Трансальдолаза

Трансальдолаза
Трансальдолаза
	Кристаллографическая структура трансальдолазы человека.
Идентификаторы
Символ	Трансальдолаза
Пфам	PF00923
ИнтерПро	ИПР001585
PROSITE	PDOC00741
СКОП2	1ucw / SCOPe / СУПФАМ
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary
PDB	1f05, 1i2n, 1i2o, 1i2p, 1i2q, 1i2r, 1l6w, 1onr, 1ucw,1vpx, 2cwn

показывать Поиск
PMC	articles
PubMed	articles
NCBI	proteins

Трансальдолаза
Трансальдолаза
Идентификаторы
Номер ЕС.	2.2.1.2
Номер CAS.	9014-46-4
Базы данных
ИнтЭнк	вид IntEnz
БРЕНДА	БРЕНДА запись
Экспаси	Просмотр NiceZyme
КЕГГ	КЕГГ запись
МетаЦик	метаболический путь
ПРЯМОЙ	профиль
PDB Структуры	RCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтология	АмиГО / QuickGO
PMC
показывать Поиск
PMC	articles
PubMed	articles
NCBI	proteins

трансальдолаза 1

Идентификаторы

Символ

ТАЛДО1

Другие данные

Хр. 11 п15,5-15,4

Искать
Structures	Swiss-model
Domains	InterPro

трансальдолаза Б

Идентификаторы

Символ

ofB

Другие данные

Искать
Structures	Swiss-model
Domains	InterPro

Трансальдолаза — фермент ( EC 2.2.1.2 ) неокислительной фазы пентозофосфатного пути . У человека трансальдолаза кодируется TALDO1 геном . ^[3]^[4]

Трансальдолаза катализирует следующую химическую реакцию:

седогептулозо-7-фосфат + глицеральдегид-3-фосфат

\rightleftharpoons

эритрозо-4-фосфат + фруктозо-6-фосфат

Клиническое значение

Пентозофосфатный путь имеет две метаболические функции: (1) образование никотинамидадениндинуклеотидфосфата (восстановленного НАДФН ) для восстановительного биосинтеза и (2) образование рибозы , которая является важным компонентом АТФ , ДНК и РНК . Трансальдолаза связывает пентозофосфатный путь с гликолизом . У больных с дефицитом трансальдолазы происходит накопление эритрита (из эритрозо-4-фосфата ), D- арабитола и рибитола . ^[5]^[6]

Делеция трех пар оснований в гене TALDO1 приводит к отсутствию серина в положении 171 белка трансальдолазы, который является частью высококонсервативной области, что позволяет предположить, что мутация вызывает дефицит трансальдолазы, который обнаруживается в эритроцитах и лимфобластах . ^[5] Удаление этой аминокислоты может привести к циррозу печени и гепатоспленомегалии (увеличению селезенки и печени) в раннем детстве. Трансальдолаза также является мишенью аутоиммунитета у пациентов с рассеянным склерозом . ^[7]

Структура

Трансальдолаза представляет собой один домен, состоящий из 337 аминокислот. Основная структура представляет собой α/β-цилиндр , подобный другим альдолазам класса I, состоящий из восьми параллельных β-листов и семи α-спиралей . Есть также семь дополнительных α-спиралей, не входящих в состав ствола. Гидрофобные аминокислоты расположены между β-листами в цилиндре и окружающими α-спиралями, способствуя упаковке, например, в области, содержащей Leu-168, Phe-170, Phe-189, Gly-311 и Phe-315. В кристалле трансальдолаза человека образует димер, две субъединицы которого соединены 18 остатками в каждой субъединице. Подробности смотрите в механизме слева.

Активный центр, расположенный в центре цилиндра, содержит три ключевых остатка: лизин-142, глутамат-106 и аспартат-27. Лизин удерживает сахар на месте, а глутамат и аспартат действуют как доноры и акцепторы протонов. ^[1]

Механизм катализа

Остаток лизина-142 в активном центре трансальдолазы образует основание Шиффа с кетогруппой в седогептулозо-7-фосфате после депротонирования другим остатком активного центра, глутаматом-106. Механизм реакции аналогичен обратной реакции, катализируемой альдолазой : связь, соединяющая атомы углерода 3 и 4, разрывается, в результате чего дигидроксиацетон присоединяется к ферменту через основание Шиффа. В результате этой реакции расщепления образуется необычный альдозный сахар эритрозо-4-фосфат . Затем трансальдолаза катализирует конденсацию глицеральдегид-3-фосфата с основанием Шиффа дигидроксиацетона , образуя связанный с ферментом фруктозо-6-фосфат . Гидролиз основания Шиффа высвобождает свободный фруктозо-6-фосфат , один из продуктов пентозофосфатного пути.

Схема реакции превращения седогептулозо-7-фосфата во фруктозо-6-фосфат. ^[8]
Пентозофосфатный путь адаптирован из (Verhoeven, 2001). ^[5]

См. также

Дефицит трансальдолазы

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с PDB : 1F05 ; Торелл С., Гергели П., Банки К., Перл А., Шнайдер Г. (июнь 2000 г.). «Трехмерная структура трансальдолазы человека». ФЭБС Летт . 475 (3): 205–8. дои : 10.1016/S0014-5793(00)01658-6 . ПМИД 10869557 . S2CID 33590067 .
^ Изображения молекулярной графики были созданы с использованием пакета UCSF Chimera из Ресурса биокомпьютеров, визуализации и информатики Калифорнийского университета в Сан-Франциско. Петтерсен Э.Ф., Годдард Т.Д., Хуанг CC, Коуч Г.С., Гринблатт Д.М., Мэн Э.К., Феррин Т.Е. (октябрь 2004 г.). «UCSF Chimera – система визуализации для поисковых исследований и анализа». J Comput Chem . 25 (13): 1605–12. CiteSeerX 10.1.1.456.9442 . дои : 10.1002/jcc.20084 . ПМИД 15264254 . S2CID 8747218 .
^ «Ген Энтрез: трансальдолаза 1» .
^ Банки К., Эдди Р.Л., Шоу ТБ, Халладей Д.Л., Буллрич Ф., Кроче С.М., Юречич В., Бальдини А., Перл А. (октябрь 1997 г.). «Ген трансальдолазы человека (TALDO1) расположен на хромосоме 11 в районе p15.4-p15.5». Геномика . 45 (1): 233–8. дои : 10.1006/geno.1997.4932 . ПМИД 9339383 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Верховен Н.М., Хак Дж.Х., Роос Б., Стрейс Э.А., Саломонс Г.С., Даувес А.С., ван дер Кнаап М.С., Якобс С. (май 2001 г.). «Дефицит трансальдолазы: цирроз печени, связанный с новой врожденной ошибкой пентозофосфатного пути» . Являюсь. Дж. Хум. Жене . 68 (5): 1086–92. дои : 10.1086/320108 . ПМК 1226089 . ПМИД 11283793 .
^ Перл А (июнь 2007 г.). «Патогенез дефицита трансальдолазы» . ИУБМБ Жизнь . 59 (6): 365–73. дои : 10.1080/15216540701387188 . ПМИД 17613166 . S2CID 10428599 .
^ Ниланд Б., Перл А (2004). «Оценка аутоиммунитета к трансальдолазе при рассеянном склерозе». Аутоиммунитет . Том. 102. стр. 155–71. дои : 10.1385/1-59259-805-6:155 . ISBN 978-1-59259-805-2 . ПМИД 15286385 . {{cite book}}: |journal= игнорируется ( помогите )
^ Цзя Дж., Шёркен У., Линдквист Ю., Шпренгер Г.А., Шнайдер Г. (январь 1997 г.). «Кристаллическая структура восстановленного промежуточного комплекса Шифф-основание трансальдолазы B из Escherichia coli: механистические последствия для альдолаз класса I» . Белковая наука . 6 (1): 119–24. дои : 10.1002/pro.5560060113 . ПМК 2143518 . ПМИД 9007983 . Архивировано из оригинала 1 мая 2008 г. Проверено 19 декабря 2008 г.

Внешние ссылки

Трансальдолаза Национальной медицинской библиотеки США в медицинских предметных рубриках (MeSH)

[pmid10869557-1] Jump up to: ^а ^б ^с PDB : 1F05 ; Торелл С., Гергели П., Банки К., Перл А., Шнайдер Г. (июнь 2000 г.). «Трехмерная структура трансальдолазы человека». ФЭБС Летт . 475 (3): 205–8. дои : 10.1016/S0014-5793(00)01658-6 . ПМИД 10869557 . S2CID 33590067 .

[pmid15264254-2] Изображения молекулярной графики были созданы с использованием пакета UCSF Chimera из Ресурса биокомпьютеров, визуализации и информатики Калифорнийского университета в Сан-Франциско. Петтерсен Э.Ф., Годдард Т.Д., Хуанг CC, Коуч Г.С., Гринблатт Д.М., Мэн Э.К., Феррин Т.Е. (октябрь 2004 г.). «UCSF Chimera – система визуализации для поисковых исследований и анализа». J Comput Chem . 25 (13): 1605–12. CiteSeerX 10.1.1.456.9442 . дои : 10.1002/jcc.20084 . ПМИД 15264254 . S2CID 8747218 .

[entrez-3] «Ген Энтрез: трансальдолаза 1» .

[pmid9339383-4] Банки К., Эдди Р.Л., Шоу ТБ, Халладей Д.Л., Буллрич Ф., Кроче С.М., Юречич В., Бальдини А., Перл А. (октябрь 1997 г.). «Ген трансальдолазы человека (TALDO1) расположен на хромосоме 11 в районе p15.4-p15.5». Геномика . 45 (1): 233–8. дои : 10.1006/geno.1997.4932 . ПМИД 9339383 .

[pmid11283793-5] Jump up to: ^а ^б ^с Верховен Н.М., Хак Дж.Х., Роос Б., Стрейс Э.А., Саломонс Г.С., Даувес А.С., ван дер Кнаап М.С., Якобс С. (май 2001 г.). «Дефицит трансальдолазы: цирроз печени, связанный с новой врожденной ошибкой пентозофосфатного пути» . Являюсь. Дж. Хум. Жене . 68 (5): 1086–92. дои : 10.1086/320108 . ПМК 1226089 . ПМИД 11283793 .

[pmid17613166-6] Перл А (июнь 2007 г.). «Патогенез дефицита трансальдолазы» . ИУБМБ Жизнь . 59 (6): 365–73. дои : 10.1080/15216540701387188 . ПМИД 17613166 . S2CID 10428599 .

[pmid15286385-7] Ниланд Б., Перл А (2004). «Оценка аутоиммунитета к трансальдолазе при рассеянном склерозе». Аутоиммунитет . Том. 102. стр. 155–71. дои : 10.1385/1-59259-805-6:155 . ISBN 978-1-59259-805-2 . ПМИД 15286385 . {{cite book}}: |journal= игнорируется ( помогите )

[pmid9007983-8] Цзя Дж., Шёркен У., Линдквист Ю., Шпренгер Г.А., Шнайдер Г. (январь 1997 г.). «Кристаллическая структура восстановленного промежуточного комплекса Шифф-основание трансальдолазы B из Escherichia coli: механистические последствия для альдолаз класса I» . Белковая наука . 6 (1): 119–24. дои : 10.1002/pro.5560060113 . ПМК 2143518 . ПМИД 9007983 . Архивировано из оригинала 1 мая 2008 г. Проверено 19 декабря 2008 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

v т и Обмен веществ : углеводный обмен · пентозофосфатного пути. ферменты
oxidative	Glucose-6-phosphate dehydrogenase 6-phosphogluconolactonase Phosphogluconate dehydrogenase
nonoxidative	Phosphopentose isomerase Phosphopentose epimerase Transketolase Transaldolase

v т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)