образуют связи углерод-азот в виде лигаз кислота-D-аминокислота (пептидсинтазы). Систематическое название этого класса ферментов — D-аланин:D-аланинлигаза (АДФ-образующая) . Другие широко используемые названия включают аланин:аланинлигазу (АДФ-образующую) и аланилаланинсинтетазу . Этот фермент участвует в метаболизме d-аланина и биосинтезе пептидогликана . фосфинат и D-циклосерин Известно, что ингибируют этот фермент .
Считается, что N-концевая область D-аланин-D-аланин-лигазы участвует в субстрата связывании , тогда как С-конец считается каталитическим доменом. [ 1 ]
Структурные исследования
[ редактировать ]По состоянию на конец 2007 года 8 структур для этого класса ферментов было решено PDB с кодами доступа 1EHI , 1IOV , 1IOW , 2DLN , 2FB9 , 2I80 , 2I87 и 2I8C .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Ропер Д.И., Хайтон Т., Вагин А., Додсон Г. (август 2000 г.). «Молекулярная основа устойчивости к ванкомицину у клинически значимых энтерококков: кристаллическая структура D-аланил-D-лактатлигазы (VanA)» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 97 (16): 8921–5. Бибкод : 2000PNAS...97.8921R . дои : 10.1073/pnas.150116497 . ПМК 16797 . ПМИД 10908650 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Ито, Э; Строминджер Дж. Л. (1962). «Ферментативный синтез пептида в бактериальных уридиннуклеотидах II. Ферментативный синтез и присоединение D-аланил-D-аланина» . Ж. Биол. Хим . 237 : 2696–2703. дои : 10.1016/S0021-9258(19)73809-5 .
- Нойхаус ФК (1962). «Кинетические исследования D-Ala-D-Ala-синтетазы». Фед. Проц . 21 : 229.
- ван Хейеноорт Дж (2001). «Последние достижения в образовании мономерной единицы бактериального пептидогликана». Нат. Прод. Представитель . 18 (5): 503–19. дои : 10.1039/a804532a . ПМИД 11699883 .
