Генографический проект

Генографический проект , запущенный 13 апреля 2005 года Национальным географическим обществом и IBM , представлял собой генетическое антропологическое исследование (продажи прекращены 31 мая 2019 года), целью которого было составить карту исторических моделей миграции человека путем сбора и анализа образцов ДНК . ^[1] Заключительным этапом проекта стал Geno 2.0 Next Generation. ^[2] После закрытия сайта к проекту присоединились 1 006 542 участника из более чем 140 стран. ^{[ нужна ссылка ]}

История проекта

Начало

Генографический проект , созданный и возглавляемый директором проекта Спенсером Уэллсом в 2005 году, представлял собой частное некоммерческое сотрудничество между Национальным географическим обществом , IBM и Фондом Уэйта. ^[3] Полевые исследователи в одиннадцати региональных центрах по всему миру начали со сбора образцов ДНК коренного населения. С осени 2015 года проект возглавил Мигель Вилар. ^[4]

Осенью 2012 года Генографический проект объявил о завершении создания нового массива генотипирования , посвященного генетической антропологии , под названием GenoChip . GenoChip специально разработан для антропологического тестирования и включает SNP из аутосомной ДНК , X-хромосомы ДНК Y-хромосомы , ДНК и митохондриальной ДНК (мтДНК). Дизайн нового чипа стал результатом совместных усилий Уэллса из National Geographic, Эрана Элхайка из Johns Hopkins , Family Tree DNA и Illumina . ^[5]

Осенью 2015 года совместными усилиями Вилара, ведущего генографического ученого, и компании Family Tree DNA был разработан новый чип. ^{[ нужна ссылка ]}

Весной 2019 года было объявлено, что проект Geno завершился, но результаты будут доступны в Интернете до 2020 года. В июле 2020 года сайт был закрыт.

Гено 2.0

Анализ аутосомных примесей, разработанный Уэллсом и Элхайком, классифицирует людей путем оценки их пропорций геномного происхождения, связанных с девятью регионами предков: Восточной Азии , Средиземноморья , Южной Африки , Юго-Западной Азии , Океании , Юго-Восточной Азии , Северной Европы , стран Африки к югу от Сахары и коренных американцев. . ^[6]

Население	Средиземноморский	Североевропейский	Юго-Западная Азия	Африка к югу от Сахары	Южноафриканский	Восточноазиатский	Юго-Восточная Азия	коренной американец	Океанский	Общий
Алтайский	2	17	22			53		4		98
Индеец (Мексика)	4	5	3			4		83		99
Бермудский	15	20	7	48	3		7	4		100
Британский	33	50	17							100
болгарский	47	31	20			2				100
китайский						72	28			100
датский	30	53	16							99
Доминиканский	29	11	1	47	1	1	1	4		95
Восточная Индия	2	2	43				50		2	99
Египетский	65		18	14						97
финский	17	57	17			7				98
грузинский	61	7	31							99
немецкий	36	46	17							99
Греческий	54	28	17							99
иберийский	48	37	13							98
Иранский	42	8	42			5				97
японский						75	25			100
Хойсан				47	52					99
Ужасный						57	43			100
Кувейтский	57	4	27	8		2				98
ливанский	66	5	26	2						99
Лухья	2			89	8					99
малагасийский	2			57	4	15	20			98
Мексиканский	28	20	8	4			2	36		98
Монгольский		6	12			67	9	4		98
Северокавказский	46	16	33			4				99
Северный Индийский	6	5	34			26	27			98
Океанский							12		88	100
папуас						5	4		91	100
Хайленд Перуанский	2	2						95		99
Перуанцы	15	10	3	2				68		98
Пуэрториканец	31	21	9	25	2			11		99
румынский	43	36	19			2				100
русские	25	51	18			4				98
Сардинский	67	24	8							99
Южная Индия	4	2	58				35			99
Таджикистан	22	22	44			10				98
татарский	21	40	21			16				98
тунисский	62	6	10	19			2			99
Тосканский	54	28	17							99
Вануату						4	15		78	97
Западная Индия	9	6	58				26			99
Йоруба люди				97	3					100

Гено 2.0 следующего поколения

В 2016 году в проекте начали использовать новейшие ^[2] Секвенирование спиральной ДНК для Geno 2.0 Next Generation, ^[2]^[7] текущий этап генографического проекта. По сравнению с предыдущими этапами, на которых использовалось девять региональных связей, Geno 2.0 Next Generation анализирует современное коренное население по всему миру, используя 18 или 22 региональных принадлежности. ^[8] Используя набор для сбора ДНК, Helix получает образец слюны участника, который затем анализируется на наличие геномных идентификаторов, которые обеспечивают беспрецедентные возможности. ^[2] понимание генетического происхождения человека. ^[2] Затем данные загружаются в базу данных ДНК генографического проекта. ^[2]

Эталонные популяции следующего поколения на основе биогеографического происхождения ^[9]
Население	Аравия	Малая Азия	Центральная Азия	Восточная Африка	Восточная Европа	Великобритания и Ирландия	Еврейская диаспора	Северная Африка	Южная Африка	Южная Азия	Юго-Западная Азия и Персидский залив	Южная Европа	Западная и Центральная Африка
Афроамериканец (Юго-Запад США)				2%		4%			9%			3%	81%
Египетский		3%		3%			4%	68%			17%	3%
Эфиопский	11%			64%				5%	7%	8%			5%
Греческий		9%			7%		2%	2%				79%
Иранский	56%	6%	4%	4%				2%		24%		2%
Кувейтский		7%		3%				4%			84%
Лухья (Кения)				81%				4%	4%	4%	2%		5%
тунисский								88%			4%	5%	2%
Йорубан (Западная Африка)				2%				3%	6%				89%

Волонтерское участие

Участие общественности генографического проекта

С 2005 по 2019 год компания Genographic привлекала волонтеров (к полевым работам и предоставлению образцов ДНК) и гражданские научные проекты. В это время Национальное географическое общество продавало некоммерческие наборы для самотестирования представителям широкой общественности, которые хотели участвовать в проекте в качестве «гражданских ученых». Подобная поддержка участия общественности в исследованиях поощряется такими организациями, как Международное общество генетической генеалогии (ISOGG), которое стремится продвигать преимущества научных исследований. ^[10]^[11]^[12] Это включает поддержку, организацию и распространение личного ДНК-тестирования (генетического).

ISOGG поддерживает участие граждан в генетических исследованиях. ^[13] и считает, что такие волонтеры предоставили ценную информацию и исследования профессиональному научному сообществу. ^[14]

В своем выступлении перед Генеалогическим обществом Южной Калифорнии в 2013 году Спенсер Уэллс рассказал о поддержке гражданских ученых. Он сказал:

С 2005 года Генографический проект использует новейшие генетические технологии для расширения наших знаний об истории человечества, а новаторское использование тестирования ДНК для вовлечения общественности в исследовательские усилия помогло создать новую породу « гражданских ученых» . " Geno 2.0 расширяет возможности гражданской науки, используя силу толпы для открытия новых деталей истории человеческой популяции. ^[15]

Критика

Вскоре после объявления о проекте в апреле 2005 года Совет коренных народов по биоколониализму (IPCB) отметил его связь с спорными вопросами (такими как обеспокоенность некоторых племен тем, что результаты генетических исследований миграции людей могут указывать на то, что коренные американцы не являются коренными жителями Северная Америка). IPCB рекомендовал не участвовать коренным народам. ^[16]

Основательница IPCB Дебра Гарри объяснила, почему коренным народам не рекомендуется участвовать в генографическом проекте. По словам Гарри, коренного американца из Северной Пайуте и доцента по изучению коренных народов в Университете Невады, генографический проект привел к практике генетического тестирования человека , которая, по-видимому, маскировала скрытый мотив, а не просто научные исследования. В частности, большая обеспокоенность по поводу возможного политического интереса, стоящего за генографическим проектом, побудила IPCB заранее предупредить мировое сообщество коренных народов о «не столь альтруистических мотивах». ^[17] проекта. Кроме того, IPCB утверждает, что генографический проект не только не приносит прямой выгоды коренным народам, но вместо этого создает значительные риски. Такие риски, о которых Гарри упомянул в интервью, опубликованном в декабре 2005 года, ^[18] были использованы для пропаганды против участия коренных народов в проекте. Другой комментарий, сделанный основателем IPCB Деброй Гарри, заключался в том, что Генографический проект служил методом дискредитации родственных связей посредством возможности того, что исконная идентичность может быть признана недействительной, и лишить коренные народы доступа и власти над богатыми ресурсами территориями, которыми они долгое время владели. обитаемый. ^[18] IPCB также выявил еще одну попытку биоколониализма в Генографическом проекте. Последнее связано с высокой вероятностью того, что результаты генетического тестирования дадут такие ошибки, как ложноотрицательные и положительные результаты, которые приводят к ошибочной идентификации коренных жителей как некоренных и наоборот. ^[19] Еще одним негативным последствием, о котором говорит TallBear, является риск того, что культурная идентичность человека может быть окончательно установлена с помощью биоколониалистских проектов, таких как Генографический проект. ^[19] В конечном счете, аргументы TallBear полностью согласуются с опасениями Гарри по поводу Генографического проекта и служат значительной силой, мотивирующей IPCB выступать против биоколониализма.

В мае 2006 года проект привлек внимание Постоянного форума ООН по вопросам коренных народов (UNPFII). UNPFII провел расследование целей генографического проекта и рекомендовал National Geographic и другим спонсорам приостановить проект. ^[20] Опасения заключались в том, что знания, полученные в результате исследования, могут вступить в противоречие с давними верованиями коренных народов и поставить под угрозу их культуру. Были также опасения, что претензии коренных народов на права на землю и другие ресурсы могут оказаться под угрозой. ^[21]

По состоянию на декабрь 2006 г. ^[update]Некоторые признанные на федеральном уровне племена в США отказались принять участие в исследовании, в том числе Морис Фокс, председатель Массачусетской комиссии по делам индейцев и член Машпи Вампаноаг . ^[20]

Не все коренные народы согласны с его позицией; по состоянию на декабрь 2012 г. ^[update]К проекту присоединились более 70 000 представителей коренных народов из Америки, Африки, Азии, Европы и Океании. ^[8]

См. также

Генеалогический ДНК-тест - генетический тест на основе ДНК.
Генетическое разнообразие - общее количество генетических характеристик у вида.
Генетическая изменчивость человека - Генетическое разнообразие человеческих популяций.
Генетика человека - Изучение наследственности у человека.
Человеческая миграция – перемещение людей ради своей выгоды
Гаплогруппы митохондриальной ДНК человека - гаплогруппа, определяемая различиями в митохондриальной ДНК человека.
Гаплогруппы ДНК Y-хромосомы человека – группы ДНК человека.
Митохондриальная Ева - самый недавний общий предок всех живых людей по материнской линии.
Персональная геномика - раздел геномики, изучающий геном отдельных
Y-хромосомный Адам - самый недавний общий предок всех живых людей по отцовской линии.
Гаплогруппы Y-хромосомы в популяциях мира

Ссылки

^ «Совет по ответственной генетике» . Архивировано из оригинала 16 мая 2008 года . Проверено 16 мая 2015 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж «Гено 2.0 следующего поколения» . Нэшнл Географик . 28 июня 2018 года. Архивировано из оригинала 22 января 2013 года . Проверено 28 июня 2018 г.
^ «Фонд защиты океана» . Фонд Уэйта . Ла-Хойя, Калифорния . Проверено 25 января 2022 г.
^ «Доктор Мигель Вилар — 29-й спикер серии президентских лекций UOG» . Университет Гуама . Проверено 10 мая 2022 г.
^ Эльхайк, Эран; Гринспен, Эллиотт; Стаатс, Шон; Кран, Томас; Тайлер-Смит, Крис; Сюэ, Яли; Тофанелли, Серджио; Франкалаччи, Паоло; Кукка, Франческо; Пагани, Лука; Джин, Ли; Ли, Хуэй; Шурр, Теодор Г.; Гринспен, Беннетт; Спенсер Уэллс, Р. (9 мая 2013 г.). «ГеноЧип: новый инструмент генетической антропологии» . Геномная биология и эволюция . 5 (5): 1021–1031. дои : 10.1093/gbe/evt066 . ПМЦ 3673633 . PMID 23666864 . Проверено 28 июня 2018 г.
^ «Кто я: Обзор регионов» . Архивировано из оригинала 30 октября 2014 года . Проверено 30 ноября 2022 г.
^ Секвенирование ДНК Helix и Geno 2.0. Архивировано 21 октября 2023 г. в Wayback Machine Helix . 26 января 2018 г. Проверено 28 июня 2018 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б «Эталонные популяции следующего поколения» . Нэшнл Географик . 23 февраля 2018 года. Архивировано из оригинала 7 апреля 2016 года . Проверено 28 июня 2018 г.
^ Проект National Geographic Geno 2.0 , заархивировано из оригинала 7 февраля 2017 г. , получено 22 октября 2018 г.
^ Бонни, Р.; ЛаБранш, М. (2004). «Гражданская наука: вовлечение общественности в исследования». Размеры ASTC (май/июнь 2004 г.): 13.
^ Баретто, К.; Фастовский Д.; Шиэн, П. (2003). «Модель интеграции общественности в научные исследования» . Журнал геонаучного образования . 50 (1): 71–75. Бибкод : 2003JGeEd..51...71B . дои : 10.5408/1089-9995-51.1.71 . S2CID 67761505 .
^ Маккаффри, RE (2005). «Использование гражданской науки в исследованиях городских птиц». Городские среды обитания . 3 (1): 70–86.
^ Кинг, Тури Э.; Джоблинг, Марк А. (2009). «Что в имени? Y-хромосомы, фамилии и революция в генетической генеалогии» . Тенденции в генетике . 25 (8): 351–60. дои : 10.1016/j.tig.2009.06.003 . hdl : 2381/8106 . ПМИД 19665817 . Международное общество генетической генеалогии (www.isogg.org) выступает за использование генетики в качестве инструмента генеалогических исследований и обеспечивает сеть поддержки специалистам по генетической генеалогии. Здесь находится дерево Y-гаплогрупп ISOGG, которое регулярно обновляется.
^ Mendex и др., Фернандо (28 февраля 2013 г.). «Афроамериканская отцовская линия добавляет чрезвычайно древний корень к филогенетическому дереву Y-хромосомы человека» . Американское общество генетики человека. стр. 454–459 . Проверено 10 июля 2013 г.
^ Уэллс, Спенсер (2013). «Генографический проект и рост гражданской науки» . Генеалогическое общество Южной Калифорнии (SCGS). Архивировано из оригинала 10 июля 2013 года . Проверено 10 июля 2013 г.
^ Гарри, Дебра и Леа Малия Канехе. «Генетические исследования: сбор крови для сохранения культуры?» Культурное выживание , 29,4 (зима 2005 г.). По состоянию на 4 февраля 2014 г.
^ «Совет коренных народов по биоколониализму» . ipcb.org . Проверено 9 ноября 2022 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б «Интервью с Деброй Гарри и Советом коренных народов по биоколониализму» . Новый интернационалист . 1 декабря 2005 г. Архивировано из оригинала 24 октября 2022 г. Проверено 9 ноября 2022 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Эллен, Сэмюэлс (2014). Фантазии идентификации: инвалидность, пол, раса . Издательство Нью-Йоркского университета. ISBN 978-1-4798-1298-1 . OCLC 900357752 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Хармон, Эми (10 декабря 2006 г.). «Собиратели ДНК столкнулись с проблемой: племена им не доверяют» . Нью-Йорк Таймс .
^ «Организация Объединенных Наций рекомендует остановить генографический проект» . ipcb.

Внешние ссылки

Официальные сайты

Новостные статьи

«В поисках корней современного человека» . Си-Эн-Эн. 14 апреля 2005 г.
« Генографический проект призван рассказать нам, откуда мы пришли» . США сегодня . 17 апреля 2005 г.
«Коренные народы выступают против National Geographic» , Совет коренных народов по биоколониализму, 13 апреля 2005 г.
«Tracking the Truth» , журнал DB2 Magazine (IBM), информация о роли IBM в проекте. Декабрь 2006 г.
Генографические истории успеха
«Крестоносцы оставили генетическое наследие» . Новости Би-би-си. 27 марта 2008 г.
«Человеческая линия почти разделилась на две части » . Новости Би-би-си. 24 апреля 2008 г.

Видео

Спенсер Уэллс: Создание генеалогического древа для всего человечества на YouTube , на TED , 29 августа 2008 г.

[ResponsibleGenographics-1] «Совет по ответственной генетике» . Архивировано из оригинала 16 мая 2008 года . Проверено 16 мая 2015 г.

[Geno_2.0-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж «Гено 2.0 следующего поколения» . Нэшнл Географик . 28 июня 2018 года. Архивировано из оригинала 22 января 2013 года . Проверено 28 июня 2018 г.

[3] «Фонд защиты океана» . Фонд Уэйта . Ла-Хойя, Калифорния . Проверено 25 января 2022 г.

[4] «Доктор Мигель Вилар — 29-й спикер серии президентских лекций UOG» . Университет Гуама . Проверено 10 мая 2022 г.

[5] Эльхайк, Эран; Гринспен, Эллиотт; Стаатс, Шон; Кран, Томас; Тайлер-Смит, Крис; Сюэ, Яли; Тофанелли, Серджио; Франкалаччи, Паоло; Кукка, Франческо; Пагани, Лука; Джин, Ли; Ли, Хуэй; Шурр, Теодор Г.; Гринспен, Беннетт; Спенсер Уэллс, Р. (9 мая 2013 г.). «ГеноЧип: новый инструмент генетической антропологии» . Геномная биология и эволюция . 5 (5): 1021–1031. дои : 10.1093/gbe/evt066 . ПМЦ 3673633 . PMID 23666864 . Проверено 28 июня 2018 г.

[6] «Кто я: Обзор регионов» . Архивировано из оригинала 30 октября 2014 года . Проверено 30 ноября 2022 г.

[7] Секвенирование ДНК Helix и Geno 2.0. Архивировано 21 октября 2023 г. в Wayback Machine Helix . 26 января 2018 г. Проверено 28 июня 2018 г.

[reference_populations-8] Перейти обратно: ^а ^б «Эталонные популяции следующего поколения» . Нэшнл Географик . 23 февраля 2018 года. Архивировано из оригинала 7 апреля 2016 года . Проверено 28 июня 2018 г.

[9] Проект National Geographic Geno 2.0 , заархивировано из оригинала 7 февраля 2017 г. , получено 22 октября 2018 г.

[10] Бонни, Р.; ЛаБранш, М. (2004). «Гражданская наука: вовлечение общественности в исследования». Размеры ASTC (май/июнь 2004 г.): 13.

[11] Баретто, К.; Фастовский Д.; Шиэн, П. (2003). «Модель интеграции общественности в научные исследования» . Журнал геонаучного образования . 50 (1): 71–75. Бибкод : 2003JGeEd..51...71B . дои : 10.5408/1089-9995-51.1.71 . S2CID 67761505 .

[12] Маккаффри, RE (2005). «Использование гражданской науки в исследованиях городских птиц». Городские среды обитания . 3 (1): 70–86.

[KingJobling-13] Кинг, Тури Э.; Джоблинг, Марк А. (2009). «Что в имени? Y-хромосомы, фамилии и революция в генетической генеалогии» . Тенденции в генетике . 25 (8): 351–60. дои : 10.1016/j.tig.2009.06.003 . hdl : 2381/8106 . ПМИД 19665817 . Международное общество генетической генеалогии (www.isogg.org) выступает за использование генетики в качестве инструмента генеалогических исследований и обеспечивает сеть поддержки специалистам по генетической генеалогии. Здесь находится дерево Y-гаплогрупп ISOGG, которое регулярно обновляется.

[AJHG-14] Mendex и др., Фернандо (28 февраля 2013 г.). «Афроамериканская отцовская линия добавляет чрезвычайно древний корень к филогенетическому дереву Y-хромосомы человека» . Американское общество генетики человека. стр. 454–459 . Проверено 10 июля 2013 г.

[Wells-15] Уэллс, Спенсер (2013). «Генографический проект и рост гражданской науки» . Генеалогическое общество Южной Калифорнии (SCGS). Архивировано из оригинала 10 июля 2013 года . Проверено 10 июля 2013 г.

[harry-16] Гарри, Дебра и Леа Малия Канехе. «Генетические исследования: сбор крови для сохранения культуры?» Культурное выживание , 29,4 (зима 2005 г.). По состоянию на 4 февраля 2014 г.

[17] «Совет коренных народов по биоколониализму» . ipcb.org . Проверено 9 ноября 2022 г.

[:0-18] Перейти обратно: ^а ^б «Интервью с Деброй Гарри и Советом коренных народов по биоколониализму» . Новый интернационалист . 1 декабря 2005 г. Архивировано из оригинала 24 октября 2022 г. Проверено 9 ноября 2022 г.

[:1-19] Перейти обратно: ^а ^б Эллен, Сэмюэлс (2014). Фантазии идентификации: инвалидность, пол, раса . Издательство Нью-Йоркского университета. ISBN 978-1-4798-1298-1 . OCLC 900357752 .

[DNA_Gatherers_Hit_Snag-20] Перейти обратно: ^а ^б Хармон, Эми (10 декабря 2006 г.). «Собиратели ДНК столкнулись с проблемой: племена им не доверяют» . Нью-Йорк Таймс .

[21] «Организация Объединенных Наций рекомендует остановить генографический проект» . ipcb.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

v т и Генеалогическое ДНК-тестирование
Procedure Types of tests Haplogroup / Haplotype / Subclade Genetic genealogy
People	Bennett Greenspan Spencer Wells Anne Wojcicki
Societies	International Society of Genetic Genealogy
Projects	Genographic Project Surname DNA project
Services	23andMe AncestryDNA Family Tree DNA Living DNA MyHeritage
Category