Ретровирусная аспартилпротеаза
| Ретровирусная аспартилпротеаза | |||
|---|---|---|---|
 протеазы ВИЧ-1 Димер выделен белым и серым цветом, пептидный субстрат показан черным, а активного центра боковые цепи аспартата показаны красным. ( PDB : 1KJF ) | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | РВП | ||
| Пфам | PF00077 | ||
| ИнтерПро | ИПР001995 | ||
| PROSITE | PDOC00128 | ||
| МЕРОПС | А2 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1ida / SCOPe / СУПФАМ | ||
| Суперсемейство OPM | 100 | ||
| белок OPM | 2q63 | ||
| Мембраном | 532 | ||
| |||
Ретровирусные аспартилпротеазы или ретропепсины представляют собой однодоменные аспартилпротеазы ретровирусов баднавирусов , ретротранспозонов и растений ) (вирусов дцДНК . Эти протеазы обычно являются частью более крупного pol или gag полипротеина . Ретровирусные протеазы гомологичны одному домену двухдоменных эукариотических аспартилпротеаз, таких как пепсины , катепсины и ренины ( Pfam PF00026 ; MEROPS A1). Ретропепсины являются членами MEROPS A2, клана АА. Все известные члены являются эндопептидазами .
Фермент активен только в виде гомодимера , поскольку каждый из них соответствует половине эукариотического двухдольного фермента. Каждая из двух частей содержит один каталитический остаток аспартила. [ 1 ]
Ретровирусная аспартилпротеаза синтезируется как часть полипротеина pol, который содержит аспартилпротеазу , обратную транскриптазу , РНКазу H и интегразу . Полипротеин pol подвергается специфическому ферментативному расщеплению с образованием зрелых белков.
Не все ретровирусные аспартилпротеазы, образующиеся из pol, являются ретропепсинами в строгом смысле этого слова. Спумапепсин из пенистого вируса достаточно расходится, чтобы образовать собственное семейство MEROPS A9. Множество других примеров можно найти в клане АА.
Белки человека, содержащие этот домен
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Петтит С.К., Эверитт Л.Е., Чоудхури С., Данн Б.М., Каплан А.Х. (август 2004 г.). «Первоначальное расщепление предшественника GagPol вируса иммунодефицита человека типа 1 его активированной протеазой происходит по внутримолекулярному механизму» . Журнал вирусологии . 78 (16): 8477–85. doi : 10.1128/JVI.78.16.8477-8485.2004 . ПМК 479095 . ПМИД 15280456 .
