Пируват -синтаза

показывать Поиск
PMC	articles
PubMed	articles
NCBI	proteins

пируват -синтаза
пируват -синтаза
	пируват -синтаза Димер, Desulfovibrio Africanus
Идентификаторы
ЕС №.	1.2.7.1
CAS №.	9082-51-3
Базы данных
Intenz	Intenz View
Бренда	Бренда вход
Расширение	Вид Nicezyme
Кегг	Кегг вход
Метатический	Метаболический путь
Напрямую	профиль
PDB Структуры	RCSB PDB PDBE PDBSUM
Джин Онтология	Друг / Quickgo
PMC
показывать Поиск
PMC	articles
PubMed	articles
NCBI	proteins

В фермере пируват -синтаза ( EC 1.2.7.1 ) представляет собой фермент , который катализирует взаимосвязь пирувата и ацетил-КоА. Он также называется пируватом: оксидоредуктазой ферредоксин (PFO).

Соответствующее равновесие, катализированное PFOR:

пируват + CoA + окисленный ферредоксин

\rightleftharpoons

ацетил-CoA + CO ₂ + уменьшенный ферредоксин

3 субстрата этого фермента являются пируват , COA и окисленный ферредоксин , тогда как его 3 продукта - ацетил-КоА , CO ₂ и снижение ферредоксина.

Функция

Этот фермент участвует в 4 метаболических путях : метаболизм пирувата , метаболизм пропаноата , метаболизм бутаноата и восстановительный карбоксилатный цикл (фиксация CO ₂ ).

Его основная роль - экстракция снижения эквивалентов путем декарбоксилирования. У аэробных организмов это преобразование катализируется пируватдегидрогеназой, также использует тиамин пирофосфат (TPP), но опирается на липоат как акцептор электронов. В отличие от аэробного ферментного комплекса PFOR трансфер, снижающие эквиваленты на флавины или железные кластеры. Этот процесс связывает гликолиз с путем дерева -Лджунгдаль .

Номенклатура

Этот фермент принадлежит к семейству оксидоредуктаз , в частности, те, которые действуют на альдегиде или Oxo Group донора с белком железа-сальфура в качестве акцептора. ^{[ 1 ]} Систематическим названием этого класса ферментов является пируват: ферредоксин 2-оксидоредуктаза (COA-ацетилирование) . Другие общие имена включают в себя:

пируватсидоредуктаза,
пируват -синтетаза,
пируват: оксидоредуктаза ферредоксин,
Пирович-лифрередоксин оксидоредуктаза.

Структура

PFF принимает димерную структуру, в то время как каждая мономерная субъединица состоит из одной или множественной цепей полипептидов. ^{[ 1 ]} Каждая мономерная субъединица PFF состоит из шести доменов, связывающих одну молекулу TPP и трех кластеров [4Fe-4S] . ^{[ 2 ]}

Каталитический механизм

Реакция PFO начинается с нуклеофильной атаки C2 TPP на 2-оксо-углерод пирувата, который образует аддукт лактил-TPP. Затем аддукт Lactyl-TPP высвобождает фрагмент CO ₂ , образуя анионное промежуточное соединение, которое затем переносит электрон в кластер [4Fe-4S]. Эти этапы приводят к стабильному радикальному промежуточному соединению, которое может наблюдаться экспериментами электронного парамагнитного резонанса (EPR). Радикальный промежуток реагирует с молекулой COA, переносит другой электрон от радикального промежуточного соединения в кластер [4FE-4S] и образует продукт ацетил-КоА. ^{[ 3 ]}

Ингибиторы

Нитазоксанид представляет собой антипаразитный препарат широкого спектра и одобренный FDA ингибитор PFO, который используется для лечения гиардиаза и криптоспоридиоза . ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}
Тизоксанид , активный метаболит нитазоксанида
Amixicile , водорастворимое производное нитазоксанида, является мощным ингибитором пирувата: оксидоредуктазы ферредоксинкутазы и в преклинических исследованиях для лечения инфекций геликобактерного пилори и клостридий . ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} Гибсон М.И., Чен Пайт, Дреннан К.Л. (2016). «Структурная филогения для понимания 2-оксоцидочной оксидоредуктазы» . Современное мнение в структурной биологии . 41 : 54–61. doi : 10.1016/j.sbi.2016.05.011 . PMC 5381805 . PMID 27315560 .
^ Chen Pyt, Aman H, Can M, Ragsdale SW, Drennan CL (2018). «Сайт связывания для коэнзима А выявлен в структуре пирувата: оксидоредуктаза ферредоксин из Moorella Thermoacetica» . Proc Natl Acad Sci USA . 115 (15): 3846–3851. doi : 10.1073/pnas.1722329115 . PMC 5899475 . PMID 29581263 .
^ Ragsdale SW (2003). «Пируват оксидоредуктаза пируват и ее радикальный промежуток». Химические обзоры . 103 (6): 2333–2346. doi : 10.1021/cr020423e . PMID 12797832 .
^ Di Santo N, Ehrisman J (2013). «Перспектива исследований: потенциальная роль нитазоксанида в лечении рака яичников. Старая препарат, новая цель?» Полем Рак (Базель) . 5 (3): 1163–1176. doi : 10.3390/accers5031163 . PMC 3795384 . PMID 24202339 . Нитазоксанид [NTZ: 2-ацетилокси-N- (5-нитро-2-тиазолил) бензамид] является тиазолидным антипаразитным агентом с превосходной активностью против широкого спектра простейших и гельминтов. ... нитазоксанид (NTZ) является основным соединением класса антипаразитарных соединений широкого спектра, называемых тиазолидами. Он состоит из нитротиазольного кольца и части салициловой кислоты, которые связаны вместе амидной связью ... NTZ, как правило, хорошо переносится, и в исследованиях человека не было отмечено никаких существенных побочных эффектов [13]. ... in vitro, NTZ и тизоксанид функции против широкого спектра организмов, включая простейшие виды Blastocystis hominis, C. parvum, entamoeba histolytica, G. lamblia и trichomonas vaginalis [13]
^ «Информация о назначении нитазоксанида» (PDF) . Управление по контролю за продуктами и лекарствами США . Romark Pharmaceuticals. 3 марта 2004 г. с. 1–9 . Получено 3 января 2016 года .
^ Уоррен К.А., Ван Опстал Е., Баллард Т.Е., Кеннеди А., Ван Х, Риггинс М., Олехнович И., Вартан М., Коллинг Г.Л., Геррант Р.Л., Макдональд Т.Л., Хоффман П.С. (август 2012 г.). «Amixicile, новый ингибитор пирувата: оксидоредуктазы ферредоксина, демонстрирует эффективность против Clostridium difficile в модели инфекции мыши» . Антимикроб. Агенты химита . 56 (8): 4103–11. doi : 10.1128/aac.00360-12 . PMC 3421617 . PMID 22585229 .
^ Хоффман П.С., Брюс А.М., Олехнович И., Уоррен К.А., Берджесс С.Л., Хонтециллас Р., Виладомиу М., Бассаганя-Рирера Дж., Геррант Р.Л., Макдональд Т.Л. (2014). «Доклинические исследования амиксицила, системной терапевтической, разработанной для лечения инфекций Clostridium difficile, которые также показывают эффективность против Helicobacter pylori» . Антимикроб. Агенты химита . 58 (8): 4703–12. doi : 10.1128/aac.03112-14 . PMC 4136022 . PMID 24890599 .

Дальнейшее чтение

Эванс М.К., Бьюкенен Б.Б. (1965). «Фотоконструкция ферредоксина и его использование в фиксации углекислого газа с помощью субклеточной системы из фотосинтетической бактерии» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 53 (6): 1420–5. Bibcode : 1965pnas ... 53.1420e . doi : 10.1073/pnas.53.6.1420 . PMC 219872 . PMID 5217644 .
Gehring U, Arnon Di (1972). «Очистка и свойства -кетоглутаратной синтазы из фотосинтетической бактерии» . Дж. Биол. Химический 247 (21): 6963–9. doi : 10.1016/s0021-9258 (19) 44680-2 . PMID 4628267 .
Uyeda K, Rabinowitz JC (1971). «Пируват-лифрередоксин оксидоредуктаза. 3. Очистка и свойства фермента» . Дж. Биол. Химический 246 (10): 3111–9. doi : 10.1016/s0021-9258 (18) 62202-1 . PMID 5574389 .
Uyeda K, Rabinowitz JC (1971). «Пируват-красоткаксинсинсидоредуктаза. IV. Исследования по механизму реакции» . Дж. Биол. Химический 246 (10): 3120–5. doi : 10.1016/s0021-9258 (18) 62203-3 . PMID 4324891 .
Charon MH, Volbeda A, Chabriere E, Pileulle L, Fontecilla-Camps JC (1999). «Структура и механизм переноса электронов пирувата: оксидоредуктаза ферредоксин». Карт Мнение Структура Биол . 9 (6): 663–9. doi : 10.1016/s0959-440x (99) 00027-5 . PMID 10607667 .

Эта EC 1.2, статья, связанная с ферментом является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[MIGibson-1] Jump up to: ^а ^{беременный} Гибсон М.И., Чен Пайт, Дреннан К.Л. (2016). «Структурная филогения для понимания 2-оксоцидочной оксидоредуктазы» . Современное мнение в структурной биологии . 41 : 54–61. doi : 10.1016/j.sbi.2016.05.011 . PMC 5381805 . PMID 27315560 .

[PYTChen-2] Chen Pyt, Aman H, Can M, Ragsdale SW, Drennan CL (2018). «Сайт связывания для коэнзима А выявлен в структуре пирувата: оксидоредуктаза ферредоксин из Moorella Thermoacetica» . Proc Natl Acad Sci USA . 115 (15): 3846–3851. doi : 10.1073/pnas.1722329115 . PMC 5899475 . PMID 29581263 .

[SWRagsdale-3] Ragsdale SW (2003). «Пируват оксидоредуктаза пируват и ее радикальный промежуток». Химические обзоры . 103 (6): 2333–2346. doi : 10.1021/cr020423e . PMID 12797832 .

[Thiazolides-4] Di Santo N, Ehrisman J (2013). «Перспектива исследований: потенциальная роль нитазоксанида в лечении рака яичников. Старая препарат, новая цель?» Полем Рак (Базель) . 5 (3): 1163–1176. doi : 10.3390/accers5031163 . PMC 3795384 . PMID 24202339 . Нитазоксанид [NTZ: 2-ацетилокси-N- (5-нитро-2-тиазолил) бензамид] является тиазолидным антипаразитным агентом с превосходной активностью против широкого спектра простейших и гельминтов. ... нитазоксанид (NTZ) является основным соединением класса антипаразитарных соединений широкого спектра, называемых тиазолидами. Он состоит из нитротиазольного кольца и части салициловой кислоты, которые связаны вместе амидной связью ... NTZ, как правило, хорошо переносится, и в исследованиях человека не было отмечено никаких существенных побочных эффектов [13]. ... in vitro, NTZ и тизоксанид функции против широкого спектра организмов, включая простейшие виды Blastocystis hominis, C. parvum, entamoeba histolytica, G. lamblia и trichomonas vaginalis [13]

[FDA_Nitazoxanide-5] «Информация о назначении нитазоксанида» (PDF) . Управление по контролю за продуктами и лекарствами США . Romark Pharmaceuticals. 3 марта 2004 г. с. 1–9 . Получено 3 января 2016 года .

[Hoffman-CV-6] Уоррен К.А., Ван Опстал Е., Баллард Т.Е., Кеннеди А., Ван Х, Риггинс М., Олехнович И., Вартан М., Коллинг Г.Л., Геррант Р.Л., Макдональд Т.Л., Хоффман П.С. (август 2012 г.). «Amixicile, новый ингибитор пирувата: оксидоредуктазы ферредоксина, демонстрирует эффективность против Clostridium difficile в модели инфекции мыши» . Антимикроб. Агенты химита . 56 (8): 4103–11. doi : 10.1128/aac.00360-12 . PMC 3421617 . PMID 22585229 .

[Nitazoxanide_derivative:_Amixicile-7] Хоффман П.С., Брюс А.М., Олехнович И., Уоррен К.А., Берджесс С.Л., Хонтециллас Р., Виладомиу М., Бассаганя-Рирера Дж., Геррант Р.Л., Макдональд Т.Л. (2014). «Доклинические исследования амиксицила, системной терапевтической, разработанной для лечения инфекций Clostridium difficile, которые также показывают эффективность против Helicobacter pylori» . Антимикроб. Агенты химита . 58 (8): 4703–12. doi : 10.1128/aac.03112-14 . PMC 4136022 . PMID 24890599 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

v Т и Альдегид/ Оксидоредуктазы ( ЕС 1.2)
1.2.1: NAD or NADP	Aldehyde dehydrogenase Acetaldehyde dehydrogenase Long-chain-aldehyde dehydrogenase Mycothiol-dependent formaldehyde dehydrogenase
1.2.2: cytochrome	Formate dehydrogenase (cytochrome)
1.2.3: oxygen	Aldehyde oxidase
1.2.4: disulfide	Oxoglutarate dehydrogenase complex Pyruvate dehydrogenase Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex BCKDHA BCKDHB DBT DLD
1.2.7: iron–sulfur protein	Pyruvate synthase

v Т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)