Малый ядерный рибонуклеопротеин D2

СНРПД2
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
показывать Список идентификационных кодов PDB
	1B34, 3CW1, 3PGW, 3S6N, 4F7U, 4PJO, 4V98, 4WZJ, 3JCR
Идентификаторы
Псевдонимы	SNRPD2 , SMD2, SNRPD1, Sm-D2, малый ядерный рибонуклеопротеин D2, малый ядерный полипептид рибонуклеопротеина D2.
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 601061 ; МГИ : 98345 ; Гомологен : 3381 ; Генные карты : SNRPD2 ; OMA : SNRPD2 — ортологи
показывать Местоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 19 (human)
End	45,692,569 bp
показывать Местоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 7 (mouse)
End	18,887,467 bp
показывать экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	beta cell; ; embryo; ; corpus epididymis; ; oral cavity; ; left ovary; ; ganglionic eminence; ; tail of epididymis; ; caput epididymis; ; superficial temporal artery; ; vulva;
	Top expressed in
	yolk sac; ; synovial joint; ; urinary bladder; ; ankle joint; ; embryo; ; ventricular zone; ; embryo; ; lens; ; epiblast; ; ganglionic eminence;
	More reference expression data
	n/a
показывать Генная онтология
Molecular function	protein binding; RNA binding; U1 snRNP binding;
Cellular component	cytoplasm; SMN-Sm protein complex; cytosol; catalytic step 2 spliceosome; U4/U6 x U5 tri-snRNP complex; U5 snRNP; U12-type spliceosomal complex; U2 snRNP; nucleoplasm; methylosome; precatalytic spliceosome; small nuclear ribonucleoprotein complex; pICln-Sm protein complex; spliceosomal complex; U4 snRNP; extracellular exosome; nucleus; U1 snRNP; U2-type precatalytic spliceosome; U2-type catalytic step 2 spliceosome;
Biological process	mRNA splicing, via spliceosome; mRNA processing; spliceosomal snRNP assembly; spliceosomal complex assembly; RNA splicing; import into nucleus;
	Sources:Amigo / QuickGO
скрывать Ортологи
	6633
	107686
	ENSG00000125743
	ENSMUSG00000040824
	P62316
	P62317
	НМ_004597 ; НМ_177542 ; НМ_001369751 ; НМ_001369752 ; НМ_001384647
	НМ_026943
	НП_004588 ; НП_808210 ; НП_001356680 ; НП_001356681
	НП_081219
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Малый ядерный рибонуклеопротеин Sm D2 — белок , который у человека кодируется SNRPD2 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} Он принадлежит к семейству ядерных белков малых ядерных рибонуклеопротеинов и необходим для сплайсинга пре-мРНК и биогенеза малых ядерных рибонуклеопротеинов. В этом локусе происходит альтернативный сплайсинг, и были идентифицированы два варианта транскрипта, кодирующие один и тот же белок. ^{[ 7 ]}

Взаимодействия

Было показано, что малый ядерный рибонуклеопротеин D2 взаимодействует с DDX20 . ^{[ 8 ]} Малый ядерный рибонуклеопротеин D1 , ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]} Малый ядерный рибонуклеопротеидный полипептид F , ^{[ 9 ]} CDC5L ^{[ 11 ]} и СМН1 . ^{[ 12 ]}

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000125743 – Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000040824 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Лемайер Т., Рейкер В., Герман Х., Лурманн Р. (январь 1995 г.). «Клонирование кДНК белков Sm D2 и D3 из малых ядерных рибонуклеопротеинов человека: доказательства прямого взаимодействия D1-D2» . Proc Natl Acad Sci США . 91 (25): 12317–21. Бибкод : 1994PNAS...9112317L . дои : 10.1073/pnas.91.25.12317 . ПМК 45428 . ПМИД 7527560 .
^ Лемайер Т., Фулаки К., Лурманн Р. (январь 1991 г.). «Доказательства существования трех различных белков D, которые по-разному реагируют с аутоантителами против Sm, в ядрах основных мяРНП U1, U2, U4/U6 и U5» . Нуклеиновые кислоты Рез . 18 (22): 6475–84. дои : 10.1093/нар/18.22.6475 . ПМЦ 332598 . ПМИД 1701240 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Ген Энтреза: малый ядерный рибонуклеопротеин D2 SNRPD2, полипептид 16,5 кДа» .
^ Шарру, Б; Пеллиццони Л; Перкинсон Р.А.; Шевченко А; Манн М; Дрейфус Дж. (декабрь 1999 г.). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена спинальной мышечной атрофии, и является компонентом драгоценных камней» . Дж. Клеточная Биол . 147 (6). СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ: 1181–94. дои : 10.1083/jcb.147.6.1181 . ISSN 0021-9525 . ПМК 2168095 . ПМИД 10601333 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Фьюри, МГ; Чжан В; Христодулопулос I; Зиве Г.В. (ноябрь 1997 г.). «Множественный белок: белковые взаимодействия между общими коровыми белками мяРНП». Эксп. Сотовый Res . 237 (1). СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ: 63–9. дои : 10.1006/excr.1997.3750 . ISSN 0014-4827 . ПМИД 9417867 .
^ Камбах, К; Уок С; Молодой Р; Авис Дж.М.; де ла Фортель Э; Рейкер В.А.; Люрманн Р; Ли Дж; Нагай К. (февраль 1999 г.). «Кристаллические структуры двух белковых комплексов Sm и их значение для сборки сплайсосомных мяРНП» . Клетка . 96 (3). СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ: 375–87. дои : 10.1016/S0092-8674(00)80550-4 . ISSN 0092-8674 . ПМИД 10025403 . S2CID 17379935 .
^ Аджух, П; Кастер Б; Панов К; Зомердейк Дж.К.; Манн М; Ламонд А.И. (декабрь 2000 г.). «Функциональный анализ комплекса CDC5L человека и идентификация его компонентов методом масс-спектрометрии» . ЭМБО Дж . 19 (23). АНГЛИЯ: 6569–81. дои : 10.1093/emboj/19.23.6569 . ISSN 0261-4189 . ПМК 305846 . ПМИД 11101529 .
^ Мейстер, Г; Бюлер Д; Лаггербауэр Б; Зобава М; Лотспайх Ф; Фишер У (август 2000 г.). «Характеристика ядерного комплекса 20S, содержащего белок выживания двигательных нейронов (SMN) и определенное подмножество сплайсосомных белков Sm» . Хм. Мол. Жене . 9 (13). АНГЛИЯ: 1977–86 гг. дои : 10.1093/hmg/13.09.1977 . ISSN 0964-6906 . ПМИД 10942426 .

Дальнейшее чтение

Рокич Л.А., Хаселби Дж.А., Хох С.О. (1988). «Молекулярное клонирование кДНК, кодирующей аутоантиген Sm-D человека» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 85 (13): 4832–6. Бибкод : 1988PNAS...85.4832R . дои : 10.1073/pnas.85.13.4832 . ПМК 280530 . ПМИД 3260384 .
Лю Ц, Фишер Ю, Ван Ф, Дрейфусс Г (1997). «Продукт гена заболевания спинальной мышечной атрофией, SMN, и связанный с ним белок SIP1 находятся в комплексе со сплайсосомными белками snRNP» . Клетка . 90 (6): 1013–21. дои : 10.1016/S0092-8674(00)80367-0 . ПМИД 9323129 . S2CID 10855404 .
Фьюри М.Г., Чжан В., Христодулопулос I, Зиве Г.В. (1998). «Множественный белок: белковые взаимодействия между общими коровыми белками мяРНП». Эксп. Сотовый Res . 237 (1): 63–9. дои : 10.1006/excr.1997.3750 . ПМИД 9417867 .
Камбах С., Уок С., Янг Р. и др. (1999). «Кристаллические структуры двух белковых комплексов Sm и их значение для сборки сплайсосомных мяРНП» . Клетка . 96 (3): 375–87. дои : 10.1016/S0092-8674(00)80550-4 . ПМИД 10025403 . S2CID 17379935 .
Шарру Б., Пеллицони Л., Перкинсон Р.А. и др. (2000). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена спинальной мышечной атрофии, и является компонентом драгоценных камней» . Дж. Клеточная Биол . 147 (6): 1181–94. дои : 10.1083/jcb.147.6.1181 . ПМК 2168095 . ПМИД 10601333 .
Шарру Б., Пеллицони Л., Перкинсон Р.А. и др. (2000). «Gemin4. Новый компонент комплекса SMN, который содержится как в драгоценных камнях, так и в ядрышках» . Дж. Клеточная Биол . 148 (6): 1177–86. дои : 10.1083/jcb.148.6.1177 . ПМК 2174312 . ПМИД 10725331 .
Мейстер Г., Бюлер Д., Лаггербауэр Б. и др. (2000). «Характеристика ядерного комплекса 20S, содержащего белок выживания двигательных нейронов (SMN) и определенное подмножество сплайсосомных белков Sm» . Хм. Мол. Жене . 9 (13): 1977–86. дои : 10.1093/hmg/13.09.1977 . ПМИД 10942426 .
Аджух П., Кастер Б., Панов К. и др. (2001). «Функциональный анализ комплекса CDC5L человека и идентификация его компонентов методом масс-спектрометрии» . ЭМБО Дж . 19 (23): 6569–81. дои : 10.1093/emboj/19.23.6569 . ПМК 305846 . ПМИД 11101529 .
Селенко П., Спрангерс Р., Стир Г. и др. (2001). «Структура домена SMN Tudor и ее взаимодействие с белками Sm». Нат. Структура. Биол . 8 (1): 27–31. дои : 10.1038/83014 . ПМИД 11135666 . S2CID 27071310 .
Урлауб Х., Рейкер В.А., Костка С., Люрманн Р. (2001). «Взаимодействие белка Sm и сайта Sm РНК внутри внутреннего кольца основной структуры сплайсосомного мяРНП» . ЭМБО Дж . 20 (1–2): 187–96. дои : 10.1093/emboj/20.1.187 . ПМК 140196 . ПМИД 11226169 .
Губиц А.К., Мурелатос З., Абель Л. и др. (2002). «Gemin5, новый белковый компонент повторов WD комплекса SMN, который связывает белки Sm» . Ж. Биол. Хим . 277 (7): 5631–6. дои : 10.1074/jbc.M109448200 . ПМИД 11714716 .
Пеллиццони Л., Бэккон Дж., Раппсилбер Дж. и др. (2002). «Очистка нативной выживаемости комплексов мотонейронов и идентификация Gemin6 как нового компонента» . Ж. Биол. Хим . 277 (9): 7540–5. дои : 10.1074/jbc.M110141200 . ПМИД 11748230 .
Фризен В.Дж., Вайс А., Паушкин С. и др. (2002). «Новый белковый компонент WD-повторов метилосомы связывает белки Sm» . Ж. Биол. Хим . 277 (10): 8243–7. дои : 10.1074/jbc.M109984200 . ПМИД 11756452 .
Фонг Ю.В., Чжоу Ц (2002). «Стимулирующее влияние факторов сплайсинга на элонгацию транскрипции». Природа . 414 (6866): 929–33. дои : 10.1038/414929а . ПМИД 11780068 . S2CID 1518837 .
Юрица М.С., Ликлайдер Л.Дж., Гиги С.Р. и др. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, подходящих для трехмерного структурного анализа» . РНК . 8 (4): 426–39. дои : 10.1017/S1355838202021088 . ПМК 1370266 . ПМИД 11991638 .
Бэккон Дж., Пеллицони Л., Раппсилбер Дж. и др. (2002). «Идентификация и характеристика Gemin7, нового компонента выживания комплекса двигательных нейронов» . Ж. Биол. Хим . 277 (35): 31957–62. дои : 10.1074/jbc.M203478200 . ПМИД 12065586 .
Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
Благоев Б., Крачмарова И., Онг С.Е. и др. (2003). «Стратегия протеомики для выяснения функциональных белок-белковых взаимодействий, применяемых к передаче сигналов EGF». Нат. Биотехнология . 21 (3): 315–8. дои : 10.1038/nbt790 . ПМИД 12577067 . S2CID 26838266 .

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000125743 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000040824 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid7527560-5] Лемайер Т., Рейкер В., Герман Х., Лурманн Р. (январь 1995 г.). «Клонирование кДНК белков Sm D2 и D3 из малых ядерных рибонуклеопротеинов человека: доказательства прямого взаимодействия D1-D2» . Proc Natl Acad Sci США . 91 (25): 12317–21. Бибкод : 1994PNAS...9112317L . дои : 10.1073/pnas.91.25.12317 . ПМК 45428 . ПМИД 7527560 .

[pmid1701240-6] Лемайер Т., Фулаки К., Лурманн Р. (январь 1991 г.). «Доказательства существования трех различных белков D, которые по-разному реагируют с аутоантителами против Sm, в ядрах основных мяРНП U1, U2, U4/U6 и U5» . Нуклеиновые кислоты Рез . 18 (22): 6475–84. дои : 10.1093/нар/18.22.6475 . ПМЦ 332598 . ПМИД 1701240 .

[entrez-7] Перейти обратно: ^а ^б «Ген Энтреза: малый ядерный рибонуклеопротеин D2 SNRPD2, полипептид 16,5 кДа» .

[pmid10601333-8] Шарру, Б; Пеллиццони Л; Перкинсон Р.А.; Шевченко А; Манн М; Дрейфус Дж. (декабрь 1999 г.). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена спинальной мышечной атрофии, и является компонентом драгоценных камней» . Дж. Клеточная Биол . 147 (6). СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ: 1181–94. дои : 10.1083/jcb.147.6.1181 . ISSN 0021-9525 . ПМК 2168095 . ПМИД 10601333 .

[pmid9417867-9] Перейти обратно: ^а ^б Фьюри, МГ; Чжан В; Христодулопулос I; Зиве Г.В. (ноябрь 1997 г.). «Множественный белок: белковые взаимодействия между общими коровыми белками мяРНП». Эксп. Сотовый Res . 237 (1). СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ: 63–9. дои : 10.1006/excr.1997.3750 . ISSN 0014-4827 . ПМИД 9417867 .

[pmid10025403-10] Камбах, К; Уок С; Молодой Р; Авис Дж.М.; де ла Фортель Э; Рейкер В.А.; Люрманн Р; Ли Дж; Нагай К. (февраль 1999 г.). «Кристаллические структуры двух белковых комплексов Sm и их значение для сборки сплайсосомных мяРНП» . Клетка . 96 (3). СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ: 375–87. дои : 10.1016/S0092-8674(00)80550-4 . ISSN 0092-8674 . ПМИД 10025403 . S2CID 17379935 .

[pmid11101529-11] Аджух, П; Кастер Б; Панов К; Зомердейк Дж.К.; Манн М; Ламонд А.И. (декабрь 2000 г.). «Функциональный анализ комплекса CDC5L человека и идентификация его компонентов методом масс-спектрометрии» . ЭМБО Дж . 19 (23). АНГЛИЯ: 6569–81. дои : 10.1093/emboj/19.23.6569 . ISSN 0261-4189 . ПМК 305846 . ПМИД 11101529 .

[pmid10942426-12] Мейстер, Г; Бюлер Д; Лаггербауэр Б; Зобава М; Лотспайх Ф; Фишер У (август 2000 г.). «Характеристика ядерного комплекса 20S, содержащего белок выживания двигательных нейронов (SMN) и определенное подмножество сплайсосомных белков Sm» . Хм. Мол. Жене . 9 (13). АНГЛИЯ: 1977–86 гг. дои : 10.1093/hmg/13.09.1977 . ISSN 0964-6906 . ПМИД 10942426 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

v т и РНК-связывающий белок : рибонуклеопротеины.
snRNP	A A1 B B2 C D1 D2 D3 E F G N 70K/U1 spliceosomal RNA SNRNP200
hnRNP	A0 C L R
Other transcription	Telomerase
Translation	Ribosome
Vault ribonucleoprotein particles	Major vault protein
Other	Signal recognition particle