Центр прикладной геномики
![]() | |
Тип компании | Центр генома |
---|---|
Основан | 1998 |
Штаб -квартира | , Канада |
Район обслуживается | Биомедицинские исследования |
Ключевые люди | Стивен У. Шерер , научный директор |
Услуги | Эксперименты, консультация проекта, анализ данных, биоинформатика |
Количество сотрудников | 70 |
Родительский | Больница для больных детей |
Веб -сайт | http://www.tcag.ca/ |
Центр прикладной геномики является центром генома в исследовательском институте больницы для больных детей и связан с Университетом Торонто . TCAG также работает как научный и технологический центр инноваций в Геноме Канады , [ 1 ] С акцентом на секвенирование следующего поколения (NGS) и поддержку биоинформатики . Исследования в TCAG фокусируются на генетической и геномной основе изменчивости человека, здоровья и заболевания, включая исследования генетики расстройства аутистического спектра и структурного изменения генома человека . Центр расположен в Центре исследований и обучения Питера Гилгана в центре Торонто , Канада.
История
[ редактировать ]Потребность в централизованном основном учреждении для исследований генома человека в больнице Sickkids побудила создать Центр прикладной геномики (TCAG) в 1998 году. [ Цитация необходима ] Директором -основателем и заместителем директора были докторами. LAP-CHEE TSUI и Стивен В. Шерер , соответственно. Шерер теперь является научным директором.

Финансирование от Канадского фонда инноваций (CFI) позволило обратиться TCAG путем консолидации существующих основных учреждений, включая Медицинский исследовательский совет Канадского ресурсного учреждения генома, CANDN Genetic Setuestes крупного ядра клонов (CGDN), ядро CGDN Sequencing DNA и The The Sickkids Biotechnology Service ДНК секвенирование и синтез лаборатории. в области микросателлитов микросателлитов Была добавлена лаборатория генотипирования в Институте исследований здоровья Оттавы , возглавляемой Деннисом Булманом. Впоследствии оперативное финансирование от панели специальных проектов CIHR Genomics предоставило дополнительного персонала.
В 2001 году предложение под названием «Основная платформа Genome Resource» было представлено в тогдашний недавно сформированный Genome Canada . Это обеспечило оперативную поддержку, улучшение существующих объектов и добавление ядра генотипирования мыши в Университете Торонто, возглавляемой Люси Осборн. [ Цитация необходима ] В 2002 году Sickkids построила новое Affymetrix средство для микрочипов . Это ядро быстро стало крупнейшим таким сервисным центром в Канаде и находится в первой десятке в Северной Америке. [ 2 ]
В 2004 году TCAG вступил во вторую фазу разработки, основанную на 12 миллионов долларов США финансируемым в размере проекте, финансируемого инновационным траст, , под названием «Интегративная геномика для исследований в области здравоохранения», [ 3 ] разрешение консолидации ядра генотипирования мыши с учреждениями SickKids. Эта награда также поддержала создание «хранилища геномики населения Онтарио» (OPGP), которое будет использоваться в качестве контроля в исследованиях общих заболеваний. Чтобы эффективно завершить этот проект, TCAG сотрудничал с группой Джона Маклафлина в больнице Маунт Синай (Торонто) .
В мае 2004 года заявление в недавно объявленное Фонд исследовательских больниц CFI привела к награду в размере 10,9 млн. Долл. США на создание лабораторного пространства и объединить все операции на 14 -м и 15 -м этажах Медицинской башни Торонто (TMDT) в районе Discovery Mars Discovery Полем TCAG был первым пассажиром TMDT (в августе 2005 года), за которым последовали другие ученые -убийцы. Инвестиции в компьютерную инфраструктуру из инновационного фонда CFI / Ontario Innovation Trust привел к созданию новых этапов высокопроизводительного вычислительного кластера (HPF), который в настоящее время используется TCAG и многими другими пользователями, чтобы позволить анализировать большие геномных наборы Новые технологии микрочипов и секвенирования . Дальнейшие усовершенствования инфраструктуры TCAG были поддержаны грантом на продление в размере 10,7 млн. Долл. США от конкурса FFI ведущего фонда под названием «Интегративная геномика для исследований в области здравоохранения - этап II», присуждаемый в июне 2009 года. [ 4 ] Совсем недавно грант CFI под названием «Центр прикладной геномики: педиатрические геномы для результатов» обеспечил дополнительную поддержку инфраструктуры. [ 5 ] В октябре 2013 года TCAG переехал в Центр исследований и обучения Питера Гилгана, новое строительство Научно -исследовательского института Sickkids. [ 6 ]
TCAG в значительной степени работает в области научных и технологических инноваций (Stic) из Genome Canada , управляемых Институтом геномики Онтарио .
Исследовать
[ редактировать ]Текущие исследования в TCAG центры вокруг крупномасштабных проектов, выполняемых персоналом учреждения, включая поддержку проектов Genome Canada , и значительное внимание к генетике расстройств аутистического спектра и структурных вариаций генома человека . Сервисные работы также выполняются для более чем 600 других академических, частных и правительственных лабораторий каждый год, привлеченные из 30 различных стран и охватывают широкий спектр дисциплин исследований. [ 7 ]
Прошлые исследования в TCAG отражены многочисленными рецензируемыми научными публикациями. В 2008 году научные директора TCAG, ассоциированные ученые и сотрудники были соавтором 58 рецензируемых рукописей, зависимых от инфраструктуры платформы, как в PubMed . [ 8 ] С 2002 года было опубликовано более 270 таких работ. [ 9 ] Поддержка других исследователей по всему миру встречается во многих подобных публикациях, в которых по меньшей мере 145 статей в научных журналах, главных главах или диссертации выпускников, подтверждающих поддержку или использование ресурсов базы данных только в течение 2008 года. [ 10 ]
Исторические документы включают в себя:
- Открытие генов, участвующих в предрасположенности к медуллобластоме (Майкл Тейлор и Джеймс Рутка с поддержкой TCAG) [ 11 ]
- Идентификация гена при синдроме Швахман-Диамонд (с Джоанной Ромменс и другими) [ 12 ]
- Идентификация генов в эпилепсии Лафоры (с Берг Минассиан) [ 13 ] и его собачий коллега [ 14 ]
- связанная с заболеванием, Изоформа MECP2, участвует в синдроме RETT [ 15 ]
- Участие гена SUMO4 в диабете I типа [ 16 ]
- Серьезная задержка выразительного языка, связанная с дублированием Уильямса-Гурена локуса [ 17 ]
TCAG также был неотъемлемой частью публикаций, описывающих декодирование хромосомы человека 7 , [ 18 ] обнаружение крупномасштабного изменения числа копий в человеческом геноме , [ 19 ] [ 20 ] и анализ первой диплоидной последовательности генома человека (с Институтом Дж. Крейга Вентера ). [ 21 ]
Genome Canada Projects
[ редактировать ]В качестве научного и технологического инновационного центра Genome Canada , TCAG в настоящее время поддерживает многочисленные крупномасштабные проекты, включая исследования расстройств аутистического спектра , структурные различия генома человека , интегративную биологию, условное мутагенез мыши, взаимодействие сигнальных молекул, диабет типа , I. Раковые стволовые клетки , муковисцидоз , биоразнообразие , структурная биология и стволовые клетки , из конкуренции Genome Canada III, разработка новых технологий и прикладные исследования геномики в биопродуктах или культурах (ABC). [ 22 ] [ 23 ] [ 24 ] Центр в настоящее время работает с кандидатами в крупномасштабном прикладном исследовательском проекте [ 25 ] и продвижение технологических инноваций через Discovery [ 26 ] соревнования.
Базы данных
[ редактировать ]TCAG также размещает и курирует веб -сайты и базы данных, разработанные на основе поддерживаемых проектов, а именно базы данных Chromosome 7 , базы данных геномных вариантов , [ 27 ] Сегментарная база данных дублирования , база данных перестройки аутизма и другие. [ 28 ] Эти базы данных содержат общедоступную информацию.
Основные объекты
[ редактировать ]
TCAG использует различные геномные технологии для поддержки различных типов экспериментов. Они организованы в отдельные основные объекты с преданными менеджерами.
Информатика и биостатистика
[ редактировать ]Команда биоинформатики помогает с обработкой и анализом данных, и разрабатывает новые алгоритмы и аналитические методы с акцентом на анализ высокопроизводительных данных («следующего поколения»). Группа статистического анализа обеспечивает консультации и анализ проекта , статистический анализ ( генетический , микрочип и о пути данные , эпидемиология , генетика популяции ) и анализ изменения числа копий , а также разработка новых статистических методов.
Секвенирование ДНК и синтез
[ редактировать ]На объекте используется традиционная секвенирование капиллярного Sanger на прикладных биосистемах 3730xl инструменты, регулируемые лабораторной системой управления информацией (LIMS). Кроме того, секвенирование следующего поколения (NGS) с использованием Illumina Hiseq 2500 и Hiscan SQ-инструментов, Life Technologies протона и прикладных биосистем сплошных инструментов, а также титановый инструмент 454 / Roche GS-FLX. Ключевым компонентом этого объекта является использование высокопроизводительных вычислений и поддержки биоинформатики для анализа NGS.
Компонент синтеза олигонуклеотидов этого объекта делает обычные, длинные (до 120 оснований ) и модифицированные олигонуклеотиды и очищает их путем оттеснения, картриджа или высокоэффективной жидкой хроматографии ( ВЭЖХ ).
Микрочипов и генетический анализ
[ редактировать ]Местный завод Microarray Agilent менеджер и управляет технологиями от Affymetrix , Illumina и и Gene Expression имеет специальный . Кроме того, существует широкий спектр аналитических программных пакетов, доступных для анализа данных на месте.
Цитогеномика и ресурсы генома
[ редактировать ]Cytogenomics и Genome Resources Fanciety имеет единый менеджер между этими двумя функциями. Цитогеномика включает кариотипирование и спектральное (небо) кариотипирование (для мыши , человека и других видов), картирование флуоресцентной in situ гибридизации ( FISH ), картирование трансгенного участка вставки (картирование G-Fish) и маркировка клонов для экспериментов по рыбе . Компоненты Genome Resources включают в себя репозиторий клона ( кДНК сбора генов млекопитающих (MGC) ( мыши и человеческое), геномные клоны, включая бактериальные искусственные хромосомы человека (BACS)) и обеспечивает консультацию по проекту и помощь в проектировании ( аннотация , запросы базы данных , выбор зондования). Он также обеспечивает скрининг библиотеки кДНК и количественную ПЦР .
Генетический анализ
[ редактировать ]Область генетического анализа включает в себя генотипирование на основе капилляров ( Applied Biosystems Taqman and Snapshot, микросателлиты ), индивидуальное генотипирование (например, гетеродуплекса анализ ), генотипирование мыши (для анализа поперечного потомства и генетической связи ) и анализ метилирования (для эпигенетики исследования ).
Биобанкинг
[ редактировать ]Основной объект Biobanking имеет своего собственного специализированного менеджера. Он выполняет иммортализацию белых клеток (от крови) и банковское дело, фибробластов культуру и банковское дело, культура и банковское дело других типов клеток, включая нечеловеческие клетки, препарат геномной ДНК из крови, слюны , тканей или клеток и амплификацию всего генерама (WGA) Полем
Источники финансирования
[ редактировать ]TCAG финансируется несколькими агентствами, включая Фонд инноваций Канады (CFI), Genome Canada через Институт геномики Онтарио , Министерство исследований и инноваций Онтарио . Кроме того, филантропические пожертвования проводится Фондом больницы для больных детей , а конкретные исследовательские проекты финансируются самыми разными агентствами и благотворительными фондами.
Организация и управление
[ редактировать ]Научный директор
[ редактировать ]Научным директором TCAG является Стивен У. Шерер , старший ученый штат в больнице для научно -исследовательского института больных детей, директор Центра Маклафлина, [ 29 ] и профессор в Университете Торонто. [ 30 ]
Научный комитет управления
[ редактировать ]TCAG управляется комитетом научного управления, который регулярно встречается, чтобы обсудить стратегическое планирование высокого уровня. Комитет научного управления состоит из:
- Гэри Бадер
- Michael Brudno
- Кристиан Маршалл
- Эндрю Патерсон
- Адам Шлиен
- Лиза Струг
- Мартин Сомервилл
- Майкл Уилсон
- Райан Юэн
Бадер и Брудо расположены в Университете Торонто, а другие в больнице для больных детей . Комитет также включает в себя трех членов EX Officio : помощника директора, менеджера учреждения и представителя Института геномики Онтарио .
Ассоциированные следователи
[ редактировать ]С 2006 года TCAG назначил заместителей следователей. Эти партнеры консультируются по конкретным областям знаний, а также помогают в выявлении и внедрении новых технологий. В настоящее время есть девятнадцать помощников -следователей: доктор. Moumita Barua ( U of Toronto ), Джонатан Бошан (U of Toronto), Сара Боудин (Центр исследования сердца Теда Роджерса), Дженнифер Брукс (U of Toronto), Брендан Фрей (U of Toronto), Энн Джордж (Sickkids), Zhnya), Брендан Фрей (U of Toronto), Энн Джордж ( Sickkids ), Zhnya Ивакин (Sickkids), Pingzhao Hu ( U of Manitoba ), Мелани Махтани (Prime Genomics), Даниэле Мерико (Deep Genomics), Эстебан Парра ( UTM ), Мэри Шаго (Sickkids), Марк Сильверберг ( MSH ), Джеймс Ставропулос (Sickkids) , Майкл Тейлор (Sickkids), Мохаммад Уддин (Университет Мохаммад бин Рашид), Джон Винсент ( CAMH ), Сьюзи Уокер ( Genomics England ) и Марк Вудбери-Смит ( Университет Ньюкасла ).
Научный консультативный совет
[ редактировать ]Научный надзор за научным мандатом и операциями TCAG предоставляется через внешний научный консультативный совет (SAB). Члены SAB:
- Эдвард М. Рубин (стул), метабиота
- Марк Блэкстер, Программа Tree of Life, Институт Wellcome Sanger Institute
- Элейн Мардис, Институт геномной медицины, Общенациональная детская больница
- Габор Март, Университет Юты
- Родерик Макиннес, исследовательский институт леди Дэвис, еврейская больница общего профиля
- Ричард Майерс, Институт биотехнологии Гудсональфа
Институт геномики Онтарио (OGI) и Genome Canada также предоставляют членов Ex Officio .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Геном Канада научные и технологические платформы» . Архивировано из оригинала 2008-10-19 . Получено 2008-06-20 .
- ^ Данные, предоставленные Affymetrix, Inc.
- ^ Интегративная геномика для новостей исследований в области здравоохранения (веб-сайт Ontario Innovation Trust) [1] Архивировал 2011-07-06 на The Wayback Machine
- ^ Пресс -релиз Sickkids, 18 июня 2009 г.
- ^ Sickkids начинается с 2013 года с двух грантов Fending Fund, 13 января 2013 г.
- ^ Центр прикладной геномики переместился - Новости, веб -сайт TCAG, 229 октября 2013 г.
- ^ Данные из отчетов о прогрессе, представленных в Институт геномики Онтарио
- ^ PubMed Search для публикаций, написанных этими людьми в течение календарного года 2008 года, за исключением Brudno, который был добавлен в 2009 году [2] [ Цитация необходима ]
- ^ PubMed Поиск публикаций, созданных этими людьми, 2002 г. По настоящему, за исключением DRS. Брунно и Бейен, которые были добавлены совсем недавно [3] [ Цитация необходима ]
- ^ Google Scholar Полнотекстовые результаты поиска: публикации, относящиеся к Центру прикладной геномики или базу данных геномных вариантов, либо в разделе «Благодарности», либо в тексте тела, а также опубликованы либо в электронном виде, либо в печати. Используемые стратегии были: «TCAG» (игнорирование ударов от других сокращений TCAG и различных последовательностей ДНК), «Центр прикладной геномики», американское правописание, «Центр прикладной геномики» (игнорируя хиты с аналогичными названиями), «DGV «,« База данных геномных вариантов »,« База данных о геномных вариантах »(включая попадания из дефисальной формы,« база данных »),« База данных Торонто »(игнорирование нерелевантных хитов из баз данных без DGV).
- ^ Taylor MD, Liu L, Raffel C, et al. (Июль 2002 г.). «Мутации в суфу предрасполагают к медуллобластоме». Природа генетика . 31 (3): 306–10. doi : 10.1038/ng916 . PMID 12068298 . S2CID 6882566 .
- ^ Boocock GR, Morrison JA, Popovic M, et al. (Январь 2003). «Мутации в SBD связаны с синдромом Швахмана-Диамонда». Природа генетика . 33 (1): 97–101. doi : 10.1038/ng1062 . PMID 12496757 . S2CID 5091627 .
- ^ Чан Э.М., Янг Э.Дж., Янзано Л. и др. (Октябрь 2003 г.). «Мутации в NHLRC1 вызывают прогрессирующую эпилепсию миоклонуса». Природа генетика . 35 (2): 125–7. doi : 10.1038/ng1238 . PMID 12958597 . S2CID 32590557 .
- ^ Lohi H, Young EJ, Fitzmaurice SN, et al. (Январь 2005 г.). «Расширенное повтор в собачьей эпилепсии». Наука . 307 (5706): 81. doi : 10.1126/science.1102832 . PMID 15637270 . S2CID 39280939 .
- ^ Мнацзаканян Г.Н., Лохи Х, Мунтуану И. и др. (Апрель 2004 г.). «Ранее неопознанная рамка открытого считывания MECP2 определяет новую изоформу белка, относящаяся к синдрому Ретта» . Природа генетика . 36 (4): 339–41. doi : 10.1038/ng1327 . PMID 15034579 .
- ^ Qu H, Bharaj B, Liu XQ, et al. (Февраль 2005 г.). «Оценка достоверности связи между вариантом SUMO4 M55V и риском диабета 1 типа» . Природа генетика . 37 (2): 111–2, автор ответ 112–3. doi : 10.1038/ng0205-111 . PMID 15678135 .
- ^ Somerville MJ, Mervis CB, Young EJ, et al. (Октябрь 2005 г.). «Серьезная задержка выразительного языка, связанная с дублированием локуса Уильямс-Берен» . Новая Англия Журнал медицины . 353 (16): 1694–701. doi : 10.1056/nejmoa051962 . PMC 2893213 . PMID 16236740 .
- ^ Scherer SW, Cheung J, MacDonald Jr, et al. (Май 2003 г.). «Человеческая хромосома 7: последовательность ДНК и биология» . Наука . 300 (5620): 767–72. Bibcode : 2003sci ... 300..767S . doi : 10.1126/science.1083423 . PMC 2882961 . PMID 12690205 .
- ^ Iafrate AJ, Feuk L, Rivera Mn, et al. (Сентябрь 2004 г.). «Обнаружение крупномасштабных различий в геноме человека» . Природа генетика . 36 (9): 949–51. doi : 10.1038/ng1416 . PMID 15286789 .
- ^ Redon R, Ishikawa S, Fitch KR, et al. (Ноябрь 2006 г.). «Глобальные различия в количестве копий в человеческом геноме» . Природа . 444 (7118): 444–54. Bibcode : 2006natur.444..444r . doi : 10.1038/nature05329 . PMC 2669898 . PMID 17122850 .
- ^ Levy S, Sutton G, Ng PC, et al. (Сентябрь 2007 г.). «Последовательность диплоидного генома отдельного человека» . PLOS Биология . 5 (10): E254. doi : 10.1371/journal.pbio.0050254 . PMC 1964779 . PMID 17803354 .
- ^ «Сводка конкурсов III проектов на веб -сайте Genome Canada» . Архивировано из оригинала 2008-10-19 . Получено 2008-06-20 .
- ^ Резюме новых проектов разработки технологий на веб -сайте Genome Canada. [4] Архивированный 2009-05-23 на машине Wayback
- ^ Конкуренция в области прикладных исследований геномики в биопродуктах или культурах (ABC) - веб -сайт Genome Canada. [5] Архивировано 2008-10-19 на The Wayback Machine
- ^ Крупномасштабный конкурс прикладных исследовательских проектов, веб-сайт Genome Canada. [6] Архивировано 2010-11-24 на The Wayback Machine
- ^ Продвижение технологических инноваций через конкурс Discovery, веб -сайт Genome Canada. [7] Архивировано 2010-11-13 на The Wayback Machine
- ^ База данных геномных вариантов
- ^ «Раздел баз данных веб -сайта TCAG» . Архивировано с оригинала на 2008-05-08 . Получено 2008-06-20 .
- ^ "McLaughlin Center Web Page" . Архивировано из оригинала на 2009-02-05 . Получено 2010-03-08 .
- ^ Биографическая веб -страница Стива Шерера