Синергистота

Синергистота
Научная классификация
Домен:	Бактерии ; Jumas-Bilak et al. 2021
Филум:	Синергистота ; Jumas-Bilak et al. 2009
Сорт:	Синергистия ; Jumas-Bilak et al. 2009
Заказ:	Синергисталес ; Jumas-Bilak et al. 2009
Семьи
	Acetomicrobiaceae ; Aminiphilaceae ; Aminithiophilaceae; Aminobacteriaceae; Dethiosulfovibrionaceae; Synergistaceae; Thermosynergistaceae; Thermovirgaceae;
Synonyms
	"Synergistaeota" Oren et al. 2015; "Synergistetes" Jumas-Bilak et al. 2009; "Synergistota" Whitman et al. 2018;

The Synergistota is a phylum of anaerobic bacteria that show Gram-negative staining and have rod/vibrioid cell shape.^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Хотя у синергистоты есть конверт клеток Diderm, ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} Гены для различных белков, участвующих в биосинтезе липополисахаридов , еще не были обнаружены в Synergistota, что указывает на то, что у них может быть нетипичная оболочка внешних клеток. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} Синергистота обитает в большинстве анаэробных сред, включая желудочно -кишечные тракты животных, почву, нефтяные скважины и очистки сточных вод , и они также присутствуют на местах заболеваний человека, таких как кисты, абсцессы и области заболевания пародонта . ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} Из -за их присутствия на участках, связанных с болезнями, предполагается, что синергистота являются оппортунистическими патогенами, но их также можно найти у здоровых людей в микробиоме пупок и в нормальной влагалищной флоре . ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]} Виды в этом филоме также участвуют в заболевании пародонта , ^{[ 9 ]} Желудочно -кишечные инфекции и инфекции мягких тканей. ^{[ 7 ]} Другие виды из этого филома были идентифицированы как значительные участники в деградации осадка для производства биогаза в анаэробных усваи и являются потенциальными кандидатами для использования в производстве возобновляемых источников энергии посредством их производства водородного газа. ^{[ 10 ]} Все известные виды Synergistota и роды в настоящее время являются частью одного класса (Synergistia), порядка (Synergistiales) и семейства (Synergistaceae). ^[3]

Comparative genomics and molecular signatures

Recent comparative analyses of sequenced Synergistota genomes have led to identification of large numbers of conserved signature indels (CSIs) in protein sequences that are specific for either all sequenced Synergistota species or some of their sub-clades that are observed in phylogenetic trees.^[11] Of the CSIs that were identified, 32 in widely distributed proteins such as RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA, etc., including a large >300 aa insert in the RpoC protein, are present in various Synergistota species, but except for isolated bacteria, these CSIs are not found in the protein homologues from all other organisms. These CSIs provide novel molecular markers for distinguishing Synergistota species from all other bacteria.^[11] Seven other CSIs in important proteins including a 13 aa in RpoB were found to be uniquely present in Jonquetella, Pyramidobacter and Dethiosulfovibrio species indicating a close and specific relationship among these bacteria, which is also strongly supported by phylogenetic trees. Fifteen addition CSIs that were only present in Jonquetella and Pyramidobacter indicate a close association between these two species.^[11] Lastly, a close relationship between the Aminomonas and Thermanaerovibrio species is also supported by 9 identified CSIs. The identified molecular markers provide reliable means for the division of species from the phylum Synergistota into intermediate taxonomic ranks such as families and orders.^[11]

Phylogeny

16S rRNA based LTP_08_2023^[12]^[13]^[14]

120 single copy marker proteins based GTDB 08-RS214^[15]^[16]^[17]

Synergistota

Thermosynergistes pyruvativorans Yang et al. 2021

Acetomicrobium

	A. flavidum Soutschek et al. 1985

	A. mobile (Menes & Muxi 2002) Ben Hania et al. 2016

	A. hydrogeniformans (Maune & Tanner 2012) Ben Hania et al. 2016

	A. thermoterrenum (Rees et al. 1997) Ben Hania et al. 2016

Thermovirga lienii Dahle and Birkeland 2006

Aminithiophilus ramosus Pradel et al. 2023

Aminiphilus circumscriptus Díaz et al. 2007

Aminomonas paucivorans Baena et al. 1999

Thermanaerovibrio

	T. acidaminovorans (Guangsheng et al. 1997) Baena et al. 1999

	T. velox Zavarzina et al. 2000

Synergistes jonesii Allison et al. 1993

Cloacibacillus

	C. evryensis Ganesan et al. 2008

	C. porcorum Looft et al. 2013

Lactivibrio alcoholicus Qiu et al. 2014

	Aminivibrio pyruvatiphilus Honda et al. 2013

	Fretibacterium fastidiosum Vartoukian et al. 2013

Aminobacterium

A. thunnarium Hamdi et al. 2015

	A. colombiense Baena et al. 1999 (type sp.)

	A. mobile Baena et al. 2000

Jonquetella anthropi Jumas-Bilak et al. 2007

Rarimicrobium hominis Jumas-Bilak et al. 2015

Pyramidobacter

	P. piscolens Downes et al. 2009

	P. porci Wylensek et al. 2021

Dethiosulfovibrio

D. salsuginis Díaz-Cárdenas et al. 2010

	D. faecalis Grabowski et al. 2022

	D. peptidovorans Magot et al. 1997 (type sp.)

D. marinus Surkov et al. 2001

	D. acidaminovorans Surkov et al. 2001

	D. russensis Surkov et al. 2001

Synergistota

Thermosynergistaceae

Thermosynergistes pyruvativorans

Acetomicrobiaceae

Acetomicrobium

A. flavidum

	A. hydrogeniformans

	A. thermoterrenum

Thermovirgaceae	Thermovirga lienii

Aminiphilaceae

Aminiphilus circumscriptus

Synergistaceae

Aminomonas paucivorans

Thermanaerovibrio

	T. acidaminovorans

	T. velox

"Ca. Caccocola"

	"Ca. C. faecigallinarum" Gilroy et al. 2021

	"Ca. C. faecipullorum" Gilroy et al. 2021

Synergistes jonesii

Cloacibacillus

	C. evryensis

	C. porcorum

Aminobacteriaceae

	Aminivibrio pyruvatiphilus

	Fretibacterium fastidiosum

Aminobacterium

	A. colombiense

	A. mobile

Dethiosulfovibrionaceae

Jonquetella anthropi

Pyramidobacter

	P. piscolens

	P. porci

Dethiosulfovibrio

D. salsuginis

D. faecalis

	D. peptidovorans

	D. russensis

Taxonomy

The currently accepted taxonomy is based on the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LSPN)^[18] and the National Center for Biotechnology Information (NCBI).^[19]

Phylum Synergistota Jumas-Bilak et al. 2021
- Class Synergistia Jumas-Bilak et al. 2009
  - Order Synergistales Jumas-Bilak et al. 2009
    - Genus "Pacaella" Ndongo et al. 2017
      - Species ?"P. massiliensis" Ndongo et al. 2017
    - Genus "Candidatus Tammella" Hongoh et al. 2007
      - Species ?"Ca. T. caduceiae" Hongoh et al. 2007
    - Family Aminithiophilaceae Pradel et al. 2023
      - Genus Aminithiophilus Pradel et al. 2023
    - Family Acetomicrobiaceae Pradel et al. 2023
      - Genus Acetomicrobium Soutschek et al. 1985 [Anaerobaculum Rees et al. 1997]
    - Family Aminiphilaceae Pradel et al. 2023
      - Genus "Aminirod" Liu et al. 2021
        Species ?"A. propionatiphilus" Liu et al. 2021
      - Genus Aminiphilus Díaz et al. 2007
    - Family Aminobacteriaceae Pradel et al. 2023
      - Genus Aminobacterium Baena et al. 1999
      - Genus Aminivibrio Honda et al. 2013
      - Genus Fretibacterium Vartoukian et al. 2013
      - Genus Lactivibrio Qiu et al. 2014
    - Family Dethiosulfovibrionaceae Pradel et al. 2023
      - Genus Dethiosulfovibrio Magot et al. 1997
      - Genus Jonquetella Jumas-Bilak et al. 2007
      - Genus Pyramidobacter Downes et al. 2009
      - Genus Rarimicrobium Jumas-Bilak et al. 2015
    - Family Synergistaceae Jumas-Bilak et al. 2009 [Clostridiales Family XV; Thermosynergistaceae Yang et al. 2021]
      - Genus Aminomonas Baena et al. 1999
      - Genus "Candidatus Caccocola" Gilroy et al. 2021
      - Genus Cloacibacillus Ganesan et al. 2008 emend. Looft et al. 2013
      - Genus "Candidatus Equadaptatus" Gilroy et al. 2022
        Species ?"Ca. E. faecalis" Gilroy et al. 2022
      - Genus Synergistes Allison et al. 1993
      - Genus Thermanaerovibrio Baena et al. 1999 emend. Palaniappan et al. 2013
    - Family Thermosynergistaceae Yang et al. 2021
      - Genus Thermosynergistes Yang et al. 2021
    - Family Thermovirgaceae Pradel et al. 2023
      - Genus Thermovirga Dahle and Birkeland 2006

References

^ Oren A, Garrity GM (2021). "Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes". Int J Syst Evol Microbiol. 71 (10): 5056. doi:10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987.
^ Hugenholtz, P., Hooper, S.D., and Kyrpides, N.C. (2009). Focus: Synergistetes. Environ. Microbiol. 11, 1327–1329.
^ Jump up to: ^a ^b Jumas-Bilak, E.; Roudiere, L.; Marchandin, H. (2009). "Description of 'Synergistetes' phyl. nov. and emended description of the phylum 'Deferribacteres' and of the family Syntrophomonadaceae, phylum 'Firmicutes'". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59: 1028–1035. doi:10.1099/ijs.0.006718-0.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Gupta, RS (2011) Происхождение бактерий Diderm (грамотрицательного): давление отбора антибиотиков, а не эндосимбиоз, вероятно, приводило к эволюции бактериальных клеток с двумя мембранами. Антони Ван Леувенхук. 100: 171–182
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Сатклифф, IC (2010). «Перспектива уровня типа на архитектуру огибающей бактериальной клеток». Тенденции Микробиол . 18 : 464–470. doi : 10.1016/j.tim.2010.06.005 . PMID 20637628 .
^ Jumas-Bilak, E.; Carlier, JP; Жан-Пьер, Х.; Citron, D.; Бернард, К.; Дамай, А.; Гей, б.; Teyssier, C.; Кампос, Дж.; Marchandin, H. (2007). « Jonquella antropi Gen. Nov., Sp. Nov., первый член кандидата Phylum 'Synergistetes', изолированного от человека» . Инт. Эвол. Микробиол . 57 : 2743–2748. Doi : 10.1099/ijs.0.65213-0 . PMID 18048718 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Vartoukian, SR, Palmer, RM и Wade, WG (2007). Отдел "Synergistes". Анаэроб. 13, 99–106.
^ Marchandin, H., Damay, A., Roudiere, L., Teyssier, C., Zorgniotti, I., Dehhaud, H., Jean-Pierre, H. и Jumas-Bilak, E. (2010). Филогения, разнообразие и специализация хозяина в филоме синергистета с акцентом на штаммы и клоны человеческого происхождения. Резерв Микробиол. 161, 91–100.
^ Хорз, HP; DM Citron; Я Уоррен; EJ Гольдштейн; Г. Конрадс (август 2006 г.). «Synergistes Групповые организмы человеческого происхождения» . Журнал клинической микробиологии . 44 (8): 2914–2920. doi : 10.1128/jcm.00568-06 . PMC 1594628 . PMID 16891512 .
^ Riviere, D., Desvignes, V., Pelletier, E., Chaussonnerie, S., Guermazi, S., Weissenbach, J., Li, T., Camacho, P. и Sgir, A. (2009). Определение ядра микроорганизмов инволюции в анаэробном дайджесте Soundge. Isme. J. 3, 700–714.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Bhandari, v.; Гупта, Р.С. (2012). «Молекулярные сигнатуры для филома -синергистета и некоторых из его подкладов». Антони Ван Леувенхук . 102 : 517–40. doi : 10.1007/s10482-012-9759-2 . PMID 22711299 .
^ "LTP" . Получено 20 ноября 2023 года .
^ «Дерево LTP_ALL в формате Newick» . Получено 20 ноября 2023 года .
^ «LTP_08_2023 Notes» (PDF) . Получено 20 ноября 2023 года .
^ "GTDB Release 08-RS214" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
^ "BAC120_R214.sp_label" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
^ «История таксонов» . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
^ JP Euzéby. "Synergistetes" . Список прокариотических имен с стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 2016-03-20 .
^ Sayers; и др. "Synergistetes" . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) База данных таксономии . Получено 2016-03-20 .

[1] Oren A, Garrity GM (2021). "Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes". Int J Syst Evol Microbiol. 71 (10): 5056. doi:10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987.

[2] Hugenholtz, P., Hooper, S.D., and Kyrpides, N.C. (2009). Focus: Synergistetes. Environ. Microbiol. 11, 1327–1329.

[Jumas-3] Jump up to: ^a ^b Jumas-Bilak, E.; Roudiere, L.; Marchandin, H. (2009). "Description of 'Synergistetes' phyl. nov. and emended description of the phylum 'Deferribacteres' and of the family Syntrophomonadaceae, phylum 'Firmicutes'". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59: 1028–1035. doi:10.1099/ijs.0.006718-0.

[gupta-4] Jump up to: ^а ^{беременный} Gupta, RS (2011) Происхождение бактерий Diderm (грамотрицательного): давление отбора антибиотиков, а не эндосимбиоз, вероятно, приводило к эволюции бактериальных клеток с двумя мембранами. Антони Ван Леувенхук. 100: 171–182

[Sutcliffe-5] Jump up to: ^а ^{беременный} Сатклифф, IC (2010). «Перспектива уровня типа на архитектуру огибающей бактериальной клеток». Тенденции Микробиол . 18 : 464–470. doi : 10.1016/j.tim.2010.06.005 . PMID 20637628 .

[6] Jumas-Bilak, E.; Carlier, JP; Жан-Пьер, Х.; Citron, D.; Бернард, К.; Дамай, А.; Гей, б.; Teyssier, C.; Кампос, Дж.; Marchandin, H. (2007). « Jonquella antropi Gen. Nov., Sp. Nov., первый член кандидата Phylum 'Synergistetes', изолированного от человека» . Инт. Эвол. Микробиол . 57 : 2743–2748. Doi : 10.1099/ijs.0.65213-0 . PMID 18048718 .

[Vartoukian-7] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Vartoukian, SR, Palmer, RM и Wade, WG (2007). Отдел "Synergistes". Анаэроб. 13, 99–106.

[8] Marchandin, H., Damay, A., Roudiere, L., Teyssier, C., Zorgniotti, I., Dehhaud, H., Jean-Pierre, H. и Jumas-Bilak, E. (2010). Филогения, разнообразие и специализация хозяина в филоме синергистета с акцентом на штаммы и клоны человеческого происхождения. Резерв Микробиол. 161, 91–100.

[9] Хорз, HP; DM Citron; Я Уоррен; EJ Гольдштейн; Г. Конрадс (август 2006 г.). «Synergistes Групповые организмы человеческого происхождения» . Журнал клинической микробиологии . 44 (8): 2914–2920. doi : 10.1128/jcm.00568-06 . PMC 1594628 . PMID 16891512 .

[10] Riviere, D., Desvignes, V., Pelletier, E., Chaussonnerie, S., Guermazi, S., Weissenbach, J., Li, T., Camacho, P. и Sgir, A. (2009). Определение ядра микроорганизмов инволюции в анаэробном дайджесте Soundge. Isme. J. 3, 700–714.

[Bhan-11] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Bhandari, v.; Гупта, Р.С. (2012). «Молекулярные сигнатуры для филома -синергистета и некоторых из его подкладов». Антони Ван Леувенхук . 102 : 517–40. doi : 10.1007/s10482-012-9759-2 . PMID 22711299 .

[LTP-12] "LTP" . Получено 20 ноября 2023 года .

[13] «Дерево LTP_ALL в формате Newick» . Получено 20 ноября 2023 года .

[14] «LTP_08_2023 Notes» (PDF) . Получено 20 ноября 2023 года .

[about-15] "GTDB Release 08-RS214" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .

[tree-16] "BAC120_R214.sp_label" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .

[taxon_history-17] «История таксонов» . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .

[18] JP Euzéby. "Synergistetes" . Список прокариотических имен с стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 2016-03-20 .

[NCBI-19] Sayers; и др. "Synergistetes" . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) База данных таксономии . Получено 2016-03-20 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

Comparative genomics and molecular signatures

Phylogeny

Taxonomy

See also

References