Белок 39B с тетратрикопептидным повтором
| ТТС39Б | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | TTC39B , C9orf52, тетратрикопептидный повторный домен 39B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Опустить : 613574 ; МГИ : 1917113 ; Гомологен : 25228 ; Генные карты : TTC39B ; ОМА : TTC39B — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Белок 39B с тетратрикопептидным повтором представляет собой белок , который у человека кодируется геном TTC39B . TTC39B также известен как C9orf52 или FLJ33868. Основной особенностью тетратрикопептидного повтора 39B является домен неизвестной функции 3808 (DUF3808), охватывающий большую часть белка.
Ген
[ редактировать ]
Ген TTC39B расположен на коротком плече девятой хромосомы в районе 9p22.3. Геномная ДНК имеет длину 136 517 оснований, состоит из 39 интронов и 20 экзонов и находится на минус-цепи. мРНК имеет длину 3276 оснований. TTC39B окружен LOC100419056, хлоридным каналом, чувствительным к напряжению 3 псевдогеном . [ 5 ]
Функция
[ редактировать ]Ожидается, что TTC39B будет выполнять функцию молекулярного связывания, а также участвовать в регуляции липидов; фенотип , а также функция in vivo неизвестны. [ 6 ]
Гомология и эволюция
[ редактировать ]Паралоги
[ редактировать ]Есть два известных паралога TTC39B: TTC39A и TTC39C. TTC39A имеет две изоформы сплайсинга, а TTC39C имеет три изоформы сплайсинга.
TTC39A был протестирован на связь с такими заболеваниями, как новообразования молочной железы , и ожидается, что он обладает функцией молекулярного связывания и локализуется в различных компартментах ( внеклеточном пространстве , мембране , ядре ). [ 7 ]
Ожидается, что TTC39C локализуется в цитоплазме . не Фенотип обнаружен, и функция гена in vivo неизвестна. [ 8 ]
Ортологи
[ редактировать ]| Род и вид | Общее имя | Процентная идентичность РНК | Дивергенция |
|---|---|---|---|
| Пан паниск | Бонобо | 99% | 6,3 млн лет назад |
| Пан-троглодиты | Шимпанзе | 99% | 6,3 млн лет назад |
| Горилла горилла горилла | Горилла | 99% | 8,8 млн лет назад |
| Номаск лейкогенис | Гиббон | 98% | 20,4 млн лет назад |
| Папио анубис | Бабуин | 97% | 29,0 млн лет назад |
| Понго пигмей | Орангутан | 97% | 15,7 млн лет назад |
| Каллитрикс Якх | Мартышка | 96% | 42,6 млн лет назад |
| Боливийский боливийский саймири | Беличья обезьяна | 94% | 42,6 млн лет назад |
| Знакомая волчья собака | Собака | 91% | 94,2 млн лет назад |
| Отолемур гранаттии | Бушбэби | 90% | 74,0 млн лет назад |
| Кот | Кот | 89% | 94,2 млн лет назад |
| Бос Телец | Корова | 88% | 94,2 млн лет назад |
| Крицетулюс серый | Хомяк | 87% | 92,3 млн лет назад |
| Овен овца | Овца | 85% | 94,2 млн лет назад |
| Раттус норвегикус | Крыса | 85% | 92,3 млн лет назад |
Отдаленные гомологи
[ редактировать ]| Род и вид | Общее имя | Процентная идентичность РНК | Дивергенция |
|---|---|---|---|
| Саркофил harrisii | Тасманийский дьявол | 78% | 162,6 млн лет назад |
| Петух есть петух | Курица | 75% | 296,0 млн лет назад |
| Тениопигия гуттата | Зебра-зяблик | 75% | 296,0 млн лет назад |
| Анолис Каролинский | Ящерица | 75% | 296,0 млн лет назад |
| Ксенопус левис | Лягушка | 74% | 371,2 млн лет назад |
Филогения
[ редактировать ]TTC39B консервативен в организмах от человека до платихельминтов и не консервативен в дрожжах и грибах.
Белок
[ редактировать ]Ген TTC39B имеет пять различных вариантов транскрипта, каждый из которых кодирует отдельный белок. В этой статье основное внимание уделяется тетратрикопептидному повтору белка 39B, изоформе 1, самому длинному из всех белков. При трансляции белок TTC39B состоит из 682 аминокислот и имеет молекулярную массу 76 955,64 кДа. Изоэлектрическая точка белка составляет 7,16 pH. [ 9 ]
Сохранение
[ редактировать ]Закрыть ортологи:
| Род и вид | Общее имя | Процентная идентичность белка | Дивергенция |
|---|---|---|---|
| Пан-троглодиты | Шимпанзе | 99% | 6,3 млн лет назад |
| Пан паниск | Бонобо | 99% | 6,3 млн лет назад |
| Номаск лейкогенис | Гиббон | 98% | 20,4 млн лет назад |
| Папио анубис | Бабуин | 98% | 29,0 млн лет назад |
| Каллитрикс Якх | Мартышка | 97% | 42,6 млн лет назад |
| Боливийский боливийский саймири | Беличья обезьяна | 96% | 42,6 млн лет назад |
| Heterocephalus glaber | Голый землекоп | 92% | 92,3 млн лет назад |
| Знакомая волчья собака | Собака | 91% | 94,2 млн лет назад |
| Крицетулюс серый | Хомяк | 90% | 92,3 млн лет назад |
| Овен овца | Овца | 89% | 94,2 млн лет назад |
| Морские свинки | Морская свинка | 86% | 92,3 млн лет назад |
Отдаленные ортологи:
| Род и вид | Общее имя | Процентная идентичность белка | Дивергенция |
|---|---|---|---|
| Саркофил harrisii | Тасманийский дьявол | 73% | 162,6 млн лет назад |
| Тениопигия гуттата | Зебра-зяблик | 72% | 296,0 млн лет назад |
| Птеропус был выбран | Один | 55% | 94,2 млн лет назад |
| Бос Телец | Корова | 54% | 94,2 млн лет назад |
| Раттус норвегикус | Крыса | 54% | 92,3 млн лет назад |
| Петух есть петух | Курица | 54% | 296,0 млн лет назад |
| Дания рерио | данио | 54% | 400,1 млн лет назад |
| Крассострея гигантская | устрица | 50% | 782,7 млн лет назад |
| Кампонотус Флориданус | Муравей | 43% | 782,7 млн лет назад |
| Стеклянная ручка Насония | Оса | 42% | 782,7 млн лет назад |
| Циона кишечная | Урохордата | 40% | 722,5 млн лет назад |
| Клонорхис китайский | Печеночный сосальщик | 35% | 792,4 млн лет назад |
Домены и мотивы
[ редактировать ]Домен неизвестной функции 3808 (DUF3808) сохраняется от грибов до человека и в настоящее время имеет неизвестную функцию. Он расположен от аминокислоты 142 до 568 (длина 427 аминокислот). Белки этого семейства также содержат на С-конце домен TPR_2 , функция которого также неизвестна. [ 10 ]
Другим консервативным доменом белка TTC39B является тетратрикопептидный повтор TPR_12. Он расположен от аминокислоты 600 до 658 (длина 59 аминокислот). [ 11 ] Домены TPR обнаружены во многих белках, которые облегчают специфические взаимодействия с белком-партнером. Трехмерные структурные данные показали, что область TPR образует две антипараллельные альфа-спирали . Мотивы TPR, расположенные один перед другим, создают правостороннюю спиральную структуру с амфипатическим каналом, который, возможно, может вмещать комплементарную область целевого белка. Большинство TPR-содержащих белков связаны с мультибелковыми комплексами, и имеется обширное свидетельство того, что мотивы TPR важны для функционирования шаперонов, клеточного цикла, транскрипции и белковых транспортных комплексов. [ 12 ] В белке TTC39B обнаружены еще два домена TPR: TPR1, который охватывает аминокислоты с 393 по 426 (длиной 34 аминокислоты) и TPR2, который охватывает аминокислоты с 626 по 659 (также длиной 34 аминокислоты). [ 13 ]
TTC39B содержит три трансмембранных участка, все из которых расположены в регионе DUF3808. [ 14 ] Поскольку существует три трансмембранных участка, N-конец и С-конец белка будут находиться на противоположных сторонах плазматической мембраны.
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]Сайты фосфорилирования : [ 15 ]
| Аминокислота | Позиция |
|---|---|
| Серин (S) | 28, 32, 42, 51, 61, 62, 72, 91, 93, 94, 96, 101, 102, 107, 120, 123, 124, 125, 126, 127, 134, 148, 165, 173, 194, 215, 217, 218, 221, 224, 229, 270, 279, 305, 313, 329, 344, 347, 350, 365, 393, 421, 454, 461, 464, 477, 500, 509, 524, 526, 548, 551, 557, 573, 578, 580, 614, 634, 638, 660, 663, 680, 681 |
| Треонин (Т) | 89, 100, 110, 121, 128, 152, 174, 183, 202, 211, 250, 269, 356, 362, 370, 467, 487, 493, 512, 563, 628, 651 |
| Тирозин (Y) | 167, 172, 206, 210, 239, 271, 274, 295, 363, 398, 434, 451, 452, 453, 468, 523, 542, 608, 620, 623, 636, 656, 659 |
Вероятность сумойлирования мест [ 16 ] (выделено жирным шрифтом):
| Нет. | Позиция | Группа | Счет |
|---|---|---|---|
| 1 | 619 | ЕСЕКЛ Л К ЯД ХИЛВП | 0.91 |
| 2 | 262 | НМИНФ И К ГГ ЛКИРТ | 0.77 |
| 3 | 302 | ЭФЭГГ В К ЛГ СГАФН | 0.76 |
| 4 | 133 | СТКВД Л К СГ ЛИКА | 0.73 |
Существует один возможный сайт N-гликозилирования у аминокислоты 391, однако, поскольку белок TTC39B не содержит сигнального пептида, маловероятно, что это гликозилирование действительно происходит.
Вторичная структура
[ редактировать ]Согласно анализу вторичной структуры белка, TTC39B, скорее всего, экспрессируется в эндоплазматическом ретикулуме , митохондриях и аппарате Гольджи . [ 14 ]
Третичная и четверичная структура
[ редактировать ]Белок TTC39B сворачивается в альфа-альфа-суперспираль. 40% его структуры совпадает с d1w3ba, суперспиральным доменом о-связанной трансферазы GlcNAc. O-GlcNAc связывает метаболический статус с регуляцией широкого спектра клеточных сигнальных путей, действуя в качестве сенсора питательных веществ. [ 17 ]
Выражение
[ редактировать ]Промотор и стартовый сайт транскрипции
[ редактировать ]Промотор . TTC39B начинается с пары оснований 15 307 109 и заканчивается парой оснований 15 307 858 Его длина составляет 750 пар оснований. Сайт начала транскрипции изоформы 1 белка TTC39B расположен от пар оснований 15 307 340 до 15 307 389 и имеет длину 50 пар оснований.
Профиль выражения
[ редактировать ]TTC39B хорошо экспрессируется в мышцах, внутренних органах, органах секреции, репродуктивных органах, иммунной и нервной системах. [ 6 ] TTC39B экспрессируется во многих тканях: яичках , легких , островках Лангерганса , поджелудочной железе , почках , зародышевых клеток опухолях , карциноме молочной железы и т. д. [ 6 ]
Варианты транскрипта
[ редактировать ]Существует пять различных вариантов транскрипта гена TTC39B. Изоформа 1 является самым длинным транскриптом и кодирует самую длинную изоформу. Изоформа 2 использует альтернативный сайт сплайсинга внутри рамки в центральной кодирующей области по сравнению с вариантом 1, что приводит к более короткому белку. Изоформы 3 и 4 имеют множественные различия в центральной кодирующей области, но сохраняют рамку считывания по сравнению с изоформой 1. Изоформа 5 отличается 5'-UTR и имеет несколько различий в кодирующей области по сравнению с вариантом 1. Эти различия вызывают инициацию трансляции в -фрейм ниже AUG и приводит к тому, что изоформа 5 имеет более короткий N-конец по сравнению с изоформой 1. [ 18 ]
Взаимодействующие белки
[ редактировать ]Связывающие факторы транскрипции
[ редактировать ]Сайты связывания факторов транскрипции: [ 19 ]
| Матричная семья | Подробная информация о семье | От | К | Стрэнд | Сходство | Последовательность (ЗАГЛАВНЫМИ БУКВАМИ: основная последовательность) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| V$PLAG | плеоморфной аденомы Ген | 51 | 73 | (+) | 1.000 | таGGGGgaagtagaggagttcca |
| V$TALE | TALE Класс гомеодомена , распознающий мотивы TG | 157 | 173 | (+) | 1.000 | ggtggtgtGTCAgaggc |
| V$ZF02 | C2H2 2 цинковых пальцев Факторы транскрипции | 294 | 316 | (-) | 1.000 | cagcgCCCCacctggggtccgtg |
| V$MIZ1 | Myc -взаимодействующий белок 1 с цинковыми пальцами | 417 | 427 | (-) | 1.000 | cacgcCCTCtg |
| О$TF2B | РНК-полимеразы II Транскрипционный фактор II B | 517 | 523 | (-) | 1.000 | ccgCGCC |
Клеточные белки
[ редактировать ]TTC39B взаимодействует с убиквитином C (UBC), предшественником полиубиквитина. Конъюгация мономеров или полимеров убиквитина приводит к различным эффектам внутри клетки. Убиквитинирование связано с деградацией белков , репарацией ДНК , регуляцией клеточного цикла , киназы модификацией , эндоцитозом и регуляцией других клеточных сигнальных путей. [ 20 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]Ассоциация заболеваний
[ редактировать ]В локусе хромосомы 9p22, который, как было установлено, связан с липопротеинами высокой плотности (HDL-C), TTC39B был единственным из нескольких генов в этом локусе, имеющим eQTL в печени, при этом аллель, связанная со снижением экспрессии, коррелирует с повышенным уровнем HDL. -С. Нокдаун мышиного ортолога TTC39B с помощью вирусного вектора (50% нокдаун) приводил к значительно более высоким уровням холестерина ЛПВП в плазме через 4 и 7 дней. Данные указывают на то, что TTC39B является геном, ответственным за регуляцию липидов. [ 21 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000155158 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038172 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «LOC100419056 хлоридный канал, чувствительный к напряжению 3 псевдоген» . НКБИ . Проверено 13 мая 2013 г.
- ^ Jump up to: а б с «TTC39B, подробная аннотация генов человека, мыши и червя с помощью мРНК или ESTsAceView» . ЭйсВью . Проверено 13 мая 2013 г.
- ^ «TTC39A, полная аннотация генов человека, мыши и червя с помощью мРНК или ESTsAceView» . ЭйсВью . Проверено 13 мая 2013 г.
- ^ «TTC39C, подробная аннотация генов человека, мыши и червя с помощью мРНК или ESTsAceView» . ЭйсВью . Проверено 13 мая 2013 г.
- ^ «Тетратрикопептидный повтор белка 39B, изоформа 1 [Homo sapiens] - Белок - NCBI» .
- ^ «НЦБИ» . Проверено 9 мая 2013 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «НЦБИ» . Проверено 9 мая 2013 г.
- ^ Блатч Г.Л., Лессле М. (ноябрь 1999 г.). «Повтор тетратрикопептида: структурный мотив, опосредующий белок-белковые взаимодействия». Биоэссе . 21 (11): 932–9. doi : 10.1002/(SICI)1521-1878(199911)21:11<932::AID-BIES5>3.0.CO;2-N . ПМИД 10517866 .
- ^ «NP_689787.2: Продукт гена TTC39B [Homo sapiens]» . НКБИ . Проверено 13 мая 2013 г.
- ^ Jump up to: а б «Биологический верстак» . Инструментарий биологии SDSC . Проверено 13 мая 2013 г.
- ^ «Сервер NetPhos 2.0» . Центр анализа биологических последовательностей . Проверено 13 мая 2013 г.
- ^ «SUMOsp 2.0 — Прогнозирование сайта SUMOylation» . Рабочая группа «КУКУШКА» . Архивировано из оригинала 10 мая 2013 года . Проверено 13 мая 2013 г.
- ^ Лазарус М.Б., Нам Ю., Цзян Дж., Слиз П., Уокер С. (январь 2011 г.). «Структура трансферазы O-GlcNAc человека и ее комплекса с пептидным субстратом» . Природа . 469 (7331): 564–7. Бибкод : 2011Natur.469..564L . дои : 10.1038/nature09638 . ПМК 3064491 . ПМИД 21240259 .
- ^ «Домен 39B повтора тетратрикопептида TTC39B [Homo sapiens (человек)]» . НКБИ . Проверено 13 мая 2013 г.
- ^ «Программа запуска GEMS: Matlnspector: поиск сайтов связывания факторов транскрипции» . Пакет программного обеспечения Genomatix . Проверено 13 мая 2013 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «UBC Gene – GeneCards» . Генные карты . Проверено 13 мая 2013 г.
- ^ Теслович Т.М., Мусунуру К., Смит А.В. и др. (август 2010 г.). «Биологическая, клиническая и популяционная значимость 95 локусов липидов крови» . Природа . 466 (7307): 707–13. Бибкод : 2010Natur.466..707T . дои : 10.1038/nature09270 . ПМК 3039276 . ПМИД 20686565 .