Caldibacillus
| Caldibacillus | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| Филум: | |
| Сорт: | |
| Заказ: | |
| Семья: | |
| Род: | Caldibacillus Coorevits et al. 2012
|
| Тип видов | |
| Caldibacillus слаб (Banat et al. 2004) Coorevits et al. 2012
| |
| Разновидность [ 1 ] | |
Caldibacillus является факультативным родом Anaerobe бактерий, который окрашивает грамположительные (за исключением Caldibacillus debilis ) из семейства Bacillaceae . [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] Типовым видом этого рода является Caldibacillus debilis. [ 1 ]
Членами Caldibacillus были ранее виды (за исключением типов видов, Caldibacillus debilis ), принадлежащей Bacillus , роду, который был признан как демонстративная полифильная и филогенетическая гетерогенность из -за расплывчатых критериев [ 5 ] (например, способность формировать эндоспоры в присутствии кислорода) [ 6 ] ранее используется для назначения видов в эту кладу. Многочисленные исследования с использованием сравнительного филогенетического анализа были опубликованы в попытке прояснить эволюционные отношения между видами Bacillus , что привело к созданию многочисленных новых родов, таких как Alkalihalobacillus , Brevibacillus , Solibacillus , Alicycyclobacillus , Virgibacillus и Evansella . [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] Кроме того, род Bacillus был ограничен только для включения видов, тесно связанных с Bacillus subtilis и Bacillus cereus . [ 7 ] [ 12 ]
Название Caldibacillus получено из префикса «-caldi» (от латинского прилагательного Caldus , который переводится как «теплый, горячий») и суффикса «-Bacillus» (от латинского существительного Bacillus , ссылаясь на небольшой персонал или стержень). [ 1 ] Вместе Caldibacillus переводится как теплый бациллы, ссылаясь на термофию организма.
Биохимические характеристики и молекулярные подписи
[ редактировать ]Члены этого рода являются аэробными или факультативно анаэробными и встречаются в основном в солевых озерах. Все участники могут производить эндоспоры, а некоторые - подвижные. Диапазон температуры для роста составляет 25–70 ° C. Для некоторых видов оптимальная температура роста находится в диапазоне 30–37 ° C, в то время как несколько других видов, таких как C. debilis и C. thermoamylovorans, являются облигационными термофилами с оптимальными температурами роста 65 и 50 ° C, соответственно. [ 12 ]
Genomic analyses identified eight conserved signature indels (CSIs) that are exclusively present in this genus in the following proteins: DHH family phosphoesterase, tRNA uridine-5- carboxymethylaminomethyl(34) synthesis enzyme MnmG, O-succinylbenzoate-CoA ligase , tetratricopeptide repeat protein , D-аланил-D-аланиновый карбоксипептидаза , рибонуклеаза z , белок покойной компетенции и ДНК-полимеразы III . субъединица [ 12 ] Эти CSI обеспечивают надежный молекулярный метод дифференциации видов Caldibacillus от других родов Bacillaceae и бактерий.
Таксономия
[ редактировать ]Caldibacillus , по состоянию на май 2021 года, содержит в общей сложности 6 видов с обоснованно опубликованными названиями. [ 1 ] Этот род был идентифицирован как монофилетическая клада и филогенетически не связан с другими видами Bacillus в исследованиях, изучающих таксономические отношения в Bacillus . [ 12 ] Эта схема ветвления также наблюдается в базе данных таксономии генома (GTDB). [ 13 ]
Обнаружено также, что два неисправных опубликованных вида, «Bacillus andreaoultii» и «Bacillus kwashiorkori», группируются с другими членами Caldibacillus в филогенетических деревьях, а также имеют те же молекулярные маркеры в форме консервативных сигнатурных индел (CSIS). [ 12 ] Тем не менее, его передача не была официально предложена из -за отсутствия информации о напряжении культуры. Дальнейший пересмотр этого рода требуется, поскольку обнаружены и назначены новые геномы и новые виды.
Филогения
[ редактировать ]Принятая в настоящее время таксономия основана на списке прокариотических имен в номенклатуре (LPSN) [ 1 ] и Национальный центр информации о биотехнологии (NCBI) [ 14 ]
| 16S RRNA на основе LTP _01_2022 [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ] | 120 маркерных белков на основе GTDB 07-RS207 [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
Смотрите также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в дюймовый и JP Euzéby. "Caldibacillus" . Список прокариотических имен с стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 2022-09-09 .
- ^ Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М. (2012). Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М (ред.). «НОМЕНКЛАТУРА Аннотация для Caldibacillus coorevits et al. 2012». Название Afforlife Abstracts . doi : 10.1601/nm.23151 (неактивный 2024-04-17).
{{cite journal}}: CS1 Maint: doi неактивен с апреля 2024 года ( ссылка ) - ^ "Caldibacillus" . Www.uniprot.org .
- ^ Wushke, S; Spicer, V; Чжан, XL; Fristensky, B; Krokhin, OV; Левин, DB; Cicek, n; Sparling, R (июль 2017 г.). «Понимание аэробного/анаэробного метаболизма в Caldibacillus debilis посредством сравнения с модельными организмами». Систематическая и прикладная микробиология . 40 (5): 245–253. doi : 10.1016/j.syapm.2017.03.004 . PMID 28527624 .
- ^ Эш, Кэрол; Фарроу, Jae; Wallbanks, Салли; Коллинз, MD (2008-06-28). «Филогенетическая гетерогенность рода Bacillus выявлена в результате сравнительного анализа последовательностей с малой субъединичной рибосом» . Письма в прикладной микробиологии . 13 (4): 202–206. doi : 10.1111/j.1472-765x.1991.tb00608.x . ISSN 0266-8254 . S2CID 82988953 .
- ^ Логан, На; Berge, O.; Епископ, ах; Бусс, Х.-Дж.; De Vos, P.; Фрице, Д.; Heyndrickx, M.; Kampfer, P.; Rabinovitch, L.; Salkinoja-Salonen, MS; Селдин Л. (2009-06-30). «Предлагаемые минимальные стандарты для описания новых таксонов аэробных бактерий, формирующих эндопор» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (8): 2114–2121. doi : 10.1099/ijs.0.013649-0 . ISSN 1466-5026 . PMID 19567583 .
- ^ Jump up to: а беременный Патель, Судип; Гупта, Радхей С. (2020-01-01). "Филогеномическая и сравнительная геномная структура для разрешения полифили рода Bacillus: предложение для шести новых родов видов Bacillus, Peribacillus Gen. Nov., Cytobacillus Gen. Nov., Mesobacillus Gen. Nov., Neobacillus Gen. Nov., Metabacillus. Генерал . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (1): 406–438. doi : 10.1099/ijsem.0.003775 . ISSN 1466-5026 . PMID 31617837 .
- ^ Шида, О.; Takagi, H.; Кадоваки, К.; Kogagata, K. (1996-10-01). «Предложение для двух новых родов, Brevibacillus Gen. Nov. Nov. и Aneurinibacillalus Gen. Nov » Международный журнал систематической бактериологии 46 (4): 939–9 Doi : 10.1099/ 00207713-46-4-9 ISSN 0020-7 PMID 8863420
- ^ Wisotzkey, JD; Jurtshuk, P.; Фокс, GE; Deinhard, G.; Poralla, K. (1992-04-01). «Сравнительные анализы последовательности на 16S рРНК (рДНК) бациллускоцицицихиального, ацилцилл -ацилсов и бациллуогептаникуса и предложение о создании нового рода, Gen Alicyclobacillus nov» . Международный журнал систематической бактериологии . 42 (2): 263–269. doi : 10.1099/00207713-42-2-263 . ISSN 0020-7713 . PMID 1374624 .
- ^ Муаль, Пунам; Сингх, Нитин Кумар; Верма, Ашиш; Шуман, Петр; Кришнамурти, Шринивасан; Dastager, Сайед; Mayilraj, Shanmugam (2016-05-01). «Реклассификация Bacillus isronensis Shivaji et al. 2009 как Solibacillus isronensis Comb. Nov. И построено описание рода Solibacillus Krishnamurthi et al. 2009» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 66 (5): 2113–2120. doi : 10.1099/ijsem.0.000982 . ISSN 1466-5026 . PMID 26907585 .
- ^ Heyndrickx, M.; Lebbe, L.; Kersters, K.; Хост, Б.; Де Вахтер, Р.; De Vos, P.; Forsyth, G.; Logan, NA (1999-07-01). «Предложение Virgibacillus proomii sp. Nov. И построено описание Virgibacillus pantothenticus (Proom and Knight 1950) Heyndrickx et al. 1998» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 49 (3): 1083–1090. doi : 10.1099/00207713-49-3-1083 . ISSN 1466-5026 . PMID 10425765 .
- ^ Jump up to: а беременный в дюймовый и фон Гупта, Радхей С.; Патель, Судип; Саини, Навнет; Чен, Шу (2020-11-01). "Надежная демаркация 17 различных видов Bacillus, предложенных как новые роды Bacillaceae, Phylogenomics и сравнительный геномный анализ: описание Robertmurraya kyonggiensis sp. Nov. И предложение для полученного рода Bacillus, ограничивающий его только членам Subtilis и Cereus clades. видов " . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5753–5798. doi : 10.1099/ijsem.0.004475 . ISSN 1466-5026 . PMID 33112222 .
- ^ "Gtdb - дерево" . gtdb.ecogenomic.org . Получено 2021-05-28 .
- ^ Sayers; и др. "Caldibacillus" . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) База данных таксономии . Получено 2022-09-09 .
- ^ "LTP" . Получено 23 февраля 2022 года .
- ^ «Дерево LTP_ALL в формате Newick» . Архивировано из оригинала 4 сентября 2022 года . Получено 23 февраля 2022 года .
- ^ «LTP_01_2022 Notes» (PDF) . Получено 23 февраля 2022 года .
- ^ "GTDB Release 07-RS207" . База данных таксономии генома . Получено 20 июня 2022 года .
- ^ "BAC120_R207.SP_LABELS" . База данных таксономии генома . Получено 20 июня 2022 года .
- ^ «История таксонов» . База данных таксономии генома . Получено 20 июня 2022 года .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Вушке, Скотт; Левин, Дэвид Б.; Cicek, Nazim; Спарлинг, Ричард; Parales, re (15 августа 2015 г.). «Факультативный Anaerobe Caldibacillus debilis GB1: Характеристика и использование в спроектированном аэротолерантном сокультуре с целлюлозой с Throstridium Thermocellum» . Прикладная и экологическая микробиология . 81 (16): 5567–5573. doi : 10.1128/aem.00735-15 . PMC 4510191 . PMID 26048931 .
 | Эта статья, связанная с Bacillota, является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |