✖


Jump to content

КЛПБ

КЛПБ
Идентификаторы
Псевдонимы CLPB , HSP78, SKD3, ANKCLB, MEGCANN, MGCA7, гомолог ClpB, митохондриальный шаперонин AAA-АТФазы, субъединица B шаперона казеинолитической митохондриальной пептидазы матрикса, SCN9, MGCA7A
Внешние идентификаторы Опустить : 616254 ; МГИ : 1100517 ; Гомологен : 32067 ; GeneCards : CLPB ; ОМА : CLPB — ортологи
Ортологи
Разновидность Человек Мышь
Входить

81570

20480

Вместе

ENSG00000162129

ENSMUSG00000001829

ЮниПрот

Q9H078

Q60649

RefSeq (мРНК)

НМ_001258392
НМ_001258393
НМ_001258394
НМ_030813

НМ_009191
НМ_001363991

RefSeq (белок)

НП_001245321
НП_001245322
НП_001245323
НП_110440

НП_033217
НП_001350920

Местоположение (UCSC) Чр 11: 72,29 – 72,43 Мб Чр 7: 101,31 – 101,44 Мб
в PubMed Поиск [ 3 ] [ 4 ]
Викиданные
Просмотр/редактирование человека Просмотр/редактирование мыши

Гомолог белка казеинолитической пептидазы B ( CLPB ), также известный как Skd3, представляет собой митохондриальный шаперон ААА-АТФазы , который у человека кодируется геном CLPB . [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] который кодирует аденозинтрифосфат-(АТФ)-зависимый шаперон . Skd3 локализован в митохондриях и широко экспрессируется в тканях человека. высокая экспрессия в мозге взрослых и низкая экспрессия в гранулоцитах . Обнаружена [ 8 ] [ 9 ] Это мощная белковая дезагрегаза, которая сопровождает митохондриальное межмембранное пространство. [ 10 ] Мутации в гене CLPB могут вызывать аутосомно-рецессивные метаболические нарушения с умственной отсталостью/задержкой развития, врожденной нейтропенией , прогрессирующей атрофией мозга, двигательными расстройствами, катарактой и 3-метилглутаконовой ацидурией . [ 8 ] [ 11 ] Недавно гетерозиготные доминантно-негативные мутации в CLPB были идентифицированы как причина тяжелой врожденной нейтропении (SCN) . [ 12 ]

Структура

[ редактировать ]

Ген

[ редактировать ]

Ген CLPB имеет 19 экзонов и расположен на участке хромосомы 11q13.4. [ 7 ]

Белок

[ редактировать ]

Skd3 имеет пять изоформ вследствие альтернативного сплайсинга. Считается, что изоформа 1 имеет «каноническую» последовательность. Белок имеет размер 78,7 кДа и состоит из 707 аминокислот. Он содержит N-концевую митохондриальную последовательность (1-92 аминокислоты). [ 10 ] После обработки зрелый митохондриальный белок имеет теоретический pI 7,53. [ 13 ] Skd3 далее процессируется митохондриальной ромбовидной протеазой PARL по аминокислоте 127. [ 10 ] [ 14 ] Skd3 имеет специфический C-концевой домен D2, и белки с этим доменом образуют подсемейство белков казеинолитической пептидазы (Clp), также называемых HSP100. [ 15 ] Доменный . состав Skd3 человека отличается от такового у микробных или растительных ортологов [ 10 ] [ 16 ] Примечательно, что наличие анкириновых повторов заменило первый из двух доменов АТФазы, обнаруженных у бактерий и грибов . [ 17 ] [ 18 ]

Функция

[ редактировать ]

Skd3 принадлежит к кладе HCLR большого суперсемейства AAA+ . [ 10 ] [ 19 ] Объединяющей характеристикой этого семейства является гидролиз АТФ через домен ААА+ с образованием энергии, необходимой для катализа разворачивания, разборки и дезагрегации белка . [ 20 ] [ 21 ] Skd3 не взаимодействует с HSP70 , в отличие от его бактериального ортолога. [ 10 ] АТФазная активность Skd3 in vitro подтверждена. [ 8 ] [ 10 ] [ 22 ] Skd3 является мощной дезагрегазой in vitro и активируется PARL, увеличивая активность дезагрегации более чем в 10 раз. [ 10 ] Действительно, PARL -активированный Skd3 способен разбирать фибриллы альфа-синуклеина in vitro . [ 10 ] Несмотря на то, что бактериальный ортолог, ClpB, способствует термотолерантности клеток, пока неясно, играет ли Skd3 аналогичную роль в митохондриях. [ 20 ] [ 23 ] Взаимодействие с белком, подобным HAX1, позволяет предположить, что Skd3 человека может участвовать в апоптозе . [ 8 ] Действительно, Skd3 солюбилизирует HAX1 делеция гена CLPB в клетках человека повышает чувствительность клеток к апоптотическим сигналам. в клетках, и было показано, что [ 10 ] [ 24 ] У людей наличие анкириновых повторов заменило первый из двух доменов АТФазы, обнаруженных у бактерий и грибов, которые, возможно, эволюционировали для обеспечения более сложного распознавания субстрата или для поддержки предполагаемой функции шаперона. [ 17 ] [ 18 ] что либо одни анкириновые повторы, либо домен AAA+ недостаточны для поддержания активности дезагрегации. Было обнаружено, [ 10 ] Предполагается, что Skd3, имеющий только один домен АТФазы, способен использовать энергию гидролиза АТФ для прохождения развернутого полипептида через центральный канал гексамерного кольца. [ 25 ] [ 26 ] [ 27 ] />

Клиническое значение

[ редактировать ]

Неонатальная энцефалопатия — разновидность тяжелого неврологического нарушения у новорожденного, не имеющая специфических клинических признаков на раннем этапе жизни, и ее диагностика остается сложной задачей. Эта неонатальная энцефалопатия включает гетерогенную группу синдромов 3-метилглутаконовой ацидурии, и, как сообщается, одной из причин является потеря функции Skd3. Нокаут гена clpB у рыбок данио вызывал снижение роста и увеличение двигательной активности, что сходно с признаками, наблюдаемыми у пациентов. [ 20 ] Его потеря может привести к широкому фенотипическому спектру, включающему умственную отсталость/задержку развития, врожденную нейтропению, прогрессирующую атрофию мозга, двигательные расстройства и двустороннюю катаракту с 3-метилглутаконовой ацидурией. [ 8 ] [ 11 ] [ 28 ] Дальнейшее исследование Skd3 может пролить новый свет на диагностику этого заболевания.

Взаимодействия

[ редактировать ]

Известно, что этот белок взаимодействует с:

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Перейти обратно: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000162129 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ Перейти обратно: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000001829 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Виман С, Вейль Б, Велленройтер Р, Гассенхубер Й, Глассль С, Ансорж В, Бёхер М, Блокер Х, Бауэрсахс С, Блюм Х, Лаубер Й, Дюстерхофт А, Бейер А, Кёрер К, Штрак Н, Мьюс Х.В., Оттенвальдер Б , Обермайер Б, Тампе Дж, Хойбнер Д, Вамбутт Р, Корн Б, Кляйн М, Пустка А (март 2001 г.). «К каталогу человеческих генов и белков: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека» . Геномные исследования . 11 (3): 422–35. дои : 10.1101/gr.GR1547R . ПМК   311072 . ПМИД   11230166 .
  6. ^ Перье Ф., Радеке К.М., Рааб-Грэм К.Ф., Ванденберг, Калифорния (январь 1995 г.). «Экспрессия предполагаемой АТФазы подавляет дефект роста дрожжевого мутанта, переносящего калий: идентификация члена млекопитающих семейства Clp/HSP104». Джин . 152 (2): 157–63. дои : 10.1016/0378-1119(94)00697-Q . ПМИД   7835694 .
  7. ^ Перейти обратно: а б «Ген Энтреза: гомолог казеинолитической пептидазы B CLPB ClpB (E. coli)» .
  8. ^ Перейти обратно: а б с д и ж Вортманн С.Б., Зенткевич С., Куси М., Шклярчик Р., Хаак Т.Б., Герстинг С.В. и др. (февраль 2015 г.). «Мутации CLPB вызывают 3-метилглутаконовую ацидурию, прогрессирующую атрофию мозга, умственную отсталость, врожденную нейтропению, катаракту, двигательные расстройства» . Американский журнал генетики человека . 96 (2): 245–57. дои : 10.1016/j.ajhg.2014.12.013 . ПМК   4320260 . ПМИД   25597510 .
  9. ^ Сондерс К., Смит Л., Вибранд Ф., Равн К., Бросс П., Тиффо И., Кристенсен М., Атертон А., Фэрроу Э., Миллер Н., Кингсмор С.Ф., Остергаард Э. (февраль 2015 г.). «Варианты CLPB, связанные с аутосомно-рецессивным митохондриальным заболеванием с катарактой, нейтропенией, эпилепсией и метилглутаконовой ацидурией» . Американский журнал генетики человека . 96 (2): 258–65. дои : 10.1016/j.ajhg.2014.12.020 . ПМК   4320254 . ПМИД   25597511 .
  10. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х и С аа аб и объявление но из в ах есть также Купо, Райан Р.; Шортер, Джеймс (23 июня 2020 г.). Бергер, Джеймс М. (ред.). «Skd3 (человеческий CLPB) представляет собой мощную дезагрегазу митохондриального белка, которая инактивируется мутациями, связанными с 3-метилглутаконовой ацидурией» . электронная жизнь . 9 : е55279. дои : 10.7554/eLife.55279 . ISSN   2050-084X . ПМЦ   7343390 . ПМИД   32573439 .
  11. ^ Перейти обратно: а б Кийким А, Гарнчарз В, Каракоч-Айдинер Е, Озен А, Кийким Е, Есил Г, Бозтуг К, Барис С (апрель 2016 г.). «Новая мутация CLPB у пациента с 3-метилглутаконовой ацидурией, вызывающая тяжелые неврологические нарушения и врожденную нейтропению». Клиническая иммунология . 165 : 1–3. дои : 10.1016/j.clim.2016.02.008 . ПМИД   26916670 .
  12. ^ Уоррен, Джулия Т; Купо, Райан Р.; Ваттанасиракул, Пирадол; Спенсер, Дэвид; Локк, Адам Э; Макарян, Ваагн; Больярд, Одри Анна; Келли, Мередит Л; Кингстон, Натали Л; Короче, Джеймс; Белланне-Шантело, Кристина (11 июня 2021 г.). «Гетерозиготные варианты CLPB являются причиной тяжелой врожденной нейтропении» . Кровь . 139 (кровь.2021010762): 779–791. дои : 10.1182/blood.2021010762 . ISSN   0006-4971 . ПМЦ   8814677 . ПМИД   34115842 .
  13. ^ «Q9H078 — CLPB_HUMAN» . Унипрот .
  14. ^ Перейти обратно: а б Сайта, Шотаро; Нольте, Хендрик; Фидлер, Кай Уве; Кашкар, Хамид; Венне, А. Саския; Захеди, Рене П.; Крюгер, Маркус; Лангер, Томас (апрель 2017 г.). «PARL опосредует протеолитическое созревание Smac в митохондриях, способствуя апоптозу» . Природная клеточная биология . 19 (4): 318–328. дои : 10.1038/ncb3488 . ISSN   1476-4679 . ПМИД   28288130 . S2CID   3744933 .
  15. ^ Жолкевский М. (сентябрь 2006 г.). «Верблюд проходит через игольное ушко: активность разворачивания белка Clp-АТФаз» . Молекулярная микробиология . 61 (5): 1094–100. дои : 10.1111/j.1365-2958.2006.05309.x . ПМК   1852505 . ПМИД   16879409 .
  16. ^ Эривз, Альберт Дж.; Фасслер, Ян С. (24 февраля 2015 г.). «Потеря метаболических и шаперонных генов указывает на происхождение животных: доказательства того, что шапероны Hsp104 и Hsp78 используют митохондриальные ферменты в качестве клиентов» . ПЛОС ОДИН . 10 (2): e0117192. Бибкод : 2015PLoSO..1017192E . дои : 10.1371/journal.pone.0117192 . ISSN   1932-6203 . ПМК   4339202 . ПМИД   25710177 .
  17. ^ Перейти обратно: а б Мосави Л.К., Камметт Т.Дж., Дерозье Д.С., Пэн З.Ю. (июнь 2004 г.). «Анкириновый повтор как молекулярная архитектура распознавания белков» . Белковая наука . 13 (6): 1435–48. дои : 10.1110/ps.03554604 . ПМК   2279977 . ПМИД   15152081 .
  18. ^ Перейти обратно: а б Ли Дж., Махаджан А., Цай, доктор медицинских наук (декабрь 2006 г.). «Анкириновый повтор: уникальный мотив, опосредующий белок-белковые взаимодействия». Биохимия . 45 (51): 15168–78. CiteSeerX   10.1.1.502.2771 . дои : 10.1021/bi062188q . ПМИД   17176038 .
  19. ^ Эрцбергер, Ян П.; Бергер, Джеймс М. (11 мая 2006 г.). «Эволюционные взаимоотношения и структурные механизмы белков ааа+». Ежегодный обзор биофизики и биомолекулярной структуры . 35 (1): 93–114. doi : 10.1146/annurev.biophys.35.040405.101933 . ISSN   1056-8700 . ПМИД   16689629 .
  20. ^ Перейти обратно: а б с Капо-Чичи Дж.М., Буассель С., Брустайн Е., Пиклз С., Фалле-Бьянко С., Нассиф С., Патри Л., Добженецка С., Ляо М., Лабуда Д., Сэмюэлс М.Э., Хамдан Ф.Ф., Ванде Вельде С., Руло Г.А., Драпо П., Мишо Ж.Л. (май 2015 г.). «Нарушение CLPB связано с врожденной микроцефалией, тяжелой энцефалопатией и 3-метилглутаконовой ацидурией». Журнал медицинской генетики . 52 (5): 303–11. doi : 10.1136/jmedgenet-2014-102952 . ПМИД   25650066 . S2CID   36062854 .
  21. ^ Снайдер Дж., Тибо Дж., Хури Вашингтон (30 апреля 2008 г.). «Суперсемейство AAA+ функционально разнообразных белков» . Геномная биология . 9 (4): 216. doi : 10.1186/gb-2008-9-4-216 . ПМЦ   2643927 . ПМИД   18466635 .
  22. ^ Мроз, Дагмара; Вышковский, Юбер; Шаблевский, Томаш; Контейнер, Катажина; Дуткевич, Рафал; Бери, Кэтрин; Вортманн, Саския Б.; Веверс, Рон А.; Зенткевич, Шимон (апрель 2020 г.). «CLPB (гомолог казеинолитической пептидазы B), первая митохондриальная протеин-рефолдаза, связанная с заболеваниями человека» . Biochimica et Biophysical Acta (BBA) – Общие предметы . 1864 (4): 129512. doi : 10.1016/j.bbagen.2020.129512 . hdl : 2066/219662 . ПМИД   31917998 .
  23. ^ Томас Дж.Г., Бэнейкс Ф. (октябрь 1998 г.). «Роль малых белков теплового шока IbpA и IbpB Escherichia coli в управлении тепловым стрессом: сравнение с ClpA, ClpB и HtpG in vivo» . Журнал бактериологии . 180 (19): 5165–72. дои : 10.1128/JB.180.19.5165-5172.1998 . ПМЦ   107554 . ПМИД   9748451 .
  24. ^ Перейти обратно: а б с Чен, Сюйфэн; Глицова, Кристина; Чжоу, Хуа; Наранг, Сонали; Рейна, Денис Э.; Лопес, Андреа; Сакелларопулос, Теодор; Гун, Исяо; Клотген, Андреас; Да, Юн Синг; Ван, Эрик (июль 2019 г.). «Нацеливание на митохондриальную структуру повышает чувствительность острого миелоидного лейкоза к лечению венетоклаксом» . Открытие рака . 9 (7): 890–909. дои : 10.1158/2159-8290.CD-19-0117 . ISSN   2159-8274 . ПМК   6606342 . ПМИД   31048321 .
  25. ^ Хорвич А.Л. (ноябрь 2004 г.). «Дезагрегация белка с шапероном: кольцо ClpB использует свой центральный канал» . Клетка . 119 (5): 579–81. дои : 10.1016/j.cell.2004.11.018 . ПМИД   15550237 .
  26. ^ Вайбезан Дж., Тессарц П., Шликер С., Зан Р., Маглика З., Ли С., Зентграф Х., Вебер-Бан ЕС, Дуган Д.А., Цай Ф.Т., Могк А., Букау Б. (ноябрь 2004 г.). «Термотолерантность требует рефолдинга агрегированных белков путем транслокации субстрата через центральную пору ClpB» . Клетка . 119 (5): 653–65. дои : 10.1016/j.cell.2004.11.027 . ПМИД   15550247 .
  27. ^ Накадзаки Ю., Ватанабэ Ю.Х. (декабрь 2014 г.). «Шаперон ClpB пассивно пропускает растворимые денатурированные белки через свою центральную пору» . Гены в клетки . 19 (12): 891–900. дои : 10.1111/gtc.12188 . ПМИД   25288401 . S2CID   7170147 .
  28. ^ Проницка Е, Пекутовска-Абрамчук Д, Сиара Е, Трубицка Ю, Рокицки Д, Каркуциньска-Венцковска А, Пайдовска М, Юркевич Е, Халат П, Косиньска Дж, Поллак А, Рыджанич М, Ставинский П, Проницки М, Краевска-Валасек М , Плоски Р. (12 июня 2016 г.). «Новый взгляд на диагностику митохондриальных заболеваний: двухлетний опыт полноэкзомного секвенирования в национальном педиатрическом центре» . Журнал трансляционной медицины . 14 (1): 174. дои : 10.1186/s12967-016-0930-9 . ПМК   4903158 . ПМИД   27290639 .
  29. ^ Ёсинака, Такахиро; Пальто, Хидетака; Ёшизуми, Такума; Фурукава, Ре; Хирано, Ты; Куге, Осаму; Тамада, Таро; Косиба, Такуми (27 сентября 2019 г.). «Структурная основа митохондриальных каркасов из прохитиновых комплексов: понимание роли спирально-спиральной области» . iScience . 19 : 1065–1078. Бибкод : 2019iSci... 19.1065Y дои : 10.1016/j.isci.2019.08.056 . ISSN   2589-0042 . ПМК   6745515 . ПМИД   31522117 .
[ редактировать ]

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]
  • Руаль Дж.Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хиродзан-Кисикава Т., Дрико А., Ли Н., Берриз Г.Ф., Гиббонс Ф.Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон С., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг Д.С., Чжан Л.В., Вонг С.Л., Франклин Г., Ли С., Альбала Дж.С., Лим Дж., Фротон С., Лламосас Е., Чевик С., Бекс С., Ламеш П., Сикорски Р.С., Ванденхауте Дж., Зогби Х.И., Смоляр А., Босак С., Секерра Р., Дусетт-Стамм Л., Кьюсик М.Е., Хилл Д.Е., Рот Ф.П., Видал М. (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети межбелковых взаимодействий человека». Природа . 437 (7062): 1173–8. Бибкод : 2005Natur.437.1173R . дои : 10.1038/nature04209 . ПМИД   16189514 . S2CID   4427026 .
  • Колланд Ф, Жак Икс, Труплен В, Мужен С, Гроазело С, Гамбургер А, Мейл А, Войчик Дж, Легрен П, Готье ЖМ (июль 2004 г.). «Функциональное протеомное картирование сигнального пути человека» . Геномные исследования . 14 (7): 1324–32. дои : 10.1101/гр.2334104 . ПМК   442148 . ПМИД   15231748 .
  • Леонард Д., Аджу П., Ламонд А.И., Легерски Р.Дж. (сентябрь 2003 г.). «hLodestar/HuF2 взаимодействует с CDC5L и участвует в сплайсинге пре-мРНК». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 308 (4): 793–801. CiteSeerX   10.1.1.539.8359 . дои : 10.1016/S0006-291X(03)01486-4 . ПМИД   12927788 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=CLPB&oldid=1193739260"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: fc2b4364101131cf9a036572acd47bec__1704441000
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/fc/ec/fc2b4364101131cf9a036572acd47bec.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
CLPB - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)