✖


Jump to content

ФАНТОМ

FANTOM (Функциональная аннотация генома мыши/млекопитающих) — международный исследовательский консорциум , впервые созданный в 2000 году как часть исследовательского института RIKEN в Японии . [1] На первоначальной встрече собрались международные ученые разного происхождения, чтобы помочь аннотировать функцию клонов мышиной кДНК, созданных группой Хаяшизаки. [2] С момента первоначальной работы над FANTOM1 консорциум выпустил несколько проектов, направленных на понимание механизмов, регулирующих регуляцию геномов млекопитающих . [1] Их работа позволила собрать большую коллекцию общих данных и способствовала развитию биохимических и биоинформатических методологий в исследованиях геномики .

История ФАНТОМА

Фундамент

[ редактировать ]

В 1995 году исследователи института RIKEN приступили к созданию энциклопедии полноразмерных кДНК генома мыши . Целью этого «Проекта мышиной энциклопедии» было предоставление функциональной аннотации мыши транскриптома . Это картирование предоставит ценный ресурс для открытия генов , понимания генов, вызывающих заболевания , и гомологии между видами . С самого начала это обещало быть непростой задачей. Существующие методологии были недостаточны для создания полноразмерных клонов кДНК в больших масштабах, и чтобы быть полезными в качестве ресурса, аннотации должны были быть согласованы экспертами из разных дисциплин. [1] [2]

Первой целью была разработка методов, позволяющих создавать библиотеки кДНК полной длины. Протоколы обратной транскриптазы в то время имели трудности с вторичной структурой мРНК . , что приводило к сокращенным кДНК, которые было трудно выравнивать, и приводило к дальнейшим осложнениям при дальнейшем анализе Чтобы преодолеть это ограничение, был разработан метод с использованием трегалозы , позволяющий обратной транскриптазе функционировать при более высокой температуре, расслабляя вторичные структуры. [3] Были дополнительно разработаны другие методы, помогающие создавать клональные библиотеки кДНК. К ним относятся система захвата на основе биотина для отбора кДНК полной длины, новый фаговый вектор лямбда , который минимизирует ошибки при доставке кДНК в плазмиду , а также итеративную стратегию обогащения кДНК, которая еще не была секвенирована . [1] [2] [4] [5] [6]

Секвенирование началось в 1998 году и быстро прогрессировало, в результате чего было создано 246 библиотек кДНК, которые включали 21 076 клонов кДНК в широком диапазоне клеток и тканей мыши . Хотя этот этап был в основном успешным, на биоинформатическом уровне возникли дальнейшие ограничения. Секвенированные кДНК были аннотированы полуавтоматическим способом с использованием доступных баз данных (таких как гомология видов и известные белковые мотивы) для назначения генов в рамках структуры Gene Ontology (GO). Однако многие новые последовательности не имели значимых совпадений при использовании BLAST с базами данных генов. [1] [2]

После консультации с Джерри Рубином , организатором первой попытки аннотации генома Drosophila melanogaster , стало очевидно, что надежная система аннотации, включающая вычислительное предсказание и ручное курирование для новых последовательностей требуется . Желая получить информацию от экспертов в области биоинформатики, генетики и других научных областей, группа RIKEN организовала первую встречу FANTOM.

ПРИЗРАК1

[ редактировать ]

Чтобы облегчить аннотацию клонов кДНК мыши, исследовательская группа RIKEN перед первой встречей разработала веб-сервис под названием FANTOM+. Пользователи могли искать мотивы , просматривать заранее рассчитанные оценки сходства последовательностей, а также запрашивать другие общедоступные базы данных и интегрировать соответствующие аннотации в базу данных FANTOM. Назначение и функциональная аннотация генов потребовали множества биоинформатических инструментов и баз данных. Преобладающие инструменты включали BLASTN/BLASTX, FASTA /FASTY, DECODER, EST-WISE и HMMER , при этом базы данных как по нуклеиновым кислотам , так и по белкам, такие как SwissProt , UniGene использовались и NCBI-nr. Одновременно сотрудничество с группой Mouse Genome Informatics (MGI) позволило исследователям RIKEN создать проверенный набор клонов, которые были идентичны в двух базах данных. [1] [2]

Вооруженная вычислительными методологиями и более чем 20 000 последовательностями кДНК, группа RIKEN организовала первую встречу FANTOM в городе Цукуба с 28 августа по 8 сентября 2000 года. Для обсуждения стратегий и аннотации клонов RIKEN была привлечена разнообразная группа ученых со всего мира. Собранные вычислительные процедуры позволили провести сравнение последовательностей и анализ предметной области для назначения предполагаемой функции с использованием терминов GO. Избыточность клонов кДНК представляла собой проблему, требующую стратегий кластеризации и обращения к набору проверки MGI для идентификации уникальных клонов. Набор клонов RIKEN в конечном итоге сократился до 15 295 генов, хотя эту оценку осторожно сочли завышенной. [1] [2]

Обзор определения RIKEN

Центральным элементом кураторской работы было создание определения RIKEN. Это обеспечило иерархические и систематические средства для назначения функций клонам на основе известных генов, отдавая приоритет ранее установленным или тщательно проверенным знаниям. Иерархический характер классификации обеспечивал последовательность, когда последовательность была очень похожа на несколько разных генов. Важно отметить, что если сходство последовательностей не было обнаружено, определение присваивало предполагаемую функцию на основе предсказанных сигнатур белковых мотивов, потенциала кодирования и совпадений с базами данных экспрессируемых меток последовательностей (EST). Только при отсутствии какого-либо предсказанного или репрезентативного сходства клон можно считать «неклассифицируемым». [1] [2]

Совместные усилия RIKEN/FANTOM привели к публикации в журнале Nature в 2001 году. [7] Результаты включали отнесение 21 076 клонов кДНК к 4012 терминам GO, идентификацию новых мышиных генов и белковых мотивов, обнаружение вероятных альтернативных сплайс-форм и открытие мышиных генов, ортологичных генам заболеваний человека. Кроме того, неделю спустя был опубликован первый секвенированный геном человека, в который были включены результаты FANTOM по предсказанию количества человеческих генов. [1] [2] [8]

ФАНТОМ2

[ редактировать ]

Разработав и усовершенствовав протоколы создания полноразмерной библиотеки кДНК, группа RIKEN продолжила пополнять коллекцию FANTOM. Модификации их методов позволили провести дальнейший отбор редких и длинных транскриптов, что позволило идентифицировать кДНК длиной более 4 КБ. Вторая встреча FANTOM состоялась в мае 2002 года – к тому времени число клонов кДНК увеличилось на 39 694 и составило в общей сложности 60 770. [1] [9]

Одно открытие, полученное с помощью FANTOM1, заключалось в том, что альтернативное полиаденилирование было обычным явлением в транскриптоме мыши, а это означает, что кластеризация на 3'-концах приводила к значительной избыточности. Чтобы решить эту проблему, было проведено дополнительное секвенирование 5'-конца для идентификации уникальных клонов. Публикация FANTOM2 внесла существенный вклад в добавление новых транскриптов, кодирующих белок. Вероятно, наиболее заметным результатом FANTOM2 было то, что попытки отбора длинных и редких транскриптов выявили значительное количество некодирующей белок РНК . [1] [9]

И снова коллекция FANTOM оказалась плодотворным ресурсом. Некодирующие РНК были идентифицированы как антисмысловые РНК и длинные некодирующие РНК (днРНК), плохо изученные классы регуляторных РНК. [10] [11] В первой опубликованной последовательности генома мыши использовались аннотации, установленные FANTOM. [10] Другие усилия смогли описать целые семейства белков, такие как рецепторы, связанные с G-белком . [1] [12] [13]

FANTOM3

[ редактировать ]

Конечная цель FANTOM — создать генные сети , которые фиксируют регуляторные взаимодействия транскрипции, и дифференцировать эти взаимодействия по клеток типу или состоянию . В этой степени стало понятно, что полиморфная природа 5'-конца последовательностей потребует обширного картирования. Характеристика сайтов начала транскрипции (TSS) позволит идентифицировать промоторы и дифференцировать их использование между типами клеток. Это также означало необходимость дальнейшего развития методов секвенирования. В то время как полноразмерные кДНК мыши продолжали генерироваться, исследователи под руководством RIKEN разработали метод Cap Analysis of Gene Expression (CAGE), метод, который будет определять большую часть их будущих работ. [1]

Схема CAGE

Развитие CAGE

[ редактировать ]

CAGE был продолжением концепции, разработанной для FANTOM1 и широко используемой в следующих проектах, для захвата 5'-кэпов мРНК . В отличие от предыдущих попыток создания кДНК полной длины, CAGE исследует фрагменты или метки длиной 20–27. Это обеспечило экономичные и высокопроизводительные средства картирования TSS, включая структуру и активность промотора. [1]

Общие этапы следующие: кДНК обратно транскрибируется с мРНК с использованием случайных праймеров или олиго-dT- праймеров . Затем используется метод кэп-ловушки, чтобы обеспечить отбор кДНК полной длины. Это влечет за собой добавление биотина к 5'-кэпу и последующий захват шариками стрептавидина после этапа расщепления РНКазой для удаления одноцепочечной РНК, которая не гибридизовалась с кДНК. После захвата кэпа кДНК отделяется от гибрида РНК-кДНК. Двухцепочечный линкер CAGE, который также биотинилирован, лигируется к 5'-концу кДНК, и синтезируется вторая цепь кДНК. Полученная двухцепочечная ДНК расщепляется эндонуклеазой Mme1 , разрезая линкер CAGE и образуя метку CAGE длиной 20-27 пар оснований. К 3'-концу добавляют второй линкер и метку амплифицируют с помощью ПЦР . Наконец, теги CAGE высвобождаются из 5'- и 3'-линкеров. Затем теги можно секвенировать, объединять или клонировать. [4] [14] [15] [16] В то время CAGE проводился с использованием капиллярного секвенатора RISA 384, ранее созданного RIKEN. [1]

Сопоставление фрагментов CAGE

Открытия

[ редактировать ]

Развитие CAGE привело к ряду важных открытий. Важно отметить, что РНК оказалась в гораздо большем количестве в транскриптоме млекопитающих, чем считалось ранее, что сопровождалось пониманием того, что геном транскрибируется повсеместно. [1] Сочетая методы CAGE, сигнатуры идентификации генов и клонирование сигнатур генов, был картирован «транскрипционный ландшафт» генома млекопитающих, характеризующий структуру сигналов контроля транскрипции и транскриптов, которые они генерируют. [17] Было обнаружено, что в геноме мыши имеется гораздо больше транскриптов, чем примерно 22 000 генов, и что многие из этих транскрипционных единиц имеют альтернативные промоторы и полиаденилирования сайты .

Более того, было обнаружено, что «транскрипционные леса», кластеры транскриптов, которые имеют общие области экспрессии и регуляторные события, разделены «транскрипционными пустынями» и составляют ~63% генома. [17] Совместно выпущенная публикация показала, что многие транскрипты в этих лесах демонстрируют антисмысловую транскрипцию и что большинство пар смысл/антисмысл демонстрируют согласованную регуляцию. [18] Другой примечательный результат показал, что многие некодирующие РНК экспрессируются динамически, причем многие из них инициируются в 3'- нетранслируемых областях , и что они позиционно консервативны у разных видов. [17]

Третья важная статья, вышедшая в рамках FANTOM3, исследовала архитектуру и эволюцию промотора млекопитающих. [19] Было установлено два класса промоторов млекопитающих. Первые представляют собой промоторы, обогащенные TATA-боксом , с четко определенными сайтами начала транскрипции. Эти промоторы эволюционно консервативны и чаще связаны с тканеспецифичными генами. Второй и более распространенный класс промоторов, широкие промоторы, богатые CpG, пластичны, способны эволюционировать и экспрессируются в широком спектре клеток и тканей. Это исследование также продемонстрировало, что CpG -богатые промоторы могут быть двунаправленными (продуцировать пары смысл-антисмысл), высокочувствительны к эпигенетическому контролю и, таким образом, являются потенциальным компонентом адаптивной эволюции .

Встреча по FANTOM3 произошла в сентябре 2004 года. Коллекция спутниковых публикаций, порожденных FANTOM3, была опубликована в PLoS Genetics . Они включают дальнейшую работу над свойствами промотора, длиной экзона и псевдомессенджерной РНК. [20] [21]

ФАНТОМ4

[ редактировать ]

Появление секвенирования нового поколения значительно способствовало развитию технологии CAGE. Используя секвенатор Roche-454 , группа FANTOM разработала deepCAGE, увеличив пропускную способность CAGE до более чем миллиона тегов на образец. [22] На этих глубинах исследователи теперь могут начать строить сети регуляторных взаимодействий генов . Встреча FANTOM4 состоялась в декабре 2006 года.

В то время как предыдущие проекты FANTOM исследовали ряд типов клеток, цель FANTOM4 заключалась в глубоком изучении динамики, управляющей клеточной дифференцировкой . Анализ был ограничен линией клеток человека THP-1 , что позволило получить динамике данные о монобласта превращения в моноцит . DeepCage разрешил TSS с разрешением в один нуклеотид, точно определив, где связываются факторы транскрипции (TF). Мониторинг зависимых от времени изменений экспрессии генов по мере дифференцировки клеток позволил сделать вывод о том, какие регуляторные мотивы предсказывают изменения экспрессии, временную зависимость активности ТФ и гены-мишени ТФ. [23] Эти усилия привели к созданию сети регуляции транскрипции, демонстрирующей, что процесс дифференцировки очень сложен и управляется большим количеством TF, осуществляющих как положительные, так и отрицательные регуляторные взаимодействия.

FANTOM4 также расширил наше понимание транскрипции ретротранспозонов и РНК инициации транскрипции (тиРНК). Ретротранспозоны способствуют повторяющимся элементам в геномах млекопитающих и могут влиять на множество биологических процессов, таких как эволюция генома, а также на такие структуры, как альтернативные промоторы и экзоны. [24] [25] Было продемонстрировано, что ретротранспозоны экспрессируются специфично для клеток и тканей, и было идентифицировано около 250 000 ранее неизвестных TSS, управляемых ретротранспозонами. [26]

Было обнаружено, что ретротранспозоны могут влиять на транскрипцию млекопитающих и регуляцию транскрипции как кодирующих, так и некодирующих РНК в различных тканях. [26] Дальнейшие усилия были найдены геномно и эволюционно широко распространенный новый класс РНК, называемый РНК инициации транскрипции (тиРНК). [27] Этот вид РНК относительно мал (длина ~ 18 нуклеотидов) и обычно находится после TSS промоторов, богатых CpG. ТиРНК немногочисленны и связаны с высокоэкспрессируемыми генами, а также со связыванием РНК-полимеразы II и TSS. Более поздние работы показали, что tiRNs могут быть способны модулировать эпигенетические состояния и локальную архитектуру хроматина . [28] Однако возможно, что эти тиРНК не играют регуляторной роли и являются просто побочным продуктом транскрипции. [1] [27]

После этих первоначальных результатов исследователи RIKEN опубликовали атлас комбинаторной регуляции транскрипции у мышей и людей. [29] Эта работа продемонстрировала, что транскрипционные комплексы могут взаимодействовать внутри сети, контролируя идентичность тканей/состояние клеток, и что в этих сетях часто доминируют факторы транскрипции-«фасилитаторы», которые широко экспрессируются во всех тканях/клетках. Было обнаружено, что около половины измеренных регуляторных взаимодействий сохранились между мышью и человеком. FANTOM4 привел к созданию множества спутниковых статей, исследующих такие темы, как архитектура промотора, регуляция микроРНК и регуляторные блоки генома. [30] [31] [32]

ФАНТОМ5

[ редактировать ]

Пятый раунд FANTOM был направлен на то, чтобы дать представление о регуляторной сфере транскриптома в максимально возможном количестве клеточных состояний. [1] Он продолжает оставаться актуальным ресурсом общих данных. Проект состоял из двух этапов: первый был сосредоточен на ячейках устойчивого состояния, а второй - на временных данных. Достижения в области секвенирования следующего поколения были использованы для достижения широкого спектра возможностей FANTOM5: секвенирование одной молекулы позволяет разрешать активность TSS по одной паре оснований всего лишь из 100 нг РНК. [33] Образцы были собраны из каждого органа человека, а также из более чем 200 раковых линий, 30 временных курсов клеточной дифференцировки, временных курсов развития мышей и более 200 типов первичных клеток. В общей сложности на обеих фазах было профилировано 1816 образцов человека и 11016 мышей. [33] [34]

Несмотря на то, что FANTOM5 похож на проект ENCODE , он отличается по двум ключевым параметрам. Во-первых, ENCODE использовала иммортализованные клеточные линии , тогда как FANTOM5 сосредоточился на первичных клетках и тканях, которые в большей степени отражают реальные биологические процессы, ответственные за поддержание идентичности типов клеток. Во-вторых, ENCODE использовала несколько геномных анализов для захвата транскриптома и эпигенома . FANTOM5 сосредоточился исключительно на транскриптоме, полагаясь на другие опубликованные работы, чтобы сделать вывод о таких особенностях, как тип клеток, определяемый статусом хроматина. [1] Встреча FANTOM5 состоялась в октябре 2011 года.

Этап 1

[ редактировать ]

Первый этап FANTOM5 включал создание «снимков» широкого спектра типов клеток в устойчивом состоянии с использованием профилирования CAGE в 975 образцах человека и 399 образцах мышей. Эта первоначальная попытка привела к появлению двух статей в журнале Nature:один описывает ландшафт промоторов млекопитающих, а другой описывает активные энхансеры . [35] [36] Вместе они представляют собой атлас промоторов, энхансеров и TSS в различных типах клеток, действуя в качестве «базы» для изучения сложного ландшафта регуляции транскрипции. В частности, профили CAGE одной молекулы были созданы с использованием секвенатора HeliScope на 573 образцах первичных клеток человека, 128 образцах первичных клеток мыши, 250 линиях раковых клеток, 152 посмертных тканях человека и 271 образце ткани развития мыши. [33] [37]

Был разработан новый метод идентификации пиков CAGE, названный анализом пика разложения. Теги CAGE группируются по близости с последующим анализом независимых компонентов для разложения пиков на непересекающиеся области. Применяется этап обогащения, чтобы гарантировать, что пики соответствуют TSS, а внешние данные EST, меток триметилирования лизина 4 гистона H3 и сайтов гиперчувствительности ДНКазы используются для подтверждения того, что пики являются подлинными TSS. [33]

Ключевой вывод показал, что типичный промотор млекопитающих содержит несколько TSS с разными паттернами экспрессии в разных образцах. [1] [35] Это подразумевало, что эти TSS регулируются отдельно, несмотря на то, что они находятся в непосредственной близости. Повсеместно экспрессируемые промоторы имели самую высокую консервативность своих последовательностей, тогда как клеточно-специфичные промоторы были менее консервативными. Еще один выдающийся результат показал, что РНК (еРНК), полученная из энхансера, транскрибируется специфичным для клетки/ткани способом, что отражает активность этого энхансера. [37]

Этап 2

[ редактировать ]

В то время как первый этап был сосредоточен на устойчивом представлении состояний клеток, второй этап был направлен на изучение динамического процесса перехода состояний клеток посредством использования данных о динамике во времени. И снова был использован CAGE – на этот раз в течение 19 временных курсов человека и 14 мышей, охватывающих ряд типов клеток и биологических стимулов, что представляло собой 408 различных временных точек. Это включало дифференцировку стволовых клеток или коммитированных клеток-предшественников в направлении их конечной судьбы, а также полностью дифференцированных клеток, реагирующих на факторы роста или патогены . [1] [33] [38]

Неконтролируемую кластеризацию выполняли для идентификации набора различных классов ответа, исследуя закономерности изменения кратности экспрессии по сравнению со временем 0. Таким образом, экспрессия энхансеров, промоторов TF и ​​промоторов, не относящихся к TF, была обобщена во временной шкале первых 6 часов курса времени. Как правило, самый ранний ответ клеток возникал на энхансерах, при этом концентрации эРНК достигали пика уже через 15 минут после времени 0. Даже в классах, которые представляют «более поздние» ответы, энхансеры имели тенденцию активироваться раньше проксимальных промоторов. Наблюдалась вариабельность стойкости этой активации: некоторые энхансеры быстро возвращались к исходному уровню после всплеска через 15 минут, тогда как другие сохранялись после активации промотора. В совокупности это позволяет предположить, что eRNA может играть различную роль в регуляции активности генов. [38]

Дополнительная работа

[ редактировать ]

Помимо обычного обмена данными в базе данных FANTOM, FANTOM5 также представил два биоинформатических инструмента для исследования данных. ZENBU — это геномный браузер с дополнительными функциями: пользователи могут загружать BAM-файлы экспериментов CAGE, коротких РНК и ChIP-seq, а также выполнять контроль качества, нормализацию, поиск пиков и аннотацию среди визуальных сравнений. [39] SSTAR (семантический каталог образцов, инициаций транскрипции и регуляций) тем временем позволяет исследовать и искать образцы FANTOM5 и их геномные особенности. [40]

Обилие данных, собранных FANTOM5, продолжает служить ресурсом для исследователей, стремящихся объяснить механизмы регулирования, которые определяют такие процессы, как развитие. Часто данные CAGE в определенном типе клеток/тканей используются в сочетании с дальнейшими эпигеномными анализами - один из таких примеров описывает взаимодействие метилирования ДНК и регуляторных последовательностей, определяемых CAGE, во время дифференцировки гранулоцитов . [41]

Через три года после внедрения атласов энхансеров и промоторов группа FANTOM выпустила атласы днРНК и микроРНК (миРНК), включив данные FANTOM5. [42] [43] Главной целью было предоставить дальнейшее понимание более раннего наблюдения повсеместной транскрипции генома млекопитающих. Работа по днРНК охарактеризовала 27 919 генов днРНК человека в 1829 образцах, чтобы стимулировать исследования функциональной значимости этого плохо изученного класса РНК. Результаты позволяют предположить, что 69% идентифицированных днРНК обладают потенциальной функциональностью, хотя необходимы дополнительные доказательства, чтобы прокомментировать, являются ли оставшиеся 31% просто транскрипционным «шумом» от ложной инициации транскрипции. Атлас микроРНК идентифицировал 1357 промоторов микроРНК человека и 804 мышиных и продемонстрировал сильную консервативность последовательностей между двумя видами. Также было продемонстрировано, что первичная экспрессия микроРНК может использоваться в качестве показателя уровней зрелой микроРНК.

ФАНТОМ6

[ редактировать ]

В настоящее время проводится исследование FANTOM6, целью которого является систематическая характеристика роли днРНК в геноме человека. Биологическая функция этих больших (более 200 нуклеотидов) и нетранслируемых РНК в значительной степени неизвестна. На основании нескольких работ, в которых изучались днРНК, считается, что они участвуют в регуляции транскрипции, трансляции , посттрансляционных модификациях и эпигенетических метках. Однако нынешние знания о масштабах и диапазоне этих предполагаемых регуляторных взаимодействий являются рудиментарными. [1] [44]

В следующей версии FANTOM предстоит решить множество задач. В частности, днРНК плохо определены: они лишены консервации и сильно различаются по размеру: от 200 до более миллиона нуклеотидов в длину. В отличие от кодирующих транскриптов, которые для трансляции находятся в цитозоле , днРНК обнаруживаются преимущественно в ядре — гораздо более сложном ландшафте РНК. В целом, днРНК имеют более низкие уровни экспрессии, чем кодирующие транскрипты, но существует большая вариабельность этой экспрессии, которая может быть скрыта типом клеток или локализацией внутри ядра. Более того, функциональная классификация днРНК остается горячо обсуждаемой - неизвестно, можно ли сгруппировать днРНК на основе общих функций/механизмов действия или по активным доменам. [1]

FANTOM разработал трехстороннюю экспериментальную стратегию для изучения этих неизвестных. Эталонный профиль транскриптома и эпигенома различных типов клеток будет построен в качестве базовой линии для каждого типа клеток. Затем, используя lncRNAs, идентифицированные в предыдущих публикациях, данные FANTOM5 и дальнейшее профилирование CAGE, будут проведены эксперименты по возмущению для оценки изменений клеточного молекулярного фенотипа . Наконец, дополнительная технология будет использоваться для функциональной аннотации/классификации выбранного подмножества днРНК. [44] Эти методы будут направлены на выяснение вторичной структуры днРНК, их ассоциации с белками и хроматином, а также картирование дальних взаимодействий днРНК по всему геному. [1]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х де Хун, Мишель; Шин, Джей В.; Карнинчи, Пьеро (8 августа 2015 г.). «Смена парадигмы в геномике благодаря проектам FANTOM» . Геном млекопитающих . 26 (9–10): 391–402. дои : 10.1007/s00335-015-9593-8 . ПМК   4602071 . ПМИД   26253466 .
  2. ^ Jump up to: а б с д и ж г час «Введение ФАНТОМА» . fantom.gsc.riken.jp .
  3. ^ Карнинчи, Пьеро; Нисияма, Йоко; Вестовер, Артур; и др. (20 января 1998 г.). «Термостабилизация и термоактивация термолабильных ферментов трегалозой и ее применение для синтеза полноразмерной кДНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (2): 520–524. Бибкод : 1998PNAS...95..520C . дои : 10.1073/pnas.95.2.520 . ISSN   0027-8424 . ЧВК   18452 . ПМИД   9435224 .
  4. ^ Jump up to: а б Карнинчи, Пьеро; Квам, Катрина; Китамура, Акико; и др. (ноябрь 1996 г.). «Высокоэффективное полноразмерное клонирование кДНК с помощью биотинилированного CAP-ловца». Геномика . 37 (3): 327–336. дои : 10.1006/geno.1996.0567 . ПМИД   8938445 .
  5. ^ Карнинчи, Пьеро; Сибата, Юко; Хаяцу, Норихито; и др. (октябрь 2000 г.). «Нормализация и вычитание кДНК, выбранных с помощью Cap-Trapper, для подготовки полноразмерных библиотек кДНК для быстрого обнаружения новых генов» . Геномные исследования . 10 (10): 1617–1630. дои : 10.1101/гр.145100 . ISSN   1088-9051 . ПМК   310980 . ПМИД   11042159 .
  6. ^ Карнинчи, Пьеро; Сибата, Юко; Хаяцу, Норихито; и др. (сентябрь 2001 г.). «Клонирование сбалансированного и длинного размера полноразмерных кДНК с кэп-ловушками в векторы нового семейства λ-FLC позволяет повысить скорость обнаружения генов и функциональный анализ». Геномика . 77 (1–2): 79–90. дои : 10.1006/geno.2001.6601 . ПМИД   11543636 .
  7. ^ Каваи, Дж.; Синагава, А.; Шибата, К.; и др. (8 февраля 2001 г.). «Функциональная аннотация полноразмерной коллекции кДНК мыши» . Природа . 409 (6821): 685–690. Бибкод : 2001Natur.409..685K . дои : 10.1038/35055500 . ПМИД   11217851 .
  8. ^ Ландер, Эрик С.; Линтон, Лорен М.; Биррен, Брюс; Нусбаум, Чад; Зоди, Майкл С.; и др. (15 февраля 2001 г.). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» . Природа . 409 (6822): 860–921. дои : 10.1038/35057062 . hdl : 2027.42/62798 . ПМИД   11237011 .
  9. ^ Jump up to: а б Оказаки, Ю.; Фуруно, М.; Касукава, Т.; Адачи, Дж.; Боно, Х.; и др. (5 декабря 2002 г.). «Анализ транскриптома мыши на основе функциональной аннотации 60 770 полноразмерных кДНК» . Природа . 420 (6915): 563–573. Бибкод : 2002Natur.420..563O . дои : 10.1038/nature01266 . hdl : 10161/11223 . ПМИД   12466851 .
  10. ^ Jump up to: а б Нумата, К. (2 июня 2003 г.). «Идентификация предполагаемых некодирующих РНК среди коллекции полноразмерных кДНК мыши RIKEN» . Геномные исследования . 13 (6): 1301–1306. дои : 10.1101/гр.1011603 . ПМК   403720 . ПМИД   12819127 .
  11. ^ Кийосава, Х. (2 июня 2003 г.). «Антисмысловые транскрипты с набором клонов FANTOM2 и их значение для регуляции генов» . Геномные исследования . 13 (6): 1324–1334. дои : 10.1101/гр.982903 . ПМК   403655 . ПМИД   12819130 .
  12. ^ Оказаки, Ю. (2 июня 2003 г.). «Путеводитель по геному млекопитающих» . Геномные исследования . 13 (6): 1267–1272. дои : 10.1101/гр.1445603 .
  13. ^ Кавасава, Ю. (2 июня 2003 г.). «Гены рецепторов, связанных с G-белком, в базе данных FANTOM2» . Геномные исследования . 13 (6): 1466–1477. дои : 10.1101/гр.1087603 . ПМК   403690 . ПМИД   12819145 .
  14. ^ «Технология РИКЕН КЕЙДЖ» . www.osc.riken.jp (на японском языке). Архивировано из оригинала 9 октября 2017 г. Проверено 27 февраля 2018 г.
  15. ^ Шираки, Т.; Кондо, С.; Катаяма, С.; Ваки, К.; Касукава, Т.; Каваджи, Х.; Кодзиус Р.; Ватахики, А.; Накамура, М.; Аракава, Т.; Фукуда, С.; Сасаки, Д.; Подгайска, А.; Харберс, М.; Каваи, Дж.; Карнинчи, П.; Хаяшизаки, Ю. (8 декабря 2003 г.). «Экспрессия генов Cap-анализа для высокопроизводительного анализа начальной точки транскрипции и идентификации использования промотора» . Труды Национальной академии наук . 100 (26): 15776–15781. Бибкод : 2003PNAS..10015776S . дои : 10.1073/pnas.2136655100 . ПМК   307644 . ПМИД   14663149 .
  16. ^ Кодзиус, Римантас; Нисиёри, Хироми; Фукуда, Мичихира, Дайсуке; Кай, Чикатоши; Хаяшизаки, Карнинчи, Пьеро; «CAGE: анализ экспрессии генов». Nature Methods 3 ( : 211–222. : 10.1038 /nmeth0306-211 . PMID   16489339 . doi   . 3 )
  17. ^ Jump up to: а б с Карнинчи, П.; Касукава, Т.; Катаяма, С.; Гоф, Дж.; Фрит, MC; Маэда, Н.; Ояма, Р.; Раваси, Т.; Ленхард, Б.; Уэллс, К.; Кодзиус Р.; Симокава, К.; Баич, В.Б.; Бреннер, SE; Баталов С.; Форрест, Арканзас; Заволан, М.; Дэвис, MJ; Уилминг, LG; Айдинис, В.; Аллен, Дж. Э.; Амбези-Импиомбато, А.; Апвейлер, Р.; Атуралия, РН; Бейли, ТЛ; Бансал, М.; Бакстер, Л.; Бейзель, КВ; Берсано, Т.; и др. (2 сентября 2005 г.). «Транскрипционный ландшафт генома млекопитающих». Наука . 309 (5740): 1559–1563. Бибкод : 2005Sci...309.1559F . дои : 10.1126/science.1112014 . ПМИД   16141072 . S2CID   8712839 .
  18. ^ Катаяма, С; Томару, Ю; Касукава, Т; и др. (2 сентября 2005 г.). «Антисмысловая транскрипция в транскриптоме млекопитающих». Наука . 309 (5740): 1564–1566. Бибкод : 2005Sci...309.1564R . дои : 10.1126/science.1112009 . ПМИД   16141073 . S2CID   34559885 .
  19. ^ Карнинчи, Пьеро; Санделин, Альбин; Ленхард, Борис; Катаяма, Синтаро; Симокава, Кадзуро; и др. (2006). «Полногеномный анализ архитектуры и эволюции промотора млекопитающих». Природная генетика . 38 (6): 626–635. дои : 10.1038/ng1789 . ISSN   1546-1718 . ПМИД   16645617 . S2CID   22205897 .
  20. ^ «ФАНТОМ3 - Документы» . fantom.gsc.riken.jp .
  21. ^ «PLOS Genetics: Результаты поиска FANTOM3» . Journals.plos.org .
  22. ^ де Хун, Мишель; Хаясидзаки, Ёсихидэ (апрель 2008 г.). «Глубокий анализ экспрессии генов (CAGE): полногеномная идентификация промоторов, количественная оценка их экспрессии и сетевой вывод» . БиоТехники . 44 Приложение (4): 627–632. дои : 10.2144/000112802 . ПМИД   18474037 .
  23. ^ Сузуки, Харуказу; Консорциум ФАНТОМ; Форрест, Алистер Р.Р.; и др. (2009). «Транскрипционная сеть, которая контролирует остановку роста и дифференцировку в линии клеток миелолейкоза человека» . Природная генетика . 41 (5): 553–562. дои : 10.1038/ng.375 . ISSN   1546-1718 . ПМК   6711855 . ПМИД   19377474 .
  24. ^ Казазян, Х.Х. (12 марта 2004 г.). «Мобильные элементы: движущие силы эволюции генома». Наука . 303 (5664): 1626–1632. Бибкод : 2004Sci...303.1626K . дои : 10.1126/science.1089670 . ПМИД   15016989 . S2CID   1956932 .
  25. ^ Финнеган, Дэвид Дж. (июнь 2012 г.). «Ретротранспозоны» . Современная биология . 22 (11): Р432–Р437. дои : 10.1016/j.cub.2012.04.025 . ПМИД   22677280 .
  26. ^ Jump up to: а б Фолкнер, Джеффри Дж; Кимура, Ясумаса; Дауб, Карстен О; и др. (19 апреля 2009 г.). «Регулируемый транскриптом ретротранспозона клеток млекопитающих». Природная генетика . 41 (5): 563–571. дои : 10.1038/ng.368 . ПМИД   19377475 . S2CID   1150976 .
  27. ^ Jump up to: а б Тафт, Райан Дж; Глазов Евгений А; Клунан, Николь; и др. (19 апреля 2009 г.). «Крошечные РНК, связанные с сайтами начала транскрипции у животных». Природная генетика . 41 (5): 572–578. дои : 10.1038/ng.312 . ПМИД   19377478 . S2CID   39181339 .
  28. ^ Тафт, Райан Дж; Хокинс, Питер Дж; Мэттик, Джон С; Моррис, Кевин В. (2011). «Взаимосвязь между РНК инициации транскрипции и локализацией CCCTC-связывающего фактора (CTCF)» . Эпигенетика и хроматин . 4 (1): 13. дои : 10.1186/1756-8935-4-13 . ПМК   3170176 . ПМИД   21813016 .
  29. ^ Раваси, Тимоти; Сузуки, Харуказу; Каннистрачи, Карло Витторио; и др. (март 2010 г.). «Атлас комбинаторной регуляции транскрипции у мыши и человека» . Клетка . 140 (5): 744–752. дои : 10.1016/j.cell.2010.01.044 . ПМЦ   2836267 . ПМИД   20211142 .
  30. ^ Крац, Антон; Арнер, Эрик; Сайто, Ринтаро; Кубосаки, Ацутака; Каваи, Джун; Сузуки, Харуказу; Карнинчи, Пьеро; Аракава, Такахиро; Томита, Масару; Хаясидзаки, Ёсихидэ; Дауб, Карстен О (2010). «Структура основного промотора и геномный контекст отражают закономерности ацетилирования гистона 3 лизина 9» . БМК Геномика . 11 (1): 257. дои : 10.1186/1471-2164-11-257 . ПМЦ   2867832 . ПМИД   20409305 .
  31. ^ Акалин, Алтуна; Фредман, Дэвид; Арнер, Эрик; Донг, Сяньцзюнь; Брин, Ян; Сузуки, Харуказу; Дауб, Карстен О; Хаясидзаки, Ёсихидэ; Ленхард, Борис (2009). «Транкрипционные особенности регуляторных блоков генома» . Геномная биология . 10 (4): Р38. дои : 10.1186/gb-2009-10-4-r38 . ПМЦ   2688929 . ПМИД   19374772 .
  32. ^ «Публикации ФАНТОМ 4» . fantom.gsc.riken.jp .
  33. ^ Jump up to: а б с д и Ногучи, Сюхей; Аракава, Такахиро; Фукуда, Сиро; и др. (29 августа 2017 г.). «Профили FANTOM5 CAGE образцов человека и мыши» . Научные данные . 4 : 170112. Бибкод : 2017NatSD...470112N . дои : 10.1038/sdata.2017.112 . ПМЦ   5574368 . ПМИД   28850106 .
  34. ^ Лицио, Марина; Харшбаргер, Джейсон; Симодзи, Хисаши; и др. (2015). «Ворота к атласу экспрессии млекопитающих на уровне промотора FANTOM5» . Геномная биология . 16 (1): 22. дои : 10.1186/s13059-014-0560-6 . ПМК   4310165 . ПМИД   25723102 .
  35. ^ Jump up to: а б Консорциум FANTOM RIKEN PMI CLST (DGT); Форрест, Арканзас; Каваджи, Х.; Рели, М.; Бэйли, Дж. К.; Де Хун, MJ; Хаберле, В.; Лассманн, Т.; Кулаковский, ИВ; Лицио, М.; Ито, М.; Андерссон, Р.; Мунгалл, CJ; Михан, Т.Ф.; Шмайер, С.; Бертен, Н.; Йоргенсен, М.; Даймонт, Э.; Арнер, Э.; Шмидл, К.; Шефер, У.; Медведева Ю.А.; Плесси, К.; Витезич, М.; Северин, Дж.; Семпл, К.; Исидзу, Ю.; Янг, РС; Франческатто, М.; и др. (27 марта 2014 г.). «Атлас экспрессии млекопитающих на уровне промотора» . Природа . 507 (7493): 462–470. Бибкод : 2014Natur.507..462T . дои : 10.1038/nature13182 . ПМЦ   4529748 . ПМИД   24670764 .
  36. ^ Андерссон, Робин; Гебхард, Клаудия; Мигель-Эскалада, Ирен; и др. (27 марта 2014 г.). «Атлас активных усилителей типов клеток и тканей человека» . Природа . 507 (7493): 455–461. Бибкод : 2014Natur.507..455A . дои : 10.1038/nature12787 . ПМК   5215096 . ПМИД   24670763 .
  37. ^ Jump up to: а б Канамори-Катаяма, М.; Ито, М.; Каваджи, Х.; и др. (19 мая 2011 г.). «Неамплифицированный кэп-анализ экспрессии генов на секвенаторе одной молекулы» . Геномные исследования . 21 (7): 1150–1159. дои : 10.1101/гр.115469.110 . ПМК   3129257 . ПМИД   21596820 .
  38. ^ Jump up to: а б Арнер, Э.; Дауб, Колорадо; Виттинг-Сируп, К.; и др. (12 февраля 2015 г.). «Транскрибируемые энхансеры возглавляют волны скоординированной транскрипции в переходных клетках млекопитающих» . Наука . 347 (6225): 1010–1014. Бибкод : 2015Sci...347.1010A . дои : 10.1126/science.1259418 . ПМЦ   4681433 . ПМИД   25678556 .
  39. ^ Северин, Джессика; Лицио, Марина; Харшбаргер, Джейсон; и др. (1 марта 2014 г.). «Интерактивная визуализация и анализ крупномасштабных наборов данных секвенирования с использованием ZENBU». Природная биотехнология . 32 (3): 217–219. дои : 10.1038/nbt.2840 . ПМИД   24727769 . S2CID   26575621 .
  40. ^ "ФАНТОМ5_SSTAR" . fantom.gsc.riken.jp .
  41. ^ Роннерблад, М.; Андерссон, Р.; Олофссон, Т.; и др. (26 марта 2014 г.). «Анализ метилома и транскриптома ДНК в гранулопоэзе выявляет временные изменения и динамическое метилирование энхансера» . Кровь . 123 (17): е79–е89. дои : 10.1182/blood-2013-02-482893 . ПМИД   24671952 .
  42. ^ Достопочтенный, Чунг-Чау; Рамиловски, Джордан А.; Харшбаргер, Джейсон; и др. (1 марта 2017 г.). «Атлас длинных некодирующих РНК человека с точными 5'-концами» . Природа . 543 (7644): 199–204. Бибкод : 2017Natur.543..199H . дои : 10.1038/nature21374 . ПМК   6857182 . ПМИД   28241135 .
  43. ^ де Ри, Дерек; Абугессайса, Имад; Алам, Танвир; и др. (21 августа 2017 г.). «Интегрированный атлас экспрессии микроРНК и их промоторов у человека и мыши» . Природная биотехнология . 35 (9): 872–878. дои : 10.1038/nbt.3947 . ПМЦ   5767576 . ПМИД   28829439 .
  44. ^ Jump up to: а б «ФАНТОМ – ФАНТОМ6» . fantom.gsc.riken.jp .
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=FANTOM&oldid=1207630863"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 1485c8449e1838a0197f2172297a13c7__1707974400
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/14/c7/1485c8449e1838a0197f2172297a13c7.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
FANTOM - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)