Гаплогруппа L0
| Гаплогруппа L0 | |
|---|---|
| Возможное время происхождения | от 130 до 200 тыс. лет назад [1] [2] |
| Возможное место происхождения | Южная Африка или Юго-Восточная Африка |
| Предок | L ( Митохондриальная Ева ) |
| Потомки | Л0а'б'фк, Л0д |
| Определение мутаций | 263!, 1048, 3516А, 5442, 6185, 9042, 9347, 10589, 12007, 12720 [3] |
Гаплогруппа L0 — это гаплогруппа митохондриальной ДНК (мтДНК) человека.
Источник
[ редактировать ]
L0 является одной из двух ветвей от самого недавнего общего предка (MRCA) общей материнской линии человека. Гаплогруппа состоит из пяти основных ветвей (L0a, L0b, L0d, L0f, L0k). Четыре из них первоначально были классифицированы на субклады L1: L1a, L1d, L1f и L1k.
В 2014 году анализ древней ДНК скелета самца-фуражира возрастом 2330 лет в Южной Африке показал, что этот образец принадлежал к субкладу мтДНК L0d2c1c. Эта материнская гаплогруппа сегодня наиболее тесно связана с цзюй, подгруппой коренного народа сан , что указывает на преемственность населения в регионе. [4] В 2016 году было обнаружено, что высушенная мумия позднего железного века из региона Тули на севере Ботсваны принадлежит к гаплогруппе L0. [5]
Распределение
[ редактировать ]
L0 чаще всего встречается в странах Африки к югу от Сахары . Наибольшей частоты он достигает у койсанского народа - в среднем 73%. [6] Некоторые из самых высоких частот: [7] Намибия 79 % %, Африка 83 . и 100 Ботсвана Южная %
Гаплогруппа L0d встречается среди койсанских групп Южной Африки ближе к койдской стороне, причем (после L0k) она больше санидская, но в значительной степени ограничена койсанской группой в целом. [7] [8] [9] [10] L0d также часто встречается у цветного населения Южной Африки, и его частота варьируется от 60%. [11] до 71%. [10] Это иллюстрирует огромный материнский вклад койсанцев в развитие цветного населения Южной Африки.
Гаплогруппы L0k - вторая по распространенности гаплогруппа в койсанских группах, более близкая к санидской стороне, причем (после L0d) она более хоидная, но в основном ограничивается койсанскими группами в целом. [7] [8] [9] [10] Хотя гаплогруппа L0d, связанная с койсаном, с высокой частотой обнаруживалась среди цветного населения Южной Африки, L0k не наблюдалась в двух исследованиях с участием больших групп цветных людей. [10] [11]
Гаплогруппа L0f встречается с относительно небольшими частотами в Танзании , Восточной Африке, среди народа сандаве в Танзании.
Гаплогруппа L0a наиболее распространена в населении Юго-Восточной Африки (25% в Мозамбике ). [6] Среди гвинейцев частота этого заболевания составляет от 1% до 5%, при этом в группе Баланта наблюдается повышенная частота примерно на 11%. Гаплогруппа L0a имеет временную глубину палеолита около 33 000 лет и, вероятно, достигла Гвинеи между 10 000 и 4 000 лет назад. Его также часто можно увидеть у мбути и биака пигмеев . L0a встречается с частотой почти 25% в Хадрамауте ( Йемен ). [12]
Гаплогруппа L0b обнаружена в Эфиопии .
Взаимодействие лекарств и заболеваний
[ редактировать ]назначают препарат ставудин У пациентов, которым для лечения ВИЧ , гаплогруппа L0a2 связана с более высокой вероятностью периферической нейропатии как побочного эффекта. [13]
Субклады
[ редактировать ]Дерево
[ редактировать ]
Это филогенетическое древо субкладов гаплогруппы L0 основано на статье Манниса ван Овена и Манфреда Кайзера. Обновленное комплексное филогенетическое древо глобальных вариаций митохондриальной ДНК человека. [3] и последующие опубликованные исследования.
- Самый недавний общий предок (MRCA)
- Л0
- Л0д
- L0d3
- L0d1'2
- Л0д1
- L0d1a
- L0d1b
- L0d1c
- L0d1c1
- L0d2
- L0d2a'b
- L0d2a
- L0d2a1
- L0d2b
- L0d2a
- L0d2c
- L0d2c1c [14]
- L0d2a'b
- Л0д1
- L0a'b'f'k
- Л0к
- L0k1
- L0k2
- L0a'b'f
- L0f
- L0f1
- L0f2
- L0f2a
- L0f2b
- L0a'b
- L0a
- L0a1
- L0a1a
- L0a1a2
- L0a1b
- L0a1b1
- L0a1b1a
- L0a1b2
- L0a1b1
- L0a1c
- L0a1d
- L0a1a
- L0a2
- L0a2a
- L0a2a1
- L0a2a1a
- L0a2a1a1
- L0a2a1a2
- L0a2a1a
- L0a2a2
- L0a2a2a
- L0a2a1
- L0a2b
- L0a2ba
- L0a2c
- L0a2d
- L0a2a
- L0a3
- L0a4
- L0a1
- Л0б
- L0a
- L0f
- Л0к
- Л0д
- Л0
См. также
[ редактировать ]
- Генеалогический ДНК-тест
- Генетическая генеалогия
- Митохондриальная генетика человека
- Популяционная генетика
- Гаплогруппы митохондриальной ДНК человека
Филогенетическое древо гаплогрупп митохондриальной ДНК (мтДНК) человека | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Митохондриальная Ева ( L ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Л0 | Л1–6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Л1 | Л2 | Л3 | Л4 | Л5 | Л6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| М | Н | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Чехия | Д | И | Г | вопрос | ТО | А | С | Р | я | В | Х | И | |||||||||||||||||||||||||||
| С | С | Б | Ф | Р0 | до JT | П | В | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Х.В. | Джей Ти | К | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ЧАС | V | Дж | Т | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ссылки
[ редактировать ]- , точечная оценка 168,5 тыс. лет назад (136,3–201,1 тыс. лет 95% ДИ ) по данным Хайнц, Таня; и др. (2017). «Обновление дерева митохондриальной ДНК человека в Африке: актуальность для судебно-медицинской экспертизы и популяционной генетики». Международная судебно-медицинская экспертиза: Генетика . 27 : 156–159. дои : 10.1016/j.fsigen.2016.12.016 . ПМИД 28086175 . (таблица 2).150 тыс. лет предложено в: Соарес, Педро; Эрмини, Лука; Томсон, Ноэль; Мормина, Мару; Рито, Тереза; Рёль, Арне; Салас, Антонио; Оппенгеймер, Стивен; Маколей, Винсент (2009). «Поправка на очищающий отбор: улучшенные митохондриальные молекулярные часы человека» . Американский журнал генетики человека . 84 (6): 740–59. дои : 10.1016/j.ajhg.2009.05.001 . ПМК 2694979 . ПМИД 19500773 . .
- ^ Оценка возраста (ка, 95% ДИ в угловых скобках):Оценка возраста цельной мтДНК ML: 128,2 [95% ДИ: 107,9–148,9],ρ оценка возраста всей мтДНК: 121,3 [99,2;143,7],ρ синонимическая оценка возраста (ка): 131,0 [97,8;164,2]: Рито Т., Ричардс М.Б., Фернандес В., Альшамали Ф., Черни В., Перейра Л., Соареш П., «Первое расселение современного человека по Африке», PLoS One , 13 ноября 2013 г.; 8(11):e80031. doi: 10.1371/journal.pone.0080031 .
- ^ Jump up to: а б Ван Овен, Маннис; Кайзер, Манфред (2009). «Обновленное комплексное филогенетическое древо глобальных вариаций митохондриальной ДНК человека» . Человеческая мутация . 30 (2): E386–94. дои : 10.1002/humu.20921 . ПМИД 18853457 . S2CID 27566749 .
- ^ Алан Г. Моррис; Аня Хайнце; Ева К.Ф. Чан; Эндрю Б. Смит; Ванесса М. Хейс (2014). «Первый древний митохондриальный геном человека от скотоводческого периода Южной Африки» . Геномная биология и эволюция . 6 (10): 2647–53. дои : 10.1093/gbe/evu202 . ПМЦ 4224329 . ПМИД 25212860 .
- ^ Франк Дж. Рюли; Марина Стейн; Моронгва Н. Мосотване; Лена Орстрем; Молебогенг К. Бодиба; Эбигейл Бауман (январь – февраль 2016 г.). «Радиологический и генетический анализ мумии позднего железного века из блока Тули, Ботсвана» (PDF) . Южноафриканский научный журнал . 112 (1/2). Архивировано из оригинала (PDF) 21 июня 2016 года . Проверено 26 апреля 2016 г.
- ^ Jump up to: а б Роуз, Александра; Брем, Энтони; Кивисилд, Томас; Мецпалу, Он; Виллемс, Ричард (2004). «Профиль мтДНК жителей Западной Африки» Анналы генетики человека 68 (4): 340–52. дои : 10.1046/j.1529–8817.2004.00100.x . hdl : 10400.13/3044 . ПМИД 15225159 . S2CID 15391342 .
- ^ Jump up to: а б с Тишкофф, С.А.; Гондер, МК; Хенн, Б.М.; Мортенсен, Х.; Найт, А.; Жиньу, К.; Фернандопулле, Н.; Лема, Г.; Ньямбо, ТБ (2007). «История говорящих по щелчку популяций Африки, выведенная на основе генетических вариаций мтДНК и Y-хромосомы» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (10): 2180–95. дои : 10.1093/molbev/msm155 . ПМИД 17656633 .
- ^ Jump up to: а б Чен, Юй-Шэн; Олкерс, Антонель; Шурр, Теодор Г.; Когельник, Андрей М.; Хуопонен, Кирси; Уоллес, Дуглас К. (2000). «Вариации мтДНК южноафриканских кунгов и хве — и их генетические связи с другими африканскими популяциями» . Американский журнал генетики человека . 66 (4): 1362–83. дои : 10.1086/302848 . ПМК 1288201 . ПМИД 10739760 .
- ^ Jump up to: а б Найт, Алек; Андерхилл, Питер А.; Мортенсен, Холли М.; Животовский Лев А.; Лин, Алиса А.; Хенн, Бренна М.; Луи, Дороти; Рулен, Мерритт; Маунтин, Джоанна Л. (2003). «Расхождение африканской Y-хромосомы и мтДНК дает представление об истории кликовых языков» . Современная биология . 13 (6): 464–73. дои : 10.1016/S0960-9822(03)00130-1 . ПМИД 12646128 . S2CID 52862939 .
- ^ Jump up to: а б с д Шлебуш, Карина М.; Найду, Тиессен; Судьял, Химла (2009). «Мини-секвенирование SNaPshot для определения митохондриальных макрогаплогрупп, обнаруженных в Африке». Электрофорез . 30 (21): 3657–64. дои : 10.1002/elps.200900197 . ПМИД 19810027 . S2CID 19515426 .
- ^ Jump up to: а б Кинтана-Мурси, Луис; Хармант, Кристина; Куах, Элен; Балановский Олег; Запорожченко Валерий; Борманс, Конни; Ван Хелден, Пол Д.; Хоал, Эйлин Г.; Бехар, Дорон М. (2010). «Сильный материнский вклад койсанов в цветное население Южной Африки: случай гендерно-предвзятой примеси» . Американский журнал генетики человека . 86 (4): 611–20. дои : 10.1016/j.ajhg.2010.02.014 . ПМК 2850426 . ПМИД 20346436 .
- ^ Ридл, Якуб; Иденс, Кристофер М.; Черный, Виктор (2009). «Структура митохондриальной ДНК населения Йемена: региональные различия и последствия для различных миграционных вкладов». Эволюция человеческих популяций в Аравии . Палеобиология и палеоантропология позвоночных. стр. 69–78. дои : 10.1007/978-90-481-2719-1_5 . ISBN 978-90-481-2718-4 .
- ^ Кампира Э., Кумвенда Дж., ван Остерхаут Дж. Дж., Дандара С. Субгаплогруппы митохондриальной ДНК L0a2 и L2a изменяют восприимчивость к периферической нейропатии у взрослых малавийцев, получающих высокоактивную антиретровирусную терапию, содержащую ставудин. , J Приобретите синдром иммунодефицита. 2013, 15 августа; 63(5):647-52. doi: 10.1097/QAI.0b013e3182968ea5
- ^ Первый древний митохондриальный геном человека от скотовода из Южной Африки.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Общий
- Яна Логана Сайт митохондриальной ДНК
- Манниса ван Овена Филодерево
- Гаплогруппа L0
- L0 YFull MTree 1.02.00 (в разработке)
- Роза, Александра; Брем, Антонио; Кивисилд, Тоомас; Мецпалу, Эне; Виллемс, Ричард (2004). «Профиль мтДНК жителей Западной Африки: на пути к лучшему пониманию региона Сенегамбии». Анналы генетики человека . 68 (4): 340–52. дои : 10.1046/j.1529-8817.2004.00100.x . hdl : 10400.13/3044 . ПМИД 15225159 . S2CID 15391342 .
На основании предыдущих знаний о полных последовательностях Африки парафилетическая клада L1 разделена на две монофилетические единицы L0, охватывающие ранее определенные линии L1a и L1d, и кладу L1, включающую клады L1b и L1c…
- Павези, А. (2005). «Полезность полиомавируса JC для отслеживания закономерностей миграций человека, начиная с доисторических времен» . Журнал общей вирусологии . 86 (5): 1315–26. дои : 10.1099/vir.0.80650-0 . ПМИД 15831942 .
С другой стороны, первая ось мтДНК помещает предковую гаплогруппу L0 крайне слева, поскольку она дала начало одной единственной линии…
- Мишмар, Дэн; Руис-Песини, Эдуардо; Брэндон, Мартин; Уоллес, Дуглас К. (2004). «Митохондриальные ДНК-подобные последовательности в ядре (NUMT): понимание нашего африканского происхождения и механизма интеграции чужеродной ДНК» . Человеческая мутация . 23 (2): 125–33. дои : 10.1002/humu.10304 . ПМИД 14722916 . S2CID 25109836 .
мтДНК гаплогруппы L0, гаплогруппа, о которой мы ранее пришли к выводу, лежит в основе мтДНК человека. дерево на основе филогенетического анализа…
- Найт, Алек; Андерхилл, Питер А.; Мортенсен, Холли М.; Животовский Лев А.; Лин, Алиса А.; Хенн, Бренна М.; Луи, Дороти; Рулен, Мерритт; Маунтин, Джоанна Л. (2003). «Расхождение африканской Y-хромосомы и мтДНК дает представление об истории кликовых языков» . Современная биология . 13 (6): 464–73. дои : 10.1016/S0960-9822(03)00130-1 . ПМИД 12646128 . S2CID 52862939 .