Термотога

Термотога
	Схема раздела Thermotoga maritima, показывающая «тогу».
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Термотогота
Сорт:	Термотоги
Заказ:	Термотогалес
Семья:	Термотоговые
Род:	Термотога ; Хубер и др. 1986 год
Типовой вид
	Термотога приморская ; Хубер и др. 1986 год
Разновидность
	Т. Маритима ; Т. нафтофила ; Т. Неаполитана ; T. petrophila ;

Thermotoga — род термотогота . Члены Thermotoga — это гипертермофильные бактерии , клетки которых обернуты уникальной внешней мембраной, напоминающей оболочку, называемой «тога».

Представители этого типа окрашивают грамотрицательные микроорганизмы , поскольку обладают тонким пептидогликаном между двумя липидными бислоями, хотя оба они своеобразны. ^{[ 2 ]} Пептидогликан необычен, поскольку поперечная связь представляет собой не только мезодиаминопимелат , как это происходит у Pseudomonadota , но и D-лизин. ^{[ Примечание 1 ]}^{[ 3 ]}

Виды являются анаэробами с различной степенью толерантности к кислороду. Они способны восстанавливать элементарную серу (S ₀ ) до сероводорода. ^{[ 2 ]}

Является ли термофилия нововведением линии или наследственной чертой, неясно и не может быть определено.
Геном Thermotoga maritima был секвенирован в 1999 году, в результате чего было выявлено несколько генов архейного происхождения, что, возможно, позволило осуществить его термофильную адаптацию. ^{[ 4 ]} Содержание ЦГ (цитозин-гуанина) в T. maritima составляет 46,2%; ^{[ 2 ]} фактически большинство термофилов имеют высокое содержание CG; это привело к предположению, что содержание CG может быть несущественным следствием термофилии, а не движущей силой термофилии. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Имя

Статья и глава руководства Берджи были написаны несколькими авторами, в том числе микробиологами Карлом Стеттером и Карлом Везе . ^{[ 2 ]}

Неолатинское . женское имя «термотога» означает «горячая верхняя одежда», являясь сочетанием греческого слова «термотога» существительное θέρμη ( терма , тепло) ^{[ 7 ]} или, точнее, прилагательное термос, или, на ( термос, е, на , горячий) ^{[ 8 ]} и латинское существительное женского рода тога (римская верхняя одежда). ^{[ 2 ]}

Члены и родственники

Точное отношение Thermotogota к другим типам обсуждается ( против бактериальных типов ): несколько исследований показали, что они обладают глубоким ветвлением (в руководстве Берджи они фактически появились в «Томе I: Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии»). "), ^{[ 9 ]} в то время как другие обнаружили, что Firmicutes имеют глубокие разветвления, а Thermotogota группируется вдали от основания.

Типовой вид рода — T. maritima , впервые описанный в 1986 году. ^{[ 2 ]} В то время это был первый описанный вид этого типа. Род Thermotoga теперь включает три официальных вида. ^{[ 1 ]} Недавно восемь видов были выведены из этого рода, и большинство из них оказались в составе рода Pseudothermotoga по данным Bhandari & Gupta 2014. Штамм T. subterranea SL1 был обнаружен в глубоком континентальном нефтяном резервуаре с температурой 70 ° C в восточном бассейне Парижа, Франция . ^{[ 10 ]}

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^{[ 1 ]} и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) ^{[ 11 ]}

на основе 16S рРНК ДП _01_2022 ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}

120 маркерных белков на основе GTDB 07-RS207 ^{[ 15 ]}^{[ 16 ]}^{[ 17 ]}

Термотога

Т. петрофила Такахата и др. 2001 г.

	Т. маритима Хубер и др. 1986 год

	T. neapolitana Jannasch et al. 1989 год

Псевдотермотога

P. thermarum (Windberger et al. 1992) Bhandari & Gupta 2014 (вид вида) [ Thermotoga thermarum ]

	« P.caldifontis » [2018 (Mori et al. 2014) Belahbib et al.

	P. hypogea (Fardeau et al. 1997) Bhandari & Gupta 2014 [ Thermotoga hypogea ]

« P. profunda » (Mori et al. 2014) Belahbib et al. 2018 [ Глубокая Термотога ]

P. elfii (Ravot et al. 1995) Bhandari & Gupta 2014 [ Thermotoga elfii ]

	P. Letae (Balk, Weijma & Stams 2002) Bhandari & Gupta 2014 [ Thermotoga letae ]

	P. subterranea (Jeanthon et al. 2000) Bhandari & Gupta 2014 [ Thermotoga subterranea

Фервидобактерии

Термотога

Т. Неаполитана

	Т. Маритима

	Т. петрофила [в т.ч. Thermotoga naphthophila Takahata et al. 2001 ]

Псевдотермотога

	П. эльфы

	" П.глубокий "

П. термарум

	" П. калдифонтис "

	П. гипогея

Фервидобактерии

Сноски

^ Все протеиногенные аминокислоты имеют L-конфигурацию; в пептидогликане присутствуют некоторые аминокислоты с D-конфигурацией.
Лизин синтезируется из мезо-диаминопимелата под действием диаминопимелатдекарбоксилазы.

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Ж. П. Эзеби. «Термотога» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2022 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Хубер, Р.; Т. А. Лэнгуорси; Х. Кениг; М. Томм; Ч.Р. Везе; УБ Слейтр; КО Стеттер (1986). «Thermotoga maritima sp. nov. представляет новый род уникальных чрезвычайно термофильных эубактерий, растущих до 90°C» (PDF) . Арх. Микробиол . 144 (4): 324–333. дои : 10.1007/BF00409880 . S2CID 12709437 .
^ Бонифаций, А.; Паркет, К.; Артур, М.; Менжен-Лекрель, Д.; Бланот, Д. (2009). «Выяснение структуры пептидогликана Thermotoga maritima выявило два новых типа поперечных связей» . Журнал биологической химии . 284 (33): 21856–21862. дои : 10.1074/jbc.M109.034363 . ПМЦ 2755910 . ПМИД 19542229 .
^ Фрейзер, CM; Клейтон, Кентукки; Гилл, РА; Гвинн, СР; Додсон, МЛ; Хафт, Р.Дж.; Хикки, Д.Х.; Петерсон, ЭК; Нельсон, доктор юридических наук; Кетчум, туалет; Макдональд, Калифорния; Аттербек, Л.; Малек, ТР; Линхер, Дж. А.; Гарретт, К.Д.; Стюарт, ММ; Коттон, AM; Пратт, доктор медицины; Филлипс, Миссисипи; Ричардсон, Калифорния; Гейдельберг, Д.; Саттон, Дж.; Флейшманн, Г.Г.; Эйзен, РД; Уайт, Дж.А.; Зальцберг, О.; Смит, СЛ; Вентер, ХО; Фрейзер, Дж. К. (1999). «Доказательства латерального переноса генов между архей и бактериями из последовательности генома Thermotoga maritima». Природа . 399 (6734): 323–329. Бибкод : 1999Natur.399..323N . дои : 10.1038/20601 . ПМИД 10360571 .
^ Пасамонтес, А.; Гарсия-Вальве, С. (2006). «Использование многофакторного метода для анализа аминокислотного состава консервативной группы ортологичных белков у прокариот» . БМК Биоинформатика . 7 : 257. дои : 10.1186/1471-2105-7-257 . ПМК 1489954 . ПМИД 16709240 .
^ Пуигбо, П.; Пасамонтес, А.; Гарсия-Вальве, С. (2008). «Получение и потеря термофильной адаптации у прокариот». Тенденции в генетике . 24 (1): 10–14. дои : 10.1016/j.tig.2007.10.005 . ПМИД 18054113 .
^ θέρμη . Лидделл, Генри Джордж ; Скотт, Роберт ; Греко-английский лексикон в проекте «Персей»
^ θερμός . Лидделл, Генри Джордж ; Скотт, Роберт ; Греко-английский лексикон в проекте «Персей»
^ Бун, Дэвид Р.; Кастенхольц, Ричард В. (18 мая 2001 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии . Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 1 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. стр. 721 . ISBN 978-0-387-98771-2 . Британская библиотека №. GBA561951.
^ Ли Х, Ян С.З., Му Б.З., Ронг З.Ф., Чжан Дж. (2007). «Молекулярно-филогенетическое разнообразие микробного сообщества, связанного с высокотемпературным нефтяным пластом морского нефтяного месторождения» . ФЭМС Микробиол Экол . 60 (1): 74–84. дои : 10.1111/j.1574-6941.2006.00266.x . ПМИД 17286581 .
^ Сэйерс; и др. «Термотога» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2022 г.
^ «ЛТП» . Проверено 23 февраля 2022 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 23 февраля 2022 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_01_2022» (PDF) . Проверено 23 февраля 2022 г.
^ «Выпуск GTDB 07-RS207» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
^ "bac120_r207.sp_labels" . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.

[3] Все протеиногенные аминокислоты имеют L-конфигурацию; в пептидогликане присутствуют некоторые аминокислоты с D-конфигурацией.
Лизин синтезируется из мезо-диаминопимелата под действием диаминопимелатдекарбоксилазы.

[LPSN-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с Ж. П. Эзеби. «Термотога» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2022 г.

[description-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Хубер, Р.; Т. А. Лэнгуорси; Х. Кениг; М. Томм; Ч.Р. Везе; УБ Слейтр; КО Стеттер (1986). «Thermotoga maritima sp. nov. представляет новый род уникальных чрезвычайно термофильных эубактерий, растущих до 90°C» (PDF) . Арх. Микробиол . 144 (4): 324–333. дои : 10.1007/BF00409880 . S2CID 12709437 .

[4] Бонифаций, А.; Паркет, К.; Артур, М.; Менжен-Лекрель, Д.; Бланот, Д. (2009). «Выяснение структуры пептидогликана Thermotoga maritima выявило два новых типа поперечных связей» . Журнал биологической химии . 284 (33): 21856–21862. дои : 10.1074/jbc.M109.034363 . ПМЦ 2755910 . ПМИД 19542229 .

[5] Фрейзер, CM; Клейтон, Кентукки; Гилл, РА; Гвинн, СР; Додсон, МЛ; Хафт, Р.Дж.; Хикки, Д.Х.; Петерсон, ЭК; Нельсон, доктор юридических наук; Кетчум, туалет; Макдональд, Калифорния; Аттербек, Л.; Малек, ТР; Линхер, Дж. А.; Гарретт, К.Д.; Стюарт, ММ; Коттон, AM; Пратт, доктор медицины; Филлипс, Миссисипи; Ричардсон, Калифорния; Гейдельберг, Д.; Саттон, Дж.; Флейшманн, Г.Г.; Эйзен, РД; Уайт, Дж.А.; Зальцберг, О.; Смит, СЛ; Вентер, ХО; Фрейзер, Дж. К. (1999). «Доказательства латерального переноса генов между архей и бактериями из последовательности генома Thermotoga maritima». Природа . 399 (6734): 323–329. Бибкод : 1999Natur.399..323N . дои : 10.1038/20601 . ПМИД 10360571 .

[6] Пасамонтес, А.; Гарсия-Вальве, С. (2006). «Использование многофакторного метода для анализа аминокислотного состава консервативной группы ортологичных белков у прокариот» . БМК Биоинформатика . 7 : 257. дои : 10.1186/1471-2105-7-257 . ПМК 1489954 . ПМИД 16709240 .

[7] Пуигбо, П.; Пасамонтес, А.; Гарсия-Вальве, С. (2008). «Получение и потеря термофильной адаптации у прокариот». Тенденции в генетике . 24 (1): 10–14. дои : 10.1016/j.tig.2007.10.005 . ПМИД 18054113 .

[8] θέρμη . Лидделл, Генри Джордж ; Скотт, Роберт ; Греко-английский лексикон в проекте «Персей»

[9] θερμός . Лидделл, Генри Джордж ; Скотт, Роберт ; Греко-английский лексикон в проекте «Персей»

[I-10] Бун, Дэвид Р.; Кастенхольц, Ричард В. (18 мая 2001 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии . Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 1 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. стр. 721 . ISBN 978-0-387-98771-2 . Британская библиотека №. GBA561951.

[pmid17286581-11] Ли Х, Ян С.З., Му Б.З., Ронг З.Ф., Чжан Дж. (2007). «Молекулярно-филогенетическое разнообразие микробного сообщества, связанного с высокотемпературным нефтяным пластом морского нефтяного месторождения» . ФЭМС Микробиол Экол . 60 (1): 74–84. дои : 10.1111/j.1574-6941.2006.00266.x . ПМИД 17286581 .

[NCBI-12] Сэйерс; и др. «Термотога» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2022 г.

[13] «ЛТП» . Проверено 23 февраля 2022 г.

[14] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 23 февраля 2022 г.

[15] «Примечания к выпуску LTP_01_2022» (PDF) . Проверено 23 февраля 2022 г.

[about-16] «Выпуск GTDB 07-RS207» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.

[tree-17] "bac120_r207.sp_labels" . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.

[taxon_history-18] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ Примечание 1 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]