Синергистота

Синергистота
Научная классификация
Домен:	Бактерии ; Джумас-Билак и др. 2021 год
Тип:	Синергистота ; Джумас-Билак и др. 2009 год
Сорт:	синергия ; Джумас-Билак и др. 2009 год
Заказ:	синергисталес ; Джумас-Билак и др. 2009 год
Семьи
	Ацетомикробиевые ; Аминифиловые ; Аминитиофиловые ; Аминобактерии ; Детиосульфовибрионовые ; синергистовые ; Термосинергистовые ; Термовирговые ;
Синонимы
	«Синергистеота» Орен и др. 2015 год ; «Синергист» Юмас-Билак и др. 2009 год ; «Синергистота» Уитмена и др. 2018 год ;

Synergistota — это тип анаэробных бактерий, которые проявляют грамотрицательное окрашивание и имеют форму палочковидных/вибриоидных клеток. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Хотя Synergistota имеют дидермальную клеточную оболочку, ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} гены различных белков, участвующих в биосинтезе липополисахаридов , еще не обнаружены у Synergistota, что указывает на то, что они могут иметь атипичную внешнюю клеточную оболочку. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} Synergistota обитают в большинстве анаэробных сред, включая желудочно-кишечный тракт животных, почву, нефтяные скважины и очистные сооружения, а также присутствуют в местах заболеваний человека, таких как кисты, абсцессы и участки заболеваний пародонта . ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} Из-за их присутствия в местах, связанных с заболеванием, Synergistota считаются условно-патогенными микроорганизмами, но их также можно обнаружить у здоровых людей в микробиоме пупка и в нормальной флоре влагалища . ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]} Виды этого типа также вовлечены в заболевания пародонта . ^{[ 9 ]} желудочно-кишечные инфекции и инфекции мягких тканей. ^{[ 7 ]} Другие виды этого типа были идентифицированы как вносящие значительный вклад в разложение осадка для производства биогаза в анаэробных варочных котлах и являются потенциальными кандидатами для использования в производстве возобновляемой энергии за счет производства газообразного водорода. ^{[ 10 ]} Все известные виды и роды Synergistota в настоящее время относятся к одному классу (Synergistia), отряду (Synergistiales) и семейству (Synergistaceae). ^{[ 3 ]}

Сравнительная геномика и молекулярные сигнатуры

Недавний сравнительный анализ секвенированных геномов Synergistota привел к идентификации большого количества консервативных сигнатурных инделей (CSI) в белковых последовательностях, которые специфичны либо для всех секвенированных видов Synergistota, либо для некоторых их субкладов, которые наблюдаются на филогенетических деревьях . ^{[ 11 ]} Из идентифицированных CSI 32 в широко распространенных белках, таких как RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA и т. д., включая большую вставку >300 а.к. в белке RpoC присутствуют у различных видов Synergistota, но, за исключением изолированных бактерий, эти CSI не обнаружены в гомологах белка. от всех других организмов. Эти CSI предоставляют новые молекулярные маркеры, позволяющие отличить виды Synergistota от всех других бактерий. ^{[ 11 ]} 13 ак. других CSI в важных белках , семь включая Было обнаружено , что Пятнадцать дополнительных CSI, которые присутствовали только у Jonquetella и Pyramidobacter, указывают на тесную связь между этими двумя видами. ^{[ 11 ]} Наконец, тесная связь между видами Aminomonas и Thermanaerovibrio также подтверждается 9 идентифицированными CSI. Идентифицированные молекулярные маркеры служат надежным средством разделения видов филума Synergistota на промежуточные таксономические ранги, такие как семейства и отряды. ^{[ 11 ]}

Филогения

на основе 16S рРНК ДП _08_2023 ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}

120 однокопийных маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 15 ]}^{[ 16 ]}^{[ 17 ]}

Синергистота

Термосинергисты пирувативораны Yang et al. 2021 год

Ацетомикробий

	A. flavidum Soutschek et al. 1985 год

	A. mobile (Menes & Muxi 2002) Бен Ханиа и др. 2016 год

	A. Hydrogeniformans (Maune & Tanner 2012) Бен Ханиа и др. 2016 год

	A. thermoterrenum (Rees et al. 1997) Ben Hania et al. 2016 год

Thermovirga Lienii Дале и Биркеланд, 2006 г.

Aminithiophilus ramosus Pradel et al. 2023 год

AminiphiluscircscriptusDíaz et al. 2007 год

Aminomonas paucivorans Baena et al. 1999 год

Терманаэровибрио

	T. acidaminovorans (Guangsheng et al. 1997) Baena et al. 1999 год

	Т. velox Заварзина и др. 2000 г.

Synergistes jonesii Allison et al. 1993 год

Клоацибацилла

	J. evryensis Ganesan et al. 2008 год

	C. свиньи Looft et al. 2013 год

Lactivibrio Alcoholus Qiu et al. 2014 год

	Аминивибрио пируватифилус Хонда и др. 2013 год

	Fretibacterium fastidiosum Vartoukian et al. 2013 год

Аминобактерия

A. thunnarium Hamdi et al. 2015 год

	A. colombiense Baena et al. 1999 г. (тип сп.)

	А. Мобил Баена и др. 2000 г.

Jonquetella anthropi Jumas-Bilak et al. 2007 год

Rarimicrobium hominis Jumas-Bilak et al. 2015 год

Пирамидобактерия

	P. piscolens Downes et al. 2009 год

	P. porci Wylensek et al. 2021 год

Детиосульфовибрион

D. salsuginis Диас-Карденас и др. 2010 год

	D. faecalis Grabowski et al. 2022 год

	D. peptidovorans Magot et al. 1997 г. (тип сп.)

D. marinus Surkov et al. 2001

	D. acidaminovorans Сурков и др. 2001 г.

	D. russensis Сурков и др. 2001 г.

Синергистота

Термосинергистовые

Термосинергисты пирувативораны

Ацетомикробиевые

Ацетомикробий

А. желтоватый

	А. гидрогениформанс

	А. термотерренум

Термовирговые	Термовирга лиении

Аминифиловые

Аминифил в описании

синергистовые

Аминомонас пауциворанс

Терманаэровибрио

	Т. ацидаминоворанс

	Т. велокс

" Ка Каккокола "

	« Ca.C.fecigallinarum » Gilroy et al. 2021 год

	« Ca. C. faecipullorum» Gilroy et al. 2021 год

Синергист Джонсий

Клоацибацилла

	C. evryensis

	C. свиньи

Аминобактерии

	Аминивибрио пируватифилус

	Фретибактерия фастидиозум

Аминобактерия

	А. коломбиенсе

	А. мобильный

Детиосульфовибрионовые

Жонкетелла антропи

Пирамидобактерия

	П. писколенс

	П. свиньи

Детиосульфовибрион

Д. сальсугинис

Д. фекалис

	Д. пептидоворанс

	Д. русский

Таксономия

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LSPN). ^{[ 18 ]} и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). ^{[ 19 ]}

Тип Synergistota Jumas-Bilak et al. 2021 год
- Класс Synergistia Jumas-Bilak et al. 2009 год
  - Отряд Synergistales Jumas-Bilak et al. 2009 год
    - Род « Pacaella » Ndongo et al. 2017 год
      - Виды « P. Massiliensis » Ndongo et al. 2017 год
    - Род « кандидат Таммеллы » Hongoh et al. 2007 год
      - Виды ?» Ca. T. caduceus « Hongoh et al. 2007 год
    - Семейство Aminithiophilaceae Pradel et al. 2023 год
      - Род Aminithiophilus Pradel et al. 2023 год
    - Семейство Acetomicrobiaceae Pradel et al. 2023 год
      - Род Acetomicrobium Soutschek et al. 1985 [ Anaerobaculum Rees et al. 1997 ]
    - Семейство Aminiphilaceae Pradel et al. 2023 год
      - Род « Аминирод » Liu et al. 2021 год
        Виды?» A. propionatiphilus « Liu et al. 2021 год
      - Род Aminiphilus Díaz et al. 2007 год
    - Семейство Aminobacteriaceae Pradel et al. 2023 год
      - Род Aminobacterium Baena et al. 1999 год
      - Род Aminivibrio Honda et al. 2013 год
      - Род Fretibacterium Vartoukian et al. 2013 год
      - Род Lactivibrio Qiu et al. 2014 год
    - Семейство Dethiosulfovibrionaceae Pradel et al. 2023 год
      - Род Dethiosulfovibrio Magot et al. 1997 год
      - Род Jonquetella Jumas-Bilak et al. 2007 год
      - Род Pyramidobacter Downes et al. 2009 год
      - Род Rarimicrobium Jumas-Bilak et al. 2015 год
    - Семейство Synergistaceae Jumas-Bilak et al. 2009 [Семейство Clostridiales XV; Thermosynergisaceae Yang et al. 2021 ]
      - Род Aminomonas Baena et al. 1999 год
      - Род « Candidatus Caccocola » Gilroy et al. 2021 год
      - Род Cloacibacillus Ganesan et al. Покупка 2008 года. Лоф и др. 2013 год
      - Род « Candida Equaadaptatus » Gilroy et al. 2022 год
        Виды ?" Ca.E. faecalis " Gilroy et al. 2022 год
      - Род Synergistes Allison et al. 1993 год
      - Род Thermanaerovibrio Baena et al. Покупка 1999 года. Паланиаппан и др. 2013 год
    - Семейство Thermosynergistaceae Yang et al. 2021 год
      - Род Thermosynergites Yang et al. 2021 год
    - Семейство Thermovirgaceae Pradel et al. 2023 год
      - Род Thermovirga Dahle и Birkeland 2006.

См. также

Ссылки

^ Орен А., генеральный менеджер Гаррити (2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД 34694987 .
^ Хугенхольц, П., Хупер, С.Д. и Кирпидес, Северная Каролина (2009). Фокус: синергисты. Окружающая среда. Микробиол. 11, 1327–1329.
^ Jump up to: ^а ^б Джумас-Билак, Э.; Рудьер, Л.; Маршандин, Х. (2009). «Описание нового типа Synergistetes и исправленное описание типа Deferribacteres и семейства Syntropomonadaceae, типа Firmicutes » . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 59 : 1028–1035. дои : 10.1099/ijs.0.006718-0 .
^ Jump up to: ^а ^б Гупта, Р.С. (2011) Происхождение дидермальных (грамотрицательных) бактерий: давление отбора антибиотиков, а не эндосимбиоз, вероятно, привело к эволюции бактериальных клеток с двумя мембранами. Антони ван Левенгук. 100: 171–182
^ Jump up to: ^а ^б Сатклифф, IC (2010). «Взгляд на архитектуру оболочки бактериальных клеток на уровне типа». Тенденции Микробиол . 18 : 464–470. дои : 10.1016/j.tim.2010.06.005 . ПМИД 20637628 .
^ Джумас-Билак, Э.; Карлье, JP; Жан-Пьер, Х.; Цитрон, Д.; Бернард, К.; Дамей, А.; Гей, Б.; Тейсье, К.; Кампос, Дж.; Маршандин, Х. (2007). « Jonquetella anthropi gen. nov., sp. nov., первый представитель кандидатного типа Synergistetes, выделенный от человека» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 57 : 2743–2748. дои : 10.1099/ijs.0.65213-0 . ПМИД 18048718 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Вартукян С.Р., Палмер Р.М. и Уэйд В.Г. (2007). Подразделение «Синергист». Анаэроб. 13, 99–106.
^ Маршанден, Х., Даме, А., Рудьер, Л., Тейсье, К., Зорньотти, И., Дешо, Х., Жан-Пьер, Х., и Жумас-Билак, Э. (2010). Филогения, разнообразие и специализация хозяев в типе Synergistetes с упором на штаммы и клоны человеческого происхождения. Рез. Микробиол. 161, 91–100.
^ Хорц, HP; ДМ Цитрон; Я. Уоррен; Э. Дж. Гольдштейн; Г. Конрадс (август 2006 г.). «Группа синергистов организмов человеческого происхождения» . Журнал клинической микробиологии . 44 (8): 2914–2920. дои : 10.1128/JCM.00568-06 . ПМК 1594628 . ПМИД 16891512 .
^ Ривьер, Д., Девинь, В., Пеллетье, Э., Шоссоннери, С., Гермази, С., Вайссенбах, Дж., Ли, Т., Камачо, П. и Сгир, А. (2009). К определению ядра микроорганизмов, участвующих в анаэробном переваривании ила. ИСМЕ. Дж. 3, 700–714.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Бхандари, В.; Гупта, Р.С. (2012). «Молекулярные признаки типа Synergistetes и некоторых его субкладов». Антони ван Левенгук . 102 : 517–40. дои : 10.1007/s10482-012-9759-2 . ПМИД 22711299 .
^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "bac120_r214.sp_label" . База данных таксономии генома . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ Ж. П. Эзеби. «Синергистетес» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 20 марта 2016 г.
^ Сэйерс; и др. «Синергистетес» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2016 г.

[1] Орен А., генеральный менеджер Гаррити (2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД 34694987 .

[2] Хугенхольц, П., Хупер, С.Д. и Кирпидес, Северная Каролина (2009). Фокус: синергисты. Окружающая среда. Микробиол. 11, 1327–1329.

[Jumas-3] Jump up to: ^а ^б Джумас-Билак, Э.; Рудьер, Л.; Маршандин, Х. (2009). «Описание нового типа Synergistetes и исправленное описание типа Deferribacteres и семейства Syntropomonadaceae, типа Firmicutes » . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 59 : 1028–1035. дои : 10.1099/ijs.0.006718-0 .

[gupta-4] Jump up to: ^а ^б Гупта, Р.С. (2011) Происхождение дидермальных (грамотрицательных) бактерий: давление отбора антибиотиков, а не эндосимбиоз, вероятно, привело к эволюции бактериальных клеток с двумя мембранами. Антони ван Левенгук. 100: 171–182

[Sutcliffe-5] Jump up to: ^а ^б Сатклифф, IC (2010). «Взгляд на архитектуру оболочки бактериальных клеток на уровне типа». Тенденции Микробиол . 18 : 464–470. дои : 10.1016/j.tim.2010.06.005 . ПМИД 20637628 .

[6] Джумас-Билак, Э.; Карлье, JP; Жан-Пьер, Х.; Цитрон, Д.; Бернард, К.; Дамей, А.; Гей, Б.; Тейсье, К.; Кампос, Дж.; Маршандин, Х. (2007). « Jonquetella anthropi gen. nov., sp. nov., первый представитель кандидатного типа Synergistetes, выделенный от человека» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 57 : 2743–2748. дои : 10.1099/ijs.0.65213-0 . ПМИД 18048718 .

[Vartoukian-7] Jump up to: ^а ^б ^с Вартукян С.Р., Палмер Р.М. и Уэйд В.Г. (2007). Подразделение «Синергист». Анаэроб. 13, 99–106.

[8] Маршанден, Х., Даме, А., Рудьер, Л., Тейсье, К., Зорньотти, И., Дешо, Х., Жан-Пьер, Х., и Жумас-Билак, Э. (2010). Филогения, разнообразие и специализация хозяев в типе Synergistetes с упором на штаммы и клоны человеческого происхождения. Рез. Микробиол. 161, 91–100.

[9] Хорц, HP; ДМ Цитрон; Я. Уоррен; Э. Дж. Гольдштейн; Г. Конрадс (август 2006 г.). «Группа синергистов организмов человеческого происхождения» . Журнал клинической микробиологии . 44 (8): 2914–2920. дои : 10.1128/JCM.00568-06 . ПМК 1594628 . ПМИД 16891512 .

[10] Ривьер, Д., Девинь, В., Пеллетье, Э., Шоссоннери, С., Гермази, С., Вайссенбах, Дж., Ли, Т., Камачо, П. и Сгир, А. (2009). К определению ядра микроорганизмов, участвующих в анаэробном переваривании ила. ИСМЕ. Дж. 3, 700–714.

[Bhan-11] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Бхандари, В.; Гупта, Р.С. (2012). «Молекулярные признаки типа Synergistetes и некоторых его субкладов». Антони ван Левенгук . 102 : 517–40. дои : 10.1007/s10482-012-9759-2 . ПМИД 22711299 .

[LTP-12] «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[13] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[14] «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.

[about-15] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-16] "bac120_r214.sp_label" . База данных таксономии генома . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-17] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[18] Ж. П. Эзеби. «Синергистетес» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 20 марта 2016 г.

[NCBI-19] Сэйерс; и др. «Синергистетес» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2016 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]